惩贪，是康熙皇帝惩治内外官员的重点内容。不过，他亲政初期，整饬官员，主要不在反贪墨，而在清除鳌拜之党的影响。康熙八年(1669)五月智除鳌拜之后，对在京三品以上部院满汉堂官及在外督抚“详加甄别”。至九月，经皇帝亲自批准，革职、降级、休致的在京满汉官共八十三人。其中包括尚书、侍郎、左都御史、内阁学士等高级官员。此外，还将十余名总督、巡抚等封疆大吏革职、降级。
其后，惩贪的具体内容也随形势的变化而变化。平定“三藩叛乱”后，整饬内外官员主要在于处理侵蚀兵饷及入官财物等重大贪污案件。其中，第一个重大案件是宜昌阿、金焦贪污逆产案。户部侍郎宜昌阿被派往广东查看尚之信家产，同广东巡抚金焦侵蚀兵饷及入官财物，收受尚之信、商人沈上达财贿，共白银八十九万余两，并财帛等物，恐沈上达事后告发，将其谋害灭口。案发后，经半年多的审理、讨论，于康熙二十三年(1684)五月十八日结案，宜昌阿、金焦，及郎中宋俄托、员外郎卓尔图，另尚之璋、宁天祚、王瑜等拟斩，道员王永祚拟绞，“俱监候秋后处决”。奉差审理此案的刑部侍郎禅塔海，未审出谋害沈上达之事，被革职。
另一重大案件是蔡毓荣贪污逆产案。蔡毓荣为汉军正白旗人，吴三桂叛乱时，任湖广总督，后被授绥远将军总统绿营官兵，同定远平寇大将军贝子彰泰从湖广一路进入云南。攻克云南省城昆明时，蔡毓荣将吴逆应入官之家财人口侵吞归己，并大量馈送贝子及其他大臣、官员等。
康熙皇帝对蔡毓荣的贪污行为早有耳闻，曾在康熙二十三年(1684)二月对工部官员说，“前用兵之时，蔡毓荣每于销算估计营造等事，多行浮冒侵渔入己，云南军前官员孰有不得其财者”。康熙二十五年(1686)十月，蔡毓荣被改调兵部侍郎。是年十二月，前奉差云南的侍卫纳尔泰，向领侍卫内大臣佟国维首告蔡毓荣，向他行贿白银九百余两；内务府新从云南归旗的革职知州文定国，检举蔡毓荣隐匿应入官妇女及徇纵逆党等情。康熙皇帝闻奏，命将蔡毓荣及其子蔡琳革职拿问，并谕令刑部尚书禧佛等：“如此大恶之人若不加惩创，何以使其余警戒?尔等详加严审，务将情弊尽行察出”。
但审理此案，阻力重重。因蔡毓荣行贿范围颇广，牵连甚多，包括大将军贝子彰泰以及几乎所有大臣。而蔡毓荣本人，除上述揭发的问题之外，仅共得黄金二百两、白银八千两。康熙皇帝对这一审理结果极不满意。知其距实际甚远，系“瞻徇党类”,但因证据不足，又涉及满洲大员太多，不便一概处理，所以也无法重处蔡毓荣。结果是“蔡毓荣从宽免即处斩，籍没家产，着枷号三个月，鞭一百，并分家子发往黑龙江”。刑部官员因“不秉公研讯，律拟失当，显系徇庇”,分别受到处罚。
在清理重大侵欺逆产案件的同时，康熙皇帝自康熙二十三年(1684)起，派人清察各省钱粮，着手解决和防止督抚侵欺挪用库存银两，以完作欠，蒙混销算诸弊。查出广西巡抚施天裔，将康熙二十年(1681)、康熙二十一年(1682)存储仓库银米，捏称民欠具题，照蒙隐例革职。但查核钱粮效果不甚显著，为此，康熙皇帝重申其意义和决心：“财富出于间阎，凡查核钱粮，必彻底澄清，不致以完作欠，额外科派，方于小民实有利益”。
康熙皇帝于三十六年(1697)歼灭噶尔丹叛乱之后，察吏安民重点在于反对横征科派，激变百姓。官吏贪污，必然以各种名目增加人民负担。康熙皇帝亲征噶尔丹时，曾两次西巡，远抵宁夏，周览山陕沿边形势，咨询民间疾苦。他发现“所在兵民筑土屋以为居，耕沙碛以为业，生聚之计甚属艰难”;而官员则十分庸劣，“文则加征无艺，武则侵扣月饷，势不至于厉兵剥民不止”。山陕百姓“交纳钱粮，其火耗有加至二三钱不等者”。康熙为之震惊，质问官员：“至于山西，特一小省，闻科派竟至百万，民何以堪?"因此，早在康熙三十五年年底，趁山西巡抚温保丁忧解职之机，将内阁学士倭伦升补，并传谕“毋效温保所为，着即赴任”;康熙三十六年闰三月，又以年龄衰老，不能胜任为由，将陕西巡抚党爱、按察使纳垒解任。
康熙三十六年，山西蒲州府发生民变，百姓被迫逃入山中，康熙皇帝急派人前往招抚。与此同时，于五月十二日将山西百姓极为痛恨的原巡抚温保及布政使甘度革职，严拿至京，交与刑部议处。同月二十二日，康熙皇帝在谕令大学土等时说：“今噶尔丹已平，天下无事，惟以察吏安民为要务。然官吏之贤否，民生之休戚所关。……朕恨贪污之吏，更过于噶尔丹。此后澄清吏治，如图平噶尔丹则善矣”。至七月二十三日，又以皇帝至宁夏时，“不赴行在朝觐”为由，将甘肃巡抚郭洪革职交刑部，“问拟枷责，命发黑龙江当差”。这样，康熙皇帝在短短半年的时间里，便将山西、陕西、甘肃三地巡抚及部分布政使、按察使予以撤换，以惩戒私派，安定民生。尤其是，此三地督抚藩臬全由满人充当，康熙皇帝如此大批处置满洲高级官员，表明他察吏安民的坚定决心。
继蒲州民变之后，康熙三十六(1697)、三十七年(1698)两年之间，全国各地发生民变多起。这些小规模的民变使康熙皇帝感到不安，进一步推动了他以反对私派为中心的察吏活动，不仅私派激变者要受到严惩，而且一旦发现地方官吏有问题，不待激变，即予撤换。山东饥谨，百姓乞食，巡抚李炜竟不奏闻，康熙以“不知抚恤百姓”罪，将其革职；直隶巡抚沈朝聘以老病令其休致，命原任河道总督于成龙“以总督管直隶巡抚事”;云贵总督王继文来京陛见，因未陈奏属官贤否及小民疾苦，令其休致；山西新任巡抚倭伦，包庇属下知府亏空库银仓米，降三级调用，布政使齐世武亦因事降一级调用。四川布政使卞永式征收钱粮每两加派银一钱二分，除送四川巡抚能泰等银二万零二百两外，共入己银二万七千余两，按律应拟绞刑，以病故勿议，能泰被拟绞监候，秋后处决；原任山西太原府知府赵风诏，巧立税规，勒索银两，私吞银十七万四千余两，被拟斩立决。由此可见，康熙由重视民生、民变，而对官吏要求甚为严格，不仅严惩私派勒索小民者，即不关心民间疾苦者也受到相应的处罚。康熙皇帝从严整饬吏治并不过分。
他在巡视中看到官、民生活富贫两极相差悬殊越来越大。前文说过，康熙在位期间曾多次大量蠲免钱粮、赈济灾荒，民生应当有所改善。但实际上小民很少得其实惠。康熙三十八年(1699)二月至五月，康熙皇帝在第三次南巡时，发现浙江百姓“生计大不如前”。在他看来，旧欠已尽行豁免，灾荒已普遍赈济，百姓应比过去丰足。为何反不如从前呢?经调查研究得知“皆因府、州，县官私派侵取，馈送上司”;或上司“因事借端索取更甚者。至微小易结案件，牵连多人，迟延索诈者甚多。此等情弊督抚无有不知，乃不厘剔察参，反将行贿官员荐举，廉正官员纠劾，以致民生失所”。回京次日，康熙皇帝向大学士、九卿、詹事、科道等官针对上述情况，征求解决办法，他语重心长地说：“若各省督抚俱体朕爱民至意，实力奉行，自然吏治澄清，万民乐业。科道不畏人，不徇情，能将不肖官员察访纠参，则有司亦知忌惮。今作何永革横派，严禁贿赂以察吏安民，尔等会同确议具奏”。大学士等遵旨会议，并经康熙皇帝批准，发布谕旨：督抚必须“洗心涤虑，正已率属；凡有贪污害民官员，不时查参；地方应革积弊，尽行革除。如该督抚仍照前因循，专恃虚文塞责，徇庇属员，或被科道纠参，或被受害人首告，将该督抚等一并从重治罪”。此类谕旨，以后不止一次发布。如此看来，康熙皇帝确认民变的根源在官，而不在民。
红旗人，清开国功臣何和礼四世孙。他在康熙三十八年(1699)七月至康熙四十八年四月山西巡抚任内，即因贪婪无厌，加派私征、虐吏害民屡遭御史劾奏。康熙皇帝因其矢口否认，未加深究，错误地作被诬告处理，将御史等分别革职降调，并于康熙四十八年(1709)七月提升噶礼为两江总督。噶礼更肆无忌惮，上任数月，即将江苏巡抚、布政使、按察使等官一律劾罢，并与新任巡抚清官张伯行发生矛盾。康熙五十一年正月，张伯行疏参噶礼，告他在康熙五十年(1711)科场案中，以银五十万两，徇私贿卖举人，不肯审明实情；“自履任后，所辖两省文武属官，逢迎趋附者，虽秽迹昭彰亦可包荒藏垢；守正不阿者，虽廉声素著难免吹毛索疵”。噶礼反而参劾张伯行七项罪行，并否认得银五十万两之事。
康熙皇帝先后指令尚书张鹏翮、总漕赫寿、尚书穆和伦、张廷枢严审，但他们偏袒噶礼，问题无法澄清，康熙皇帝对此十分不满。他看到问题已经不仅仅是贪污案件，而且涉及满汉关系，必须明确表态，因而坦率地对九卿等说：“噶礼操守，朕不能信，若无张伯行，则江南地方必受其睃削一半矣。即如陈鹏年(苏州知府)稍有声誉，噶礼久欲害之，将其虎丘诗二首，奏称内有悖谬语，朕阅其诗并无干碍。又曾参中军副将李麟骑射俱劣。李麟在口内迎驾，朕试彼骑射俱好。若令噶礼与之比武，定不能及。朕于是时已心疑噶礼矣。互参一案，初次遣官往审，为噶礼所制，不能审出，及再遣大臣往审，与前无异。尔等诸臣皆能体朕保全清官之意，使正人无所疑惧，则海宇长享升平之福矣。”然而九卿等再议时，仍不肯单独处罚噶礼，只说“噶礼、张伯行并任封疆，不思和衷集事，互相讦参，玷大臣职，均应革任”。于是，康熙皇帝不得不亲自审理此案，在康熙五十一年(1712)一月十二日决定“命张伯行仍留原任，噶礼依议革职”。后因噶礼欲毒其母，经审实，令自尽，妻亦从死，养子“干泰发黑龙江，家产入官”。
奖廉与惩贪、扶正与抑邪相辅相成。在社会风气败坏的清王朝，贤能清廉之官，往往由于贪劣之辈的嫉妒、戒备与恐惧而备受压抑、打击乃至陷害。清官与贪官势不两立，一旦得到支持，便揭露其周围及其属下的贪劣行为，并在其职权范围内进行惩处。贪官得势又必然欺压并千方百计地除掉清廉正直的官员。惩贪，尤其惩治大贪大奸，清官才能成长并施展其才智。在康熙奖廉惩贪中，此类事例带有普遍性。蔡毓荣和赵良栋之间关系的变化即是一例。
平定吴三桂叛乱时，湖广总督蔡毓荣受命为绥远将军，总统绿营官兵进入云南，接受攻取吴三桂老巢昆明任务后，按兵不动，徒延宕时日。后赵良栋承受此任务，仅用三天时间，便破南坝，夺玉皇阁，取新桥等地，敌人震惊，发生内乱，最后投降。昆明既克，蔡毓荣等人进城，夺取子女玉帛。赵良栋则戒令属下秋毫不犯。蔡毓荣以侵吞吴三桂应入官财物向贝子、大臣行贿，投机钻营，巧夺他人军功，战后叙功，其官兵功加十三等。而赵良栋正直不阿，平日对明珠及其侄将军吴丹已有得罪，常受欺压。此次叙功，竟以他此前未能援救建昌为由，对其官兵不予议叙。当然了，赵良栋不援救建昌有一定过错，但不足以抵销战功。蔡毓荣的罪行彻底败露后，康熙二十五年四月，康熙皇帝为赵良栋正名，着复其勇略将军、兵部尚书、兼都察院右副都御使、总督原衔。
康熙皇帝亲征噶尔丹时，还曾亲自召见并求教于赵良栋。赵良栋去世后，康熙皇帝仍经常称道他的节操。
康熙皇帝察吏安民，费尽苦心，取得的效果，对其一生统治事业有重要意义。亲政初期整饬吏治，消除了辅政大臣的影响，重建以皇帝为中心的从中央到地方的政治体系，不仅赢得了八年平叛战争的胜利，而且巩固了包括台湾在内的全国统一，稳定了清王朝的统治秩序。他坚持长期不懈地整饬吏治活动，掌握情况相对及时，明辨是非功过，实行奖惩，以正抑邪，使官吏受到约束和引导，防止了事态的进一步恶化。同时，他革除一些恶吏，提拔清官，官吏队伍多少有所改善。保证了国家财政收入不断增长。使大量赈济、蠲免得以实施。由于以民生好坏作为考察官吏优劣的标准，随着察吏工作的进展，一定时期内某些地区人民生活也有所提高。