自古吏治，向来是国家盛衰治乱的关键。吏治优劣直接关系民心向背和王朝统治安危。康熙皇帝想做一番巩固清王朝统治的事业，就不能不特别重视吏治。

康熙皇帝在吏治方面一贯的指导思想是“端本澄源”“源清流洁”。他认为：“朝廷致治，惟在端本澄源。臣子服官，首宜奉公社弊。大臣为小臣之表率，京官为外吏之观型，大法则小廉，源清则流洁，此从来不易之理”。鉴于这一认识，他把察吏安民重点放在考查高级官吏上。其中主要是总督、巡抚及在京三品以上堂官。

康熙皇帝的这一指导思想是符合当时实际的。总督、巡抚系明中叶以后开始出现的地方高级官员。清承明制，督抚成了地方固定的最高官员。明代中原地区建制为两京(南、北直隶)、十三省。清初改南直隶为江南，又分江南为江苏、安徽，分湖广为湖北、湖南，分陕西置甘肃，初步形成十八省。每省设一巡抚，一、二省设一总督。总督为正二品，加尚书衔者为从一品，“掌综治军民，统辖文武，考核官吏，修饬封疆”,权力极大。巡抚为从二品，加侍郎衔者为正二品，权力仅次于总督，“掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊”。督抚接受皇帝委托，全面负责一切地方事务，并有单独向皇帝奏事之权，其地位不容忽视。而且督抚在地方，远离朝廷，直接对府州县发号施令。京官手握官员任免权与钱粮奏销权，权势很重，故督抚往往攀结京官。因此，高级官吏的优劣，与王朝安危关系重大。

高级官吏中存在的严重问题的确令康熙皇帝担心。康熙六年(1667)六月，即康熙皇帝亲政前一个月，因下诏求言。内弘文院侍读熊赐履遵旨条奏，认为民间之疾苦，皆因督抚贪酷所致，建议大加甄别。他直言不讳地指出，人民的疾苦由于守令不贤，守令贪廉又缘于督抚。不仅是上行下效，而且贪酷的督抚，常常唆使或迫使守令等下属官吏贪污、勒索、压榨小民。问题还不止于督抚，更深的根源在部院大臣。京官无法直接向人民搜刮，但可借助手中的官吏任免权与钱粮奏销权，向外官勒索贿赂。外官攀结京官，唯恐求之不得，借口“令节生辰”,以搜刮的民脂民膏向京官敬送厚礼，夏有“冰敬”,冬有“炭敬”。康熙皇帝对上述有损吏治的不良风气极为重视，清醒地认识到“民生不遂，由于吏治不清。长吏贤，则百姓自安”。

康熙皇帝亲政后，事实促使他必须重视对高级官吏的考察。起初，他对外官与京官勾结行贿纳贿之事，进行教育、警告，提出禁止。但“未见悛改”“在外文武官吏，尚有因循陋习，借名令节生辰，剥削兵民，馈送督抚提镇司道等官。督抚提镇司道等官复苛索属员，馈送在京部院大臣科道等官。在京官员亦交相馈遗”。

康熙皇帝认为，“兵民日渐困乏，职此之由”。所以应严加制止，于是谕令吏、兵二部：“今后有仍蹈前辙者，事发之日，授受之人一并从重治罪，必不姑贷。”但十年之后，问题仍未解决。康熙十八年(1679)七月，京师发生强烈地震，康熙皇帝命部院三品以上官及科道、在外督抚等官，直言政治得失，并亲自修省，总结各方面存在的问题，其中第一条即指出“民生困苦已极，大臣长吏之家日益富饶。民间情形虽未昭著，近因家无衣食，将子女人京贱鬻者不可胜数”。其原因在于“地方官吏谄媚上官，苛派百姓，总督、巡抚、司道又转而馈送在京大臣，以天生有限之物力，民间易尽之脂膏，尽归贪吏私囊”。为割断督抚与部院大臣的非法联系，特规定：“凡督抚司道官员与在京大臣各官，彼此谒见、馈送，因事营求，以及派家人问候、来往者，将行贿者及受贿者俱革职；官员本人不知其事者降二级，但将经手此事两家家人俱正法。”如此严禁之后，情况有所好转。

但是上有政策，下有对策，贪官污吏们以更隐蔽更巧妙的手段重新作恶。如各省地丁税课各项钱粮，在本地支销兵饷、驿站、俸工、漕项等件，每年共约用银二千余万两。由皇帝将督抚奏请报销的题本交户部审核，办理报销。但履行报销手续时，户部往往借端挑剔，往返多次，难以通过。督抚只好向户部行贿，当时被称为“内外使费”,之后，即使报销有弊，也能顺利地“以咨文完结”。外省向中央解送钱粮时，若不足量，户部有权令其补解，称为挂平。户部大员利用职权，不分青红皂白，硬以不足量为借口，强令补解，其数每年大约占解送钱粮总数的百分之三四。如果解官事先与库上讲明，每十万两使费四千两，便可免去挂平。此项，户部每年可非法收入三万、十万两，结伙贪赃。漕运总督以每石麦一两一钱题销漕船月粮钱，户部审核认为应户六钱五分，冒销近一倍。皇帝批复漕运总督，令其“将给过银两严追交报”。但漕督贿赂户部大员后，仍能以一两一钱“暗销”,漕督、户部大吏互相勾结侵吞国有财产。以上几例，均系办理公事过程中，以公事“公办”面目出现，暗中勾结，行贿受贿，贪污钱粮。它比官员个人交往中授受要高明得多，危害也更大。

经济上结伙贪污，政治上很难秉公从事。九卿会推官员，亦不能至公至正，或草率苟且，或立议争胜，极力推荐自己意中人、亲朋、同乡、门生。官员间往往结成党援，互相包庇，徇私舞弊。康熙皇帝对督抚与部院堂官营求结纳，分立门户，处理政事不讲原则的弊端深恶痛绝。山西巡抚穆尔赛，贪酷已极，秽迹显著。当康熙皇帝向大学士、九卿等问其居官善否时，满大学士勒德洪等竟不据实陈奏，企图包庇。康熙二十四年(1685)二月，将勒德洪等各降二级，将满九卿科尔坤等各降三级，将穆尔赛拟以绞监候，秋后处决。康熙皇帝发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，迟至数年，徒费钱粮，河上毫无裨益”,他认为根子在工部。他亲自主持，经数年清查，终于查实工部自尚书、侍郎以至分司官员，是一个大贪污集团。于是分别予以惩处。

康熙四十二年(1703)正月，康熙皇帝第四次南巡时，途经济南，出观趵突泉，书匾额“源清流洁”四字。此时，他的这一吏治指导思想完全成熟。

康熙皇帝将源清流洁思想用在吏治上，具有普遍意义。任何朝代，严格约束和考察高级官吏都是吏治第一要务。因为，他们身居要职，廉贪贤劣事关重大，首先，直接影响下级官吏。或者带出一批清廉贤能者；或养成一群庸劣无才、贪赃枉法之徒。其次，也关系甚至左右重大朝政，包括财政、人事、决策、立法等能否按正确轨道行事。从这个意义上说，康熙皇帝重点考察高级官吏的思想和某些措施，很值得后世借鉴。