在康熙皇帝看来，在中国传统社会里，商业自始就不可或缺，四民的分工是社会的需要，他说：“凡人处世，有政者政事为务，有家计者家计为务，有经营者经营为务，有农业者农业为务，而读书者以读书为务”。四民各安其业，社会才能正常运转。
康熙皇帝从发展社会生产力着眼，对工商业采取了扶持的政策。清初战事较多，所以政府多向工商业者摊派税项，商民不但“有输纳之苦，有关津之征苦，有口岸之苦”,而且，因有溢额加级的定例，所以，关津税吏对过往商旅“恣行苛虐”,收了应征，还要溢额。商民“不苦于关，而苦于关外之关；不苦于税，而苦于税外之税”。康熙皇帝亲政不久，三藩乱起，关津之征仍沿旧例。平息三藩之乱后，康熙皇帝认识到这种做法是“重困商民”,有害于国家，必须坚决改变。他说：“重困商民，无裨国计，种种情弊，莫可究诘。朕思商民皆吾赤子，何忍使之苦累?今欲除害去弊，正须易辙改弦。所有现行例收税溢额，即升加级记录，应行停止”。
康熙认为只有农业和商业同时发展，才能达到至隆的局面。即“农务业而野无旷土，国计裕而泉货流通，豫大丰亨，洵至隆之上理也”。康熙三十八年(1699),他于南巡时曾说“朕比岁以来，躬临河干，咨询经画者屡矣。每抵一处，未尝不怀保编氓，施惠工商。故两淮盐课永减，额征停输赢羡。又闻往来迎送费用私派者甚巨，特颁严旨，尽为禁止。从此，商民得以安席，渐皆获所，则朕之巡幸者，少有益乎”。他一方面永远削减两淮盐课，取消关征超额优叙的定例，铲除工商业发展的拦路虎；另一方面颁发严旨，禁止关卡勒索过往商人，确可惠工商业者。
除此之外，康熙皇帝还不时地为商民着想，康熙二十五年(1686),他看到，在云南采买铜斤的商人所得到利润较少，便觉得这“恐累商人”。又如康熙五十三年(1714)六月，谕领侍卫内大臣说“天气甚热，贸易人等多夜行者，伊等但知为利，不顾其身，朕甚念之。嗣后有紧要事方许夜行。朕视商民，皆如赤子。无论事之巨细，俱当代为熟筹也”。他强调指出：“国家设关榷税，原以阜财利用，恤商裕民，必征输无弊，出入有经，庶百物流通，民生饶裕。近来各关差官不恪遵定例，任意征收，官役通同恣行苛虐，托言办铜价值浮多，四季解册需费，将商人亲填部册，改换涂饰。既已充肥私橐，更图溢额议叙，重困商民，无稗国计，种种情弊，莫可究诘。朕思商民，皆我赤子，何忍使之苦累，今欲除害去弊，必须易辙改弦，所有见行例收税溢额即升加级记录，应行停止。其采办铜斤，定价既已不敷，作何酌议增加，其四季达部册籍，应俟差满，一次汇报，嗣后务令各差洁己奉公，实心厘剔，以副朕体下恤商至意。如或仍前滥征侵隐，藐玩不悛，作何加等治罪。至铜价既议加给，税额应否量增，俱着九卿詹事科道详议具奏”。
康熙五十一年(1712)正月丙辰日，吏部等衙门议复福建浙江总督范时崇条奏沿海捕鱼船只只许用双桅，不准超省行走。康熙皇帝阅后认为：“范时崇条奏之事，与地方民生无益，福建大洋内无贼盗，内地沿海一带俱系小贼，文武各官果实心尽力，抚绥缉获，自然无事。今若照所题，将捕鱼船户并入水师营分辖，则启武弁兵丁克削之弊矣，且贼盗窃发，何地无之，若要将贼盗尽除，亦断不能，凡事只应视有益于民者行之，不当迫之以法。此条奏不可行，原本发还”。
康熙皇帝致力于为商业创造良好的环境。首先公布关税征收则例，允许商人控告例外勒索者。这在一定程度上遏制了税吏巧立名目中饱私囊现象的发生。他规定在“直隶各省设立关税之处，应多刊木榜”,明白书刻税收则例，“昭示商民，照额征收，如有不肖官吏，于定额之外，私行滥征者，令该督抚不时查察，据实题参，依律治罪”。同时，“许该商人前来控告”例外勒索者，亦刊于木榜之内。公开商业税收则例，虽不能完全禁绝税蠹，却也会有一定的作用，它为商人纳税提供了规则。
康熙皇帝反对为官而径商，或垄断市场等行为。康熙六年(1667)闰四月，左都御史王熙遵旨条奏：“闽广江西湖广等省各官近或自置货物售于属下，或巨舸连樯，装载他方市易，行同商贾，不顾官箴。甚者指称藩下挟势横行，假借营兵放债取利。请敕部详议嗣后闽广等省王公将军督抚提镇，如有侍势贸易与人争利者，作何议处治罪，并严指称假借之禁，庶小民得以安生，官方因之整肃。”康熙皇帝对此予以支持。
本来牙行是为管理物价的官方机构，后来却日益变成勒索商民的工具，康熙认为应该正本清源，还牙行以本来面目，他说：“贸易货物，设立牙行，例给官帖，使平准物价。乃地方棍徒，于瓜果菜蔬等物亦私立牙行名色，勒啃商民。……查税课定例，除应立牙行者照旧设立外，其余一切私设牙行尽数除革”。
康熙皇帝坚决反对收税溢额，对税收缺额者也能根据实际情况酌情处理，以往统治者对一般税收有缺额者都会拟以降级或革职的处分，而康熙皇帝则不片面地追求必须足额纳税，这实际上亦可大大地减轻了商民的负担。早在康熙四年(1665),康熙即下谕户部、工部：“各省钞关之设，原以通商利民，以资国用，非欲其额外多征，扰害地方。近闻各处收税官员希图肥己，任用积蠹地棍通同作弊，巧立名色，另设戥秤，于定额之外恣意多索，或指称漏税，妄拿过往商民挟诈，或将民间日用琐细之物及衣服等类，原不抽税者，亦违例收税，或商贾已经报税，不令过关，故意延迟勒啃，遂其贪心乃已。此等弊端甚多，难以枚举，违背国法，扰害商民，殊为可恶。嗣后凡地方收税官员俱着洗心涤虑，恪遵法纪，务期商贾通便，地方相安。如有前项情弊，在内着科道官，在外着该督抚严察参奏，别经首发，即治该督抚以徇纵之罪，尔部即遵谕通行严饬，特谕。"
康熙二十五年(1686)五月，御吏敦拜条奏，请严定关差缺额处分。康熙皇帝批示：“关差缺额处分，自有定例。若法令太严，必致苦累商贾。所奏无益，不准行。”康熙二十六年(1687)七月，户部奏报，浒墅关监督桑额任内，除完成征收正额外，溢银二万一千二百九十六两有奇，康熙皇帝十分气愤地说：“设立榷关，原欲稽查奸宄，照额征收，以通商贾。桑额征收额课，乃私封便民桥，以致扰害商民，著该衙门严加议处。关差官员理应洁己奉公，照律征收。嗣后有不肖官员希图肥己，种种强勒，额外横征，致害商民，亦末可定，尔等通行严饬。”这表明了康熙皇帝发展商业、富国强民的思想倾向。
康熙皇帝还统一了度量衡。康熙四十二年(1703),废除金石、关东斗，规定直隶各省一律改为底面平直升、斗，并亲自校准了铁升、铁斛。康熙五十七年(1718)又规定称以十六两为一斤，并通行全国，这无疑消除了商品交换中由于度量衡不统一造成的障碍。
康熙皇帝极力反对各种增加商税的行为。如康熙二十一年(1682),两淮巡盐御史堪泰请求每斤盐加课银三钱，康熙皇帝批示：“若依其言，必致商民交困，不准行。”潼关税额原为七千多两，康熙十九年(1680)遣郎中敦多礼督征，收税银四万多两。康熙皇帝于二十一年(1682)谕令“数年以来，秦省兵民苦于转运，潼关税收依照旧额”,撤回税监。康熙二十五年(1686)六月，闽海税务督理吴什巴因到闽省看到贸易之人皆非土著，要求康熙皇帝批准按广东关榷一例“丈船抽税”,康熙皇帝批示：“凡收海税官员。因系创行设课，希图盈溢，将出入商民船只任意加征，以致病商累民，亦未可定。着严加申饬，务令恪遵定例，从公征收，无滥无苛，以副朕轸恤商民至意，所请不准行。”随后两淮盐课减征二十万两，并谕大学士等曰：“广东海关收税人员搜检商船货物，概行征税，以致商船稀少，关税缺额。且海船亦有自外国来者，如此琐屑，甚觉非体。着减税额三万二百八十五两。”
康熙皇帝还注意发挥商人的作用。康熙四十八年(1709)夏，户部议复：“浙江巡抚黄秉中等疏言，浙省宁波、绍兴二府人稠地窄，连年薄收，米价腾贵，台州、温州二府上年丰熟，米价颇贱，请给殷实商民印照，将台州、温州之米从内洋贩运入宁波、绍兴，令沿海防汛官兵验照放行，以浙省之米接济浙省之民，实有裨益，应如所请，从之。”
康熙皇帝还竭力禁止兵痞抢勒商民。康熙二十二年(1683)八月，谕令荆州将军葛尔汉“自将领以至兵丁，宜严行禁饬，凡市肆要地，毋得侵占”。康熙三十五年(1696)十月，谕令内大臣等“明日到归化城停止围猎，归化城商贾丛集，恐仆从或行骚扰……着副都统阿迪严行禁止”。由此可见，他既不断禁止地方官兵掠夺商人财物，尤其加意禁止自己的亲兵勒啃商人，一旦发现此类事情，应即予以严厉惩处，毫不宽容。
康熙皇帝还严厉禁止关津故意延误商人过关时间。康熙二十八年(1689)二月，康熙皇帝南巡时，沿途咨访商人并谕随从大臣说：“各处榷关，原有则例，朕舟行所至，咨访过关商民，每不难于输纳额税，而以稽留关次，不能速过为苦。榷关官员，理宜遵奉屡颁谕旨，恤商惠民，岂可反贻之累!自今应力除积弊，只征正额，不许旁收，否则延误了商人过关时间，将予以从重处分。”他要求：凡商民抵关，交纳正兑，即与放行，毋得稽留苛勒，以致苦累，违者定行从重处分。朕早廷孜孜，唯冀官吏军民士农商贾无一人不获其所，故于民生吏治，图维区画，务极周详”。
正因为有上述的一系列政策，才使康熙前后期的社会经济有了一个较大的发展。农业和商业彼此相互促进，得以共同民展。如苏州在康熙初“六门紧闭，城中死者相枕藉”“机工星散，机户凋零”。松江“布号纷纷歇业”。到康熙中叶，苏州已经面貌一新，“郡城之户，十万烟火”“阊门内外居货山堆，行人流水”。汉口“舟车辐揍，百货所聚，商贾云屯”。即使在边远地区的东北宁古塔，亦“商贾大集”“街肆充溢”“货物商贾络绎不绝”。
虽然康熙皇帝曾在晚年有海禁和矿禁政策，但是这些政策都是为了其统治的稳定，在政权与经济发展之间，作为封建统治者的康熙皇帝必然选择前者，这是毫无疑义的。事实上，康熙皇帝在其为政生涯中，确实在安商恤民方面做了大量的工作，也正因为如此，才开创了“康乾盛世”的新局面。