康熙年间，发生藏蒙各派政治势力之间复杂的政治权力及政治主张的矛盾与斗争有：首先，长期以来，西藏地方势力与和硕特蒙古汗王之间，存在着争夺西藏统治权的斗争；其次，顾实汗死后，青海众台吉与在西藏的和硕特汗，为争权夺位发生矛盾；最后，青海众台吉之间的政治倾向性，有时亦出现分歧。

这些矛盾、分歧和斗争，在一段时间里，反映在拥戴哪个达赖喇嘛的问题上，都攻击对方拥立的是假达赖喇嘛，而自己拥戴的是真达赖喇嘛，因而产生混乱与争夺。

第巴桑结嘉措在康熙三十六年(1697)公布五世达赖去世消息，同时宣布转生灵童已找到，即康熙二十二年(1683)降生、年已十六岁的仓央嘉措。康熙三十六年十月二十五日，正式迎仓央嘉措至布达拉宫坐床，是为六世达赖喇嘛。康熙皇帝授予印信、封文，予以承认。然而第巴桑结嘉措的政敌和硕特汗却表示反对，视之为假达赖喇嘛。

和硕特汗与噶丹颇章政权之间的矛盾由来已久，桑结嘉措任第巴伊始，就对蒙古汗干涉西藏政务心怀反感。受封土伯特王以后，更急于独掌西藏大权，摆脱和硕特汗。

康熙四十年(1701),达赖汗去世，长子旺札勒即位。康熙四十二年(1703),达赖汗次子拉藏汗毒死其兄，夺得汗位。拉藏汗与第巴桑结嘉措的关系日益恶化。双方终于发生军事冲突。康熙四十四年(1705)七月，桑结嘉措兵败被杀。拉藏汗另立隆素为第巴，向康熙皇帝陈奏假达赖喇嘛情由及事件经过，说仓央嘉措不是真达赖灵童，耽于酒色，不守清规，请予“废立”。虽然拉藏汗与第巴桑结嘉措势不两立，但他们都臣服于朝廷，都力争得到朝廷的支持和加封。康熙皇帝想利用忠于清王朝的地方势力稳定边疆，巩固国防，不愿与其中任何一派决裂，所以经常在他们对立的两派之间调解，谋取平衡。如册封第巴桑结嘉措为土伯特王，并承认他所确立的六世达赖喇嘛。然而，当拉藏汗杀桑结嘉措、左右着西藏局势、要求“废立”六世达赖喇嘛银制五世达赖喇嘛像时，康熙皇帝又继续承认并予以支持，遣使册封拉藏汗为翊法恭顺汗，赐金印，令拘假达赖喇嘛赴京。

一个假达赖喇嘛为什么还要派人拘擒?康熙皇帝认为众蒙古都倾心皈依达赖喇嘛，这个达赖喇嘛虽假，而有达赖喇嘛之名，众蒙古信服，倘被策妄阿拉布坦迎去，则西域、蒙古将都倾向策妄阿拉布坦，故特遣席柱等前去拘假达赖喇嘛赴京。事实证明，康熙皇帝预见的正确性。果然，席柱等刚到拉萨，策妄阿拉布坦也令人来迎六世达赖喇嘛。但因众喇嘛纷纷反对，甚至以“离散”相威胁，未便立即执送，待众人情绪稍许缓和后，拉藏汗方起解假达赖喇嘛仓央嘉措赴京。

拉藏汗将假达赖喇嘛解京时，曾奉谕旨，令寻真达赖喇嘛。于是他遵旨选立波克塔山的胡必尔汗伊喜嘉措为六世达赖喇嘛，迎至布达拉宫坐床，前后十一年之久。但西藏人民始终未承认，视之为假达赖喇嘛。青海众台吉也不相信，而另奉里塘的噶桑嘉措为六世达赖喇嘛的胡必尔汗，彼此争论不休。

康熙皇帝极力进行调解，并派内阁学士拉都浑率青海众台吉的使者，赶赴西藏调查。康熙四十八年(1709)正月二十七日拉都浑返京，康熙皇帝命议政王大臣等讨论，最后经康熙皇帝批准，作出两项决定：其一，拉藏汗所立达赖喇嘛，既问之班禅胡土克图，确知真实，应予以承认。但因其年幼，暂不给封号；其二，鉴于青海台吉等与拉藏汗不睦，西藏事务，不便令拉藏独理，特遣侍郎赫寿前往西藏，协同拉藏办理事务。清廷设置驻藏大臣自此开始。次年三月，康熙皇帝应拉藏、班禅、赫寿及诸寺喇嘛之请，封伊喜嘉措为达赖喇嘛，给予金册、金印。

鉴于西藏形势此较混乱，康熙皇帝于五十二年(1713)正月，以五世班蝉胡土克图罗桑益喜为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，决定照封达赖喇嘛之例，给予印册，封为班禅额尔德尼。班禅之号始自四世班禅罗桑曲结。以其精通“五明”,故尊称“班禅”,意为智德深广。额尔德尼，本系蒙古语珍宝的意思。自此便有了“班禅额尔德尼”的封号。此后，班禅遣使进贡，与朝廷建立直接的联系。康熙皇帝以册封达赖之例册封班禅，目的在于提高班禅地位，使之与达赖共主喇嘛教，协助拉藏汗管理西藏地方事务，安抚西藏人心，稳定形势。

然而，青海台吉与拉藏汗的矛盾并未就此缓和。康熙五十三年(1714),青海右翼贝勒戴青和硕齐察罕丹津等上奏：“里塘地方新出胡必尔汗，实系达赖喇嘛转世，恳求册封。其从前班禅胡土克图及拉藏汗题请安置禅榻的胡必尔汗是假。”

康熙皇帝认为，青海众台吉和拉藏汗都是顾实汗子孙，应使之和睦相处，若将此胡必尔汗留住青海，恐其兄弟内或起争端，故特遣侍卫阿齐图等前往，谕令将里塘的胡必尔汗送至西宁口内寺庙居住，置于清军武力控制之下。同时，遣主事众佛保往班禅处，问此胡必尔汗是真是假。康熙五十四年(1715)四月，众佛保取回班禅印文，认定里塘胡必尔汗是假。康熙皇帝部署侍卫阿齐图，传集青海两翼诸贝勒、台吉等会盟，当众宣示皇上仁爱之意及班禅送来印文，令将胡必尔汗送至西宁口内红山寺居住。

但青海众台吉间有分歧，贝勒色卜腾扎尔等认为应遵旨将胡必尔汗送至西宁口内；而贝勒察罕丹津等，则借口胡必尔汗年幼未出痘，今年不宜出行，拒绝交出。而且据传察罕丹津欲兵戎相见，联合罗卜臧丹津等盟誓，攻取遵守朝廷旨意的贝勒色卜腾扎尔等五家，然后将胡必尔汗以武力送往西藏，强行登上达赖喇嘛禅榻。

康熙皇帝认识到事态的严重性，不能犹豫，当即决定增兵西宁，若察罕丹津果肆猖狂，即行征讨；另谕四川松潘预备兵马，如闻察罕丹津有送胡必尔汗西行之信，即从后追剿。察罕丹津等得知朝廷有备，未敢妄动，于康熙五十五年(1716)三月主动将胡必尔汗送至康熙皇帝指定的西宁口内宗喀巴寺(塔尔寺)居住。康熙皇帝继续采取调和态度，为促进青海众台吉的团结，稳定青海局势，于同年闰三月重新任命两翼首领，令罗卜臧丹津、察罕丹津、达颜管理右翼事务，额尔德尼厄尔克托克托奈、阿喇布坦鄂木布管理左翼事务。派公策旺诺尔布、侍卫布达理同郎中长受、主事巴特麻等至青海会盟，令其永远和睦相处。选拔驻扎西宁的西安满洲兵五百名，令侍卫阿齐图、护军参领钦第由，率往青海西北形胜要地噶斯口防守，以防策妄阿拉布坦派人侵扰青海，抢夺新出的胡必尔汗。

康熙皇帝为稳定边疆形势，防止策妄阿拉布坦乘隙而入，对青藏各派之间的斗争基本采取调解态度，尽一切可能消除矛盾，至少不使事态扩大；原则上承认既成事实，支持一切忠于朝廷的派别，体现了封建君主所共有的是非标准；对于达赖喇嘛，能维护则尽量不替换。但是西藏形势更为复杂，各派都力图拥立自己的达赖喇嘛，为已所用，增强自己的政治权势和经济利益，以战胜对手。不久，发生了策妄阿拉布坦派兵侵犯西藏事件。康熙皇帝在青海的努力为平息这次变故做了准备。