第巴桑结嘉措败亡后，其部下将希望寄托于新疆准噶尔部的策妄阿拉布坦，有的逃往该部投靠，有的给策妄阿拉布坦写信，搬兵复仇。

康熙三十六年(1697),清政府消灭噶尔丹之后，因策妄阿拉布坦对朝廷敬慎有加，曾奉命助剿，便把噶尔丹余众赐予策妄阿拉布坦，承认他为准噶尔部的首领，令其在阿尔泰山以西游牧。但事过不久，策妄阿拉布坦便步噶尔丹的后尘，收集旧部，陆续吞并周边各部，并伺机侵犯哈密、青海和西藏等地。第巴桑结嘉措部下的求援，刺激了策妄阿拉布坦对权力和领地的贪欲。他利用拉藏汗因与西藏地方势力和青海诸台吉矛盾而深感孤立、希望得到外援的心理，向拉藏汗提议儿女联姻，增进友谊。

康熙五十三年(1714),策妄阿拉布坦将拉藏汗长子噶尔丹丹衷约到伊犁(今新疆伊宁),与其女博托洛克结亲。拉藏汗因而放松了对他的戒备。对此，康熙皇帝却十分担心，同年六月，谕领侍卫内大臣等：“拉藏一子前往策妄阿拉布坦处娶亲，一子现在青海地方驻扎，跟前无人(有一幼子),岂不孤危?倘或事出不测，此间地方甚远，相隔万里，救之不及，只有贻悔!”

康熙皇帝担心的事终于发生了，康熙五十五年(1716)十一月，策妄阿拉布坦派其表弟策零敦多布等人，假称护送噶尔丹丹衷夫妇归藏省亲，率兵六千名，从伊犁取道叶尔羌(今新疆莎车)绕戈壁，逾和阗南大雪山，涉险冒瘴，昼伏夜行，向西藏进发。该军于次年七月初四日突至藏北纳克产(今西藏奇林错东南、加林错东北)地区，抢掠波木宝一部人众，经腾格里海(今西藏纳木错)直趋达木(今西藏当雄)。

拉藏汗集中精力对付青海，藏北空虚。而且他对儿女亲家毫无戒备。六月初一，听说儿子在归途中，便准备到达木迎接。他正着手安排这一喜事的时候，拉藏汗的次子突然赶来，极其悲痛地向父亲哭诉了策妄阿拉布坦“设下的陷阱”。拉藏汗闻讯仓促调集军队，在达木一带阻击进犯之敌，坚守三个月，双方互有损伤。由于藏军多系临时招募，且受准噶尔人挑拨，蒙藏将领不和，两族士兵矛盾更深，叛变是时有发生，战斗力大为削弱，无法继续抵抗，不得已于十月初八日退守拉萨，派人向清政府求援。拉萨城危在旦夕，城内人心惶惶。策零敦多布于十月二十八日夜围攻拉萨，至次日在内奸接应之下占领了全城，并进入布达拉宫，杀害了拉藏汗，将其幼子及其所属寨桑等送往伊犁，拘达赖喇嘛于扎克布里庙。拉藏汗次子苏尔扎率三十人突围而出，不久也被擒获，其妻间道奔青海，向朝廷报告了详情。顾实汗子孙控制西藏的局面，至此宣告结束。

策零敦多布组成以达克咱(亦称达孜巴、达子娃)为第巴的亲准噶尔政权，并发兵进攻前藏等地，欲长期窃据西藏，进而觊觎青海、四川和云南。但是，他们遭到了广大藏民的抵制和反对。他们从拉藏汗手中抢去的伊喜嘉措，西藏人民从来认为是假达赖喇嘛，在藏蒙人民中没有任何号召力。他们烧杀抢掠和侵犯寺院利益的强盗行径，更使广大僧俗人民深恶痛绝。青海台吉站在朝廷一边，团结一致，既未由于政敌拉藏汗被消灭而欢欣鼓舞，也没因为策妄阿拉布坦发兵进攻拉藏汗而与之合作。青海台吉的态度和康熙皇帝对他们进行的工作密不可分。

康熙五十六年(1717)七月，驻守巴里坤的靖逆将军富宁安首先向朝廷报告准噶尔兵进藏的消息。当时康熙皇帝还不了解策妄阿拉布坦的真实意图，分析：或征取拉藏，收取西边地方；或帮助拉藏，侵犯青海，俱未可定。在这两种可能性中，康熙皇帝更防备后者，曾多方备兵，准备与青海台吉等协力迎剿。直到十月下旬，康熙皇帝才接到青海亲王罗卜臧丹津奏报，得知策零敦多布侵藏、欲灭拉藏汗的确切消息。于是，又派都统和礼前往云南，护军统领温普前往打箭炉，预为防备；令青海台吉等速行领兵防御，并令内大臣策旺诺尔布、将军额伦特、侍卫阿齐图等统兵驻扎青海形胜之地，令松潘的兵也驻扎险要地方，以便哨探，万一有事，彼此相助，相机而行。

康熙五十七年(1718)年初，康熙皇帝收到拉藏汗的奏疏，报告准噶尔侵扰西藏实况，请求朝廷发兵援助。奏疏中说：策妄阿拉布坦发兵六千，与我土伯特兵交战两月，臣现在率兵守护招地(拉萨),但土伯特兵少，甚属叮虑，黄教有被灭的危险。为此恳求皇上速发救兵，并青海之兵，即来策应。拉藏求救奏疏至京时，他已不在人世，对此，康熙皇帝还不得知。根据拉藏汗的奏疏，康熙皇帝立即于二月十一日召集议政大臣等议准，决定派兵前往救援。随后，又得知策妄阿拉布坦派兵进藏目的，在于“剪灭拉藏，即在藏驻扎”,并有拉藏阵亡的信息，于是康熙皇帝决定立即派兵进藏，二月十三日发布谕旨：令色楞统率军兵，征剿西藏。色楞所统满洲、绿旗、土司兵及自西宁调的兵，共两千四百名，数少力弱，为当时清朝官员所公认。为什么派这么一支军队冒险远征?这是由于康熙皇帝对敌情掌握不准，估计战局偏于乐观所致。

康熙皇帝的轻敌思想和经验主义直接影响了他的侍卫色楞。色楞于五月十三日率兵进至青藏交界处之穆鲁乌苏(今青海通天河),接将军额伦特来信称：奉旨差渣布，往察罕丹津处，令其遣人将准噶尔之兵诱来。待有回信，然后进兵。这种诱敌出动、以逸待劳的方针如能实现，对清军极为有利。但色楞并不谨慎地权衡利弊，而是盲目自信，急于求成。他上疏说：“准噶尔残害西藏，那里人民悬望我师如望云霓，岂能刻缓?况且准噶尔兵众，散处无纪。他们的伎俩，不过是暮夜袭营，偷盗马匹而已。臣所统兵丁两千有余，器械尖锐，马肥饷足。若复驻留，以待额伦特兵到，恐需迟时日，口粮告罄，进退两难，臣故不能延待。于是，根据以往相机进剿之旨，边奏边率兵越穆鲁乌苏，从拜图一路深入藏地。”色楞既已先行，朝廷便命额伦特等从速进兵策应，额伦特未等接到朝廷命令，便主动于六月十八日自穆鲁乌苏一路追寻色楞，至七岔河，得知色楞自拜图地方前往，势难追及，于是，自七岔河向库库塞一路进兵，试图从近路找到色楞，会同前进，七月二十日，色楞兵到喀喇乌苏(蒙语黑水，今西藏那曲)安营，等待额伦特。大约八月初，两军会合，准备渡河占领狼腊岭，然后进至达木地方。

准噶尔兵自色楞等入藏之日，即佯败屡屡退却，诱其深入，而以精兵埋伏喀喇乌苏严阵以待。同时，胁迫当地兵丁数万，据河以拒清兵，并分兵潜出清兵之后，截饷道。清军遇敌伏兵，突围不成，相持月余，弹尽粮绝，约于九月中全军覆灭，额伦特、色楞阵亡。清军的这次失败是惨重的。主要是康熙皇帝战略指导思想造成的失误。可贵的是，他接受了这次失败的教训，因而有下次进藏的胜利。