噶尔丹借口追喀尔喀势力不断南侵。康熙皇帝屡遣大臣对噶尔丹做了大量的和解工作；他一再向噶尔丹重申清廷收纳土谢图汗和哲卜尊丹巴的情由，并要达赖喇嘛派出一位有名望的大喇嘛同清廷大臣一道，前往噶尔丹处，劝导噶尔丹同喀尔喀“尽释前怨，仍前协和，各守地方，休兵罢战”。

噶尔丹一方面装出忠顺于清廷的样子，对清廷使臣“待之有加礼，殊为恭顺”,并反复声称“我并无自外于中华皇帝”;另一方面，却对待康熙皇帝处理他与喀尔喀之间的矛盾所采取的和解政策，始终坚持对抗的态度。喀尔喀及其首领已内附清廷，必欲用武力彻底摧垮喀尔喀，要挟清廷奉送土谢图汗与泽(哲)卜尊丹巴给他。噶尔丹曾对达赖喇嘛的使人说：“我若与土谢图汗讲和，则吾弟多尔济札卜之命，其谁偿之，我尽力征讨五六年，必灭喀尔喀，必擒泽(哲)卜尊丹巴”。由此可见，噶尔丹的狂妄行为，是得到西藏第巴支持的。

康熙二十八年(1689)十二月，前来清廷的西藏贡使善巴陵堪卜临行时，第巴嘱咐他说“达赖喇嘛令奏圣上，但擒土谢图汗、泽(哲)卜尊丹巴胡土克图畀噶尔丹，则有利于生灵，此两人身命我当保之”。更何况噶尔丹想乘清廷与沙俄冲突之际，借沙俄力量同清廷抗衡。从康熙十三年(1674)到康熙二十二年(1683)间，噶尔丹几乎每年都派人到俄国，企图同俄国订立军事同盟和求得俄国给予军队和枪炮的援助。而噶尔丹对喀尔喀蒙古的进攻，就有大批俄国军队带着大量火器火炮协同他作战。

康熙二十九年(1690),即尼布楚条约签订的第二年，噶尔丹密派达尔罕宰桑为使者，带着他的信件去见伊尔库茨克总督吉斯良斯基和戈洛文，信中提到要求戈洛文率领俄军驰赴约定地点会合，以便并肩作战，继续进攻土谢图汗的军队。而戈洛文给噶尔丹的复信中则保证以俄国军队的相应行动支持厄鲁特部对土谢图汗的进攻，并派基比列夫随达尔罕宰桑返回会见噶尔丹，继续就可能共同出兵对付土谢图汗及其支持者一事进行谈判。

至此，由噶尔丹蓄意挑起的、旨在分裂祖国的一场战争即将发生。

康熙皇帝在努力谋求和平解决厄鲁特与喀尔喀之间纠纷的同时，对噶尔丹保持着高度警惕。康熙二十七年(1688)七月，他要和硕裕亲王福全对噶尔丹率军南下“宜预为防御”。八月，命侍卫内大臣舅舅佟国维、领侍内大臣伯费扬古、尚书阿喇尼应密切注视噶尔丹的军事动向，指示他们“境上切宜防守”。为此，康熙皇帝还先后令议政王大臣等派出满洲、蒙古诸部旗兵奔赴张家口、归化城以及北部各边汛地区驻防，听候随时调遣。康熙二十九

年(1690)三月，又命都统额吓纳、护军统领马喇出征，同侍郎文达所率领的鄂齐多斯、归化城和四子部落蒙古兵二千名会师，驰赴土拉河抵御噶尔丹南侵。

康熙二十九年(1690)五月，噶尔丹号称带兵四万沿克鲁伦河下游渡过乌尔札河南下，扬言将“借兵俄罗斯，会攻喀尔喀”。这时，康熙皇帝一面发满、汉兵与科尔沁等蒙古兵和火器至尚书阿喇尼军前备战，一面传谕在京的俄使吉里古里、伊法尼齐等说：“(噶尔丹)今乃扬言会汝兵，同侵喀尔喀。喀尔喀已归顺本朝，倘误信其言，是负信誓而开兵端也，尔等可疾遣善驰者二人，归告尼布潮(尼布楚)头目伊凡，遍谕俄罗斯之众”。在康熙皇帝严重警告和清军严阵以待面前，沙俄在业已签订《中俄尼布楚条约》之后，终于不敢妄动。

同年六月，噶尔丹沿格尔格河行进，师至乌尔会河。康熙皇帝要尚书阿喇尼紧随噶尔丹，只须监视其军事行动，切勿与他交战，等待额吓纳及达尔汉亲王、班弟等蒙古兵和盛京、乌喇等满洲兵齐集，而后“一同夹击之”。

但是阿喇尼没有按照康熙皇帝的指示行事，而是在后续部队还没有来到前，就贸然向厄鲁特发起进攻。他派遣蒙古勇士二百余人袭击敌人的前锋部队，继遣喀尔喀五百人从后面去驱逐护送牲畜辎重的敌兵。但是彼此还没有交锋，蒙古和喀尔喀众兵却争先恐后地去抢夺敌方的男女、牲畜，一时清军阵脚大乱，不能制止，阿喇尼连忙下令前队撤退。

噶尔丹随之迅速分兵二翼，严守以待，阿喇尼又遣次队继续向前进攻，厄鲁特军兵齐发鸟器猛射，清军惊恐失措，节节败退，噶尔丹乘势增派另一支兵力从山上绕出，向清军两侧进击，清军大败而归。康熙皇帝因阿喇尼“违命轻战”,革原职降四级调用。

同年七月，噶尔丹深入乌珠穆沁。康熙皇帝命和硕裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤褪为副，出古北口；和硕恭亲王常宁为安北大将军，以和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂札为副，出喜峰口；自统中路，下诏亲征。后因病停驻波罗和屯指挥各路大军。

为了汇集各路军队，集中优势兵力，击毁噶尔丹，康熙皇帝屡遣大臣前往噶尔丹处，借和谈为名，麻痹和牵制噶尔丹。他指示内大臣舅舅佟国维等说：“倘先遣部队克期到达前线，如噶尔丹欲逃，即行追剿，勿失良机；若彼来迎敌，则我军切勿急行以待大兵”。并遣人告知噶尔丹：“圣上特遣和硕裕亲王及皇子来，与汝申明礼法，自兹以往，以定盟好”。如此往返数次，以羁縻噶尔丹。

裕亲王等遵照康熙皇帝关于“其遗牛羊，以老其锐气，疑其士卒”的指示，赠给噶尔丹羊百头、牛二十头噶尔丹亦不断派人至清军大营内，一再申述自己“兰入汛界，索吾仇而已，弗秋毫犯”,表示愿同清廷“讲信修好”。但他又屡次向清廷强索土谢图汗及其弟泽(哲)卜尊丹巴，声称如清廷允诺，他即行班师。这处无理要求遭到福全斥责。

是年七月底，噶尔丹乘势深入离京城七百里的乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗境内)。达赖喇嘛的所谓和平使者济隆，不但不阻止噶尔丹进兵，反而竭力怂恿且为其择定战日，祭旗诵经。清抚远大将军和硕裕亲王福全整列队伍，飞速进兵乌兰布通与厄鲁特军相对垒。

福全窥视噶尔丹骑兵数万“依林沮水”,以万驼缚足卧地，背加箱垛，箱垛上盖着湿毡，环列如栅，士卒阴伏在箱垛下面，于垛隙处发射矢铳，又兼用钩矛搏战，号称“驼城”。清军隔河列阵，以炮火营为前锋，对着敌人营垒，猛烈齐发炮火，遥攻中坚，战斗十分激烈，从下午一直延续至掌灯时。噶军的卧驼全被炮火击毙，仰卧于地，驼城断截为二，清步兵、骑兵乘势争先陷城，左翼兵又绕山横击，敌垒都被攻破了，噶尔丹乘夜逃遁，但清军损失也很严重，康熙皇帝的舅舅佟国纲战死。

随后，济隆率弟子七十余人来清营讲和，竭力为噶尔丹开脱罪责说：“博硕克图汗信伊拉古克三及商南多尔济之言，深入汛界，部下无知，抢掠人畜，皆大非理……博硕克图汗不过小头目，何敢妄行!但因索其仇土谢图汗及泽(哲)卜尊丹巴，致有此误，彼今亦无索土谢图汗之意”。噶尔丹也派人送信说：“今蒙皇上惠好，自此不敢犯喀尔喀”。来人还申述噶尔丹博硕克图汗跪于威灵前设誓“若违此书，惟佛鉴之”。不久，又遣人来报噶尔丹顶佛像再设誓“佛天以仁恕为心，圣上即佛天也，乞鉴宥我罪，凡有谕旨，谨遵行之”,且“往界外驻候圣旨”。

就这样，由于济隆的偏袒和噶尔丹以“卑词乞和”的缓兵之计，骗阻了福全等人的追击，甚至福全还派人通知苏尔达等，令盛京乌喇诸路兵，不要阻截噶尔丹逃兵。所以当噶尔丹奔窜过盛京、乌喇、科尔沁等人的军营时，清军不予阻击，竟放纵他们遁走。当时，如福全不加阻止，让苏尔达等领兵阻击，噶尔丹早就被擒了。

福全等因误信噶尔丹、济隆胡土克图等“议好之诳词”,让噶尔丹仓皇宵遁，偷渡什拉穆楞格河，翻过大碛山逃窜。不过，噶尔丹军士沿途饥踣死亡，逃到科布多时，只剩残部几千人了。后来，福全、常宁因此被罢去议政并罚俸一年，福全还被撤去三佐领。于是，康熙皇帝派侍郎额尔图等诫谕噶尔丹：嗣后不得擅犯归附清朝的喀尔喀一人一畜，“若再违誓言，妄行劫夺生事”,清廷“必务穷讨，断不终止。