明末清初，居住在我国西北方的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠南蒙古称为内蒙古；漠北喀尔喀蒙古称为外蒙古，它有土谢图汗部、车臣汗部、札萨克图汗部和赛因诺颜部等四大部；漠西厄鲁特蒙古也分为准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部和土尔扈特部等四部。各支蒙古族都是我国境内重要的少数民族。
清廷十分重视同蒙古族的亲善和睦关系。早在入关前，漠南蒙古已归附清廷，接受了清廷的各种封号，并同清廷保持着世代的联姻关系。喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清廷维系着密切关系。喀尔喀三部的封建主，自崇德三年(1638)起，每年向清廷献白驼一，白马八，“谓之九白之贡”。顺治十二年(1655)土谢图汗衮布子察珲多尔济、车臣汗硕垒子巴布、札萨克图汗诺尔布、赛因诺颜部丹津喇嘛等又遣使乞盟，清廷赐盟于宗人府，设喀尔喀八札萨克，进一步地加强了对喀尔喀的控制。厄鲁特蒙古中的顾实汗图鲁拜琥，也在崇德二年(1637)向清太宗“遣使进贡”。顺治三年(1646),顺治皇帝“赐甲胄弓矢，俾辖诸厄鲁特。”嗣后，顾实汗每隔一年，都要遣使来朝一次，并将厄鲁特各部首领“附名以达”。顺治十年(1653),顺治皇帝封图鲁拜琥为“遵文行义敏慧顾实汗”,赐金册印。顺治十三年(1656),顾实汗逝世，清廷“遣官致祭”。
康熙皇帝时，准噶尔部的首领噶尔丹拼命扩张自己的势力范围，肆意掠夺蒙古各部，不断制造民族矛盾和民族分裂，使清廷与准噶尔部的矛盾日益尖锐起来。
原来，漠西厄鲁特蒙古族的四部都聚居于天山之北，阿尔泰山以南，过着游牧生活。其中，和硕特部游牧于乌鲁木齐地区；准噶尔部游牧于伊犁河流域；杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河两岸；土尔扈特部游牧于雅尔(塔尔巴哈台，今新疆塔城西北)一带。各部以牧而居，不相统属，部自为长，号“四卫拉特”。但“四卫拉特”也存在一种松散性质的联盟，它们有一个共同的盟会，以及由盟会推举出来的共同盟主，由于和硕特部势力最强，出身最高贵，所以“四卫拉特”的盟主一直由和硕特部首领担任，谓之“卫拉特汗”。
17世纪初，准噶尔巴图尔珲台吉时，准部开始强盛起来，“恃强侮诸卫拉特”。清太宗天聪三年(1629),土尔扈特首领和鄂尔勒克受准噶尔部威逼，不得不率部五万余帐离开雅尔迁往俄罗斯额济勒河(伏尔加河)流域游牧；崇德二年(1637),和硕特部首领顾实汗图尔拜琥也受准部倾轧，率领大部族属离开乌鲁木齐，进距青海；崇德五年(1640),鄂齐尔图率领本部和硕特之众进入河套以西的阿拉善地区。这样，聚牧于阿尔泰山，伊犁河一带的，只剩下准噶尔和杜尔伯特部，巴图尔珲台吉乘势扩大地盘，并将杜尔伯特部以及和硕特、土尔扈特未曾迁走的支庶部众，全部置于自己的控制之下。
康熙四年(1665),巴图尔珲台吉去世，其子僧格嗣位，此后，准噶尔内部为争夺属产生了激烈的斗争。僧格的异母兄车臣和卓特巴巴图杀死了僧格。这时，在西藏做喇嘛的僧格同母弟噶尔丹赶回准噶尔，执杀车臣，囚禁自己的叔父楚琥尔乌巴什，袭杀堂兄巴哈班第，卓特巴巴图逃往青海。从此噶尔丹取得了准噶尔的统治权。
噶尔丹乘机扩大本部势力。康熙十六年(1677),他率兵攻占西套，袭杀继顾实汗之后的“卫拉特”首领、自己的岳父鄂齐尔图汗，“自称博硕克图汗”,并胁迫“诸卫拉特奉其令”。
为了巩固多民族国家的统一和稳定边疆局势，康熙皇帝在处理与蒙古族之间的矛盾，或是处理蒙古族各部之间的矛盾，竭力用和解的办法来解决。尽管噶尔丹肆意掠夺蒙古各部的暴行会带来边疆地区的动**，已引起了康熙的警惕和戒备，但康熙皇帝仍然以极大的耐心来劝谕、优抚噶尔丹，力图避免噶尔丹与清廷之间的矛盾激化。
噶尔丹一面扩张自己的势力，一面表示臣服清廷。噶尔丹在攻杀鄂齐尔图汗后，向清廷遣使进贡，康熙皇帝谕大学士索额图说：“鄂齐尔图与噶尔丹向俱纳贡，今噶尔丹侵杀鄂齐尔图，献所获弓矢等物，朕不忍纳，其却之”。至于其进献的“常贡之物”仍照常收纳，并按往年一样赏赐如例，可见康熙皇帝的态度十分明朗。
康熙十八年(1679),达赖喇嘛授予噶尔丹“博硕克图汗之号”,噶尔丹因此遣使至京携来锁子甲、鸟枪、马、驼、和貂皮等物，奉贡入告。按照以往惯例，凡厄鲁特、喀尔喀有奏请敕印来京朝贡的，清廷准其纳贡，授以敕印，并加赏赐，但却没有“擅称汗号者准其纳贡之例”。然而康熙皇帝从稳定边疆的大局出发，考虑到噶尔丹继承先世一向“虔修职贡，聘问有年”,所以，一反常规收纳了噶尔丹使者“奉贡入告”的献物，实际上是承认了噶尔丹“博硕克图汗”的名号和地位。在平定三藩之乱后，康熙皇帝还派内大臣奇塔特等至噶尔丹处大加赏赐，噶尔丹亦跪受敕书及赏赐之物。随后，噶尔丹又遣使者四人随同内大臣奇塔特等向清廷贡上马、骆驼、貂皮、银鼠、猞猁狲皮、沙狐皮、黄狐皮、活雕、贻、金、牛皮与厄鲁特鸟枪等物，表示谢恩。
尽管如此，然而康熙皇帝对噶尔丹的宽容是以不损害清廷的根本利益为前提的，一旦噶尔丹及其部众对清廷妄行非为，康熙皇帝则给以严厉处置。原来噶尔丹向清廷朝贡的使者人数不多，也能遵纪守法。随着噶尔丹势力强盛，噶尔丹的贡使或千余人或数千人，连绵不绝。这样庞大的贡使队伍，给清政府带来了沉重负担，更何况他们自恃强悍，沿途抢夺塞外蒙古马匹牲畜，进边之后，任意放牧，残踏田禾，捆缚平民，抢掠财物，为所欲为。对此，康熙皇帝特下严谕，规定凡噶尔丹所遣贡使有印验的，限二百名以内准入边关，其余令在张家口、归化城等处贸易，贡使头目必须严行约束所属，“仍前沿途抢掠、殃民作乱，即依本朝律例。伤人者以伤人之罪罪之，盗劫人财物者以盗劫之罪之”,一概不得宽容。
康熙二十四年(1685)九月，噶尔丹下属沙里巴图尔台吉的贡使伊特木根在北馆中殴死清正白旗西图佐领下商人，康熙皇帝立即命将伊特木根“依法处斩”,同时将此事传谕厄鲁特，并严厉警告噶尔丹“谨遵成法，严戢从人，毋得肆恶妄行”。
与此同时，康熙皇帝十分关怀备受噶尔丹暴掠之苦的厄鲁特各部。西套厄鲁特既溃，部众纷纷离散，鄂齐尔图侄儿巴图儿额尔克济农和罗理率族属避居大草滩，庐幕万余，后来迁牧额济内河，其孙罗布藏衮布阿刺布坦由达赖喇嘛指授游牧阿拉克山，鄂齐尔图汗的其他一些子侄“穷无所归”,大多窜至沿边，进入塞内，“本番目马匹，及居民牲畜”,如土谢图罗卜藏等掠宁夏及茂明安鄂尔多斯诸部，额尼德尼和硕齐“掠乌剌特牲畜”。
西套溃败余部扰乱清朝边境的这些非法行径，引起了清廷的震怒。这时，巴图尔额尔克济农和罗理立即向清廷献上马百匹，并上疏请罪。理藩院议定：“将盗窃鄂尔多斯马群人等照彼例治罪，缺解马匹补偿完日，将巴图尔额尔克济农一并从重议处”。对此，康熙皇帝未允，而以十分宽容的态度，对“巴图尔额尔克济农等自本地败奔，来至边境，因不谙法纪，迫于饥困，盗窃牲畜等物”等苦情，深表同情和理解，最后他批示说：“可将追偿缺解马匹并议处之处，俱行宽免”。另外，额尔德尼和硕齐等人也予以一体赦免。
康熙二十四年(1685),巴图尔额尔克济农和罗理向清廷“请敕印以钤部众”,廷臣因其“游牧未定，不允”,康熙皇帝则指示廷臣应令和罗理与罗卜藏衮布阿喇布坦聚合一处，“度可据地归并安置，封授名号，给赐金印册书，以示朕兴灭继绝至意”。是年冬天，和罗理率族属七百多人来朝，诏以二百人入关，余留归化城，“给羊及宣府米赡之”。
康熙二十五年(1686)正月，和罗理至京赏宴，清廷按照大台吉礼优待，康熙皇帝还赐给他御服貂裘，亲切地嘱咐和罗理说，你祖父顾实汗和你叔父鄂齐尔图分别在太祖文皇帝与世祖章皇帝时，“每年遣使请安”,“素致恭谨”,如今你们为噶尔丹击败，为了使你们能“绝者复继，散者复聚”,故让“罗卜藏阿喇布坦与尔聚处”,彼此务必“共相辑睦，善自安业”。于是，清廷安置和罗理族属定牧阿拉善，并议定了一些法规，如蒙古杀边民论死；盗牲畜夺食物者鞭之；私入边游牧者台吉、宰桑各罚牲畜有差；所属犯科一次，罚济农牲畜以五九等。
康熙皇帝给予受噶尔丹欺压的厄鲁特部属以道义上、物质上的资助，体现了他对边疆少数民族采取的和解与安抚的政策。后来，他同样以这一策略来妥善处理被噶尔丹击败的喀尔喀蒙古族，这对稳定边疆的统治以及消灭或制服少数民族的分裂势力起了重大的作用和影响。
噶尔丹既确立了对厄鲁特四部的统治，进而控制了回疆，他扩展领土的野心也就随之膨胀起来。他一意蓄谋北并喀尔喀，于是，从伊犁向东迁帐至阿尔泰山，驱使杜尔伯特部众屯田，且耕且牧，借以供给本部粮饷。
早在康熙二十五年(1686),噶尔丹进攻西套和硕特部鄂齐尔图汗时，喀尔喀土谢图汗察珲多尔济曾出兵援助鄂齐尔图汗，之后，土谢图汗又把女儿嫁给鄂齐尔图汗孙罗卜藏阿拉布坦，因此结怨于噶尔丹。于是，噶尔丹便想进击土谢图汗。但当时由于察珲多尔齐同罗卜藏阿拉布坦联合起来，互为犄角，噶尔丹不敢贸然出兵。后来，土谢图汗察珲多尔济藏匿了札萨克图汗成衮的逃众，彼此发生纠纷，成衮死，子沙喇继位，噶尔丹就以喀尔喀不敬达赖喇嘛和无辜执杀他的弟弟为借口，向漠北喀尔喀大举进攻。
康熙二十七年(1688),噶尔丹率兵三万越过杭爱山，在特穆尔击败土谢图汗察珲多尔济之子噶尔旦台吉。接着，噶尔丹派遣其弟罕都阿拉布坦进兵额尔德尼沼，打败哲卜尊丹巴呼图克图。他亲自率兵越过土拉河，向东挺进，攻掠克鲁伦河的车臣汗牧地，随后回师土拉河畔。土谢图汗察珲多尔济率领喀尔喀三部兵力，悉数出动，在尼列图至鄂尔会诺尔同噶尔丹展开了一场大决战，尘战三日，喀尔喀全军崩溃。
这时，沙俄侵略者企图乘喀尔喀溃窜、走投无路之际，进行诱降，有些上层人物亦有就近投奔俄罗斯之意。在这关键时刻，哲卜尊丹巴呼图克图坚持爱国立场，他果断地说：“俄罗斯素不奉佛，俗尚不同我辈，异言异服，殊非久安之计，莫若全部内徙，投诚清廷，可邀万年之福。众欣然罗拜，议遂决”。于是，土谢图汗遂请哲卜尊丹巴呼图克图率领台吉三十余人、喇嘛班弟六百余人、户二千、口二万等喀尔喀族众投漠南内附。康熙皇帝闻讯急命尚书阿喇尼等前往抚慰，发归化城、张家口、独石口仓储“以赈其乏，且足其食”;又敕内大臣费杨古、明珠等送白金、茶布“以绐其用”;采买生畜“以资其生”;并把他们妥善地安置在科尔沁水草地游牧，使喀尔喀部众“皆安居得所，循法度乐休养”。
与此同时，噶尔丹也上疏向清廷提出“若哲卜尊丹巴呼图克图等来投天朝，或拒而不纳，或擒以付之”。议政王大臣等集议“泽(哲)卜尊丹巴以败奔入我汛界，岂有擒而畀之之理”。对此，康熙皇帝随即遣一等侍卫阿南达等持敕往噶尔丹处传谕说：“朕统御宇内，胞与为怀，愿率土共享太平，无战争离散之苦，彼此协和，各得其所”。要噶尔丹“仍遵朕旨”,同喀尔喀“同归和睦”同时责令噶尔丹退回本土，归还喀尔喀牧地。噶尔丹却一意孤行，同清廷的民族和解政策相对抗。
鉴于喀尔喀新附数十万众散乱无序，各不统一，有必要“训以法度，俾知礼仪”,康熙皇帝命理藩院调集新附喀尔喀两翼部落，并传知内蒙古科尔沁部四十九旗之王公、台吉在多伦诺尔举行盛大会盟。康熙三十年(1691)五月，康熙皇帝亲率上三旗官兵出张家口，下五旗官兵出独石口(今河北赤城县北),会师于多伦诺尔(今内蒙古自治区锡林郭勒盟南部),在这里布营设哨，各环御营而峙。喀尔喀各部及内蒙古四十九旗，移附御营五十里驻扎，不得擅入哨内。会盟的第一天举行宴会，康熙皇帝召喀尔喀汗、济农、诺颜、大台吉等近御榻前，亲自赐酒，其余台吉们在各自的座位上由侍卫分别敬酒。
次日，八旗满洲、汉军火器营及绿营官兵，排列火炮，康熙皇帝乘马遍阅队伍，返回原处，下得马来，拉弓射箭，十发九中，随后大阅军容。这时，鸣角鸟枪齐发，兵众大呼前进，声动山谷。大阅毕，康熙皇帝令人当场宣布训谕敕书，指出“土谢图汗以旧怨杀札萨克图汗沙喇，导致两翼起衅构兵，造成双方游牧废弃，顿失生计”,鉴于在会盟前土谢图汗和哲卜尊丹巴呼图克图对此业已“具疏请罪”,特颁旨免去土谢图汗等罪行，并令札萨克图汗的亲弟策妄札卜承袭汗位；还宣布保留喀尔喀三部首领的汗号，取消蒙古贵族原有的济农、诺颜等名号，按满洲贵族的封爵赐予亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等不同爵位；喀尔喀的行政体系按照内蒙古四十九旗实行札萨克制，其三部共编为四十七旗，旗下设参领、佐领，每旗各分左、中、右三路，给地安插。
通过多伦会盟，康熙皇帝妥善地解决了札萨克图汗与土谢图汗之间的矛盾，协调了两部之间的关系，加强了清廷对喀尔喀蒙古的统治，这对进一步统一漠北蒙古，孤立和战胜噶尔丹这股分裂割据势力，提供了极为有利的条件。