早在俄使尼果赖至京城的同一年，即康熙十五年(1676),沙俄就加强了东西伯利亚各城堡的武器装备。侵略军以尼布楚和雅克萨为据点，倾巢出动，一路向东南精奇里江及其各支流推进，一路向南，侵扰额尔古纳河一带。

康熙皇帝密切注视着俄国人的侵扰扩张活动，曾于康熙二十年(1681)与俄方交涉，警告说，赶快撤回你国人!如不撤走，则边境起争，我们必强力驱逐，那时你们将悔之无及。但俄方置若罔闻，除继续盘踞尼布楚、雅克萨及精奇里江、额尔古纳河流域之外，又向黑龙江下游进犯。康熙二十一年(1682),俄军竟过牛满(布列亚河)、恒滚(阿姆贡河)窜到黑龙江下游赫哲、飞牙喀猎人居处进行抢掠。至同年年底，侵略者的军事据点已遍布黑龙江下游直到海边。中国对俄和平交涉不见成效，反侵略战争势不可免。但采取何种战略方针，清廷内部意见颇不统一。

康熙皇帝吸取顺治朝抗俄斗争的经验教训，决心认真准备，稳扎稳打，收复失地，永远戍守。康熙二十一年(1682)九月，他命副都统郎谈、公彭春率人以捕鹿为名，到雅克萨侦察敌情，并了解沿途水陆交通。是年年底，郎淡等返回奏报：罗刹久踞雅克萨，恃有木城。若发兵三千，与红衣炮二十具，即可攻取。并建议等到明年春冰解时，水陆择期齐发，攻取雅克萨。康熙皇帝认为，兵贵相机而动，攻取雅克萨时机尚不成熟，不能操之过急。同时他有更深远的考虑，主张调兵永戍黑龙江，相机进取雅克萨。所以，他对议政王大臣等人说：兵非善事，宜暂停攻取。调乌喇、宁古塔兵一千五百名，并制造船舰，发红衣炮、鸟枪及演习兵士，于黑龙江(旧瑗珲，今爱辉之南，江之东岸)、呼马尔(亦称呼玛尔，今呼玛县湖通镇)两处，建立木城，与之对垒，相机行事。关于军需供给，他指示，取自科尔沁十旗及席北、乌喇的官屯，估计可得一万两千石军粮，能支三年。军队到达后立即耕种，军粮接续当不成问题。另外，在黑龙江城与索伦村之间设驿站，军队将到精奇里乌喇(结雅河)时，令索伦接济牛羊。如此，则罗刹不得纳我逋逃，而他的逋逃者，会络绎来归，他定不能久存。于是，命宁古塔将军巴海、副都统萨布素，统兵往驻黑龙江、呼马尔。这是康熙皇帝永戍黑龙江的最初方案。

而郎谈等人建议：首先，是建立军事基地，驻兵屯田，做好充分准备。一旦时机成熟，必须开战时，不必全部由内地运兵、输饷，兵源、给养不致困难，免蹈前朝因准备不周而致粮饷不继、功败垂成的覆辙。其次，是稳步推进，以逸待劳，防止贸然进攻。先行阻止俄军进一步入侵，然后逐步将已侵入国土的敌驱赶出去。再次，攻克之后，不是弃而不守，而是长期戍守，将反侵略战争与巩固边防相结合，以避免“我进则彼退，我退则彼进，用兵无已，边民不安”的现象再度出现。从而把反侵略战争的胜利建筑在持久、牢固的基础之上。

在当时，这不失为一项英明的战略决策，但却遭到来自两方面的反对，部分高级官吏养尊处优，贪生怕死，以路程太远，输饷困难，而不赞成；同样出于畏难情绪，又有主张速攻，反对永戍。前线统帅宁古塔将军巴海主张：宜乘其积储未备，速行征剿。俟船造毕，七月初旬能抵雅克萨，即亲统大兵直逼城下，宣谕招抚。对这一主张，议政士大臣等表示赞赏。

康熙于二十二年(1683)四月初八日降谕指出，所议进征罗刹军务，殊为疏略。并以将军巴海及副都统官兵彼此不和为由，令巴海留守乌喇。另任萨布素、瓦礼祜，以副都统领兵前往。同时，采纳了合理建议，但对永戍黑龙江的方案有所调整，不驻兵呼马尔，改驻额苏里(今俄国境海兰泡以北谢尔盖耶夫卡稍南)。因该地方可以藏船，且有田垄旧迹，即令大兵建立木城，驻扎。在额苏里、索伦村庄之间，设四个驿站，令赴索伦理藩院大臣(马喇)董其事。在原调一千五百乌拉、宁古塔兵的基础上，增派五百名达斡尔兵，使瑗珲与额苏里，各驻千人。

与此相配合，康熙皇帝又展开外交攻势，光明正大地向俄方宣告大清帝国以武力巩固边防的决心。康熙二十二年七月二十九日，经康熙皇帝批准，由理藩院作书照会俄方：前遣孟额德等曾与你方相约，各毋收纳逋逃，并将先年逸去根特木儿归我。但你方违背前约，入我边地，扰害我达斡尔、索伦，焚劫飞牙喀、奇勒尔。今故命将出师，永驻额苏里。你们若离我边境，返还你本土，以逋逃来还我则已，否则，我也招纳你逋逃，即往来之人亦必擒戮。

康熙皇帝永戍黑龙江的具体部署是：在黑龙江(瑗珲)建城永戍，预备炮具船舰，设斥埃(侦察瞭望哨所)于呼马尔。自黑龙江至乌喇设十驿，驿夫五十人。遇有紧急情报，乘蒙古马疾驰，寻常事宜，则循十驿以行。由水路陆续运粮，积贮于黑龙江。如俄国船由黑龙江下，我舟师尾击甚易，则罗刹自然穷迫归诚。同年十月二十六日，清廷正式设黑龙江将军。康熙皇帝任命萨布素为首任黑龙江将军，礼部侍郎溢岱、工科给事中雅齐纳为副都统，下设协领、佐领等。黑龙江将军的建制，对抗击沙俄侵略，开发、建设边疆具有深远意义。它和盛京将军、宁古塔将军(后改称吉林将军)奠定了后来东三省建制的基础。

萨布素等到黑龙江后首要任务是在瑗珲筑城。瑗珲之称源于达斡尔语“埃阔”,系达斡尔头人图龙恰所居城寨乔耶·埃阔村。旧城原在江东，顺治九年，被俄军焚劫，成了一片废墟。康熙十三年(1674),清廷派人在此建木城，调吉林水师总管前往暂守。但那时所建之城规模甚小，远不能满足永戍的需要，必须重新扩建。扩建后的瑗珲城，为方形城堡，周长九百四十步，并设有五门。因该城僻处江东，与内地联系诸多不便，康熙二十三年又决定迁至下游右岸，在托尔加城旧址另建瑗珲新城。新城大于旧城，其内城与齐齐哈尔相同，排木为重垣，用土填实，四门都有楼橹(瞭望敌人的高台)。城方一千三百步，高十八尺；外城为适应地形，则与齐齐哈尔有别，西南北面，排木为外城城墙。方圆十里，南一门，西、北各两门，东临江。瑗珲又称黑龙江城，自此成为抗俄斗争的重要基地。

自古战争都是兵马未动，粮草先行。康熙皇帝很清楚这一点，他为了将大批粮草、军火和其他军需物资运往黑龙江，经过与臣下反复商讨，从康熙二十二年三月起，组成一条纵贯东三省的水陆联合运输线。从南到北，共分四段：第一段，造船百艘，从巨流河渡口(辽宁新民城东二十里，辽河右岸),溯辽河至其上游的等色屯(约为今东辽河北岸，怀德县戥子街村),在此两地筑仓收储，由奉天将军、大臣等监理，由盛京兵卫送；第二段，从等色屯至伊屯门(吉林伊通县)由蒙古派人以车运输，蒙古兵卫送；第三段，造船百艘，从伊屯门经伊屯河(伊通河)沿松花江至与黑龙江交会处。其筑仓收储、造船运输事，由留镇乌喇副都统规划，提出方案；第四段，造船八十艘，溯黑龙江而上至瑗珲。议定之后，康熙皇帝特派人从瀛台、通州间载米试运，又分别派人验视辽河、伊通河深浅，直待得到确切汇报，认为切实可行，才同意按式造船，分别发运。运粮水手的待遇从优，第一段水手派自民夫，每人月给银一两，康熙皇帝还特批运米时，蠲免其地丁钱粮；第三、四段水手，由乌喇、宁古塔兵丁、余丁、流放犯人和八家猎户充当，猎户运粮者，允其停猎。这条运输线全长四五千里，为沟通东北三省直抵瑗珲的运输大动脉。沿途设兵驻防，建造粮仓。

为保证黑龙江驻军的食用，除从各地征调粮食、购买肉食牲畜外，还根据康熙皇帝的我兵一至，即行耕种的指示，组织瑗珲、额苏里的驻军就地屯田。清政府先后派侍郎萨海和马喇前往督理农务。屯田士兵中索伦、达斡尔人不熟悉农事，康熙皇帝特遣部员指导耕种。结果禾稼大丰收。

建设吉林至黑龙江的驿站，从康熙二十二年(1683)十月开始。康熙委派户部郎中包奇、兵部郎中能特、理藩院郎中额尔塞等前往勘视设驿地方，次年二月行前，叮嘱：创立驿站之地，关系紧要。你们会同彼处将军、副都统，询明熟识情况之人，详加确议安设。凡住驿人役及马匹牲畜需用之物并所食粮米，今年耕种不及，须计及明年，多为储备。不要过于俭啬，致食用诸物匮乏。宜从长计议，使其久远可行，不得局限于目前之见，草率完事。

包奇等人不负重托，他们认真行事，反复丈量，至康熙二十三年(1684)冬竣事，十一月三十日奏称：臣等以五尺为度，重新量得吉林至瑗珲的里程，共一千三百四十里，拟设十九驿。康熙皇帝立即命户部及盛京、宁古塔、黑龙江三将军，就驿丁选派、牛马数额、口粮房屋等问题详细研究，提出计划。于同年十二月逐项落实。康熙二十四年(1685)正月，康熙皇帝从福建征调手持藤牌大刀的士兵赴瑗珲，即经此路前往。同年四月，派兵收复雅克萨后，为了奏报军机，自雅克萨到额苏里，再经黑龙江前来，恐绕道迟延，康熙皇帝令理藩院侍郎明爱领蒙古兵与索伦兵自墨尔根(嫩江)到雅克萨设驿，以加快奏报速度。

康熙皇帝筹划多种灵活办法，以保证军需。康熙二十二年(1683)六月，他令理藩院官员从户部支银四千两，购买各种物资，运至军前，换取居民的牛羊粮食。这种用商品交换筹集军需的办法，自愿两利，个任其便。康熙皇帝还令靠近黑龙江的内蒙科尔沁十旗将应进贡牛羊诸物就近送到黑龙江军前，不必运往北京，仍按数照进贡例奖赏。有时也以打猎补充肉食。第一次雅克萨战役之前，黑龙江驻兵肉食匮乏，恰逢数万野鹿下山，于是，骑者驰射，步者棍击，及在江中驾船筏截获，计得五千有余，康熙皇帝非常赞赏这一行动，并认为是祥瑞的象征。

康熙皇帝永戍黑龙的主张，制止了驻雅克萨俄国侵略者向黑龙江中下游的扩张，为收复雅克萨等江北地区创造了有利条件。康熙二十二年七月，由索伦族军官博克率领的清军先头部队刚到额苏里，就包围了一支顺流驶来之俄国船队，部分俄军跳水逃脱，余下三十余人携六艘船只被迫投降。附近据点的俄国侵略军闻风狼狈撤离。与此同时，黑龙江流域各族人民配合清军的进驻，纷纷袭击俄国侵略军。到康熙二十三年(1684)年初，整个黑龙江中下游及其各条支流上的俄国侵略军据点均已先后肃清。这时，康熙皇帝便把目光集中到黑龙江上游的雅克萨和尼布楚。