雅克萨位于今漠河以东呼玛西北黑龙江北岸，与额木(穆)尔村隔江相望。雅克萨，满语意为河流冲刷的河湾，是我国达斡尔头人阿尔巴西的住地。被俄国人侵占后，改称阿尔巴津。雅克萨是黑龙江上的交通枢纽和战略要地，俄军从贝加尔湖方向和雅库茨克方向进入黑龙江，都是必经之地。因此，自顺治七年(1650)以来，便成为俄国人扩张蚕食的重点目标。

永戍黑龙江的成功，表明收复雅克萨的时机已成熟。康熙二十四年(1685)正月二十三日，康熙皇帝提出以武力收复雅克萨的基本方针。他向议政王大臣宣布：“兵非善事，不得已而用之。先前罗刹无故犯边，收我逋逃，后渐越界而来，扰害索伦、赫哲、飞牙喀、奇勒尔诸地，剽劫人口，抡掳村庄，攘夺貂皮，肆恶多端，使我居民不得安宁。我方屡遣人、移文交涉、警告，罗刹竟置之不理，反深入赫哲、飞牙喀一带，扰害益甚。今发兵黑龙江，扼其来往之路。罗刹如再窃据如故，不送还逋逃，应即剪灭。”

早在前一年，康熙皇帝曾致书驻雅克萨俄军，用满、蒙、俄三种文字抄写，令其送还根特木儿、从中国撤兵。俄方置若罔闻。此次，康熙皇帝仍主张在出兵之前，再次致书俄方，若罗刹能遵旨即回，可以雅库为界，我兵驻扎于黑龙江，设斥侯于雅克萨，以保疆域安然无恙。倘仍行抗拒，则大兵相机而行。议政王大臣等详议后，一致表示赞同。将军萨布素虽戍守黑龙江有功。但因康熙皇帝令他进兵雅克萨，割尽其田禾，使俄国人自困，萨布素没有奉旨执行。这次康熙皇帝担心他贻误军机，故命都统公彭春统兵，又派副都统班达尔善、护军统领佟宝、副都统马喇及銮仪使侯林兴珠等参赞军务，侍郎萨海仍从事督耕。并令将黑龙江将军印移交彭春掌管使用。达斡尔副头目倍勒尔奉命往雅克萨侦察敌情，生擒俄俘讯问，得知雅克萨城防工事情况，守城俄国“兵众不满千人”。三月初，康熙皇帝得此情报后，更加坚定了收复雅克萨的决心。

进军即将开始，三月十七日，康熙皇帝再次致书俄国察罕汗，交俄俘带回俄国，申明兴师理由，提出撤退雅克萨俄军，以雅库地方为界，放还逃人，和睦相处的建议。

四月二十八日，清军三千名遵旨出发，分批开赴雅克萨。五月中下旬，陆续抵达。其中包括驻瑗珲的乌喇、宁古塔兵一千五百名，索伦、达斡尔兵五百名、新调的京营八旗五六百名及其康熙皇帝亲自组织的善用藤牌大刀的汉族官兵四百二十名。本着先礼后兵的原则，彭春派被俘俄兵进城送信：一封是康熙皇帝带给沙皇的，内容同三月十七日信；另一封是彭春给雅克萨俄国督军托尔布津的咨文，阐明兴师之由，令其交还逃人，撤回雅库，则将对方投降人员悉予遣回。

俄军恃城防坚固，不肯撤退，清军决定发起强攻。五月二十四日，截击一队乘木筏前来的俄国援军，击毙三十余人，俘虏十余人。当晚，清军在城南布阵，佯作攻击之势，而暗中将红衣大炮架设在东西两翼，二十五日黎明，攻城大战开始，炮火齐发，击毙俄军百余人。城内无防火设备，炮火所及，硝烟弥漫，烈焰熊熊，一片混乱。俄方雅克萨督军托尔布津走投无路，决定投降。康熙皇帝采取仁至义尽的态度对待俄俘，事先已传谕：以我兵马精强，器械坚利，罗刹势不能敌，必献地归城。届时勿杀人，使还故土。

膨春遵旨，宥其困而后降之罪，在保证不再重犯条件下，释放全部俄俘，并允许带走全部武器和财产。俄军举行投降仪式之后，清军即将七百余俄国人(包括少数妇女、儿童)送至额尔古纳河口，遣返俄国。别有巴西里等四十五人不愿回国，遵康熙皇帝谕旨安插盛京。城内被俄军掳去作为人质和奴隶的一百六十余名中国人，各回原地。雅克萨之战，几乎全部按照康熙皇帝的意图行事，并实现了他所期望的目标。此役中，彭春等人能遵谕而行，克复雅克萨，康熙皇帝特予以嘉奖，命在事人员，从优议叙；萨布素以往的过失，概从宽免。

收复雅克萨之后的具体安排，康熙皇帝早在正月二十三日谕旨中已明确部署：军队驻扎于黑龙江，设斥候于雅克萨。而且特别提醒将领们注意：若不如此周详区处，纵然克取雅克萨城，我进则彼退，我退则彼进，用兵无已，边民不安。迨收复雅克萨后，居安思危，立即于六月十四日的谕旨中再次告诫：雅克萨城虽已克取，防御绝不可疏。应于何地永驻官兵弹压，此时即当定议。令大学士勒德洪、学士麻尔图、图纳，同郎谈、关保，与议政王大臣等会议策划，提出方案。然而彭春等人收复雅克萨之后，仅将城堡一烧了事。城堡周围的庄稼未割，哨所未立，不待命令即擅自撤兵回瑗珲、墨尔根(黑龙江省嫩江县)等地，以致俄国人乘隙于两个月后重新侵占雅克萨。

当时康熙皇帝尚不知俄国人重返雅克萨，但他从永戍黑龙江，巩固东北防务的目的出发，于同年九月命筑墨尔根，令将军萨布素及副都统一员率兵驻扎。黑龙江(瑗珲)设副都统驻守。筑城设兵，白应设驿。于是又令户部、兵部、理藩院，再次遣官勘测从吉林乌喇至墨尔根，自墨尔根至黑龙江(瑗珲)宜增驿站数目。包奇等勘测后于十一月提以五尺为度，由吉林城量到墨尔根，又由墨尔根量到瑗珲城，共一千七百一十一里，拟设驿站二十五处。经批准实施。于本年年底至翌年初，正式设置由吉林至茂兴，然后缘嫩江北上，经齐齐哈尔(当时称卜奎村)、墨尔根，越小兴安岭至瑗珲的驿站。如有紧急军情，可从茂兴转向西南，由蒙古驿马飞驰入喜峰口送往京城。新设驿路，在即将开始的第二次雅克萨战役中发挥了巨大作用。

康熙二十五年(1686)二月十三日，事过数月康熙皇帝才得知俄军重新侵占雅克萨的确切消息。他立即部署了第二次雅克萨战役，指示：罗刹复回雅克萨筑城盘踞，若不速行捕剿，其势必积粮坚守，不易收复。令将军萨布素等，速修船舰，统领乌喇、宁古塔官兵驰赴黑龙江城。至日，酌留盛京兵镇守，只率所部两千余人，攻取雅克萨城。福建藤牌兵四百人，令建义侯林兴珠率领前往。四月底，又派副都统郎谈、班达尔善、马喇参赞军务。再次攻取雅克萨的艰巨任务完全由黑龙江本地官兵承担，因而改由黑龙江将军萨布素统领。

同年五月上旬，萨布素率所部两千余人从瑗珲出发，月底逼近雅克萨城。俄军负隅顽抗，清军于六月初从南北两个方向发起猛攻。经多次激战，击毙俄军百余名，其中包括俄国督军托尔布津，迫使俄军撤回城内固守。因重新修筑的城墙比较坚固，一时难以攻克，萨布素便在城周筑垒挖壕，长期围困。深秋时至，康熙皇帝见天时渐寒，河流即将封冻，考虑前方过冬准备，于八月二十五日谕萨布素：船舰如何收藏，马匹如何饲秣，敌兵来援，如何扑剿，勿令入城，你们详加筹划，密以上奏。

萨布素遵旨上奏：已于城周三面掘壕筑垒，壕外置木桩鹿角，分区防御；城西对江，另设一军；为防江路来敌援兵，复派剿御之兵于东西两岸，泊船备战；离城六七里，上流有港，可以藏船，另设一军守护，兼令阻击尼布楚敌方援军；军中疲弱马匹，一半发黑龙江，一半发墨尔根，令驻该处盛京官兵饲养。对此安排，康熙皇帝基本同意，只是担心盛京官兵不善喂马，因而改令索伦总管和黑龙江官兵承担。清军长期围困策略取得显著成效，至年底，八百余俄军多半死亡，仅剩一百五十余人，粮食、弹药严重缺乏，危城指日可下。

俄国沙皇对康熙皇帝多次的和平倡议，都漠然置之，然而，当他得知俄军在雅克萨失利，且援救不成，才大吃一惊，转而接受停战谈判。此时的俄国沙皇名义上是彼得大帝和他的哥哥伊凡五世。他即位时只有十岁，由他们的姐姐索菲娅摄政。伊凡五世病卒后，彼得大帝才是俄国唯一的沙皇。