清廷与郑氏集团之间的和平局面一直维持到三藩之乱才被打破。

康熙皇帝撤藩令一下，康熙十二年(1673)八月，靖南王耿精忠即遣黄镛到台湾，策动郑经“速征帆同正今日疆土，仰冀会师共成万古勋业”。郑经得书大喜，立刻整顿船只，调拨各屯屯佃归伍分配。十月，郑经率舟师到澎湖伺机进军。吴三桂叛乱后，康熙皇帝停撤耿、尚两藩，耿精忠马上派黄镛至澎湖，通知郑经暂时按兵不动。

康熙十三年(1674)三月，耿精忠响应吴三桂举兵反清，又遣黄镛赴台，约请郑经统率福建沿海战舰，配合耿藩出师，从水陆两路合力进攻江浙。郑经当即部署陈永华留守台湾，命冯锡范督诸镇船只先行，随后，自己统率大队舟师进抵厦门。

同年四月，吴三桂派祝治国与刘定先送信至厦门，也请郑经“速整貔貅，大引舟师，径取金陵，或抵天津，断其粮道，绝其咽喉”,并提醒郑经这是“奇兵承虚，捷奏万全”的策略。郑经即迁副将陈文焕随同祝治国、刘定先往湖广联络吴三桂。表面上耿、吴与郑有着共同反清的目标。但是他们都以扩张自己的地盘与势力为目的，由此引发出彼此之间的矛盾和冲突是不可调和的。

耿精忠起兵时，担心漳、泉文武官员不服，不料起兵不到数日，而得全闽和漳、泉，这时，他很后悔约请郑经渡海。同时，赴厦门去联络郑经的定远将军刘炎的胞弟刘煜，目睹“厦门瓦烁满地，茅草盈野，船只散处停泊，寥居始创凄凉”,不由得顿生轻视郑经的意念。刘煜返回后，向耿精忠报告说：“海上兵不满二千，船不过百只，安能济事”。于是，耿精忠立刻通饬沿海边界，照前禁例，严禁船只下海，禁绝与郑经往来。

郑经见耿精忠突然变卦，速差遣礼官柯平赶到福州，面责耿精忠言而无信。耿精忠直截了当地答复柯平：“你回去告诉你的主人，各地分守，毋作妄想。”柯平如实回报郑经。郑经勃然大怒，急令侍卫冯锡范、左武王刘国轩等率兵攻取同安、海澄，连下泉州、漳州。耿精忠即遣冯国铨至厦门面见郑经，索地请和，将沿海岛屿让给郑经，彼此不禁往来通商贸易。郑经呵斥耿精忠墨迹未干，遂而背约。双方关系十分紧张。

与此同时，康熙正集中力量进剿吴三桂，对耿精忠采用剿抚兼施的策略，对郑经则着重于抚。八月，康熙在给新任总督郎廷相的谕旨中明确指示：“入闽之日，海寇宜用抚，耿精忠宜用剿或用间，相机便宜行事”。这样，郑经乘清军同耿、吴交战之际，从耿精忠手中夺取了漳、泉所属各县及汀州(长汀)、兴化(治所在莆田)等府，并且，收降潮州刘进忠，进而占据潮、惠两府。

康熙十五年(1676),耿精忠、尚之信先后降清。康熙皇帝即令他们随军立功赎罪。这时，郑经已成为东南地区清军的主攻对象。康熙十六年(1677),郑经连失漳、泉、惠、潮等七府之地，退遁金门、厦门，同年七月，康亲王两次遣使至厦门劝降，皇帝令郑经“让回各岛”“拥兵东归”。康亲王还许诺向清廷题请“以朝鲜事例，称臣纳贡，通商贸易”。但冯锡范等一再执意“照先藩之四府裕饷例”,要清廷“资给粮饷，各守岛屿”,方可以“罢兵息民”。因此和议未果。

之后，康熙皇帝遂以黄梧子黄芳世袭海澄公，随同福建总督郎廷相、副都统胡免等镇守漳州。提拔谙熟水务的黄蓝为都督佥事，充任总兵官驻守海澄。清军又分兵驻守寸玉洲、三乂河、福河、陈州、马州、湾腰树、壁湖、石码、江东桥等地为据点。

这时，郑经授予刘国轩为总督，吴淑为副都督，并赐刘国轩以尚方剑，令他专任征伐，自副将以下听他处决。于是一场激烈的拉锯战在清廷、郑经之间展开了。

刘国轩统兵数万，先发制人，向防守海澄各据点的清军发起进攻。郑军连下玉洲、三乂河、福河、石码，烧断江东桥，隔截了漳、泉通道，进逼海澄。海澄为漳、泉门户，康熙皇帝即命康亲王急发援师。康亲王遵旨急调遣清副都统孟安、提督段应举、宁海将军喇哈达等分别从潮州、泉州和福州来援。

随后，平南将军赖塔也率领骑兵从潮州而来。刘国轩针对清军缺乏水军的弱点，遴选健勇，驶八桨快哨，乘潮水涨落，声东击西，弄得满、汉清兵疲于应付。刘国轩从中窥测方向，捕捉战机。这时，清海澄公黄芳世率骑、步兵扎营于水头山，堵塞石码郑军。刘国轩使用奇兵之计，于黎明时，令郑兵自焚在东狱的所有军塞，后各下快哨八桨撤离。

黄芳世从水头山顶望见郑兵遁走，就懈怠下来。这时恰逢潮涨八九分，郑舟师各自扬帆乘风直抵水头山。刘国轩急令部分郑兵从正面跨岭逼战，另一部分从山背后登岭偷袭，清军大意无备，突遭郑兵夹击，阵乱四溃，尽弃辎重营栅，各自逃命，郑兵尾追。黄芳世急忙上马，马惊慌失足，亏得左右疾扶换马，黄芳奔入漳城，幸免于难。刘国轩方收兵踞水头山。而后，郑兵又击败清提督段应举于祖山头，截断了清军退向漳州的后路，清军死伤甚多，段应举走投无路，仓皇奔入海澄。郑军进踞祖山头。

海澄三面临海，通向漳州的陆路已被郑军截断。郑军挖壕筑寨，连营把守，海澄被重重围困。

漳州方面的清军，屯聚于笔架山上。山南有个小寨，悬崖如挂灯，俗名为“灯火寨”。寨下有一条大溪，顺流可通海澄。海澄总兵官黄蓝向提督段应举建议：灯火寨系海澄咽喉，宜出兵踞寨，不但可作掎角之势，且可接应漳州援师，倘为郑军所占，水路切断，内外隔绝，粮饷困乏，海澄形势不可守。段应举却认为将军、总督云集漳郡，自当来援，内外夹击，郑军必遁，所以固执已见。他只在城内筑炮台、修壕栅，一心等待外援。刘国轩则乘敌不备，命副总督吴淑于深夜抢占灯火寨，连夜构筑栅垒壕沟，扼守通向海澄的这条水道。

清将领赖塔、韩大任等率满、汉骑兵数万，齐力猛攻祖山头，被郑军打得大败。段应举几次试图突围，无奈沟渠重重，马陷兵坠，屡遭郑军阻击，突围未成，而郑军越围越紧。刘国轩又传谕各营，严密封锁，不得透露一粒粮食。从此，清军外援断绝，城内因粮匮便杀战马、罗雀掘鼠、浸皮煮纸，以致城内官兵“有饿毙者、赴水者、投顺者”“而绿营官兵又逃亡殆尽”。最后，城被攻破，清军前锋统领希佛阵亡，提督段应举和副都统穆哈林自缢，海澄陷落。一时，“民情风鹤”“处处望风投顺”,平和、长泰、漳平、同安、南安、安溪、惠安、永春、德化各县相继陷落。

郑军乘势围攻泉州。这时，康熙皇帝一面调遣江南、京口的汉兵急援福建；一面激励康亲王等将军大臣，勿以失援海澄而自沮，务必“时加鼓励，果能灭贼复疆，则前罪自释”。与此同时，他还撤换了福建总督郎廷相，巡抚杨熙也以年老原官归里。五月，擢升屡立战功的福建布政司姚启圣为福建总督，按察司吴兴祚为福建巡抚，江宁提督杨捷为福建水陆提督。

姚启圣，字熙之，一字忧庵，原为浙江会稽人，后隶汉军镶红旗。康熙二年，中举，授广东香山知县，不久因事革职。“三藩”叛乱后，投至康亲王军前，屡献奇谋，甚得康亲王器重，以功从代理知县累升至布政使。

总督姚启圣上任后曾向将军喇哈达指出：“贼兵不过三万，虑其聚而势雄。今得诸邑，必当分众把守，众分则势弱，势弱则破之易也。此兵法所谓兵多贵分，兵少贵合者”。其实，郑将刘国轩已深感兵力不足，不得不强拉当地乡勇充伍，强制遣送充伍的乡勇家口到台湾当作人质，因此，引起安土重迁的百姓怨愤，加之科敛无度，民力已竭。由此可见，郑军在占领区是站不稳脚跟的。

这时，康熙皇帝遣三路大军分别由将军喇哈达、巡抚吴兴祚与提督杨捷率军赴援泉州，并调潮州靖南王耿精忠、侍郎达都等驰赴漳州。刘国轩见满、汉骑步兵三路齐至，又得知永春、安溪、德化、惠安等县尽被清兵所占，于是急令二十八镇全师撤离泉州，退至长泰，准备同清军在漳州展开了一场激烈的战斗。

康熙十七年(1678)九月，刘国轩、吴淑率大军进抵漳州。吴淑等领十一镇兵众万余扎营于松洲、埔南等处，离漳州仅十余里，联营七座。刘国轩率领十七镇一万三千余名军兵，安营龙虎山、蜈蚣岭，直逼漳州之北门，其锋甚锐。当时，聚集泉州的绿营兵有二万余名，总督姚启圣屡发调令请泉州官兵赴漳会剿，却无一呼应。他奏请康熙皇帝“若军队调动，必俟大将、王令，不免坐失时机”。康熙皇帝立即批示：嗣后，总督可一面调遣绿营官兵；一面启知王等，以免迁延误事。于是，姚启圣不待泉州援兵，就调靖南王耿精忠、将军赖塔等率满、汉官兵出漳州城，离郑营五里下营。次日黎明，分兵七股杀出。郑军安排木马、铳炮、火箭、喷筒，喊声震天，飞出迎战；另外，设伏兵于蔗林各处，伺机截击。姚启圣与耿、赖等亲自督战，自寅至午，激战不息。最后，清军方冲破木马，砍开战阵，连破郑营十六座，郑军溃败，遁逃至云英渡，因无舟可渡，溺死者万余人。清军乘胜攻取长泰、同安，连下江东桥，随即修复烧断的桥梁，沟通漳、泉道途。刘国轩率郑军败归石码。这时，漳、泉所属诸县已陆续被清军占领，只有海澄与石码尚在郑军手中。刘国轩扼踞澳头、三又口、玉洲、镇门、象鼻、狮山、石尾一带，深沟固垒，首尾连环，坚守阵地，清军一时难以攻破。

与此同时，姚启圣先后遣漳州进士张雄、泉州士绅苏志美前往厦门招抚，要郑经撤走沿海岛屿，退守台湾。郑经以海澄为厦门门户，不肯让还。

招抚不成，姚启圣取得康熙皇帝同意后，于康熙十八年(1679)正月，再行迁界。上自福宁，下至诏安，赶逐百姓，重入内地，仍筑界墙守望。或十里、或二十里，凡近水险要，添设炮台，星罗棋布，稽察防范，严密封锁，千方百计断绝郑军粮饷来源。

清廷、郑经之间，相持不下。康亲王杰书派苏埕赴厦门和谈。苏埕遵照康亲王的旨意，向郑方破例提出：“果能释甲东归，照依朝鲜事例，代为题请，永为世好，作屏藩重臣”。郑经即表示赞同说：“既亲王能照朝鲜事例，不削发，即当相从息兵安民”。但因冯锡范却从中作梗和谈又破裂了。

这时，吴三桂已死，清军席卷湖南，消灭吴氏，指日可待。于是，清廷得以集结更大的军事力量，对付郑氏。

康熙皇帝决意厚集舟师，规取厦门、金门二岛，以图澎湖、台湾。福建总督姚启圣等建议，进取厦门、金门，须发江浙巨船二百艘；增闽省兵二万，迅调荷兰舟师来会，方可大举；进剿之期，必候入秋北风起后，彼时战舰师旅一切不误，自能奏功。对此，康熙皇帝表示同意，马上着京口将军发江浙战船各百艘，在进剿期内送至福建，允许福建增兵二万，并令康亲王等请荷兰方面迅调舟师，务必如期而至。康亲王奉命遣送荷兰国人持敕谕往荷兰调遣舟师，后因使者在出洋途中为海寇所阻，无功而返。康熙皇帝感到与荷兰难以及时联系上，舟师必不能如期而至，他果断地指令规取厦门、金门，“速靖海氛，不必专候荷兰舟师”。

但要战胜“以水为家，以船为命”的郑氏，没有建立一支独立的、训练有素的水师，是不可能的。这一点，已在康熙十七年(1678)清军在海澄战役的惨败中充分暴露出来了。

实际上，早在康熙十六年(1677)正月，原福建总督郎廷相已提出必须照旧设立水师提督，建立一支独立的水师劲旅。当时，康熙没有完全采纳，只令海澄总兵黄芳世兼管水师。黄芳世逝世后，康熙调江南提督杨捷充任福建全省水陆提督总兵。康熙十七年(1678),杨捷和总督姚启圣又先后提出“水陆万难兼顾”,要求“另设水师提督”“令其专练水兵，熟习惯战”“以便水陆夹攻厦门”。康熙遂皇帝于同年十一月，授福建提督杨捷为昭武将军，仍管福建陆路提督事务，调京口将军王之鼎佩定海将军印、提督福建水师。不久，因滇、黔余逆进逼川西，清廷改授王之鼎为四川提督。康熙十八年(1679),清军攻取岳州、长沙诸处以后，无烦水师，鉴于岳州水师总兵万正色“剿寇洞庭，著有劳绩”,又是闽人，稔知水性；尤其是万正色上疏条陈闽海水陆战守机宜，深得康熙皇帝认可。于是，康熙皇帝就于同年四月，加万正色太子太保，调任福建水师总兵，令率所部官兵赴闽。不久，又升万正色为福建水师提督，统辖全闽水师，以专职掌。

康熙皇帝一方面部署进攻金、厦，他批复由总督姚启圣精选的一万四千名水兵拨给万正色统领，并按照万正色的意图，增置援剿左、右、前、后四镇，任命从郑方投诚过来的林贤等为总兵，遣吏部郎中萨尔图协同巡抚吴兴祚速行修治战舰二百五十艘，又上谕江南总督阿席熙选拔熟练炮手二千名，一概送提督军前应用，不能耽误万正色出师日期。另一方面，康熙指示：“进取厦门、金门，事关重大。当日破贼，克金、厦二岛，曾用荷兰夹板船，今入海征剿，既乏坚固巨舰，荷兰舟师又不时至，战舰无多，遽以入海，恐变出万一，未能得志。”

议政王大臣等认为，前取金门、厦门既用荷兰兵船破“贼”,今亦应用荷兰国船兵合力举行，则有济大事，实为显然，请敕总督姚启圣、将军杨捷、巡抚吴兴祚、提督万正色等商议，倘若他们以为自己所备兵力能破敌人舟师，断无踪虞，真有灼见，可听从他们酌量而行“如少有疑虑，不可以前经具题，惮于更改，勉强从事”。康熙皇帝对此表示同意，于是敕令总督、巡抚、提督等会商定议奏闻。

总督姚启圣和提督杨捷主张待荷兰船到，一同进兵；巡抚吴兴祚、提督万正色力主不候荷兰船到，即行进兵，双方各执己见，反复争论。最后，巡抚吴兴祚上疏向康熙皇帝陈述了他与万正色的决意进兵的意见，他们具体地分析了双方形势，提出了作战的具体方案，表达了依靠自身力量，断可取胜的信心。康熙皇帝阅览了二人联名的奏章，满怀信心和喜悦，立即下令进兵。

康熙十九年(1680)二月初四日，万正色统率水师由定海进发，初六日抵海坛。万正色即将前锋分为六队直向前冲，自己亲率舟舰继后，并出动全部轻舟，从左右两面，并力夹攻，炮火齐发，击沉郑船十六艘，郑兵溺水而死的三千余人，郑军溃败。清师进占海坛后，随即乘胜追剿敌兵至平海屿，同巡抚吴兴祚会师，继续南下。同月二十日，郑将朱天贵、林陛率三百余艘船舰速踞崇武，同清水师激战，被清水师击沉战船二十余艘，仓促逃遁，万正色率水师进占崇武。

康亲王杰书调驻防杭州的副都统倭申巴图鲁率满洲、绿营官兵逼近厦门及为郑军屯粮之所的大定、小定诸岛后，立即率领水陆大军分进，规取玉洲。郑将刘国轩向石码、海澄逃窜，清水师紧紧尾追，刘国轩复走厦门。郑总兵苏堪开海澄西门投降，至此石码、海澄等地收复。

总督姚启圣与平南将军赖塔率水陆官兵分七路进剿，攻占陈州、马州、湾腰山、观音山等十九寨，巡抚吴兴祚同宁国将军喇哈达由同安进剿，攻占液洲、浔尾后，随即分兵三路直渡厦门，郑军溃败。二十八日，清师入厦门城。继而，攻占金门。

这时郑总兵马兴龙往来铜山、南澳等处，继续顽抗。总督姚启圣密遣总兵朱光祖招抚逃往铜山的郑将朱天贵，朱天贵乘诸镇将集议军机时，设计擒获马兴龙父子及其弟五人，将他们沉死海中。康熙十九年(1680)五月，朱天贵率领诸镇将及二万官兵和船三百余艘，向清投降。之后，郑军全部撤至台湾。