郑经再次退守台湾后，这时的他已丧失了昔日的雄风，生活越来越腐化。他于洲仔尾择地筑造园亭，将爱妾移居于内，纵情花酒，且日与文士武将骑射酣乐，任长子郑克臧秉政。

克臧是郑经嬖妾所生，刚断果决，很有其祖郑成功的遗风。他既承父命，代理政事之后，上至国太、诸叔和郑经的亲信权幸，下至镇将兵民，一律绳以礼法，不肯阿容徇纵。郑经担心他处事不稳妥，背地里叫人将郑克臧平日所处理的启章政事等文件拿来详加审阅，觉得一件件、一桩桩条晰明确，处理妥当。郑经很是喜欢，于是对郑克臧更加信赖，索性把所有政事通通交给郑克臧决断，自己竟日夜花天酒地。然而，郑克臧的刚断果决作风，却遭到郑经的亲属、亲信与权幸们的妒恨。

原来，郑经西征时，把留守台湾的任务交给总制陈永华。陈永华是郑克臧的岳父，郑克臧的权威与才干正是在陈永华的支持和培育下形成的。冯锡范等人返台后，眼见陈永华把握重权，且处事公正，敢作敢为，把台湾治理得有条不紊，而郑经又委政于克臧，这严重地威胁着冯锡范等人既得的权力和地位，这是权欲熏心的冯锡范等所不能容忍的，更何况冯锡范蓄意谋立郑经的少子、他的女婿郑克壤。为此，冯锡范就同握有兵权的刘国轩勾结起来，合力争夺核心权力。这样，郑氏政权内部一场你死我活的争权斗争就不可避免地要发生了。

刘国轩、冯锡范密谋解除陈永华的职权，架空了郑克臧。冯锡范依照刘国轩的策划，去拜访陈永华，他装着一副异常自愧的样子对陈永华说，“我扈驾西征，寸功俱无”,准备“辞职解权，杜门优游，以终余岁”。陈永华信以为真，他暗自思忖，冯系武臣，尚且懂得谦退，自己乃一文臣，岂可久恋重权!况且郑经已退居二线，自己理应退位下来。于是，他呈请郑经解除自己的职权。郑经同冯锡范商量，冯锡范心中暗喜，对此则大加赞许。而郑经也轻率地将陈永华执掌的军政大权及其所部将士通通交给刘国轩掌管。从此，陈永华退位休养。然而冯锡范却仍任侍卫如故，寸权未交，陈永华方知自己中了奸计，懊悔不及，抑郁而死。担任监国的郑克臧一旦失去了陈永华这一强力的依靠，也就无所作为了，冯锡范等人由此实现了谋夺最高权力的关键性的一步。

郑经病危，他在临终前传刘国轩和冯锡范到床前，将王印授给郑克臧，殷切希望冯锡范与刘国轩协力辅佐新王。郑经哪能想到眼前这两位自己推心置腹的重臣，正像毒蛇一样张着血盆大口准备吞噬即将继位的嗣君呢!

康熙二十年(1681)正月二十八日夜，郑经去世。冯锡范串通刘国轩，勾结郑经诸弟聪、明、智、柔等发动政变，杀害了郑克臧，立郑经次子年仅十二岁的郑克壊继位。命郑经弟郑聪为辅国公，刘国轩为武平侯，“专主征伐”,冯锡范为忠诚伯，仍管侍卫兼参赞军机，其余文武各加一级。从此郑克填“凡事皆决之国轩等”。

由冯、刘发动的政变，加剧了郑氏集团内部矛盾，大大地削弱了自身力量。当时，这时的郑氏政权内部，“主幼国疑，权门树党，部下争权，互相猜忌，各怀异心”,由是“政出多门，人心已涣”。而刘国轩操持兵权，竟以“杀戮立威”,以致“人心不安”,郑“军内多思叛”。这时的郑氏政权确已处于摇摇欲坠的危机之中。

康熙二十年(1681)四月，清总督姚启圣获悉郑经已死，郑克盛被杀，十二岁的郑克壊继位，其叔郑聪摄政，内部混乱，认定这正是“天亡海逆之时也”。但事关重大，他立即与喇哈达及水陆各镇总兵会商后，联名向康熙皇帝奏请：“会合水陆官兵，审机乘便，直捣巢穴”,但“台湾孤悬海外，处处皆险，统师远剿，时地难测，非臣等所敢擅定也”。康熙接读姚启圣等奏疏后，于六月下了一道诏旨：令姚启圣等人“宜乘机规定澎湖、台湾”,并训谕总督、巡抚、提督、将军等福建前线指挥员务必“同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机”。

然而，原水师提督万正色自克复金、厦后，就竭力主张防守海疆，反对出兵台湾。早在康熙十九年(1680)四月，万正色就提出“沿海设戍，以固疆隅”的主张，即在“孤悬海上”或“滨海要冲”之地，如海澄、厦门、语屿、金门、围头等十四处遣兵三万，设镇分防，不时巡缉，使“‘贼’不能肆犯”,这样边海可安。所以，他主张“台湾断不可取”。康熙皇帝深知水师提督是直接指挥并决胜海战的关键性人物，如今让持反对攻取台湾的万正色继续担任水师提督去指挥这场艰巨的海战，那是万万不能济事的。当务之急，他亟须遴选确能敢当重任、才略优长、谙熟军事、善于海战的杰出人才去替换万正色。经过详细调查、慎重考虑之后，康熙皇帝决定再次起用施琅。

早在康熙十七年(1678)、康熙十八年(1679)时，姚启圣曾先后两次推荐过施琅“堪任水师提督”,受过康熙皇帝的驳斥。这倒不是康熙皇帝不识施琅的才干，只因施琅的长子施齐和侄儿施亥在郑军任职，不便使用。直到康熙十九年(1680)二月，姚启圣弄清了施齐、施亥密图擒拿郑经因事机不密，两家七十三口全被郑氏磔杀，尸首沉入海中的真相之后，康熙皇帝才打消了对施琅的疑虑。

在姚启圣与李光地的一再推荐下，康熙二十年(1681)七月二十八日，康熙皇帝任命施琅为水师提督，并指令议政王大臣等“原任右都督施琅，系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地理，海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵，加太子太保，前往福建，到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，期统领舟师，进取澎湖、台湾，其万正色改为陆路提督”。康熙皇帝用人不疑，疑人不用，其既决定任用施琅就深信不疑，给予全面的支持。当时，举朝大臣多以为施琅“不可遣，去必叛”。康熙皇帝却坚信施琅不去，“台湾断不能定”,施琅上任离京时，康熙皇帝赐食，并赐他鞍马一匹，还语重心长地对他说：“尔至地方，当与文武各官同心协力，以靖海疆，海氛一日不靖，则民生一日不宁，当相机进取，以副朕委任之意。”施琅赴任后，题请侍卫吴启爵随征台湾，兵部没有批准，康熙皇帝则认为，吴启爵在京不过是一侍卫，也没有多大作为，若前往福建或许更有作用，“着依施琅所请行”。施琅要求授予陈威等人官职，吏部不准，康熙却指出“目前进取台湾正在用人之际，福建总督、提督、巡抚凡有所请，俱着允行”。

施琅本是郑氏部下，善长海战。顺治初年，郑成功杀了他的父亲与弟弟，他才弃郑投清，后因功升任清水师提督。康熙初年，他在指挥舟师，克复金、厦之后，向清廷表述过率师进克台湾的决心与谋略。这次康熙复任他为福建水师提督，正好迎合他早先立下的宏图与夙愿。康熙二十年(1681)十月，施琅满怀喜悦与必胜的信念，奔赴厦门。

施琅一到厦门，立即投入备战中，整船练兵，制备军器。他深虑总督、巡抚并不熟悉海战，生怕在指挥战事的过程中，处处受到掣肘，以致影响作战意图的全面贯彻。为此，他力争执掌“专征台湾”的指挥权。他上任不久，便向康熙皇帝上了题本，明确提出自己“职领水师，征剿事宜，理当独任”的请求；并指出督抚姚启圣、吴兴祚担负着封疆重任，他俩都决意进兵，同意恳切，不是他所能禁止的，且至今未奉有督抚同进的诏旨，故一并“相应奏闻”。

其实，姚启圣早有征剿台湾的素志。康熙十八年(1679)九月，他在请定一统规模疏中，就提出直捣台湾的建议。次年三月，在克服金门、厦门后的备陈平海事宜一疏中，他又提出台湾断须次第攻取，永使海波不扬，并表示“臣必欲亲率舟师剿灭台湾，永除后患，以报国恩”。康熙二十年

(1681),他获悉郑经去世，立即奏请康熙皇帝审机乘便，直捣巢穴。为此，他一再推荐施琅复任福建水师提督，率师征剿。所以，当他接读施琅的密题疏稿后，不禁心中“如焚如溺”,不能自已，他随即于十月十六日上疏，声称为了实现混一区宇，统一台湾，即使“肝脑涂地，臣之愿也”。

康熙皇帝没有同意施琅独任征剿台湾的请求，只是将总督、巡抚分了工，谕令说“总督姚启圣统辖全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾，巡抚吴兴祚有刑名钱谷诸务，不必进剿”。

康熙二十一年(1682)三月，施琅鉴于练兵整船业已就绪，再次上疏恳请出征台湾，由他“专征前进”。在这次奏疏中，施琅竭力称颂姚启圣“调兵制器，奖励士卒，精敏整暇，咄嗟立办，捐造船只，无所不备”的精敏干练的作风。同时，他更明确指出姚启圣“惟是生长北方，虽有经纬全才，汪洋巨浪之中，恐非所长”。建议其“应驻厦门，居中节制”“后趱粮运策应”,如此则军队“粮无匮乏之患，兵有争先之勇”。他殷切期望康熙皇帝迅即给他颁发征剿台湾的敕谕，并将总督题定功罪赏格也一并赐予他。

姚启圣在宁海将军赖哈达处看到施琅的奏疏，十分气愤。他马上于三月二十九日上疏反驳说：“臣虽生长北方，然今出海数日……亦安然无恙，不呕不吐，何以知臣毫无所长?”重申“剿灭台湾”是他的“素志”,为了筹办征台的兵饷、粮米、各项器械和木料，他费尽心机，往往是朝呼而夕至。他坚决表示“宁愿战死于海，而断不肯回厦门偷生者也”,这足以反映出总督、提督对“专征”的争执已是十分尖锐了。

康熙又一次没有同意施琅的请求，仍然坚持总督、提督“协谋合虑，酌行剿抚”。

这期间，施、姚二人在出征的风向、时间以及对待剿抚等方面，也都发生了争论。

清廷原定于康熙二十年(1681)十月出征澎、台。施琅上任时，鉴于“点验船兵，全无头绪”,又需派遣间谍去台湾沟通旧时部下，使为内应；他更考虑“冬春之际，飓风时发，舟骤难过洋”,因此，不敢于十月妄举进剿。于是，他疏请推迟至次年三四月间进兵。这时，姚启圣却提出要十月、十一月、十二月利用北风，尽快出兵；并主张由澎湖、淡水(今台北市)两路进兵。为了在出征前做好充分的准备工作，康熙皇帝同意了施琅的请求。

康熙二十一年(1682)三月，施琅改变了主意：认为春夏之交，东北风为多，前议轻北风进兵，犹恐未难万全。又上疏请求克期至夏至时，利用南风出征澎湖，十月攻取台湾。

同年四月，经议政王大臣集议决定应檄总督姚启圣、提督施琅，克期于夏至后进取台湾。康熙皇帝虑及海上变幻莫测，难以遥度，有关战事的具体决策与行动，需要根据实际情况和前线指挥将领的意见来决定，没有采纳议政王大臣关于限期出征台湾的决议，而是十分慎重地指令应抓住时机，协力攻取台湾。指示“进剿‘海寇’,关系重大，总督姚启圣、提督施琅身在地方，务将海面形势，‘贼’中情形，审察备实，如有可破可剿之机，着协谋合虑，酌行剿抚，毋失机会”。

是年五月初一，施琅会同姚启圣统率舟师开船至铜山，准备出兵攻取澎湖。这时，两人对出征的风向与时间，展开了激烈地争辩，致使征期又被拖延下来了。

施琅采纳了从台湾来投诚的同安商人陈昂的意见，认为澎湖坐向东北，夏至南风成信，连旬盛发，舟师从铜山出发，顺风坐浪，船得连腙齐行，将士又无晕眩之患。交战时，自居上风上流，敌反居下风下流，敌进不得战，退不得守，可操胜券。如若冬春进兵，北风骤发，敌居上风上流，而自己则居顶风顶流，其势难以冲击取胜，而姚启胜一直坚持冬春利用北风进兵。

双方争论十余天，互不相让。各总兵、海道承姚启圣的嘱咐，力劝施琅权依督臣之议。五月十六日，宁海将军喇哈达、侍郎吴努，到达铜山，闻悉督、提意见分歧，他们立即作出“平海事关重大，奉旨督提同心，岂可各执己见，当请展期”的决定。施琅因不便违抗，不得不听从姚启圣等人，这实非他的本意。

施琅为了进一步了解敌情和选定出征日期，即遣赶缯快船二十三只，令随征总兵董义等率领船队前往澎湖侦察。船队于六月初四日黎明从古雷出发，初五日下午至澎湖，在花屿前湾泊，初六日黎明船队进抵狮屿头，瞭见刘国轩等人的船只通通布列在娘妈宫前。郑军一发现清军，立刻从西屿头、八罩山分别发出大小战船三十余只追击。董义忙命各船归腙返回，初七日入境，初八日顺利抵达厦门。这次，施琅遣发哨船侦探，来去无阻，既摸清了敌情，又证实乘南风进取显见成效，这更增强了他的信心。

其实，姚启圣、施琅两人的分歧，关键在于各自对形势的不同估计及对待剿抚有别的深层矛盾上。

姚启圣十分重视招抚工作，他出任总督后，便颁发招抚赏格十款，凡不同形式的投诚官兵与出面招抚人员，以其贡献大小，一一给予不等的奖励。对投诚官兵的安置工作，也做了具体规定。为了使招抚活动经常化，还特地建立修来馆，派员专门负责收纳投诚将士。此外，他又不时派间谍潜入澎、台，在郑军内部进行策反。他曾给郑宾客司傅为霖、续顺公沈瑞送去绫札重赏，策动傅为霖等纠联十一镇兵力协谋内应。在傅为霖等谋叛失败后，姚启圣还上疏请求给谋反将士于常格之外，量加忧恤，以感召更多的郑军官兵起来反叛。

姚启圣招抚工作的顺利开展，对分化瓦解郑军无疑起了重要作用。

但是姚启圣对军事征剿与自身的舟师力量却缺乏足够的信心，特别是在郑方整兵严守澎湖之后，他总是强调用抚与间谍活动来促使敌人的解体，尔后等待时机，再行征剿。

姚启圣自康熙二十一年(1682)郑方万余军兵据守澎湖以来，其一直受“无可破可剿之机”的思想指导，图谋运用“抚”与“策反”或经济上困死敌人的和平方法，来取得澎湖、台湾。

施琅一直主张“寓抚于剿”,把扑灭郑氏政权的立足点放在征剿上。

康熙二十一年(1682)三月，施琅在奏疏中建议“先取澎湖，扼其吭，拊其背，逼其巢穴，使其不战自溃，内谋自应；不然，候至十月，乘小阳春时，发动大军进剿，立时**平”。

施琅反对按兵不动，相机而行，认为在没有摧毁敌人的军事力量前，企图通过善言抚谕的方法，期望郑氏就抚，那是办不到的。

此时，施琅越来越感到出征台湾，如由总督等互相牵制，卒难成功。康熙二十一年(1682)七月，他再次上疏申述“总督生长北方水性海务非其所长”,尤其是“中有一、二视此畏途，未免低回，以致督臣，疑惑不决”。坚决恳请由他“独任”,征伐台湾，令督抚“催趱粮饷接应”,并“勿限时日”“风利可行”,即“督发进取”。他满有把握地表示只须挑选精兵二万有奇，大小战船三百号，尽堪破灭敌军，“事若不效，治臣之罪”。

康熙皇帝见施琅的密奏后，对此十分生气。原来康熙皇帝对施琅“屡奏进兵”,常以风不顺为由，“延迟日月，踟蹰不进”的情况，早就不满了。而施琅又一再题请勿让总督进征台湾，这使他更加恼怒。他当即用严厉的口吻斥责说，作为臣子，凡事都应“据实自奏”,为此“苟且妄奏，是何道理”。然而，康熙处事毕竟是很沉着而慎重的。他想进剿台湾，事关重大，必须度势乘机，以图进取，尤其是处于举足轻重地位、负有重大责任的水师提督施琅一再提出自行进征台湾的请求，已引起督、提之间的严重分歧，需要尽快妥善处理。于是，康熙皇帝照例先让议政王大臣会议讨论，议政王大臣等人同意提督施琅的请求。之后，康熙皇帝又征求大学士们的意见，明珠回答说：“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事，照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行。”于是，康熙皇帝改变了主意，由施琅相机自行征剿。同年，十月二十日，谕旨说“进剿‘海寇’,关系紧要，着该督抚同心协力，催趱粮饷，勿致延误，前姚启圣具题功罪定例，交与施琅遵行”。并提出“‘海寇’固无能为……郑经死，首‘寇’既除，余党彼此稽疑，各不相下，众皆离心，乘此扑灭甚易。施琅相机自行征剿，极为合宜”。

施琅专征获允，他立即统率官兵二万一千余名，配置大鸟船七十只，赶缯船一百零三只，浩浩****进兵澎湖。

康熙二十二年(1683),台湾内部危机加深。从澎湖台湾前来归降的官兵越来越多。正月初二日有副将刘秉等坐双帆踞船一只，带家眷八十二口。从澎湖前来投诚。二十六日，总理李瑞等夺民船一只，带兵二十一名也从澎湖前来投诚。三月十八日，有士兵许福等十四名驾小船一只，自台湾猴树港过来投诚。四月初有海贼郑才等十八名，从淡水港夺柴民船一只前来投诚。六月十六日有许六、吴阿三等夺渔船一只，在澎湖带家眷十九名前来投诚。

康熙二十二年(1683)四月，施琅上疏称“海逆有日蹙之势，航剿有可破之机”。康熙皇帝抓住了这一有利形势，赞同并指令施琅挥师澎湖。