建武六年(公元30)六月，刘秀因为官府、官吏太多，实行精简政体颁布诏书说：“夫张官置吏，所以为人也。今百姓遭难，户口耗少，而县官吏职所置尚繁，其令司隶、州牧各实所部，省减吏员。县国不足置长吏可并合者，上大司徒、大司空二府。”大意是讲，设置官吏，就是要让人民更好地生活；现今老百姓蒙受劫难，户口已经大为减少，而县级官吏设置仍然很多，司隶与各州牧认真核查所属各县，精简机构，裁减人员；凡不足设置长吏可以合并的县与侯国，上报大司徒、大司空二府审批。

史载，建武六年诏令实施的结果，"并省四百余县，吏职减损，十置其一”。这样一来，县级行政机构的数目与当时民户人口的比例，基本才相适应。

除了对县一级的合并裁减外，又有对郡、州的省并。据《后汉书·光武帝纪》所载，这类省并就有“建武十年(公元34),省定襄郡；十一年，省朔方牧，并并州；十二年，省金城郡(后又复置);十三年，省并西汉九国，即广平属巨鹿，真定属常山，河间属信都，城阳属琅邪，泗水属广陵，淄川属高密，胶东属北海，六安属庐江，广阳属上谷；二十年，省五原郡。除了这些以外另还有其他简政举措，如建武六年采纳朱浮建言，简化牧守代易手续，十一年省大司徒司直官”等。

当然，在省并官府、简化吏事的同时，根据管理的实际需要，光武朝也新设置了一些官职，如建武九年(公元33),初置青巾左校尉官(后改为越骑校尉)。亦有省罢、复置兼行者，如仍在建武九年，省关都尉，复置护羌校尉官。不过在那个时候，简政是绝对的主流，而新设置的官，因为数目微乎其微完全可以忽略不计。

刘秀还在经济政策方面加以改革，特别是在减轻田租方面。建武六年

(公元30)年末，刘秀下诏：“顷者师旅未解，用度不足，故行什一之税；今军士屯田，粮储差积；其令郡国收见田租三十税一，如旧制。”这里，诏书先解释了过去实行什一之税的原因；师旅未解，用度不足；然后说现在由于进行士兵屯田，粮食方面已有一定积累，所以恢复自汉景帝以来所实行的旧制：三十税一。

在减田租税之前就在不少地方实行军士屯田，主要有建武四年(公元28),刘隆讨平李宪后，奉命屯田武当；建武五年，张纯将兵屯田南阳；建武六年，马援以三辅地旷土沃，上书求屯田上林苑中；同年，王霸屯田新安；同年，李通破公孙述于西城，还屯田顺阳。正因为以上这些屯田活动的开展，才能使东汉朝廷掌握了较充足的粮食，也正因为这样所以在建武六年末，尽管对魄嚣的战事已经全面拉开，“师旅”仍然“未解”,刘秀却能够坦然地大幅度减轻田租。

经济政策方面还有一件必须提出的事是，建武十六年(公元40),刘秀采纳了马援的建议，恢复铸造并发行西汉时流通的五铣钱。说起来，这件事的经过并不是一帆风顺的，还有那么一点小小的曲折。当初，马援在陇西上书，“言宜如旧铸五铁钱”。事下三府(指三公府，当时应为大司徒府、大司马府和大司空府),三府上奏“以为未可许”,此事便作罢。后来马援从公府里找到过去的上书，见到当年三府对自己所提出的十三个质疑问题，于是作出解答，然后另又具表上言，这样才被皇帝接受。

王莽当政实行币制改革，废除了五铁钱，在那以后一直没有恢复。马援奏言重铸五铁，应该说还是铢殊钱币值稳定，长期流通，为民众所信赖，恢复五铣，对于建立正常的金融秩序，发展生产是非常有好处的。从政治方面来看，那时候的人普遍把五铁钱视为汉统的象征，所以重铸五铢在政治上也是有意义的。

可惜东汉朝廷的三公府有关官员，没能认识到此举的价值，对马援的建议多方刁难；倒是刘秀看得比较清楚、长远，当收到马援的二次上书后，立即照办。其结果“大下赖其便”。