长安的更始皇帝败亡后，“更始诸大将在南方本降者尚多”,他们乘机“勒兵为乱”。在这里，要数偃王尹尊和宛王刘赐力量最强大。

尹尊是更始所封的十四个异姓王之一，封地偃(今河南偃城南)位于当时颍川郡南部，距离京师洛阳不是很远。当年更始洛阳守将左大司马朱鲔投降刘秀，为防止意外，曾叮嘱其部下，如有不测，令他们投奔偃王，由此可见偃王尹尊地位之重要。

刘赐其人，他是刘秀的族兄，早年曾“卖田宅”“抛财产”,为兄刘显报仇，后参加春陵军，及更始即位，历任光禄勋。大司徒、丞相、前大司马等职，为更始分封的六位同姓王之一，封地宛(今河南南阳)系当时南阳郡郡治，握有所谓的“六部兵”。当赤眉破更始后，刘赐率领的六部兵因也时有叛乱发生，于是他离开宛而据保育阳(今河南南阳南)。

刘秀召开军事会议为了廓清京师南部偃王、宛王的势力，商讨进兵事宜。开始他没有说话，沉吟良久，突然以檄叩地发问：“偃最强，宛次之，谁当击之?”只见贾复抢先回道：“臣请击偃。”刘秀笑着说：“执金吾(官名，贾复时任此职)击偃，吾复何忧!大司马(指吴汉)当击宛。”就这样，确定了南征偃、宛两王的将领人选。

贾复出身书生，志貌非凡，在行军打仗中特别勇敢。有一次，他率军与五校战于真定(今河北正定南),虽然大获全胜，但自己却身负重伤，生命垂危。刘秀见状大惊道：“我所以不令贾复别将者，为其轻敌也。果然，失吾名将。闻其妇有孕，生女邪，我子娶之，生男邪，我女嫁之，不令其忧妻子也。”

刘秀的意思是说，我之所以不允许贾复独自率军作战，是担心他轻视敌人，打起仗来不要命的缘故；如今果不其然，将失掉我的一员名将；听说他的妻子已经怀孕，如果生个女孩，我的儿子娶她，如果生个男孩，我的女儿嫁他，绝不让贾复为妻子的事担忧。从这些话里，可以体会出刘秀对贾复的器重之情。

这次，贾复领了军令，便与骑都尉阴识、骁骑将军刘植南渡五社津(今河南孟县东),直捣便地。“连破之，月余，尹尊降。”也许击偃之战进展太顺利，贾复觉得不过瘾，于是又引兵东击更始淮阳太守暴汜(郡治陈县，即今河南淮阳)。“汜降，属县悉定。”击宛的吴汉进展也同样相当顺利。

宛王刘赐与刘秀本来就有着千丝万缕的宗族血缘关系，当年也正是因为他极力举荐刘秀出徇河北，才使刘秀获得了一个独立发展的机会，应该说二刘之间是互有好感的。再者，刘赐自己也是一个颇有眼光的人。当他听到刘秀即位的消息后，即主动西行到武关，将罹难中的更始妻子接回乡里，作为自己将来的政治资本。不想，此举日后还果真派上了用场。这次吴汉击宛，刘赐便“奉更始妻子诣洛阳降”。

刘秀为了表扬他的一片忠心，特封为慎侯。由于刘赐投降，吴汉很快就占据了宛、涅阳(今河南镇平南)、郦(今河南南阳北)、穰(今河南邓县)、新野(今属河南)等地。

当然，南方的割据势力并非只有偃王、宛王两家。史称“是时南方尤乱”,不少地方常常是这个地方刚刚收伏那边又起叛乱，局势发展的变数很多。像“堵乡人董诉反宛城，执南阳太守刘縯”,便是一个突出的实例。事发当时，扬化将军坚铒与右将军万修正巡行南阳诸县，闻讯后坚铒立即“引军赴宛，选敢死士夜自登城，斩关而入”,迫使董诉弃城逃回老家堵乡(今河南方城东)。

有时营垒内部也会突然发生一些意想不到的事，如破虏将军邓奉造反即是一例。原来吴汉“纵兵略新野”,刚巧被回新野省亲的邓奉遇上。邓奉是刘秀的姐夫邓晨的哥哥的儿子，说起来与刘秀也算沾点亲。他“怒吴汉掠其乡里，遂反，击破汉军，获其辎重，囤聚淆阳”,而且同董诉以及起事于杏聚的许邯等相呼应，形成“合纵”之势。

南阳是刘秀的家乡，也是他首次起义之地，在这里频频发生反叛事件，自然会有一种后院起火之感，于是他拜曾“击荆州群贼”并“破杏降许邯”的岑彭为征南大将军，与朱祐、贾复、耿算、王常、郭守、刘宏、刘嘉、耿植等将军，去平定南方。

在派出的这批将领中，王常是一个很关键的人物。他本是绿林农民军的一名首领，当绿林军因疾疫分兵转移后，他成为下江兵首领之一；此人皇权主义思想浓厚，在下江兵与秦陵兵的联合中起了重要作用。更始政权建立后，他官拜廷尉大将军，受封邓王，赐姓刘氏，封地在当时南阳郡南部与南郡交界不远的地方，即今湖北襄樊北一带，食邑达八县之多，而且他还以王的身份代理南阳郡太守，“诛不从命，封拜有功”,是专制、手握实权的大员。

建武二年(公元26)夏，“常将妻子诣洛阳，肉袒自归”。刘秀见到王常来降甚是高兴，慰劳说道：“王廷尉良苦。每念往时，共更艰厄，何日忘之。莫往莫来，岂违平生之言乎?”这番话，先问候辛苦，接着回忆往事，表示不忘旧交之意，最后引用《诗·那风·终风》“莫往莫来，悠悠我思”之句，对王常久事更始不早归朝略加批评，意谓有违平生之言。

王常闻听此言顿首答谢说：“臣蒙大命，得以鞭策托身陛下。始遇宜秋，后会昆阳，幸赖灵武，辄成断金。更始不量愚臣，任以南州。赤眉之难，丧心失望，以为天下复失纲纪。闻陛下即位河北，心开目明，今得见阙庭，死无遗恨。”其大意讲，臣子承蒙大命，有机会执鞭跟从陛下；最初相遇在宜秋，后来相会在昆阳，有幸依赖灵武保佑，与陛下及陛下之兄长深相结交；更始信任我这个愚笨的臣下，委以廷尉行南阳太守的重任；赤眉入长安更始蒙难，使人丧心失望，以为从此天下再次失去了纲纪；听说陛下在河北继承大位，顿令人心开目明，今天能够亲眼见到陛下，死也没有遗恨了。

刘秀听后笑着说：“吾与廷尉戏耳。吾见廷尉，不忧南方矣!”意谓我刚才说的话(指那些带有批评意味的话)是同你开玩笑，我见着你前来就不担忧南方的事情了。于是召公卿将军以下大会，对群臣说道：“常以匹夫兴义兵，明于知天命，故更始封为知命侯；与吾相遇兵中，尤相厚善。”意思是说，王常以普通老百姓的身份兴起义兵，懂得知晓天命，所以被更始封为知命侯；他与我相遇在战争的环境之中，相互间特别要好。刘秀对王常“特加赏赐，拜为左曹，封山桑侯”。

当天，刘秀又把王常迁官为汉忠将军，作为一种表彰，同时让他与岑彭等一起，“南击邓奉、董诉”,并“令诸将皆属焉”。刘秀的这番安排，显然有其良苦用心。他这是要充分利用王常这位更始政权派驻南州大员的威望与影响，使之为刘秀发挥作用。

征南大将军岑彭与汉忠将军王常等兵锋先指向堵乡的董诉。这时邓奉率一万多兵马来援救。“诉、奉皆南阳精兵，彭等攻之，连月不克”。更为糟糕的是，交战中，执金吾贾复身受重伤，而建义大将军朱诉兵败竟被邓奉活捉。董诉、邓奉的军力明显要强于岑彭、王常，而且邓奉更是一员虎将。实际上，当董诉、邓奉相继反叛后，巡行于南阳地区的万修、坚铒军，很快便予以回击。

他们虽然将董诉赶出宛城，但不久即陷于邓奉、董诉的南北夹击之中；特别是万修病故后，坚铒独自支撑局面，困难更为严重。当时“道路隔绝，粮馈不至，镗食蔬菜，与士卒共劳苦”。在这个时候遇到紧急情况，坚镗总是身先士卒，抵挡矢石，虽然多处受伤，但仍坚持战斗。正因为这个原因，这支军队才得以保存下来，未被董诉、邓奉吃掉。

对于这些情况，刘秀当然不可能不知道。也许正是有鉴于此，所以他在派岑彭南征时，特意让熟悉南阳情况的王常同往。看起来，刘秀虽有一定的准备，但对董诉、邓奉实力的估计显然不足。面对十分严峻的南阳形势，他不得不御驾亲征了。建武三年(公元27)初夏，刘秀亲率大军南征。大军行进至叶(今河南叶县南)时，便受到董诉别将所率数千人的拦截，“车骑不可得前”。这几乎是给刘秀来了个下马威。岑彭迅速奔击，“大破之”,如此刘秀才得以兵至堵阳(今河南方城东)。

这次刘秀有备而来，在兵力上占有绝对的优势。邓奉派出的侦探，“见车骑一日不绝”,回去报告后，邓奉感到难以抵挡，于是连夜逃归消阳；董诉这时见势不妙，只好束手投降。刘秀率岑彭、耿拿、贾复、傅俊、臧宫等追击邓奉至小长安，双方展开了一场厮杀。当年刘縯、刘秀的舂陵兵，在这儿被新莽前队大夫甄阜、属正梁丘赐击败，几乎全军覆灭；刘秀的二姐刘原和她的三个孩子以及二哥刘仲，全遇害于这里，而刘秀本人与妹妹伯姬，也是在此处死里逃生捡了一条性命。

邓奉兵败，走投无路，遂“肉袒因朱祐降”。“肉袒”,指邓奉赤露着上身；“因朱祐降”,即趁释放被俘的建义大将军朱祐之机，请求投降。刘秀怜惜邓奉是旧功臣，而且反叛事端的缘起是由吴汉一手造成，所以刘秀打算赦免他。岑彭、耿算进谏说：“邓奉背恩反逆，暴师经年，致贾复伤痍，朱祐见获；陛下既至，不知悔善，而亲在行陈(阵),兵败乃降；若不诛奉，无以惩恶。”意思是说，邓奉不顾陛下的恩惠而反叛，将士们风餐露宿讨伐长达一年之久，以致贾复遭受重伤，朱祐被其俘获；陛下御驾亲征，他也不知悔改从善，直到陛下亲自同他对阵，兵败以后才肯投降；如果不诛杀邓奉，那就没办法惩治恶人了。刘秀觉得所谏其言在理，于是杀掉邓奉。这样，南阳地区基本被平定。

留下征南大将军岑彭，令他率博俊、臧宫、刘宏等三万人马继续南击南郡境内的割据势力秦丰集团。刘秀车驾则引还洛阳，秦丰是南郡邵县(今湖北宜城北)人，新朝地皇二年(公元21)起兵反莽；两年后，他乘赤眉军西攻长安、更始政权垂危之机，占据宜城部(今湖北宜城南)等十余县，“有众万人，自号楚黎王”,建都黎丘(今湖北襄樊东南)。岑彭等率得胜之军南下，首战攻拔黄邮(今河南新野东北)。秦丰与其大将蔡宏在邓县(今湖北襄樊北)阻止住了岑彭军的攻势，使之“数月不得进”。

刘秀对南征军迟迟没有突破的情况感到很不满意，便下诏责怪岑彭。岑彭受到皇帝的指责，心里也很紧张，经过反复思考，终于想出了一条声东击西的破敌妙计。一天夜晚，岑彭突然集合人马，向大家明确宣布，明天早晨将“西击山都(今湖北襄樊西)”;同时有意放松对俘虏的看管，让他们逃回去送信。秦丰得报后，立即把主力军队布防于西线，等候岑彭的到来。

没有想到的是，岑彭偷偷地渡沔水(汉江),首先攻破驻守于襄阳西北阿头山的秦丰部将张扬，然后“从川谷间伐木开道，直袭黎丘，击破诸屯兵”。秦丰闻听此讯大惊，火速驰归救援。这时岑彭与诸将依东山为营，正以逸待劳。秦丰与蔡宏乘夜向岑彭发起进攻，而彭早已做好了一切准备，“出兵逆击之，丰败走，追斩蔡宏”。这一仗打得非常漂亮，刘秀为此特地“更封彭为舞阴侯”,以资鼓励。由于这个胜仗的影响，“秦丰相赵京举宜城降”,从而使黎丘变成为一座孤城。

赵京调转过枪口，与岑彭一起，挥军将秦丰团团围困在孤城之中。这期间，有两个与秦丰相关的人物，一是延岑，当他被冯异赶出关中，逃到南阳之初，曾攻下数城。穰(今河南邓县)人杜弘率部众归从了他，使其力量大增。但不久在穰为建威大将军耿算击败，被杀被俘将近万人，杜弘也投降了，他仅与数骑逃奔东阳聚(今河南邓县南),与秦丰将张成会合。秦丰对他很器重，“以女妻之”。后来建义大将军朱祐率祭遵等进击东阳，张成临阵被杀，延岑败逃投奔秦丰。朱祐等继续南进，遂与南征的岑彭军合，包围秦丰于黎丘。

建武四年(公元28)春，延岑再次北上顺阳(今河南淅川南)活动，刘秀派邓禹和复汉将军邓晔、辅汉将军王匡，在邓县阻击，结果大获全胜；进而西北向追至武当(今湖北十偃东北),又取得胜利。延岑由于连吃败仗，只好逃奔汉中，归附了公孙述，被任为大司马，封汝宁王。

还有一个就是田戎。戎系汝南西平(今河南西平西)人，与同郡的陈义汉客居南郡夷陵(今湖北宜昌东南),“为群盗”或可能即一批武装反莽者。

更始二年(公元24),他也是乘赤眉西进之机，据有夷陵，“自称扫地大将军”“号周成王”,拥众达数万人，这样就成为南郡境内另一大割据势力。

当他听到秦丰兵败、黎丘被围的消息后，担心岑彭大军下一个攻击目标将指向自己，因此打算投降。他的妻兄辛臣特意画了一张地图，上面一一标出当时各个割据者所占有的郡国情况，指着刘秀的都城洛阳进谏道：“今四方豪杰各据郡国，洛阳地如掌耳，不如按甲以观其变。”意谓现在天下英雄豪杰纷纷起来占据地盘，刘秀的洛阳不过巴掌大的地方，用不着那么害怕他，不如按兵静观天下的变化。

田戎则并不赞成这个意见，说：“以秦王之强，犹为征南所围，岂况吾邪?降计决矣”。其话中的“秦王”指秦丰，“征南”指岑彭。意思说以秦丰那样强大，尚且被岑彭团团包围，凭我这么一点儿力量，压根儿就不是对手；我投降的决心已定。建武四年(公元28)春，田戎让辛臣与手下长史留守夷陵，自己率兵沿长江溯汉水到达黎丘，拟订好日期准备投降。

没有想到辛臣盗取了田戎的珍宝和善马，抄近路抢先投降了岑彭，并且遣使送来书信，向田戎招降说：“岑将军已奏我封五千户侯，虚心相待，愿急来，无拘前图”。很快留守的长史也送信来，报告辛臣盗宝物善马之事。田戎怀疑大舅哥必定出卖了自己，一时间拿不定主意是否投降，便灼龟占卜，请神灵替他做出决定；结果得了一个不吉利的征兆，“遂止不降”,“而反与秦丰合”。

岑彭派兵进攻田戎，数月后终于“大破之，其大将伍公诣彭降，戎亡归夷陵”。这时岑彭攻伐秦奉已三年，斩首九万余级，秦丰只剩下一千人马，而且城中的粮食也快吃完了。前来黎丘前线劳军、封赏有功将士的刘秀，根据敌情的变化，决定让朱祐代岑彭围困秦丰，而令岑彭与傅俊继续南击田戎。

建武五年(公元29)年初，岑彭攻拔夷陵，复追击至秭归(今属湖北),俘获田戎妻子及士众数万人，田本人仅与数十骑逃奔蜀地，和延岑一样，也投靠了公孙述，被封为冀江王。连连得胜的岑彭，本打算乘余威征讨公孙述，然而“夹川谷少，水险难漕运”,伐蜀的条件这时看来还不成熟，于是留威虏将军冯骏驻江州(今重庆北),都尉田鸿驻夷陵，领军李玄驻夷道(今湖北宜都),自己引兵还屯津乡(今湖北江陵),扼守荆州、扬州二州的要冲。同时他积极游说南方各少数民族，“谕告诸夷蛮降者，奏封其君长”。另外，他还对广大南疆的地方政要展开政治攻势，使之归依刘秀。如他致书官居交趾(今越南北部)牧的好友陈让，“陈国家威德”;再如派遣偏将军屈充，“移檄江南，班行诏命”,等等。

由于岑彭的努力，陈让以及江夏太守候登、武陵太守王堂、长沙国相韩福、桂阳太守张隆、零陵太守田翕、苍梧太守杜穆、交趾太守锡光等，“相率遣使贡献”,被刘秀封为列侯。在这些人里，张隆还遣子张晔助岑彭征伐，被封为率义侯。史称：“江南之珍始流通焉”。显然，岑彭不仅是一个善于征战的统帅，而且也是一个出色的政治家和外交活动家。

朱祐率破奸将军侯进、辅威将军耿植代征南大将军岑彭围困秦丰后，“破其将张康于蔡阳(今湖北枣阳西),斩之”,如此就彻底断绝了秦丰的外援。这时刘秀派御史中丞李由持玺书招降秦丰，“丰出恶言，不肯降”,看到他这个样子，朱祐加强了攻势。建武五年(公元29)夏，“城中穷困，丰乃将其母妻子九人肉袒降”。刘秀本来曾留下诏命，让对秦丰就地正法。然而朱祐不忍杀俘，便用槛车把秦丰送到洛阳，听候发落。大司马吴汉劾奏朱祐，“废诏受降，违将帅之任”。结果刘秀杀了秦丰，原谅了朱祐。至此，秦丰这股割据势力便被完全铲除了。

当时庐江郡治所在地舒县，存在着另一个较大的割据势力李宪集团。李是颍川许(汉献帝时改称许昌，今河南许昌西)人，新莽时任庐江属令(职如都尉)。新莽末，江淮一带活跃着以王州公为首的十多万反莽武装力量，时称“江贼”,莽特命李宪为偏将军、庐江这率(太守),镇压了王州公等。及王莽失败，李宪据郡自守；更始元年(公元23),他自称淮南王；建武三年(公元27),“遂自立为天子，置公卿百官，拥九城，众十余万”。

刘秀当然不能允许这样一个小朝廷和自己对抗，遂于第二年秋天，亲临寿春(今安徽寿县),派遣马成率诛虏将军刘隆、振威将军宋登、射声校尉王常，发会稽、丹阳、九江、六安四郡的兵马，进去李宪。马成，字君迁，南阳棘阳(今河南南阳南)人，早年曾做过县吏；刘秀率兵巡行颍川时，任用他为安集掾，后调任做代理郏县县令；及刘秀徇河北，他弃官而追随之，作为“期门”亲兵，跟从征代；当刘秀即位，迁任护军都尉，后拜扬武将军。刘秀非常重视这次出征，特“设坛场，祖礼遣之”,以激励士气。

马武一行是八月出发的，九月就把李宪包围于舒城。李宪“令诸军各深沟高垒，宪数挑战，成坚壁不出”。如此对峙到建武六年(公元30)正月，城内粮食吃光，马武乘势破城。李宪出逃，“其军士帛意追斩宪而降”。马武军“追击其党与，尽平江淮地”。

在建武三年(公元27)夏，延岑的护军邓仲况拥兵占据了阴县(今湖北老河口北),以刘袭为其谋主，而这位刘袭是大名鼎鼎的刘歆的孙子，故还是具有一些号召力。一个过去曾任官侍中的扶风人苏竟，写了封信对他们进行劝说，让人想不到的是邓仲况、刘袭二人便真的投降了。本来，这件事就足以令人叫绝，但更绝的是，苏竟“终不代其功，隐身乐道，寿终于家”。

还有一事与此颇相类似：当李宪败亡后，其余党淳于临等仍聚众数千人，屯驻于灑山(今安徽霍山北),活动频繁，曾北上攻杀安风(今安徽霍丘南)县令；扬州牧欧阳歙派兵前往镇压也无济于事，以致惊动洛阳的皇帝准备出兵征讨。庐江人陈众在州牧府衙担任从事，他主动向欧阳歙请求去招降淳于临等。“于是乘单车，驾白马，往说而降之”。

州牧兴师动众也解决不了的难题，一个小小的从事竟以三寸不烂之舌解决了，真是不可思议!鬻山百姓感谢陈众，为他立生祠，号“白马从事”云。