当时关中的情况，应该说是相当复杂。延岑与李宝里应外合，大破赤眉逢安军之事。其后赤眉撤离长安东归，延岑“即拜置牧守，欲据关中”;不过他的势力大体仅限于兰田一带。除了廷岑以外，关中的割据势力还有很多，如据下郿(今陕西渭南东北)的王歆，据新丰(今陕西临潼北)的芳丹，据霸陵(今陕西临潼东)的蒋震，提长安的张邯，据长陵(今陕西泾阳东南)的公孙守，据谷口(今陕西淳化南)的杨周，据陈仓(今陕西宝鸡东)的吕鲔，据陇坻(今陕西陇县)的角闳，据整屋(今陕西周至东)的骆延，据鄠(今陕西户县)的任良，据槐里

(今陕西兴平东南)的汝章，等等。

这些人“各称将军，拥兵多者万余，少者数千人，转相攻击”。冯异西进途中，与沿途的割据武装“且战且行”,可以说这一路是打到长安西南，“屯军上林苑中”。当时延岑自称武安王，引张邯、任良两部人马共攻冯异；“异击破之，斩首千余级”。由于军事上的胜利，局势就对冯异逐渐有利起来，那些原来投靠延岑的营堡这个时候纷纷归降了冯异。延岑没有办法，只好向东南出武关，进兵析县(今河南西峡);冯异派遣复汉将军邓晔、辅汉将军于匡追击，“大破之，降其将苏臣等八千余人”,延岑逃奔南阳。

连续不断的战争，给社会经济造成巨大破坏，“百姓饥饿，人相食，黄金一斤易豆五升”。更为严重的是，武装割据与战争使“道路断隔”,军需品尤其粮草运输变得极其困难，“军士悉以果实为粮”。刘秀针对这种情况诏拜南阳人赵匡为右扶风，率兵援助冯异，并送去粮食和军需物资，军中顿时欢呼雀跃，“皆称万岁”。随着时间的推移，冯异度过了最坚难的一段时期，“兵食渐盛”,于是开始陆续诛击那些不听从命令的地方豪杰势力，而褒奖降附有功的人士，并遵照刘秀的敕令，将各营堡的首领人物送往京师，解散那些普通民众使其从事农业生产。因为冯异的工作井井有条，一时间“威行关中”;除了吕鲔、张邯、蒋震三部人马投奔蜀地的公孙述外，其余的割据势力全被扫平。

应该说，冯异的实际工作能力和素质，比邓禹不知强多少倍；刘秀如果早选他做统帅，去实施西进战略计划，关中的局势也许不致如此。后来，公孙述聚兵数十万，囤积粮草于汉中，修建宫室于南郑(今陕西南郑东北),又造十层赤楼帛兰船，多刻天下牧守印章，备置公卿百官，把矛头指向三辅。他派遣将军李育、程焉率数万大军，利用原割据陈仓。后归降公孙述的吕鲔，出屯陈仓，并试图进兵三辅。

冯异与右扶风赵匡坚决予以迎击，“大破之”,迫使李育、程焉退走汉中。冯异又追战于箕谷，再次获得胜利。在还军途中，击破吕鲔，看到这种情况许多坚壁固守的营堡纷纷归降。其后蜀军又曾多次进犯三辅，但每次都被冯异“摧挫之”。

冯异治理三辅，“怀来百姓，申理枉结”,政绩斐然。在短短三年时间里，归附者众多，有所谓“出入三岁，上林成都”之说。这里是借用《史记》中“一年成邑，三年成都”的典故，言归附之多也。当然，冯异由于长期手握重兵在外，内心也就总感到有“不自安”之感。怕因自己权势过大，引起刘秀的猜忌。

例如楚汉战争期间，刘邦多次派使者慰劳丞相萧何；有个叫鲍生的人对萧何说，如今汉王屡次遣使慰劳您，是对您有疑心，请尽快将您的子孙兄弟中能打仗的人送到汉王那里参战，这样汉王才能放心。萧何按照这个办法去做，果然博得了刘邦的欢喜。

所以他给刘秀上书，称说“思慕阙廷，愿亲帷幄”,表白自己甘愿侍奉皇帝左右的诚意。刘秀并没有同意这一请求。后来有人上奏章，说冯异专制关中，斩长安令，权威至重，百姓归心，号为“咸阳王”。

刚巧这时使者宋嵩西上，刘秀就让他把这份奏章带给冯异。冯异见了奏章，惶惧不已，急忙上书道：“臣本诸生，遭遇受命之会，充备行伍，过蒙恩私，位大将，爵通侯，受任方面，以立微功，皆自国家谋划，愚臣无所能及。臣伏自思惟，以诏敕战攻，每辄如意；时以私心断决，未尝不有悔。国家独见之明，久而益远，乃知‘性与天道，不可得而闻也’。当兵革始起，扰攘之时，豪杰竞逐，迷惑千数。臣以遭遇，托身圣明，在倾危溷淆之中，尚不敢过差，而况天下平定，上尊下卑，而臣爵位所蒙，巍巍不测乎?诚冀以谨敕，遂自终始。见所示臣章，战栗怖惧。伏念明主知臣愚性，固敢因缘自陈。”

冯异的意思是说，臣下本是一个普普通通的读书人，因为遇到了天命更替的时机，所以才干起了率军打仗的事，全是靠陛下的特别恩宠，这才得以当了大将军，有了通侯的爵位，而且担任了一个方面的最高长官，并建立了小小的功劳，这一切全是国家(实指刘秀，下同)谋划的结果，凭愚笨臣子的本领是根本做不到这些的。臣下时常思考一个问题：按照皇帝的诏敕进兵打仗，每次都能获得胜利；如果偶尔以我个人的见解作出决断，那么没有一次不令人感到后悔。国家独特见解的高明，既长久又深远，由此才使我明白孔夫子所说的“性与天道，不可得而闻也”这句话的真正含义。回想当年，反莽武装斗争刚刚开始的时候，天下扰攘纷乱，豪杰竞相争逐，人们深感迷惑，都不知道何去何从。臣下因为特殊的机遇，有幸托身于圣明的君主，在倾危混乱的情况下，尚且不敢有半点过失差错，何况如今天下平定，上尊下卑秩序明确，而臣下蒙受如此显赫的官爵，岂能干那种叛逆不测之事?我衷心希望按照敕令的要求，善始善终地完成皇帝交付的西进长安、治理关中的任务。见到陛下让使者带给我看的弹刻奏章，战战兢兢恐惧到了极点。我深知圣明的君主了解臣子的愚性，所以才敢斗胆借机直陈自己的浅见。

刘秀看了冯异的上书，立刻下诏回报说：“将军之于国家，义为君臣，恩犹父子；何嫌何疑，而有惧意?”意谓将军你对于国家，从大义上看是君臣关系，而就恩惠来说就如同父子一般；有什么嫌疑，让你感到害怕呢?

建武六年(公元30)春，冯异回京师朝见皇帝。在引见冯异时，刘秀对各位公卿说：“是我起兵时主簿也。为吾披荆棘，定关中。”言语间颇有夸奖之意。引见结束后，刘秀使中黄门(一种内传的宦官)赐冯异珍宝、衣服、钱帛。并且下诏书道：“仓卒无(芜)萎亭豆粥、滹伦河麦饭，厚意久不报。”这里刘秀特意重提当年冯异在芜萎亭献豆粥，南宫县滹沱河煮麦饭的旧事，以示不忘过去；其所以点出“厚意久不报”诸，实际是表达今天趁此机会来表示感谢之意。冯异叩头感谢说：“臣闻管仲谓桓公曰：‘愿君无忘射钩，臣无忘槛车。’齐国赖之。臣今亦愿国家无忘河北之难，小臣不敢忘巾车之恩。”

其后，刘秀又数次宴见冯异，和他商议讨伐蜀地公孙述之事。冯异在京师留住了十多天，才返回长安；不过这次刘秀特别下令，让他携妻子同归，以表达对冯异的高度信任。