刘秀在冯异出征前，隆重地为他举行了送别仪式，并亲自把冯异送到河南，特赐予乘舆和七尺宝剑，而且还一再告诫道：“三辅遭王莽、更始之乱，重以赤眉、延岑之丑，元元涂炭，无所依诉。将军今泰辞讨诸不轨，营保降者，遣其渠帅诣京师；散其小民，令就农桑；环其营壁，无使复聚。征代非必略地、屠城，要在平定安集之耳。诸将非不健斗，然好掳掠。卿本能御史士，念自修敕，无为郡县所苦。”

刘秀的意思是说，三辅地区遭受王莽、更始的祸乱，再加以赤眉、延岑的酷虐，老百姓的生活处境极其困难；将军你奉命讨伐不轨之徒，对那些投降的营堡，把首领送到京师，解散普通小民，让他们回去从事农业生产，毁坏掉营壁，不使再度聚集；征伐不一定非要略地、屠城，更重要的在于平定安集老百姓；我们的那些将军，不是不擅长打仗，而是喜欢掳掠；你因为是一个善于带兵的人，希望好自为之，千万不可给地方造成苦难。冯异接受了刘秀的命令，所过皆布恩信，沿途渑池(今河南渑池西)、(今河南三门峡市)、湖(今河南灵宝西北)、华阴(今河南华阴)诸县割据自雄的武装纷纷率众归顺。

此时赤眉因为关中大饥，无法解决军队给养问题，从公元26年年底，率众二十余万人“引而东归”。冯异在华阴与赤眉大军相遇，相持六十余日，大战数十回合，降其将士共五千余人。到公元27年闰正月，冯异又率军与赤眉展开大战于崤底(今河南渑池县西南)。冯异组织一批勇士穿上与赤眉一样的服装，埋伏在道旁。双方战时，勇士队突然冲进敌阵，使赤眉军真假莫辨，于是惊溃。

这次战役使赤眉丧失了最精锐的部队，损失了八九万人。被迫继续东逃宜阳(今河南宜阳西)的赤眉余众，向亲率六军前来的光武帝乞降。光武帝接受了刘盆子和赤眉丞相余宣以下三十余人的投降，并且还得到了刘盆子从刘玄那里得来的西汉皇帝传国玺绶，把从赤眉军众所收缴来的兵甲堆在宜阳城西，竟然与熊耳山同高。光武帝则赐赤眉诸首领各以田宅，并准许他们与妻子家属居住洛阳，封盆子为赵王郎中，赐予田地，使刘盆子能够温饱终身。

然后刘秀颁诏，向天下宣告胜利。诏文说：“群贼纵横，贼害元元，盆子窃尊号，乱惑天下。朕奋兵讨击，应时崩解，十余万众束手降服，先帝玺绶归之王府。斯皆祖宗之灵，士人之力，朕曷足以享斯哉!其择吉日祠高庙，赐天下长子当为父后者爵，人一级。"

刘秀于是又下令，让赤眉各首领与本人的妻子居住在洛阳，“赐宅人一区，田二顷”。到了这年夏天，据说樊崇、逢安“谋反”,被诛杀。杨音由于过去在长安时对刘秀的叔父赵王刘良有恩，故而被赐爵关内侯；他与徐宣回到自己的故乡，最后死于家中。刘恭的情况则比较特殊，他为替更始报仇而杀死谢禄，然后投案自首，结果被赦免不诛。刘秀似乎对同姓的刘盆子给予特别的怜悯，“赏赐甚厚”,让他担任赵王的郎中；后来盆子因病失明，刘秀赐予“荥阳均输官地，以为列肆，使食其税终身”。

就这样，自新莽末年开始的绿林、赤眉两大农民起义军，终于被刘秀所击败。