刘秀在昆阳大捷以后，向颍川郡进军。他率兵一举攻克颍阳(今河南许昌西)之后，便折向西南进攻父城(今河南平顶山北),遭到顽强抵抗，久攻不下，只好屯兵于该县的巾车乡，暂作休整。

父城有位名叫冯异，字公孙的人，史称“好读书，通《左氏春秋》《孙子兵法》”,当时以颍川郡郡椽身份“监五县”。有一天，在去属县时不巧被刘秀的手下抓获。冯异的从兄冯孝及同郡老乡丁琳、吕晏这时均在刘秀军中效力，因为他们共同推荐冯异，因而得到刘秀的召见。冯异对刘秀说道：“异一夫之用，不足为强弱。有老母在城中，愿归据五城，以效功报德。”刘秀听罢，称“善”赞同，于是便放了他。冯异回去后，对父城长苗萌讲：“今诸将皆壮士屈起，多横暴，独有刘将军所到不掳掠。观其言语举止，非庸人也，可以归身。”苗认为冯异说得很有理，遂答道：“死生同命，敬从子计。”然而正在这个时候，一起突发性事件使刘秀不得不急忙南还更始政权都城宛。

自昆阳之战后，更始政权内农民起义军与舂陵军的矛盾斗争在新的形势下更加激化，“新市、平林诸将以刘縯兄弟威名益盛，阴劝更始除之”。刘縯因军事和组织才能，在绿林诸部中逐渐建立了很高威信，不仅“豪杰皆归于伯升”,各地王莽政权的守兵，对刘縯的威名也有所折服。“平林后部攻新野不能下。新野宰登城言曰：得司徒刘公(指刘縯)一言，愿先下。及伯升军至，即开城门降”。可见此时刘縯在南阳一带威名之高。双方在战斗中威望都越来越高，势必就会发因此生摩擦，尤其刘縯的威望越来越超过原来绿林军的老资格的将帅们，因为这个原因更加引起了诸将的嫉妒和不服。矛盾日益激化，终于导致流血冲突。刘秀比较锐敏地察觉到了这一点，于是警告其兄刘縯说：“事欲不善”。意谓更始等正欲相图，希望刘縯多加小心。不料刘縯却笑着回答道：“常如是耳”。意思是说，经常都是这样，没有什么大惊小怪。

有一次，更始大会诸将，特地要刘縯卸下他佩带的宝剑观赏，这时绣衣御使申徒建示意更始下令杀掉刘縯。不知当时出于什么原因，更始竟然没有这么做。这件事发生后，刘縯的舅舅樊宏对刘说：“昔鸿门之会，范增举玦以示项羽；今建此意，得无不善乎?”刘縯听罢只是笑了笑，而未作回答。早年和刘氏兄弟共同策划反莽武装起义的李轶，此人性格多变，当更始政权建立后，他谄事更始贵将朱鲔等。刘秀对其为人“深疑之”,常常诫告刘縯说：“此人不可复信”,但刘縯却听不进去。

刘縯对于一系列的忠告，都置若罔闻，最终导致了杀身之祸。事情的经过是这样的：刘縯手下有一员爱将叫刘稷，算起来也是刘氏同族。此人勇冠三军，但是脾气暴躁如雷。他得知刘玄被立为皇帝的消息后，即发怒道：“本起兵图大事者，伯升兄弟也，今更始何为者邪?”这话传到更始帝及其拥立者的耳中，自然引起了极大的不满，他们于是就有意任命刘稷为“抗威将军”。对于这样一个带有羞辱性的名号，刘稷当然不肯拜受。于是更始帝乃与诸将陈兵数千人，将刘稷逮捕，并准备诛杀之。这时刘伯升全力固争；李轶、朱鲔等则乘机劝更始一并逮捕伯升，即日便予杀害。刘秀正是因为得到这一消息后，才急匆匆从父城赶回宛，向更始帝表示谢罪的。

刘秀在刘縯被杀以后，表现了极大的克制态度。这对于他是来说是极不容易的，他得忍受巨大的悲痛。史称“自伯升之败，光武不敢显其悲戚，每独居辄不御酒肉，枕席有涕泣处”。可是，他还得顾全大局，更要考虑自身的安全，所以，他不得不委曲求全。刘伯升被更始帝所害，光武自父城(属颍川郡，河南郏县南)驰诣宛谢。当刘縯的部下官属向刘秀表示悼念时，他都有意地去避开，“难交私语”,唯向刘玄深深引过，“未尝自伐昆阳之功，又不敢为伯升服丧”,表面上装得“饮食言笑如平常”。在当时的情况下，刘秀能这样做是比较识大体的，对整个起义事业来说也很有利。刘秀顾全大局的态度，深深感动了更始帝，他表现出对刘秀些许宽容的态度，拜他为破虏大将军，封武信侯。

对于天下反莽的形势来说，自经过昆阳之战，王莽的主力丧失殆尽。不但如此，其后不久，新莽内部又发生了卫将军王涉、国师公刘秀(刘歆)、大司马董忠等谋划的以兵劫莽归汉事件。尽管此举因叛徒告密而失败，但对于王莽来说打击却是相当沉重的。面对着“军师外败，大臣内畔，左右无所信”的残局，王莽“忧懑不能食，但饮酒，啖鲠鱼，读军书倦，因冯几寐，不复就枕矣”。

王莽不甘心自己的失败，他使太师王匡、国将哀章(那位献铜柜的投机家)坚守洛阳，以为长安外援。更始政权针对这种情况，决定派遣定国上公王匡攻洛阳，派遣西屏大将军申屠建、丞相司直李松攻武关。消息传开，不但“三辅震动”,而且人们纷纷开始起兵响应。如析县(今河南西峡)人邓晔、王匡起兵南乡便是一个例子。邓晔、王匡二人率军直指武关，守关都尉朱萌望风而降。接着又斩杀了新莽右队大夫宋纲，攻占了湖县(今河南灵宝东)。

王莽在无可奈何的情况下，竟听信崔发的建议，试图向天求救，以哭厌之。愚蠢的王莽亲率群臣至长安南郊，仰天大哭，气尽伏而叩头。“诸生、小民旦夕会哭，为设餐粥；甚悲哀者，除以为郎，郎至五千余人”。当然，王莽心里也清楚，光靠哭是不行的。于是“拜将军九人，皆以虎为号”,令其率卫戍京师的北军精兵数万人东向御敌。

当时，宫省内尚存黄金六十余万斤，别的财物也很多，但王莽却舍不得拿出来分赏军士，仅“赐九虎士人四千钱”。结果“众重怨，无斗意”,在与起义军的战斗中一触即溃，或逃或死，最后只剩“三虎收散卒保渭口京师仓”。这时，邓晔开武关迎更始军。这样很快，各路起义军便兵临长安城下。王莽无奈，武装城中的囚徒，使之盟誓效忠，企图作最后的挣扎。不料这支军队刚要渡渭桥时，便纷纷散走，“众兵发掘莽妻、子、父、祖家，烧其相椁及九庙、明堂、辟雍，火照城中”。更始元年

(公元23)九月初一，挺进关中的反莽军自宣平门攻入长安城，维持了近十五年的新莽政权彻底垮台。

最后消灭新莽的大军更始政权派出共有两支：一支北伐洛阳，由定国上公王匡率领；另一支西进长安，由西屏大将军申屠建、丞相司直李松率领。就在西进大军诛灭王莽后不久，北伐军也攻占洛阳，新莽太师王匡和国将哀章遭到生擒。他们仿效西路军“传莽首诣宛”的做法，把王匡、哀章两人也“传诣宛斩之”,后来，更始奋威大将军刘信又击杀自立称帝的刘望，并诛灭投靠在刘望手下的莽臣严尤、陈茂，如此“郡县皆降”,更始政权基本上控制了整个局势。

然后，更始帝决定迁都洛阳，于是选派刘秀以“行司隶校尉”的身份，为迁都做前期的准备工作。

这一官职是非常重要的，更始帝把如此重要的职位委派给刘秀，说明他对刘秀已经相当信任。由这里可以看出，这是刘秀韬光养晦之计的成功。当刘秀受命之后，立即“置僚属，作文移，从事司察，一如旧章”。这就是说，刘秀完全按照汉司隶校尉府从官的模式配置僚属，做文书移与属县，并完全依旧章规定开展司察工作。

更始政权北都洛阳，自然是鸟枪换炮，与过去在宛城时的情形大不一样了。虽然王莽败亡后，更始政权基本上控制了整个局面。不过，各地的情况是不平衡的。因此迁都洛阳后的更始政权，要做的第一件事便是“分遣使者徇郡国”,建立更始新朝廷的各级地方政权。更始政权的做法可以说很简单，“先降者复爵位”。这就是说，各地的官员只要率先投降，立即摇身一变就可成为更始政权的官吏，依旧治理原来你所管辖的地方，如此也就实现了政权的变更。