可震旦学院成立两年后，投资方耶稣会只想教育传教士，而马相伯却希望能教育出对国家有用之人。两方俱不相让，耶稣会一怒之下，解散学院，对马相伯老人更是百般驱逐，甚至找人将老人架到医院，让他“无病而入病院”。老人被架走后，学生们就再也无书可读了。学生们纷纷表态：“我们誓死和马校长站在一起，可以无震旦，不可无校长……”于右任带着同学们找到马相伯，在医院里，大家一见到老人，就都哭了：“校长，我们没书可读了。”听到这句话，老人哭了，偌大的中国竟然摆不下一张小小的课桌。

为了让孩子们有书可读，上海街头，常常能看到一个 65岁的老人，一个人拄着拐杖，颤颤巍巍地东奔西走，到处游说筹集款项。

“国家再穷，可学生们总该有书读啊！”

1905年中秋节，老人终于得到了社会的支持。在吴淞废弃的提督衙门，破破烂烂的屋舍里，一个老人，100多个学生，没有桌子，没有椅子，只有一块黑板，这就是现在名校复旦大学的前身复旦公学。

开学那天，300多名学生从各地赶来，甚至有学生坐火车从苏州赶来，又走了一夜的路才来到学校。

马相伯担任复旦公学第一任校长，就是这样简陋的教学环境，却培养出了中国著名的气象学家竺可桢、民国艺术大师李叔同、国学大师陈寅恪、著名数学家胡敦复、中国第一任轻工业部部长黄炎培、政治家教育家邵力子。