居鲁士二世统治期间，波斯第一次入侵希腊，爱奥尼亚成为波斯的附属国。大流士继位后，爱奥尼亚诸城赋税增加，人们还要去服兵役和劳役。

“我，大流士，伟大的王，万邦之王，波斯之王，诸省之王……”大流士一世在平定波斯帝国的内乱后，把自己的荣耀镌刻在不朽的石碑上。他并没有夸张，当时，凡是波斯目之所及的地方都已被收入其版图——当然，除了希腊。波斯的海上势力已经由东地中海延伸至爱琴海，与希腊诸邦的摩擦在所难免，爆发战争是迟早的事。

城邦僭主多是由波斯扶植的，对波斯俯首帖耳，对百姓残酷剥削。爱奥尼亚人对波斯的统治和傀儡僭主的不满与日俱增，一直寻求独立。与此同时，波斯操纵的腓尼基舰队一直活跃在小亚细亚和黑海之间，把希腊的海上商业利益抢夺得所剩无几，成为希腊海上贸易的威胁。诸多因素使双方矛盾逐渐加剧。

公元前500年，起义最终在爱奥尼亚的米利都行省爆发了。米利都僭主阿里斯塔哥拉斯主动辞去了僭主之位，建立民主政权，并说服其他城邦实现民主，反抗波斯的统治。雅典和埃雷特里亚毫不犹豫地提供了军事援助，各自向米利都派遣战舰，烧毁了波斯在小亚细亚的首府萨迪斯。但是，当援军撤离后，波斯人卷土重来，米利都人被打败，妇女和儿童沦为奴隶，男人大多被杀，幸存者则逃到了底格里斯河河口。

萨迪斯焚毁之耻激怒了大流士，由于雅典是敌军主力，他发誓要让铁骑踏平雅典城，攻占全希腊。大流士之所以有信心攻下雅典，是因为波斯迎来了一位特殊的宾客——庇西特拉图的儿子希庇亚斯。他就是被雅典人赶出城邦的最后一位僭主，正设想有朝一日能东山再起。卖国求荣的希庇亚斯向大流士提议，只要大流士能帮助他复辟，他保证让雅典归顺波斯。利益至上，两人一拍即合。希庇亚斯暗自联系其他贵族与波斯人合作，不少贵族心中还怀有对波斯的恐惧，便答应配合波斯，以求家族的安全。

公元前492年，波斯正式向希腊宣战。大流士任命女婿马多尼乌斯统率舰队，在希庇亚斯的带领下向希腊进发。这支军队来势汹汹，势不可当。马多尼乌斯成功地夺回了波斯在希腊北部的统治权，征服了色雷斯、撒所思和马其顿。但在经过阿索斯海角时，遭到飓风袭击，三百艘战舰沉入大海。许多战士倒下了，指挥官自己也挂彩而归。

大流士不会善罢甘休，他立即下令打造新的战舰，扩充兵员，组织第二次远征。公元前490年，大流士派出米提亚老将达提斯和侄子阿尔塔菲尼斯作为全军统帅，随行的还有已经年迈的希庇亚斯。

这一次，他们避开了充满危险的北部海岬，直接横渡爱琴海，烧毁了克索斯岛上的城镇和神庙，并把俘虏驱逐出境。所到之处都留下了他们烧杀抢掠的证据，很多地区的居民沦为奴隶，孩子被扣押为人质。埃雷特里亚曾支援米利都对抗波斯，此时内奸相应，没几天就陷落了。为报复焚毁萨迪斯之仇，波斯烧掉了埃雷特里亚的神庙，毁坏了所有的房屋，杀害了无数百姓。

波斯大军从这片废墟一路南下，来到庇西特拉图家族的福地——位于阿提卡半岛北部的马拉松。

第二次出征希腊之前，大流士曾派使者向希腊诸邦索要“水和土”。很多城邦担心重蹈米利都的覆辙，纷纷屈从，这意味着他们向大流士让出了领海和领土的主权。但是，希腊的主心骨——雅典和斯巴达毫不妥协。雅典人把使者扔进洞坑，连翻译员都被处死，因为被认为玷污了希腊语。斯巴达人把使者带到一口水井前，用他们一贯的风格说道：“水和土都在这儿，请便吧！”话音刚落，使者就被推了下去。