近60年的考古工作，不断有发现证明秦始皇陵历经了大规模的破坏，不仅有自然的破坏，更多的是历史上的人为破坏。

自然力是这个世界上我们最不可抗拒的力量。现在我们看到，秦始皇陵的各种地面设施大多随着时间的推移而坍塌、风化，消失或掩埋于层层黄土之下。明代时，可能还有一部分设施在地面上残存。江南才子都穆到秦始皇陵时，就看到陵南有两个大土丘，还有石质的门枢露出来，当地人就告诉他这是始皇陵的南门。现在这个南门还残留有两米多高的遗址。除了南门，陵园的西南部还残存着一段内城墙垣，仍旧高出地面，发掘与调查时还发现墙面保留着一些粉色的墙皮。

因为大量的墙垣、门观、宫室建筑两千多年来被侵蚀殆尽，人们也想当然地认为那巨大的封土在秦代应该比现在要高大许多。事实上，现代考古调查发现，比始皇陵稍晚的西汉帝陵的高度与文献记载差距不大，这说明两千多年来的自然切削并没有人们想象的严重。

秦始皇陵现在的封土海拔高度为531.4米，比北侧的秦代地面高55米左右。这么著名的陵墓只有50多米高，显然令很多人大失所望。于是，有人找出《汉书·刘向传》“上崇山坟，其高五十余丈”的记载，汉代的50丈折合现在115米左右，可以认为秦代时这座陵墓远比现在高大很多。现在的55米，只不过是两千多年来风吹雨淋的结果。实际上，古代人包括刘向所说的高度其实都是计算出来的，而不是精确的实测。2013年，我们发现了由北侧进入陵园的大路，这条大路北起丽邑上面的塬边，南到陵园外城北门，相对平坦，海拔高度为420米左右。这也是汉人包括刘向进入陵墓的路线。在这条大路上运用勾股定理，测量计算出陵墓的封土高度为113米。这就解开了刘向说陵墓高50丈之谜。

在陵园遭受的自然破坏中，山洪的摧毁力最强。2015年，秦始皇陵区域降下了一场百年来有水文记录的最强大雨，在12小时以内降水量达到100毫米！整个骊山北麓区域积水横流，给当地造成了很大的破坏，甚至有人员的溺亡。我们可以想象，战国、秦汉时期气候更为湿润，降水量远比现在要大得多。其实，在当时，负责修建陵墓的人已经注意到了骊山洪水的危害性，因此在陵园的南侧修筑了防洪堤渠系统，将骊山主要谷口的洪水疏导至玉川河和鱼池。但是由于时间久远，或者洪水的冲刷，这道堤渠渐渐被冲开，最终陵园的大部分又被山洪所侵袭。

洪水冲开了外城的南门一路向西门流去，形成了一条大型的冲沟，当地人误以为是项羽的军队所致，称之为霸王沟。洪水还从陵园外墙垣的东南角冲开一个豁口，涌入陵园，以至于外城的东墙垣被洪水冲得支离破碎。而外城东侧上焦村区域的马厩坑、下和西杨的兵马俑坑也被山洪所覆盖。

对秦始皇陵来说，自然破坏只是其中一个方面，更严重的破坏主要来自人为。

在陵园的考古过程中，最令人诧异的是那些几乎无处不在的损坏，其中最常见的是火烧。从最早发现的兵马俑坑，到后来发现的石甲胄坑、百戏俑坑，再到墙垣、门阙、高台建筑、建筑遗址、陪葬墓等，人们满眼尽是黑色的木炭、红色的烧土，很多木材被烧成白色的粉末，有些陶俑甚至被烧得结成渣块，连一些金属器具也被烧得严重变形。兵马俑坑明显还缺失了大量的武器，有些陶俑被人为砸坏，三号坑、百戏俑坑直到发掘结束也没有找到所有的俑头。

根据考古遗迹判断，这种大规模的人为破坏应该是陵墓设施建成后不久发生的行为。对照文献，秦末战乱时进入关中地区的各支军队嫌疑最大。

秦末时，刘邦和一大批手下将相功臣经历过战乱，有的人还可能参加了修陵，他们见识过陵墓的宏大壮丽，在秦末战乱中或许目睹过始皇陵被洗劫。项羽的军队成为劫掠始皇陵的最大嫌疑对象。

《史记·高祖本纪》中记载：“项羽烧秦宫室，掘始皇帝冢，私收其财物，罪四。”北魏时期的郦道元可能也搜集到一些证据，他在《水经注》中记载：“项羽入关，发之。以三十万人三十日运物不能穷。”

结合文献，再从秦始皇陵考古发现焚烧的证据看，项羽的军队应该是最大的嫌疑对象。此后，盗扰陵墓虽有发生，但是规模都不足与项羽所为相提并论。[1]

与项羽对秦始皇陵的劫掠不同，刘邦对始皇陵还是有所关照的。天下甫一安定，他就下令派驻20户为始皇帝守陵，防止再发生破坏陵墓的行为。终汉一代，始皇陵得到了很好的保护。

[1]其他的陵墓破坏行为主要见于以下文献：《汉书·刘向传》：“其后牧儿亡羊，羊入其凿，牧者持火照求羊，失火烧其臧椁。”《水经注·渭水》：“牧人寻羊烧之，火延九十日不能灭。”《水经注·渭水》：“关东盗贼销椁取铜。”《晋书·石季龙载记》：“曩代帝王及先贤陵墓靡不发掘，而取其宝货焉。”“又使掘秦始皇冢，取铜柱铸以为器。”黄巢的破坏见于都穆的记载。也有人怀疑清朝土匪、民国时期刘镇华等也盗掘过始皇陵，但无明载，不足为据。