1787年，清高宗弘历在审读《四库全书》时，发现一个叫李清的作家所著《诸史同异录》把清世祖与明崇祯帝妄加比拟，大为恼火，下令覆勘《四库全书》，重新对入编书目进行审查。不久，一个叫祝堃的详校官发现了周亮工的著作中有“违碍”之处，奏准皇帝，把周亮工全部著作连同《提要》中涉及其名的地方，全部剔出、抽改。

被查出问题的是收入《读画录》中周亮工写给胡玉昆的一首五律诗，《梦至元润家见所饯菊》：“只似曾过境，柴桑处士居。人皆汉魏上，花亦义熙余。质朴无繁卉，萧条伴野蔬。此中真自好，肯更忆吾庐。”检查官认为，其中“人皆汉魏上，花亦义熙余”一联，包藏着周亮工的狼子野心。义熙是晋安帝的年号，义熙十四年（418），安帝为其大臣刘裕所杀，再过两年，刘裕便做了皇帝，改国号为宋。生活在那个时代的诗人陶渊明忠于晋室，义熙之后所写的作品，从不用刘宋的年号，以表示自己不臣服于宋。“花亦义熙余”，你眼里的花都是前朝遗留下来的，那又把本朝置于何等位置呢？

康熙年间的一把大火，再加上乾隆年间的一次禁毁，周亮工留存在世上的文字更少了。

周亮工曾经说，他与胡玉昆相知最深，为他写的诗也最多。在他死后一百多年，又是他写给胡玉昆的诗犯了禁，以致全部著作被禁毁，这也算是为他们一生友情所做的一个残酷的注脚吧。