对自己的一生，周亮工是不满意的，时有悔意流露，说“老铁铸错成，大悔亦已晚”，这或许与他在政坛上的数度起落有关。

进入新朝之初，他感到这个政权对自己还是着意笼络的，颇思在新的仕宦生涯中有一番作为，谋事不可谓不忠，任事不可谓不勤。1647年秋天擢为福建按察使后，在闽八年，以一身兼任兵备、海防、督学三职，御郑成功的战船于泉州、漳州之外，又教化地方，整治吏治，朝野都以能员视之。用他的传记作者姜宸英的话说，“公材器挥霍，善经济，喜议论，疾龌龊拘文吏，当大疑难，剸断生杀，神气安闲，无不迎刃解者”，乃是一个有大才略的官员。[466]怎料到1654年调离福建、升任都察院左副都御使没多久，就被新任浙闽总督佟岱上疏弹劾，污他酷虐好杀，贪赃四万余两，被革去本兼各职，“赴闽质审”。

正是官场得意的时候，堂堂左副都御史怎么一转眼就成了阶下囚？据周亮工自己说，是佟岱张冠李戴，把另一个调任北京的姓周的官员当作是他，责怪他没有于海途中相遇时过船拜访，以致恼羞成怒，欲置自己于死地（周亮工辩解说，自己去北京上任走的是陆路，根本未与佟相遇）。但也有一种说法是，周亮工刚到北京上的一疏给自己招来了麻烦，他在那封奏章中分析福建形势，提出六条用兵机宜，使新任浙闽总督佟岱大为忌恨，再加周以前得罪过浙帅马逢知和泉帅马得功，于是三人联手想要把周亮工做掉。[467]

这桩案件由于控辩双方谳词不一，在福建、北京两地反复审理，前后拖了六年，牵涉本案的有千余人受到审查，周亮工还被有司押送到福建对质（他的好友胡元昆从北京到福建一路都陪着他）。到1660年初结案时，已有数十人牵累至死。最后戏剧性的一幕出现了，因这年是皇太后的本命元辰，皇帝晓谕刑部，在狱犯人减罪一等，周亮工的案子不必再审，就把他流放到宁古塔去吧。未几，周亮工父母亡故的消息传来，改迁南京。[468]第二年康熙即位，顾念周亮工在福建的功劳，又把他补为了青州海防道，不久转任江南江宁督粮道。

这长达六年的鞠审，是周亮工的第一次政坛挫折。当时在狱中自忖必死，他还请一个叫黄经（字济叔，一字山松，江苏如皋人）的印人朋友刻了“又活一日”“勿忘今日”两枚图章，以做警醒。但所谓好了伤疤忘了疼，直到1669年“漕运案”发，他在江宁粮宪任上遭漕运总督帅颜保弹劾纵役侵扣款项，被革职逮问论绞，他才明白过来，这官场的一潭浑水真不是自己能蹚的。出狱后他寄给挚友胡玉昆的诗：“君家兄弟予兄弟，二十年前订古交。眼底何人为续客？林中许我结重茅。长贫只合终身醉，渐老犹惭百念淆。莫忆燕齐闽越路，门前芳草费推敲。”[469]正见出了他历尽劫波后的大困惑、大懊丧。

两次牢狱之灾，让本来家境殷实的周亮工几乎倾家**产。再加上弟弟周亮节的去世，闭门待罪的十个月里，周亮工的心情灰暗到了一生中的顶点。他时常想起亮节手握佳冻石睡觉的模样，拿刀镌刻又趁着酒性懊恼地磨去的模样。记忆中最温暖动人的一幕竟然是，他有一次得到了一块奇异的冻石，亮节一把抢过就跑，他在后面紧追不舍，亮节被绊摔倒，手中的冻石也摔坏了，石片割破手掌鲜血直流。他扶起亮节，兄弟俩相视一笑而罢。[470]在一封写给张怡的信中吐露“心绪如乱丝，百苦相煎”的困苦心境，喻之为如“在汤镬”：

甚矣，谳者之故难人也！我欲缓则必急之，欲急则故缓之。弟之在汤镬中者十阅月矣，既自服矣，可以结矣，而至今尚不与结也。心绪如乱丝，百苦相煎。而舍弟又于七月廿五日卒矣。弟只此一弟，又复舍我而去，抚棺痛哭，几不欲生。先生视我暮年能堪此否耶？因弟事未已，奄柩在堂，遂未敢报闻。先生闻此，应为我有余悲矣。[471]

1670年春天的一个晚上，周亮工突然做出了一个令人吃惊的举动，把平生所著文字，包括已刻的和未刻的，全都一把火焚毁，以示彻底割舍文字因缘。对着百余卷化为灰烬的稿本，他说，都怪此物，害得我一生如此折腾！[472]

“飞帆学海，掉鞅词坛，著述等身，不胫而走”（张怡语）的周亮工，晚年竟然做出如此决绝的举动，是出于对日渐收紧的文网的恐惧，还是对自己“时时与世抵牾”一生的幡然悔悟？

《因树屋书影》《入闽记》《闽小记》《盐书》《同书》《莲书》《箸字》《字触》《尺牍新钞》《藏弆集》《结邻集》《赖古堂文集》……历年著述的文字在火光中化为了灰烬。他烧的是书，是悔恨，也是让他不忍回首的时光。

吕留良说，栎园先生此举，实是“有所大不堪于中”，他烧的不是书，而是他入清的“志”，他的书其实是焚不去的，因为它已经发表在了天下士子的心里，所以，“惜其书，不如悲其志”。[473]

但祖龙无情，周亮工沥尽心血的许多文字还是化作了缕缕青烟，日后他的儿子周在浚要把二十四卷《赖古堂集》复原，多方搜求也只恢复了十之二三。而四卷记述他与南京画家们交往的《读画录》，“以其阙而未备，猝不成书，杂乱纸破砚中，故未烬之一炬”[474]，使后人得以整理残烬付梓，也算是不幸中之大幸了。另有三卷专门记述与篆刻艺术家们交往的《印人传》，后来经过他儿子们的努力，也大部分得到了恢复。

此事发生后不久，周亮工就后悔自己孟浪了。尽管他已发过誓再也不写作，只以图章自娱了，但看他给张怡写的信，所谈还是书事。信里先是感谢老友帮忙校阅文选，“只此一双眼睛，自己有时瞎却，迨遇明眼人又还我双眼珠，则先生重阅尺牍之谓也，感先生目力不浅”，然后就诉说自己烧书的悔意，慨叹“名根难断”：“二月初五日，已刻未刻诸芜作，尽付咸阳一炬矣。葛藤一断，省得许多牵绊。然事过而旋悔之，始知名根难断，此老不能学道拖泥伴水，此一事征之矣。”[475]