九烟在世时，有关他的身世就有了多个传说版本，有说他是南京人，有说他是湖广湘潭人，也有说他是江西浔阳人。一种最为离奇的说法是，九烟的父亲是南京国子监的一个佣工，姓黄，刚生下儿子没多久，就被人偷去了。偷抱九烟的是湖南湘潭人周逢泰。周没有子嗣，老婆张氏又非常凶悍，二十岁时从老家跑到南京，喜欢此地山明水秀，就买了秦淮河上一个姓涂的妓女做妾，不久她怀孕了。周逢泰非常渴望他的这个妾为他生一个儿子，但偏偏生下来的是个女儿，于是周使钱买通了接生的老媪，让她偷抱来一个刚出生不久的男孩。周逢泰得逞后回到了湘潭。据说这个男孩就是九烟。

《曹娥碑》

九烟异常聪颖，六岁临《曹娥碑》，八岁能诗，十二岁就保送上了国子监，后来还考中了顺天府乡试的举人。周家有一个老仆人，对九烟向来很好，有一回悄悄告诉九烟，你不是老爷亲生的，是从南京一个接生的老媪那里抱来的。九烟不事声张，趁去北京参加会试的时机特地转道南京，寻找自己的生身之父。九烟在南京暗地里寻访多日，也没有发现线索。某日，九烟去一个文友家喝酒，一大帮人酒兴酣畅出来，他发现一个老者暗暗尾随自己许久，欲言又止，叹息唏嘘良久。九烟大为惊奇，遣随身小厮问他有什么事。老者说，我有一个儿子早年被人抱去，看到你的主人面相酷似，是以悲伤。九烟心中一动，遣小厮再去问个清楚，那孩子是哪年哪月生的，什么时候丢失的。听了老人详说此事始末，九烟确信自己就是这个老人的儿子。但他没有跟任何人说。一直到他中了进士，养父养母相继去世，三年守制满后，他才对周家人说，他要复姓为黄，以继黄氏宗祧了。就这么着，他把家迁到南京，又回到了离开数十年的黄家。

九烟原名周星，复姓后就叫黄周星了。九烟是他的号。和同时代的其他诗人一样，他还有许多号，九烟是最主要的号。

1644年，九烟在上书皇帝要求复姓的报告中声明，自己原籍南京，本姓黄，父名黄一鹏，与后来的养父周逢泰结邻而居，交情颇好。周逢泰一直求子而不得，黄一鹏已育有三子，于是在周的恳请下，黄一鹏就把襁褓之中的自己送给周氏为长子，所以承袭周姓。虽然自己寄籍湖南，但实际上一直是个吴人，而不是楚人。九烟提出恢复旧姓的理由是，他的养父后来又娶一妾，连生九子，而黄一鹏后来却遭遇不幸，两个儿子相继早夭，连承接香火都困难了，所以祈求圣上恩准，让他复归黄氏本宗，以继黄氏一脉香火。[271]

前述有关九烟身世的那个离奇版本，则是来自1640年和九烟一同参加礼部会试的福建作家陈轼。那一年他们都幸运地考中，用官场的说法就是同年了。九烟分发到户部（因养父身体不好，他没有到任就告假南归了），陈轼外放广东番禺县令，等他们再次见面，已在1645年秋天的福州了。

九烟是在南京的福王政权垮台后，听人说唐王在福州被拥立为隆武帝的消息一路南下投奔的。等他短褐麻鞋、憔悴不堪地出现在福州街头时，陈轼已经先一步从番禺回到了家乡，为隆武朝效力。在陈轼的荐举下，九烟在流亡政府短暂出任了礼科给事中一职。但不到一年，清军就把唐王政府轻易灭掉了，九烟带着一家子翻越仙霞岭赴杭州，陈轼追随永历帝远赴广西。三十年后，两人再度相逢于吴门，都不胜梦寐之感。“噫！醒耶？梦耶？真耶？幻耶？相与拊手，一拜凄然，不知涕之何从也。”九烟说。

就是在这次重逢后不久，九烟为陈轼的《道山堂集》写了一篇序。

《黄九烟传》就收录在这部文集中，九烟肯定读过，读后他没有指出其中有什么谬误要作者刊刻前改正，可见他内心是认同朋友这篇传文的。事实上，不得已而为楚人的这些年里，他与周氏族人的关系一直很不好，对这个强加于他的“楚人”身份，他内心一直是不认同的。为养父三年守制满后，他迫不及待地提出复姓，“愤然”离湘，很大程度上就是大家族关系紧张之故，这有他回南京时的诗“此身何故落潇湘，闷对长天泪几行”为证。对于陈轼传文中说他幼年时被人偷抱去的说法，他认为也没有什么不妥，自己确实是个打小就被偷走的孩子。