海军是拜占廷帝国武装力量的重要组成部分，故应独立设节特别论述。因为，地中海在相当长时间里几乎是拜占廷帝国的内海，而与地中海关系密切的黑海和红海，以及拜占廷帝国北部边疆多瑙河都需要水上武装力量拱卫，常年巡逻。但是在相当长时期里，由于在上述水域拜占廷人没有遭遇对手，因此他们似乎不重视海军建设，至少没有以对陆军建设的热情关心海军建设。拜占廷人总是在海上入侵严重威胁帝国安全或海上商业贸易交通线受到骚扰的时候才重视水上武装力量。这种情况不符合拜占廷帝国的基本特性和常备需求，因为这个以黑海、博斯普鲁斯海峡、马尔马拉海、达达尼尔海峡、爱琴海、东地中海为南北向海上轴线为主轴，以该轴线中心点君士坦丁堡及其周围地区为核心的帝国，必需拥有强大的水师。从拜占廷帝国历史看，对其造成致命打击且一度或永远占领其都城的力量不是来自北方的陆上强敌，而恰恰是来自海上的外敌入侵，前有第四次十字军舰队夺取其都城迫使帝国朝廷一度流亡，后有奥斯曼土耳其海军的海上封锁耗尽了拜占廷帝国最后的抵抗力量。

拜占廷早期历史上没有关于舰队的记载，如果我们从君士坦丁一世时代开始考察有关问题，就会发现在324年的卡尔普托莱奥海战中，君士坦丁与其对手分别投入200和350艘船只参加决战。此后，尽管统一的拜占廷帝国继续保留着古罗马帝国遗留的海军基地和少量水手，但是，这些基地充其量只是海岸巡逻部队的基地，舰只得不到维修，士兵也得不到补充，海军不仅没有发展，反而持续衰落。唯一值得一提的是多瑙河水师，由于来自多瑙河以北的蛮族入侵持续不断，拜占廷人被迫加强该道界河中下游水师的建设。最初，多瑙河水师规模较小，不是独立的军事单位，而是根据战事需要随时归属不同边防部队指挥。

拜占廷帝国海军比较大的发展是在汪达尔人从北非沿岸进攻地中海东、西部海域以后开始的。当时，东罗马帝国西部军队为解除汪达尔人的骚扰，派出300艘舰船组成的远征舰队进行讨伐，但是遭到失败。利奥三世时期，拜占廷帝国为扫灭汪达尔王国曾发动有1113艘船只和10万士兵参战的远征军，由于指挥不当，在卡尔西多纳海战中被汪达尔海军击败。查士丁尼一世在位期间，为进行西地中海战争积极发展帝国海军，仅用于汪达尔战争的运输船只就达到600艘，其中护航战舰92艘。值得注意的是，虽然海军发挥了重要作用，此时仍然没有独立的海军建制，它们仅担负战争的辅助工作，隶属于此次战争的前线陆军总司令贝利撒留统一指挥。查士丁尼完成统一西地中海的战争后，为维持地中海航线的安全，分区建立小型舰队和常备的小型海军基地，在西班牙的休达、黑海的克里米亚半岛、红海的巴所斯等古代海军旧港址上出现了拜占廷海军的新基地。各个基地如同各个海军小型舰队一样统归各地陆军督军管辖。

海军独立发展是从君士坦丁二世开始的，当时，阿拉伯海军发展迅速，在地中海进行海上扩张，将拜占廷人有限的海上力量排挤出主要航海区。为扭转不利局面，拜占廷政府建立独立的海军建制，九支舰队组成基维莱奥冬军区，其下属包括直到罗德岛的小亚细亚南部海区的基维莱奥冬军分区和包括爱琴海及小亚细亚北部沿海的爱琴海军分区，分别由两名将领指挥，但是统一归军区最高将领“将军”管辖。然而，海军势力的发展直接威胁拜占廷皇帝的统治，698年海军军区司令提比略发动政变，其舰队兵临城下，围攻君士坦丁堡，后在首都中下层人民支持下夺取皇帝权力。711年，远征黑海车绳的拜占廷舰队发动起义，迫使在位皇帝查士丁尼二世离开君士坦丁堡，弃城而逃，后在小亚细亚被杀，起义的海军拥立海军司令腓力比格斯为帝。伊苏里亚王朝建立后，为避免重蹈前朝复辙，利奥三世采取限制陆军军区和海军发展的措施，将海军重新编为皇帝直接控制下的皇家舰队，其它部分被化整为零，分散到各地陆军军区中。这对拜占廷海军的发展打击十分沉重。由于抵抗阿拉伯人海上进攻的迫切需要，不久基维莱奥冬军区和爱琴海军区再度恢复，但是海军的最高指挥权由陆军和海军将领共同担任。同时，各地小型舰队仍然由各军区将军指挥。海军地位仍然处于陆军之下，海军舰队司令的地位相当于陆军中级军官，这在当时制定的一份官职表中得到证明。

8世纪中期，阿拉伯帝国发生重大政治改组，新建立的阿拔斯王朝哈里发改变旧王朝的海上扩张政策。这使拜占廷人有机会重新夺取业已丧失的海上强国地位和东地中海霸权，而退役的阿拉伯水手纷纷转移至西地中海，并揭开阿拉伯海盗肆虐西西里的历史。在有利的国际环境中，拜占廷政府首先加强爱琴海军区的建设，增加士兵数量，修造大型舰船，建立新的海军基地和停泊码头，其司令被提升为军区将军。不久，在爱琴海南部又建立另一个独立的海军军区，以其司令部所在地撒莫斯岛命名为撒莫军区。9世纪初建立的该发利尼阿斯海军军区负责地中海中部地区的防务。这样，拜占廷海军在10世纪期间达到其历史发展的高峰期，961年以海军为主力的远征军夺取克里特岛这个爱琴海最南端的第一大岛，因此，皇帝尼基弗鲁斯对德意志皇帝的使节吹嘘说：“罗马帝国（中古拜占廷人自称为罗马人－作者注）是大海的主宰。”[ I. Karagiannoulos,1983. p.77.]

拜占廷海军辉煌的时期极为短暂，皇帝们对于海军反叛的恐惧超过对陆军的疑虑，7－8世纪海军将领反叛自立的阴影始终笼罩在忐忑不安的皇宫上空。10世纪末，拜占廷皇帝分散军权的措施和此后限制军事贵族的政策也极大地降低了帝国海军的战斗力，更依赖于船只和海上装备的海军在缺乏政府资助的情况下衰落极为迅速。1071年曼茨克特战役之后，突厥人占领小亚细亚大部地区，拜占廷人因此丧失了该地区沿海的大部分海军基地，这就进一步加剧拜占廷海军的衰落。此后，拜占廷帝国采取雇佣外国舰队的方式应付临时出现的海上威胁，皇帝阿莱克修斯一世在位期间为抵抗诺曼海军的进攻而雇佣威尼斯舰队，为此，他授予后者许多贸易特权，这一作法被认为对拜占廷帝国产生灾难性后果。作为比较开明的君主，阿莱克修斯很快认识到建立强大海军的必要性，因此，他作了相当大的努力恢复各海军舰队，并在对帕臣涅格人、阿拉伯人和诺曼人的战争中使用水兵，充分发挥海军特殊的水上作战能力，取得许多有史可查的胜利。但是，并不是所有的皇帝都具备这样明智的头脑，例如，12世纪的皇帝们担心舰只落入突厥人之手而将小亚西亚沿海仅剩的海军船只凿沉。1204年第四次十字军进攻君士坦丁堡时，拜占廷帝国已经没有海军，海防线完全暴露在敌人的进攻下。

拜占廷帝国晚期历史是衰败的历史，帕列奥列格王朝时期在尼西亚流亡政府海军基础上重新组建帝国水上武装力量，海军军权控制在海军军区将军手中，由于海军规模极为有限，各舰长直接由皇帝任命并对皇帝宣誓效忠。海军军区内将军之下为舰长，其下属包括舰上各级军官和海军基地后勤官。但是，在国家经济实力衰落的情况下，海军也不可能得到发展，甚至连维持生存的可能性也最终丧失，只在国家官职表中保留有关的称号。我们从1453年君士坦丁堡包围战亲历者留下的史料中了解到，末代皇帝君士坦丁十一世拥有的几艘舰船均为中等船只，远不能与威尼斯商人的大型舰船相比，更不是新兴的奥斯曼土耳其海军的对手，后者用于封锁海峡的舰船多达数百艘。拜占廷帝国气数已尽之相也表现在海军方面。