按照重商主义的基本原则，殖民地是由母国制造并为母国服务的，殖民地应当成为宗主国的商品销售市场和原料、短缺物品的供应地，应推动宗主国的海外贸易，增强其国力。正如同18世纪一位英国商务部官员所说的：“殖民地的一切行动，都应服从母国的利益，因为母国保障了它的存在以及一切有价值的特权。一切与母国利益不相符合的对殖民地有益的计划或商业上的好处，都应被认为是非法的，不能允许它们实施，因为它们是与殖民地存在的意义背道而驰的……如果殖民地不能被利用，那么国家还不如没有殖民地。”[93]因此，1660年斯图亚特王朝复辟后，英国对已有殖民地的行政和经济活动日益加强限制，其重商主义意图日益明显。
1660年，英国议会颁布更为详细的《航海条例》，其目标不仅是打破荷兰在大西洋贸易中的统治地位，而且是强化对英属殖民地的控制，但是由于缺乏强制执行的机制，它并未产生理想的效果，对殖民地贸易的影响不大。此后英国又不断通过相关法令加以补充，在1663年颁布《主要物产法令》后，1673年又颁布了《殖民地关税条例》，根据此条例，凡运输属于1660年《航海条例》中的“列举品”出口的船只，必须交纳1000—2000镑的押金，以保证货物在英格兰港口卸货。为此，英国先在北美南部殖民地、后在所有殖民地设立关税稽查官员，以保障《航海条例》等英国法律得到真正贯彻执行。为了实施对殖民地的常规化管理，加强对殖民地的行政和经济控制，英国政府还强化了相关组织措施。1660年，英国设立了有关殖民地及海外贸易问题的两个机构——贸易委员会（The Council of Trade）和对外拓殖委员会（The Council of Foreign Plantation），后一机构的任务是专门“统一监督与管理”分散、无序的殖民事务。但实际这两个机构基本上只是向国王报告情况和提供建议的咨询机构，并未发挥多少实际作用。1672年，上述两机构合并形成“贸易和拓殖联合委员会”（Joint Council for Trade and Plantation），其主要职能是收集相关情况并向国王提供有关殖民地及贸易方面的建议，关注殖民地的发展及英国与殖民地的贸易、航运事业。但不久这一机构即被撤销。1675年，英国枢密院设立由社会上具有一定地位和影响的人组成的贵族贸易委员会（Lords of Trade），其主要职能是向政府提供殖民地执行关税法的具体情况，以推动殖民政策的贯彻执行。这是英国首次设立专门机构负责北美殖民地事务，它表明复辟时期的英国政府试图对殖民地实施统一管理，以期“在北美和西印度群岛创建更为一致的执行国王意志的政府。尽管寻求帝国集权化的行动经常杂乱无章，但统一的趋势毋庸置疑”。[94]英国对殖民地加强管理的重点是维护英国的经济利益特别是贸易利益。作为宗主国，英国认为建立殖民地并使其为宗主国服务是英国推行重商主义政策的重要内容和关键，执行《航海条例》既是英国与其它欧洲殖民国家进行激烈贸易竞争的需要，又是作为宗主国经济和政治所属物的殖民地的重要义务，也是对英属殖民地的某种保护。然而，对殖民地来说，《航海条例》标志着英国强化对殖民地的管理，它剥夺了殖民地的自由决策权，限制了殖民地对外经济活动，提高了殖民地对外贸易的成本，因而遭到殖民地的不满和抵制，很难达到预期目的。所以，英国对殖民地加强管理的过程是和殖民地的抵制和斗争连接在一起的，双方的博弈又与英国国内政局的变化直接相关。
在业已建立的殖民地中，新英格兰地区不能或很少给英国提供所需的原料及稀有产品，这显然与英国的殖民初衷不符。因为，根据重商主义的殖民原则，殖民地在重商主义体系中应在三方面发挥重要作用：“第一，有些产品若殖民地不生产就得从帝国以外进口，因此，殖民地要生产这些产品，这样有助于达到帝国内部自给自足。第二，殖民地生产和销售那些在帝国外需求量很大的产品，从而创造外汇收入。第三，殖民地成为母国产品出口的市场。”[95]起初，新英格兰移民也曾努力生产母国所需要的诸如木材等物资，以获取必要的利润以维持生存。但是，新英格兰与英国本土相似的地理和自然条件，使得他们的产品除了若干珍贵动物毛皮之外，与英国本土并无二致。新英格兰农民和渔民生产的最重要的产品就是小麦及鱼类产品，这些食品除了自我消费外，难以输出到英国和欧洲，主要提供给西印度群岛的甘蔗种植园；其毛皮贸易也因当地兽类逐步减少而几乎停止。其它资源除了森林之外，十分缺乏或暂时尚未得到开发。这种状况一方面导致新英格兰殖民地对母国的贸易长期处于逆差状态，另一方面使新英格兰利用便利的港湾条件和林木资源，发展造船业和航运业。1635年时，新英格兰至少有6所造船厂；5年之后，新英格兰自己所造的船舶就几乎包办了英国与马萨诸塞的航运。[96]新英格兰商船成为殖民时期英国对外贸易运输的骨干力量。
17世纪中后期颁布的《航海条例》虽然对新英格兰的转运贸易活动有所限制，但也给新英格兰增加工业生产和发展航运业提供了新的发展机会。1663年颁布的《主要物产法令》虽然禁止把商品直接从欧洲运入北美殖民地，旨在保护英国的工业与北美的市场，但一些不在列举之列的商品诸如奴隶、马匹、盐和苏格兰食品仍可以直接输入北美殖民地，特别是英国政府并未明令禁止新英格兰同西印度群岛、北美其他殖民地进行贸易。于是，新英格兰与西印度群岛、北美中部殖民地之间的贸易十分活跃，相互之间形成了互通有无、取长补短的循环贸易圈，尤其是与西印度群岛的贸易成为新英格兰地区各殖民地经济发展的基础。第二次和第三次英荷战争后，随着新《航海条例》的贯彻实施，荷兰被进一步排斥在英属殖民地贸易圈之外，新英格兰的商人们趁机通过走私填补了荷兰转运贸易的空缺，不仅使其与西印度群岛之间的贸易继续发展，而且与欧洲国家的商业往来也迅速扩大。所以伦敦商人在1676年的请愿书中抱怨道：“欧洲生产的各种商品直接进口到新英格兰，然后从这里运输到英王在美洲的所有殖民地，这比把它们运输到英格兰要便宜很多。作为交换，他们把殖民地的商品不经过英国就直接运输到欧洲。这极大地损害了我们国家的航海，降低了英王的收入，造成了贸易的衰退并使得英国政府的许多目标难以实现。”[97]到17世纪80年代，新英格兰商人基本控制了西印度群岛运输业，他们将本地和西印度群岛的产品如谷物、糖类、渔类、木材等运往欧洲等国，然后不经过英国即带回大量的欧洲产品。[98]新英格兰一直与法国有直接的贸易关系，有记载说，1675年时波士顿的市场上充斥着法国商品。新英格兰商船往返于英国和欧洲的一些港口，从17世纪下半叶起，“他们已经开始渗入到英格兰和爱尔兰，侵入英国商品的边缘”。[99]
不仅如此，新英格兰商人还加入了以贩卖黑奴为主要内容的“三角贸易”，他们购买西印度群岛的白糖与糖蜜在新英格兰制成甜酒，将甜酒输往非洲出售并购进黑奴，然后将黑奴运到西印度群岛或南部殖民地出售给种植园主，再以出售所得的部分收入充当购买糖及糖蜜的费用，以此获取巨额的利润并弥补贸易上的逆差。
走私贸易和“三角贸易”推动了新英格兰的经济发展特别是航运业和造船业的发展，并给新英格兰殖民者带来了丰厚的利润。弗格森指出：“到17世纪70年代，新英格兰人差不多已是世界上最富有的人了。那里的人均收入至少与英国持平，而且分配的也更为平均。”[100]然而，新英格兰的发展却因与英国重商主义的主旨不符而加深了其与宗主国之间的经济矛盾。英国重商主义者蔡尔德在17世纪后期就认为：对于英国来说，“新英格兰地区是一个最不利的种植园”。该地区出产的产品极少能为英国与其之间的贸易提供有益的帮助，而该地区对西印度群岛的食品出口减少了英国本土与甘蔗种植地区的贸易量。其结果是：“新英格兰殖民地区的发展成为英国本土遭到削弱的原因。”[101]同时，英国与新英格兰地区的矛盾由于宗教问题而变得更加复杂化了。新英格兰人大多是清教徒，他们来到北美是为了过上清教徒的生活，摆脱国内的宗教羁绊。他们对于不属于清教的查理二世一直存有戒心，并时刻关注着英国王室对殖民地的态度。查理二世即位时，新英格兰虽然仍然“完整地保持着马萨诸塞特许状，并且毫不含糊地提醒新国王，他们享有他父亲所赐得的特权，”但实际上他们正在秘密地窝藏那些判处查理一世死刑的人们。[102]
新英格兰殖民地的政治、经济行为引起了英国王室的关注和不满，新英格兰逐渐成为英国重塑殖民秩序和严厉打击的对象。1662年，查理二世颁发特许状，从马萨诸塞分离出来的康涅狄格成为王室殖民地。同年，查理二世致信马萨诸塞，要求马萨诸塞修改法律，声称现有的一些法律不完全符合其特许状中的内容要求，殖民地的法律应与英国法律相吻合。国王的要求遭到马萨诸塞议会的拒绝，因此，1664年查理国王命令四名前往新尼德兰的专员对新英格兰的有关情况进行调查，国王命令中还特别要求调查新英格兰执行《航海条例》的情况。专员们到达新英格兰的罗德岛、康涅狄格和普利茅斯时，得到了良好的配合，工作顺利。但他们在波士顿时却受到冷遇，殖民地官员不予配合，甚至拒绝承认专员们的权力，禁止任何人与他们接触。结果专员们报告称，马萨诸塞执行《航海条例》不力，建议国王将先前颁发的特许状予以撤销。随后查理国王决定对马萨诸塞作进一步的调查，并要求马萨诸塞派代表作出解释。针对新英格兰商人违犯《航海条例》的问题，1673年英国议会制定的殖民地贸易法即《殖民地关税条例》专门规定，从英属某个殖民地将货物转运到另一殖民地，也应交纳关税；新英格兰商人需向有关当局出具一份承诺将货物运到英国的保证书。1675年，英国在枢密院设立由社会上具有一定地位和影响的人组成的贵族贸易委员会，其主要职能就是提供殖民地执行英国法律的情况，推动英国的殖民政策真正得以贯彻。1676年，英国政府开始向北美各殖民地包括新英格兰派遣收税官吏，收税官吏经常就殖民地的关税征收及贸易问题向英王及政府作出汇报。英国强力推行重商主义政策遭到殖民地商人和种植园主的强烈抗议，1677年，马萨诸塞议会公然致函伦敦枢密院：“根据法律学者通常的言论，我们恭顺地认为，英国的法律仅限于四海之内，不施及美洲……我们在议会里没有代表，故考虑，我们不该在自己的贸易中受到英国法律的妨碍。”[103]这种公开的离心行为恰是英国所担心的，也是英国所不能容忍的。1681年，英国又在各殖民地建立海事征税站，负责征收殖民地因违背《航海条例》应补缴的税款。不久，贵族贸易委员会委派帝国税务官员爱德华·伦道夫（Edward Randolph）前往马萨诸塞，但马萨诸塞议会根本不予理睬，不仅不承认伦道夫的权力，依然自行其是，甚至还监禁了伦道夫的助手。针对马萨诸塞殖民地的公然违抗行为，贵族贸易委员会决定对其起诉，伦道夫指控马萨诸塞所犯罪状达29条之多，其中有23条是控告其违反《航海条例》的。随着英国政府强化殖民地管理的决心不断增强，英国与马萨诸塞殖民地之间的矛盾也与日俱增。1684年，英国法院最高法庭宣布马萨诸塞和其他几个殖民地的特许状已“解除、取消与作废”，强行使之成为王室殖民地，由英王直接任命殖民地的总督和参事会，原先的代议制机构遭到解散，市镇会议的权力也受到削弱。不甘屈服的新英格兰清教徒展开了广泛的政治斗争，一度完全控制了殖民政府。
詹姆士二世继位后，为了进一步加强对新英格兰各殖民地的控制，建立一套更为有效的管理制度，同时为了解除法属加拿大对英属北美形成的威胁，决定将新泽西、纽约、康涅狄格、罗德岛、普利茅斯、马萨诸塞、新罕布什尔和缅因等殖民地合并成单一的新英格兰领地（Dominion of New England），由一个政府实施集中统一的统治管理。领地内的一切事务包括立法、行政和司法权皆由王室指派的总督和国王任命的参事会负责，不设代议制机构，各殖民地无权征税和处理未分配的土地，王室还专门派出皇家军队为总督执行命令保驾护航。1686年，前纽约总督爱德蒙·安德罗斯（Edmund Andros）出任新英格兰领地总督，他到达新英格兰后，忠实执行英王的旨意。贵族贸易委员会要求安德罗斯“废除久已确立的权利和特权，并且在没有军队、警察和政党支持的情况下，对五十多年来一直是自己管理自己的人民实行专制统治”[104]，以树立帝国的权威。为此安德罗斯努力加强殖民地的防务，坚决贯彻《航海条例》。他将殖民地议会抛在一边，不经议会同意而肆意征税；取消陪审团制度，废除原先殖民地的土地所有权，建立一套新的土地所有权制度。在宗教方面，作为忠实的国教教徒，他蔑视清教徒的宗教信仰，取消各殖民地原来的宗教政策，把波士顿的清教礼拜堂改成国教教堂，支持国教徒在那里进行宗教弥撒活动。到1688年时，安德罗斯已将其统治权扩展到了罗德岛、康涅狄格、纽约、新泽西等殖民地。在其控制范围内，所有的殖民地议会均被解散。至此，英国对新英格兰殖民地的控制达到顶点。在《航海条例》的限制下，新英格兰的经济殖民的性质进一步强化了，它向英国输出的是皮革、木材和渔产品，消费品则基本依赖于英国和欧洲的进口，结果其贸易严重入超。到1700年时，新英格兰与宗主国的贸易逆差就达到一年18万英镑。[105]安德罗斯的独断专行是对殖民地早已形成的殖民地事务由殖民地议会管理传统的公然践踏，也是对新英格兰人民自由的公然侵犯，因而遭到了殖民地居民的普遍反对，为殖民地以后的大规模反抗埋下了伏笔。
在早期建立的殖民地中，弗吉尼亚是相对英国化的一个殖民地，而且比英国的任何地方更富有农村风味。最初的弗吉尼亚人均以自己为英国人而自豪，包括一些大种植园主，都希望在北美发财致富后，衣锦还乡回到英国。因此，殖民地模仿英国的模式建立地方政府，各县均有王室总督委派的法官。北美南部的另一殖民地马里兰在土壤、气候、经济和社会制度方面均与弗吉尼亚相类似。南部殖民地特殊的自然条件为发展种植园经济创造了适宜的条件，而移入南部的移民大多为贵族和大地主，他们自然积极发展大种植园经济。所谓种植园，它“是一种资本主义形式的农业组织，雇用相当数量的奴隶，在统一管理和指挥下从事一种主要作物的生产”。[106]种植园以生产商品获取货币为目的，以种植烟草、大米和蓝靛为主，而以种植烟草最为突出，因为种植烟草成本低，收益大，且为英国和欧洲当时所开辟的市场所需要，获利极高。1620年，弗吉尼亚和马里兰两个切萨皮克湾殖民地每年出口的烟草在6万磅左右，而到17世纪60年代后期则猛增到1500万磅左右，80年代中期时更达到大约2800万磅。[107]烟草贸易成为维系弗吉尼亚和马里兰经济生活的决定性因素，通过烟草贸易，两地换回自己几乎所有必需的日常消费品及其他商品，这便形成了它们与宗主国比较密切的从属依赖关系。
弗吉尼亚等南部地区在17世纪前期，由于对外贸易的发展，经济发展很快，人口大大增加。1630年，弗吉尼亚的居民有2500人，1650年上升为18 731人，1660年则达到27 020人；马里兰的居民1640年为583人，1650年是4504人，1660年达到8426人。[108]
斯图亚特王朝复辟后，对王朝一向忠诚的弗吉尼亚反而受到了严重损害，特别是《航海条例》对以农业为主、不从事制造业的南部殖民地形成了致命性的打击，因为新《航海条例》中的“列举品”大多来自于南部殖民地。1660年以前，弗吉尼亚和马里兰的种植园主可以根据自己的意愿和市场行情，将其生产的烟草、砂糖等农产品高价出售给欧洲任何国家以获取高利，同时以比较低廉的价格换回自己所需的各种产品。而《航海条例》使殖民地的商品必须先运进英国，由英国统制航海业。这显然对英国商人有利，因为英国商人可以利用对航运和烟草贸易的垄断，提高运输费用，压低烟草价格；对殖民地来说，《航海条例》的实施使其提高了运输成本，缩减了主要种植物特别是烟草在国际市场的销路，提高了输入外来制成品的价格，加强了对宗主国的依附性。烟草贸易受阻后，殖民地烟草价格急剧下跌，物价迅速上涨，致使南部种植园主债台高筑。《航海条例》颁布后殖民地的烟草价格只有每磅半便士，有时甚至低到每磅四分之一便士，而在1660年以前，每磅烟草的价格为三便士。[109]与此相反，种植园主所需的英国工业品的价格则提高到英国价格的两三倍。[110]英国航运商们在运输方面不断增加运费，致使运费由每吨7镑提高到每吨12到17镑。[111]这大大挤压了殖民地的获利空间，给殖民地种植园主造成严重损害。威廉·伯克利总督在1662年报告说，烟草价格已下降到不足以偿付运费的程度，“为了要使四十来个英国商人发财，有四万人被弄得贫穷了”。[112]不仅如此，为了强化对弗吉尼亚的经济控制，英国对其政治的控制也达到前所未有的程度。英国无视殖民地议会的存在，剥夺殖民地的自治权。顽固的保王党人伯克利被任命为弗吉尼亚总督后，对殖民地的各级各类政府机构严密控制，并忠实秉承英王的意旨行事。殖民地虽选举了议会，但议会自1661年起，长达15年之久未曾召开，形同虚设。1670年，弗吉尼亚议会效法英国，确定了选民的财产资格限制，规定只有动产或不动产的拥有者才能成为选民。伯克利及其亲信还以公徇私，垄断对印第安人的贸易。英国对于北美南部殖民地的损害和压制激化了社会矛盾，终于引发了北美历史上第一次严重的叛乱即“培根叛乱”（Bacon's Rebellion）。[113]伯克利将培根宣布为叛国者并对反叛者进行了严酷的镇压，英王也认为“培根叛乱”是对其权威的公然挑战，因此派1100人的皇家军队前往镇压。“培根叛乱”虽然最终失败，但它深刻地反映出英国的殖民统治与殖民地之间的矛盾，是英国殖民统治所遭遇的严峻挑战，英王于是不得不召回伯克利。
此后，种植园主与总督及参事会以及控制地方政治的大种植园之间的矛盾仍然存在，1682年时，由于烟草价格不断下跌，弗吉尼亚的格洛特县、新肯特县和米德尔赛克斯县发生了砍烟草苗的**，殖民地当局不得不采取行动限制烟草生产，如减少种植面积、稳定烟草价格等。[114]为了对抗英国的经济限制，南部殖民地的贸易走私现象也十分严重。“由于航海法令增加了殖民者的烟草生产成本，所以他们只要有可能便不守法。有些烟草不经过英国海关，走私到欧洲；在西半球，离开英国官员管辖越远，违反航海条令的情况越突出。事实上，违背英帝国经济法规的现象在北美殖民地是司空见惯的。”[115]弗吉尼亚等地种植园经济的曲折发展，是殖民地经济发展的必然结果，也是英国重商主义殖民政策的必然结果。只要烟草的价格和销售问题得不到解决，仍受限制和垄断，宗主国与殖民地的矛盾就将存在。
西印度群岛殖民地作为英国主要的热带物产的供给地，在复辟王朝时期发生了重要变化，并成为理想的体现帝国经济概念的殖民地。17世纪初期的几十年间，英国在西印度群岛殖民地的活动虽然十分频繁但成就不大。第一批英国移民来到巴巴多斯，主要种植烟草、棉花、蓝靛等作物，但这些作物很难与其它殖民地相竞争。在可耕地面积十分有限，而且开辟灌木地带的原始成本较高的岛屿上，唯一的经济作物只有那些产量高而价格也高的作物。自1641年巴巴多斯首先引种甘蔗并掌握制糖技术以后，丰厚的回报、适宜的气候、肥沃的土壤及优越的地理位置使得巴巴多掀起了种植甘蔗的**，绝大多数规模较大的种植园在1647年前后转向了甘蔗种植。大面积种植甘蔗及制糖业的发展使巴巴多斯很快成为“西印度糖岛之母”，巴巴多斯也因此成为美洲地区最富有的地方。此后甘蔗种植和制糖迅速推广到背风群岛及牙买加﹑安提瓜等岛屿。自1650年以后，蔗糖成为西印度群岛唯一重要的产品。在甘蔗引进英属西印度群岛殖民地后的20年，蔗糖占到伦敦从殖民地种植园进口总值的将近一半，[116]超过了烟草。蔗糖业的快速发展对西印度群岛的影响殊为深远。“这种单一作物的发展不只是扩展一种利润大的作物和一种新工业，这是一种改变这些岛屿的种植成分和社会构造的革命。”[117]因为，一方面，甘蔗因其具有易腐的特性，必须在收割之后48小时后进行加工以得到最好的蔗糖汁，因此甘蔗的种植者或者其本身就是制糖者，或者必须靠近一家制糖工厂。显然，那些从事制糖的企业主必须具有一定的经济实力，他们需要建立配套工厂、购买配套设备，并雇佣大量的劳动力。为了保证工厂所需的甘蔗供应以寻求最大的经济回报，制糖企业主开始不断通过垄断糖厂附近的土地所有权而成为种植园主，最终形成规模很大的甘蔗种植园。根据统计，西印度群岛一般的种植园很少在150英亩以下，有的超过5000亩。对高额回报的企求使得种植园主们必须不断开辟新的土地，但是西印度群岛的可耕地是极其有限的，这就导致了大规模的土地兼并，昔日的小业主们纷纷破产，只好另寻他途。17世纪60年代后期，从巴巴多斯发出的一篇报告称，这个岛屿还有“不到七百个相当大的业主……一千二百个以前是业主的善良人们已经离开了，被他们的更加富有而贪婪的邻居们慢慢地挤出他们小小的居留地”。[118]另一方面，甘蔗种植需要精耕细作和手工收获，因此需要大批劳动力。旧的契约佣仆制度根本无法持续，因为契约佣仆制度存在的前提是自由土地的大量存在，而西印度群岛土地面积有限，不能适应大量的移民移入，创办大种植园的高额成本也使一般移民望而却步，因而正如同时代的一些欧洲人所说的那样，西印度群岛“不是一个小人物的去处”[119]。所以西印度群岛基本上没有出现过英国白人移民大量输入的现象，即使移入也由于激烈的竞争而最终移走它处。1675年，巴巴多斯岛的议会就抱怨：“以前我们这里有源源不断地来自英格兰的基督劳工……可如今，英国来的人越来越少，因为在他们雇佣期满后，已经没有土地可以分配给他们了，要知道，土地在以前可是吸引他们来到这里的主要因素。”[120]于是，英国种植园主最终找到了从欧洲以外地区购买奴隶的办法来解决他们的劳动力问题，那就是大量引进非洲的黑奴。事实上西印度群岛英属殖民地在建立初期就已经使用黑人奴隶了，如新普罗斯登斯岛上的清教徒就经常掠夺西班牙殖民地上的黑人奴隶，然后或将他们出售以获利，或留在自己的种植园中充当奴隶。随着大种植园的不断发展，黑人奴隶不断增加。1640年时，巴巴多斯只有几百名黑人；到1645年，有6000多个黑人和4万左右的白人；1685年，有4.6万个黑人和2万个白人。在牙买加，1673年的人口中已有黑人9500人，白人只有7700人；此后50年白人人口基本稳定，黑人奴隶增加到7.4万名。[121]17世纪末到18世纪初，牙买加逐渐取代了巴巴多斯的地位，其运进的黑奴数量也超过巴巴多斯，奴隶与白人的比例高达10∶1。[122]黑奴的艰苦劳动推动了种植园经济的发展，从17世纪后期开始，加勒比殖民地取代了巴西，成为新大陆的蔗糖中心，大量的蔗糖源源不断地流进英国。17世纪末，西印度群岛殖民地占英国进口贸易的9%，出口贸易的4%，而同期美洲大陆殖民地仅占8%与4%。[123] 17世纪末，英国全部贸易带来的利润为200万英镑，其中种植园贸易占60万英镑，种植园商品再出口占到18万英镑。所以有人认为，如果将大英帝国比作一座富丽堂皇的大厦，那么其基石就是遍布英属美洲和加勒比海地区种植园的黑人奴隶劳动。[124]
西印度群岛殖民地重要的战略价值和经济价值日益引起英国政府的重视，但是复辟时期的英国从重商主义出发，对该地区的控制主要体现在经济和贸易方面。《航海条例》的实施和1672年特许皇家非洲公司的成立，旨在将西印度群岛的经济发展和贸易完全纳入为宗主国服务的轨道。1660年，有五六个利益集团要求继承先前卡莱尔特许状中关于巴巴多斯和背风群岛的特权。结果，1663年，巴巴多斯与背风群岛被迫接受4.5%的出口税，以作为王室赐予卡莱尔特权的延长期限的代价。[125]当牙买加成为蔗糖的主要生产基地后，为防止过多的蔗糖生产可能导致糖价下跌从而损害英商的利益，英国停止了在加勒比地区扩张，所以戴维斯认为：“牙买加在1655年被占领以后的半个世纪的特点是英国利益在西印度群岛的巩固而不是扩大。”[126]当然，英国在贸易上的控制也遭到西印度群岛殖民地的不满和抵制。1664年，背风群岛的安提瓜、蒙特塞拉特岛与克里斯托弗岛的种植园主就要求重新实行自由贸易，因为他们在进行交易时正在承担“难以承受的困难”[127]。种植园主通过贿赂等手段使得殖民地总督在执行英国政策特别是执行《航海条例》时并不严厉，再加上不少英属加勒比殖民地拥有曲折的海岸线，从而为走私贸易甚至是海盗活动提供了条件，所以，英国《航海条例》对西印度群岛殖民地的消极影响是有限的。1670年，英国与西班牙签订了《马德里条约》，根据此条约，双方放弃海盗式的抢劫活动，英国人在加勒比海的存在首次得到西班牙的正式承认，这为英属加勒比海诸岛的稳定与发展创造了新的条件。从政治上来说，虽然英王也试图加强对加勒比海殖民地的政治控制，但是效果不大，代议制政府的传统已经根深蒂固，难以轻易改变。总督和相关高级殖民地官员由英王直接任命，总督指定参事会成员，但每个岛屿都有它的议会，议会由拥有自由产权的种植园主选举产生，有权决定税收并制定不与英国法律相抵触的法律。1678年，英王曾打算取消牙买加议会的自治权力，但由于遭到殖民地的强烈反对而没有实现。牙买加获准建立了与巴巴多斯相类似的代议制，“法律由总督、参事会和议会共同制定”。[128]
斯图亚特王朝复辟时期，英国对爱尔兰的政治统治，与克伦威尔时期相比虽有所缓和，但经济控制却进一步加强，对爱尔兰的殖民政策继续推行。查理二世继位后，爱尔兰的天主教徒曾寄希望于其能恢复他们昔日的地位。但是面对新的形势并出于政治统治的需要，查理二世一方面颁布相关法令，确认冒险家所获的土地；另一方面保证修改克伦威尔组织法令，适当照顾天主教徒的利益，一些贵族和小地主原来的地位和土地得到部分恢复。但是由于爱尔兰的克伦威尔党人十分强大，查理二世的法令很难执行下去，结果国教派新教徒仍然占据着大部分爱尔兰土地，并控制着议会、政府、城镇和贸易。据威廉·配第的统计，1672年爱尔兰有农田1200万英亩，新来的克伦威尔党人占有450万英亩，天主教徒只占350万英亩，其余为早期新教殖民者所有。而在人口方面，天主教徒占80万，新教徒只有30万，且多数为厄尔斯特省的长老会教徒和英国的非国教新教徒。[129]信奉天主教的詹姆士二世继位后，任命天主教徒在爱尔兰的政府机关中担任高级官员，1686年，让天主教徒出任驻爱大臣并组建天主教军队。天主教徒占多数的爱尔兰议会甚至通过了取消克伦威尔时期土地分配方案的法案，但是此法案由于英国政局的变动而未及实施。1689年7月，由于伦敦德里城战役结束及詹姆士二世彻底失败，爱尔兰的天主教势力失去了依靠。1691年，爱尔兰所有的天主教军队投降，天主教势力彻底衰退。到1695年，爱尔兰天主教徒拥有的土地减少到14%。[130]英国学者T.W.弗里曼指出，正是在17世纪，“一个新的地主阶级安置在爱尔兰了。旧的天主教地主的权力最后被摧毁了”。[131]
17世纪后期，英国对爱尔兰的殖民统治也充分体现出重商主义的基本特色。随着斯图亚特王朝的复辟，英国国教成为爱尔兰官方承认的唯一宗教。表面上，爱尔兰议会对内享有最高权力，但实际上完全受英格兰遥控。此时爱尔兰被认为是英国的组成部分，英王即为爱尔兰国王，但实际上爱尔兰是被视为英国的殖民地看待的，这主要表现为英国对爱尔兰的经济和贸易进行严格限制。1651年《航海条例》曾将爱尔兰也包含在英国自己的利益范围内，但1660年《航海条例》则将爱尔兰视作与北美殖民地一样，禁止其与美洲殖民地进行直接贸易，它必须经过英格兰才能获取英属殖民地的物资或输出自己的产品，爱尔兰无权建立自己的贸易船队。1665—1680年，英国议会陆续通过包括《爱尔兰牲畜法令》在内的一系列法令，禁止爱尔兰将牲畜、肉类等产品出口到英格兰，以避免爱尔兰廉价的牲畜产品与英国地主和饲养场主进行竞争，并迫使爱尔兰向英国出口羊毛。由于爱尔兰几乎没有自己的工业，肉类出口和粮食贸易是其主要财富来源，因此，英国的法令对爱尔兰的打击是致命的。“光荣革命”后，英国继续推进重商主义政策，1699年，英国通过《爱尔兰毛纺织品法令》，迫使爱尔兰生产亚麻，以避免爱尔兰在毛纺织业上与英国竞争。英国的殖民政策导致爱尔兰广大农民陷入贫困境地，根据威廉·配第的统计，当时爱尔兰有18.4万个家庭的房子只有一个烟筒，或者根本没有烟筒。[132]所以，希尔指出：“继黑奴之后，爱尔兰成为英格兰获得世界霸权的航海体系的主要牺牲品。”[133]
总之，17世纪后期英国加强对殖民地的控制，尽管遭到殖民地的抵制，但是英国的动机是相当明确的，即严格按照《航海条例》及重商主义的基本原则规划和管理殖民地，力图形成重商主义的殖民帝国体系。