明成祖雄才大略，思想复杂且充满矛盾，就其思想和信仰而言大体可以用下面十二个字来概括： “三教并存，儒学为主，重在利用。”明成祖为了巩固封建专制政权，他需要儒佛道三教来帮助加强思想统治，其中最重要的是儒学，或称儒教。佛、道二教也不可缺少，但还需限制其发展，否则会危害封建秩序明成祖自己担心天命不佑，将自己抛弃。汉代的董仲舒提出“天人感应"一说，后世皇帝都对其信不疑。明成祖也不能摆脱这种观念的束缚，只是又增加了一些自己的解释。
永乐七年(1409)二月，明成祖在去北京以前，敕谕皇太子监国，他交给皇太子一本自编的《圣学心法》,共四卷，分别叙述君道、臣道、父道、子道，实际上都是节录的古代圣贤治国名言。
在明成祖看来，所谓敬天就是要“法天之行，体天立德”,按天道行事。但“天道”本身就有些神秘莫测，明成祖的解释是“天道不言，四时行而万物生”, “天道至公无私”, “天道至诚无息”。看来，明成祖这里强调的是以“至公”“至诚”安天下，这样就可以使“上天眷顾，四海安”,否则就会“天命去之，人心违之”,江山不保。
明成祖还把顺天道和得人心联系在一起，如违背天道，就要失去人心，就会被上天所抛弃。他把人心顺逆看成天下能否长治久安的根本，显然有不可否认的积极意义。
明成祖从一个藩王登上皇帝的宝座，他把这说成是天命所归的结果。这对老百姓是很有欺骗性的。永乐十九年(1421),明成祖刚把京师迁到北京不久，皇宫三大殿发生火灾。明成祖不仅要臣下直言政事得失，而且连他的生日也不庆祝了，又派了二十六员大臣分巡天下，安抚军民，以答上天之谴。
根据儒家观点，敬天和法祖是并行不悖的，甚至是密切联系在一起的。天道难以说清，但先王的言行典则却是摆在那里的，可以仿效。先王的功业被看作是上天眷顾的结果，法祖也就成了敬天的一部分，也是使国祚延长的重要保证。
永乐四年(1406)十月，江西按察使周观政上书，说“为政不必尽法祖宗”,明成祖说他“真妄人也”。这个周观政也真有些不识相，当时明成祖正指责建文帝变更祖制，这里他却要明成祖去变更祖制，这岂不是自讨没趣吗?
永乐五年(1407)五月，明成祖听说民间重敬佛老而简于敬祖非常感慨： “世人于佛老竭力崇奉，而于奉先之礼简略者，盖溺于祸福之说，而昧于其本也。率而正之，正当自朕始耳。”由此可以看出，儒家敬天法祖的思想对明成祖影响之深。
明成祖一再强调向老百姓征发赋役要留有余地，不能竭泽而渔。应该说，明成祖的这种见解是很高明的，在封建帝王中是不多见的。正是在这种思想指导下，永乐年间的社会生产得到较快的发展，尽管大工迭兴，南北用兵，费用浩大，但社会并没出现太大的危机。
明成祖说： “虽有天命，亦须修德。”这里所谓“修德”,就是指要行仁政。如果认真检查一下明成祖一生行为的话，不合“仁政”要求的地方特别多。但从他的言论上看，他知道行仁政的重要。他有这种思想，也有所行动，并收到了一定的效果。
儒家讲“仁”讲“礼”,礼是指一种秩序，不同身份的人分别按照一定的礼行事，没有争执，没有僭越，各安其位，和谐相处。不同身份的人使用不同的音乐，而音乐的精义在和谐，借以陶冶人的性情，使之安分守己。这实在是个很美妙的东西。所以历代统治者都很重视“礼”的作用，明成祖当然不例外。
用刑是为了辅助教化，不是治国的主要手段，其目的在于警戒和威慑，使人不敢违礼犯法，最后达到不用刑而天下治。
既然刑罚是辅助手段，是为了“弼教”,那就不能滥用，所以明成祖一再强调要明刑慎罚。
首先，明成祖提出了“用法当以宽，不以猛”的原则。他的父皇朱元璋惩元之弊，以猛治国，许多人无辜被戮。明成祖则强调“猛则民不堪”,尤其是对死刑， “宁缓勿急”,因为人被处死了，再想改正也来不及了。所以他规定，凡判死刑，都要“五复奏”,即要反复审查五遍。
其次，用法不可过苛过滥。明成祖一再强调，用法过苛过滥就会使好人受害，而坏人不知戒。
再次，明成祖强调按律令办事。在中国古代，不按律个办事的情况可谓司空见惯。有的帝王比较明察，反复强调这一点，自己再能以身作则，情况就能稍好一些。明成祖在这个问题上头脑就比较清醒。他一再强调法司官员要按律办，不得法。对那些执法犯法的人要严惩不贷。
明成祖还一再申谕，近亲犯法，也要同样按法律惩治。
应该指出，明成祖的言行并不一致，有许多自相矛盾之处。他的话有些是说给臣下听的，有些是说给子孙后代的。他要极力把自己打扮成一个圣明的君主，所以说的话都颇合圣贤之道。
应该承认，明成祖的头脑是比较清醒的，他要极力洗刷因夺位而带来的乱臣贼子的形象，把自己塑造成一个盛世贤明君主。他讲天命，目的是为了神化自己，威吓臣民，但却不让天命来束缚自己的手脚。
明太祖朱元璋曾出家为僧，称帝后颇为崇佛，并设立僧录司以专管佛事。但朱元璋也并不是任其发展，而是对佛教进行了种种限制。明成祖基本上继承了朱元璋的做法：崇佛而不佞佛。
明成祖知道佛教教人为善，教人驯服，利用好了可以为巩固他的统治服务。因此，明成祖也信佛、崇佛，允许佛教有一定的发展。他不仅有时让臣下唱佛曲，而且将佛曲颁于塞外。
为此，明成祖命侍讲王洪拟语，而王洪不信佛，对颁佛曲于塞外之事颇不以为然，迟迟不应诏。他为此受到明成祖的训斥，从此“不复进用”。永乐十九年(1421),因北京三大殿被烧，明成祖诏求直言，侍讲邹缉上了一道有名的奏疏，其中说道： “京师聚集僧、道万余人，日耗廪米百余石。”
这表明当时京师有不少的僧人和道士，而且消耗“廪米”,即国家的库粮。
永乐五年(1407)五月的一天，明成祖去佛教寺院灵谷寺。有一条小虫子在他衣服上爬，用手一抖，小虫子落在地上。他随即命身边的宦官将这条小虫子放到树上，还说道： “此虽微物，皆有生理，毋轻伤之。”看明成祖这里的表现，简直就像个以慈悲为怀的佛家弟子了。
明成祖崇佛是为了用佛，是为巩固他的皇权服务。在封建时代，皇权是至高无上的，有绝对的权威，神权必须服从皇权。明成祖崇佛而不佞佛，而且还对佛教的发展进行种种限制。
永乐四年(1406)正月，西域贡来佛舍利，即佛骨。这种事在历史上不止一次地引起很大的轰动，一般都要兴师动众地去迎接，去安放。但明成祖却没这样做。礼部请求为此事而宽释罪囚，也被明成祖拒绝。明成祖还趁机批评了一通佞佛的梁武帝和元顺帝，他们常因佛事而宽释罪犯，“致法度废弛，纲纪大坏，而至于败亡”。
有个守卫官在皇城下诵念佛经，明成祖将他召来训斥一通： “你的爵禄是从诵佛经得来的吗?如有闲暇，嘴想诵念，太祖皇帝有御制《大诰》等书，你拿来诵读，也与你身家有益。今后如果再在宿卫处诵佛经，必罪不宥。”
有一次，武昌的僧人想修建观音阁来为明成祖祝寿，被明成祖拒绝：“人但务为善，何假外求哉!”由此可以看出，明成祖并不佞佛。在永乐年间，除了西藏的佛教首领受到特别的宠遇以外，佛教在内地没得到明显的发展。
永乐初年，清凉寺的僧人奏称，近寺军民经常在寺外放牧牲畜，请予治罪。明成祖则说，既然寺外有闲地，用来放牧牲畜正合乎佛家“利济之心，何必禁”?有一次，江浙一带有一千八百余人自行剃度为僧，赴京请给度牒，明成祖大怒，立命将这些人全部编入军籍，发戍辽东、甘肃。
嘉定县掌管佛事的僧会司奏言，当地“旧有僧六百余人，今仅在其半，请以民之愿为僧者给度”。明成祖不许，并对礼部臣说： “僧坐食于民，何补国家?”永乐六年(1408)五月，明成祖命礼部布告全国各地，严禁军民子弟擅自削发为僧，否则严加治罪。
永乐十五年(1417),明成祖又命礼部传示全国，不许擅自新建寺院或道观。这告诉人们明成祖对佛教并不任其发展，而是进行了种种限制。
明成祖对道教的态度与对佛教的态度大体类似，但从遵奉的诚恳程度来看，对道教显得更虔诚一些。当“靖难之役”还在激烈进行的时候，真武大帝曾对明成祖大力相助。在燕军形势危机的时候，真武大帝率兵甲自天而降，明成祖也披发仗剑相应，从而击败南军。
明成祖即位后也大力渲染这种神话，这显然有政治用意。它可以使人相信，明成祖夺得皇位得到了神的赞助，是天命所归，正可以借此改变篡逆的形象。正因如此，所以他称帝后对道教颇为遵奉。
在建文年间，道教正一道四十三代天师张宇初被治罪，明成祖刚即位就将他免罪复用，并赐号为“正一嗣教道合无为阐祖光范真人”,让他继续掌管正一道，还赐予他钱以修整建文帝曾夺回张宇初的印诰，明成祖又归还了张宇初。
永乐八年(1410)张宇初死后，明成祖又命他的弟弟张宇清嗣教，并封为“正一嗣教清虚冲素光祖演道真人”。
在当时，张三丰被认为是道家的活神仙。明成祖派心腹大臣胡淡四处寻访，反映了明成祖对道教的遵奉。
最能说明问题的例证大概就是大建武当山宫观了，从而使道家这块圣地顿时兴盛起来。在《御制真武庙牌》《御制太岳太和山道宫之碑》中，明成祖更充分表达了对真武大帝的遵奉之情。尤其令人惊奇的是，永乐年间，女道士焦奉真号称“谪仙人”,明成祖竟把她召进宫来，优礼有加，这种恩遇是极其少见的。
明成祖遵奉道教意在利用，也像对佛教那样并不是任其发展。明成祖严格限制僧、道人数：府不过四十人，州不过三十人，县不过二十人。自请出家为僧、为道的人，也限制在十四岁以上、二十岁以下，邻里保勘无妨碍之事，然后投寺院、道观从师受业。经五年学习后，诸经熟练，再分别赴僧录司、道录司考试，果然通晓本教经典，才可立法名、道号，给予度牒，即为僧、为道的凭证。
对那些不通晓本教经典的，则要罢还为民。对那些逃亡者、受过黥刺处罚的人，则不许为僧、为道。明成祖还将原来三年一给度牒改为五年一给度牒，并不许私建寺观。从这些措施上可以看出，明成祖限制僧道发展的措施是很完备的。
明成祖对道家的法术也并不是笃信不疑。他生病时的确服用过道士的所谓“仙药”,但有时则对这类仙药持怀疑态度。例如，永乐十五年(1417)八月间，有道士向他进献金丹和方书，明成祖却说： “此妖人也。秦皇、汉武一生为方土所欺，求长生不死之药，此又欲欺朕。”明成祖表示自己不吃所谓金丹，方书毁掉，以免再去欺骗别人。这表明明成祖遵奉道教，利用道教，对道教就像对佛教那样，只能为我所用，绝不许危害其封建统治。