在朱元璋的怀柔政策下，有不少蒙古官民归顺了明朝，甚至在官僚队伍中有鞑官，军队中有鞑军；由于明军的打击，由于蒙古内部的纷争，蒙古势力有所削弱，但从整体上说，蒙古鞑靼、瓦剌、兀良哈三部并未正式置于明朝的统治之下。明成祖对于不肯归顺的蒙古势力是不会置之不问的。但是，朱棣即位之初，百废待举，而处于纷争中的蒙古各部，一时也还难以给明朝构成威胁，因而，朱棣对蒙古的政策在永乐初期是以怀柔为主，以防守为主，即所谓“来者不拒，去则不追”。凡来归附的，均以礼接纳，不愿归或归而复叛者，也不强求。
洪武三十五年(建文四年，1402)十二月， “有边地降虐叛去者，宁夏总兵官左都督何福请举兵追之”。朱棣说： “但今朝廷大体，当以诚待之。春秋驭夷之道，来者不拒，去则不追。盖彼之来，既无益于我，则其去也亦何足置意!况其同类颇众，其间必有相与为亲戚者，今若以兵讨叛，其未叛者亦将置疑。不若姑听其去，但严兵备、固疆圉，养威观衅，顺天行事。如造次轻举，后悔无及。”
对于边外用兵，朱棣还举汉武帝以为戒。他说： “汉武帝穷兵黩武以事夷狄，汉家全盛之力遂至凋耗。当时虽得善马，岂足偿中国万一之费?朕今休息天下，惟望时和岁丰，百姓安宁。至于外夷，但思有以备之，必
不肯自我扰之以罢弊生民。”
这时朱棣对于边外用兵十分谨慎，他采取的这种决策，显然受到实力的制约。
既然一时还不能臣服鞑靼、瓦剌诸部，那么，只有先求与之通好。朱棣一即位便遣使赴和林敕谕诸部酋长。永乐元年(1403),蒙古请部推奉鬼力赤为可汗。
这位鬼力赤可汗，对于已经分裂的蒙古，并不能做到实际的控制，特别是无法控制西部蒙古的瓦剌部。朱棣承认鬼力赤在全蒙古的统治权，也是限于力量无法向北延伸。但朱棣并不是不想对蒙古进行控制，他在永乐二年便向瓦刺等地派出使节，争取不战而屈之。其谕瓦刺头目马哈木、太平、把秃孛罗和和林等处头目说： “朕承天命，主宰生民，惟体天心为治，海内海外，一视同仁。今天下底定，四方万国无不来廷，皆已厚加抚绥，劝忻感戴。惟迤北诸部犹观望进退，出没边境，未有归诚。今遣指挥完者先那海、百户亦刺思等往谕朕意。夫天下一统，华夷一家，何有彼此之间?尔其遣人往来相好，朕即授予官赏，今还本地射猎畜牧，安生乐业，永享太平之福。”
通过对比永乐元年(1403)和永乐二年(1404)的两通敕书的研究，便会发现其中的矛盾。朱棣既然承认鬼力赤为蒙古可汗，要求通好，便不该再遣使瓦剌头目及和林等处头目，望其归诚；反之，要求瓦剌头目及和林等处头目归诚明廷，便是对其可汗的不友好。朱棣推行如此矛盾的政策，正反映了他的尴尬处境与矛盾心态。
他希望统治全蒙古，做个主宰华夷的君主，但没有力量；他遣使蒙古可汗鬼力赤要求通好，但不真诚，因为他有臣服蒙古之心。这种矛盾的政策使他无法处理好与鬼力赤的关系，鬼力赤等人对朱棣的心计看得一清二楚。另外，可以断定朱棣一旦认为自己的力量强大到足以臣服蒙古，便会抛弃这种矛盾的政策。
朱棣一再遣使鬼力赤，但鬼力赤无所表示，朱棣对此十分警觉。永乐三年(1405)五月庚申，鞑靼头目察罕达鲁花遣人归附明朝，使人言，鬼力赤见在卜鲁屯之地。朱棣联想到不久前山西地方曾报告说云内及天城小尖山有火，就料定是鬼力赤派人作乱。
朱棣敕谕迤北巡哨武城侯王聪、同安侯火真曰： “尔等可遣精骄密侦其动静，若来寇开平，即设伏出奇击之。”朱棣一再通过各种途径了解蒙古的动静，并令缘边兵马加紧备御。永乐四年(1406)二月丙子，朱棣以书谕赵王朱高燧： “小旗孙成自虏中逸归，见鬼力赤阿鲁台也孙台向东南行。其来寇掠边境，亦未可知。尔速遣人驰报武安侯郑亨等，令坚壁清野以待。自黑峪、车坊至鱼台领隘口，可塞者塞之，不可塞则凿深壕以断其路，仍督兵屯田，且守且耕，寇来则相机用事。尔居守北京，一切边务皆当究心。”
他同时还谕武城侯王聪、同安侯火真率将士往兴和同武安侯郑亨备御，敕谕甘肃总兵官西宁侯宋晟“训练士马，坚固城池以俟，无为虏所乘”。
永乐四年三月辛丑，朱棣派遣指挥哈先，千户火儿忽答恍惚儿阿忽来赍书再谕鞑靼可汗鬼力赤，其口气已较前大为强硬。其主要意图是向鬼力赤申明“逆天者亡”,想兵不血刃地让其臣服。
永乐五年(1407)十月壬辰，朱棣再次致书谕鬼力赤： “前遣使致书可汗，本朝通好，共享太平乃拘留信臣不报，今再遣百户早花等审求其故。祸福之机，天有显道，惟可汗省之。”然此次致书仍不获报。
此时正值蒙古鞑靼、瓦剌之间攻杀不已。可汗鬼力赤实际在鞑靼头目阿鲁台的控制之下，被当作号召蒙古各部的工具。但因鬼力赤“非元种”, “其臣不肯下”。
这时，元裔本雅失里的势力也悄然兴起。本雅失里又名完者秃，流亡于帖木儿帝国，居撒马儿罕之地。蒙古兀良哈部来朝者向明廷报告说本雅失里欲率其卒合别失八里之众南掠。虽然别失八里远在西北，且据说本雅失里部属不过百人，但以其元裔的身份，必有相当的号召力，朱棣绝不能掉以轻心。又有消息说，蒙古将遣人“迎立之”。
于是，他于永乐六年(1408)正月甲子派遣太监王安往别失八里，潜察其所向，同时敕令甘肃总兵官何福等遣人往哈密以买马为名而觇本雅失里动静。三月辛酉，朱棣又遣使并亲书一纸诏书与本雅失里，劝其勿做非分之想。
朱棣的一纸诏书没能阻止本雅失里东来，权位的**力真是太大了。但有一点则被朱棣说中了，鬼力赤必与本雅失里势同水火，而首先受害的竟是鬼力赤。永乐六年十二月，传来蒙古迎立本雅失里戕杀鬼力赤的消息。鬼力赤的被戕杀，也许不都因为他“非元种”,有传说“鬼力赤欲归附而未决”是否与其被戕杀有关，亦未可知。
本雅失里野心很大，甚至要恢复大元帝国。朱棣被迫接受了本雅失里被立为可汗这一现实。永乐七年(1409)三月，朱棣派都指挥金塔卜歹和给事中郭骥出使鞑靼，郭骥曾出使帖本儿汗国很可能与本雅失里相识。
朱棣一边争取通好本雅失里，一边与蒙古瓦剌部频繁联络，朱棣于永乐六年十月丙子接待了瓦剌马哈木等的使节，并于永乐七年五月封瓦剌马哈木为特进金紫光禄大夫顺宁主，太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王，并予赐印诰。
其时，本雅失里阿鲁台为瓦剌所败，居于胪胸河， “欲驱败散之卒，掩袭兀良哈诸卫，遂袭边境”。朱棣无法忍受如此的侮辱，怒曰： “朕以至诚待之，遣使还其部属，乃执杀使臣，欲肆剽掠，敢肆志如是耶?逆命者必歼除之耳!”他决心用武力产除逆命之寇。
朱棣此时对蒙古的政策也发生一大变化，从“去则不追”变为“逆命必杀”。从此，他为歼除“逆命”之寇耗尽了精力，一直到死于北征蒙古的归途。
表面来看，朱棣再三隐忍，求和不成才怒而决定用武的，但实际上，朱棣对蒙古政策的变化还有更深刻的内在原因。首先，明朝国内的形势已远非朱棣即位时可比了，政治反抗已趋于平息，社会秩序大体稳定，另外安南的战争从永乐四年(1406)开始至永乐五年(1407)告一段落，明廷在安南设置了郡县，篡杀逆命的黎季犁、黎苍等已献俘京师。
朱棣已经可以腾出力量把目光投向北方。朱棣说“逆命者必歼除之”的话是在永乐七年(1409)六月，而在这一年的三月朱棣已经从南京来到北京。难道朱棣此次北行只是为了巡幸他的龙飞之地吗?不过可以肯定朱棣早已有了出兵的决定，从朱棣的北巡、营山陵、封瓦剌马哈木等为王以及赦免曾助其靖难的将士及北京人民之罪这些事来看，朱棣确已用更多的精力注意北边的工作，可以说，朱棣用兵蒙古从而使之臣服也是久有酝酿的。
永乐七年七月，朱棣以淇国公丘福为征虏大将军，率师十万征鞑靼。八月，丘福败绩胪朐河，全军覆灭。明军失败的根本原因，在于朱棣的轻敌。朱棣在郭骥被杀以后仅一个月，便命十万之师仓促远征，准备不足是显然的。当时海内大定，经济已经得到恢复，明军又在安南取得新胜，朱棣方在志得意满之时，又过低估计了鞑靼“残虏”的力量。他的这种情绪，很可能也传染了丘福。朱棣错误地估计了形势，对这次失败是要负责任的。
朱棣志得意满，方欲用“四夷来朝” “天下一家”来夸耀于国人，然而遣使被杀，命将败绩， “逆命者”仍然逍遥漠北。高傲的大明皇帝无法忍受如此巨大的耻辱，绝不能让潜在的政治反对派在暗中窥笑。为了保住尊严，朱棣决定亲征漠北，而且志在必胜。