明成祖初起兵时，所谓“除奸恶”,主要是指齐泰、黄子澄二人，未涉及其他的大臣。朱棣的这种做法是出于一种策略上的考虑，不愿打击面过宽。如今情形不同了，他登基当了皇帝，一下子就列出左班文臣中的奸恶二十九人。这其中有不少是明初的著名大臣，包括：太常寺卿黄子澄，兵部尚书齐泰，礼部尚书陈迪，文学博士方孝孺，副都御史练子宁，礼部侍郎黄观，大理少卿胡闰、寺丞邹瑾，户部尚书王钝和侍郎郭任、卢迥，刑部尚书侯泰、侍郎暴昭，工部尚书郑赐、侍郎黄福，吏部尚书张统，御史曾凤韶、王度、谢升、尹昌隆，宗人府经历卓敬、修撰王叔英等人。

在这里可看出，建文时的六部九卿大臣几乎全被列入其中。在他们当中，郑赐、王钝、黄福、尹昌隆四人曾迎驾归附，自称为奸臣所连累，命仍任原职。因李景隆和茹瑞为支部尚书张统开脱，命张统仍任吏部尚书，其余的人则一律不予宽宥。没过几天，又揭榜于朝堂，将徐辉祖、葛成、周是修、铁铉、姚善、茅大芳等人皆列入奸臣榜，连同上次所列， “共五十余人”。

实际上，后来陆续被惩治的所谓“奸恶官员”还有很多，有的文献中记载达一百二十四人。这当中，包括一些虽未榜示但却为建文帝殉节的官员。

建文朝文武官员的主要人物几乎都包括在这些所谓“奸恶”之中，波及面很广。明成祖公开发出赏格，允许军民人等绑缚那些未降附的奸臣，并分级升赏。于是，不少人因擒获奸臣得官，各地有不少人乘机报私仇，抢劫财物，造成很大的危害。明成祖也很快发现了这样做的弊端，下令制止，但过了很久才得以止息。

明成祖对这些所谓奸恶区分首从，对“首恶”严惩，非首恶者只要悔罪降附，即予宽宥。在惩治这些“首恶”的过程当中，可谓无所不用其极。

黄子澄被列为“首恶”中的第一人。当明成祖率兵入京时，黄子澄和齐泰名为被“窜逐”,实则是“密令募兵”。黄子澄准备和苏州知府姚善一起到海外乞兵，以图后举，姚善以为不可，他便自己南下。在太仓，被武士汤华所执，送往京师。明成祖亲自审问，黄子澄抗节不屈，仍然口称“殿下”,而不是称“陛下”,遭到左右侍从的一片呵斥。

明成祖大怒，命将他宗族老少六十五人、妻族外亲三百八十人全部带至， “哀号震天”。黄子澄见此情景心如刀绞。

明成祖命人先将黄子澄的双手砍去，接着又说道： “汝虽未入岛夷，足迹已至海上。”遂命再将他的两足砍去，这时的黄子澄已手足全无。人们都知道汉初的戚夫人被吕后砍为“人豕”,但很少有人知道这种悲剧在黄子澄身上又得到重演。

所不同的是，戚夫人成“人豕”后过了一段时间才死去，黄子澄则当即被折磨至死。他一家人不分老少，全被斩首，姻亲都被谪戍边疆。只有他的一个儿子改名为田经，迁居湖广咸宁(今湖北咸宁市),黄子澄这才没有绝嗣。

黄子澄曾躲藏在致仕的袁州知府杨任家中，杨任因此受到株连，亦被诛杀，两个儿子也被斩首，亲属谪戍边疆。

齐泰是另一“首恶”,他奉密诏赴外地募兵，以图复兴。当时悬赏捉拿齐泰等人，风声紧急。他原骑一匹白马，怕被官兵看破，便用黑墨把马染成黑色。因急匆匆赶路，马浑身出汗，马身上的黑墨脱去，被人认出，在广德(今属安徽)被人抓获，送往京师。齐泰不屈被杀，一家被“族诛”,从兄弟齐敬宗死难，叔父齐时永、齐阳彦等人被谪戍。其子刚六岁，免死，配给功臣家为奴，仁宗时才被赦还。

铁铉，字鼎石，河南邓州(今南阳)人。当明成祖连败李景隆后，乘胜南下，不意在济南为铁铉所挫。不长时间，铁铉和盛庸在东昌又大败燕军，致使燕军不敢再取道山东南下。当明成祖称帝南京时，铁铬率残兵驻淮南。燕将用计将其擒获，十月间送至京师。

明成祖亲自审问，铁铉反背坐于廷上，谩骂不止。明成祖让他回过头来看一下，终不可得。明成祖盛怒之下，命将其耳鼻割下。

明成祖命“碎分其体”,磔杀于市，时年三十七岁。铁铉的父母皆八十余岁，一起被安置到海南。长子福安，年十二岁，谪戍河池(今属广西)。次子康安，年七岁，起初发往匠铺，后被戮死。其妻女都被发在教坊司，充作大乐，实为官妓。

陈迪，是建文时的礼部尚书，明成祖将他召来责问，他抗辩不屈，骂声不断。他和儿子凤山、丹山等六人同日就刑。陈迪等人仍骂声不止，明成祖命将凤山等人的耳鼻割下，熬熟后让陈迪去吃，并问味道如何。陈迪答道： “忠臣孝子的肉，香美无比。”并继续唾骂，明成祖命将他们六人都凌迟致死。

建文遗臣中有许多人惨烈死去，难以尽述。尤其令人目不忍睹的是，他们的妻女也受到百般凌辱。

这些女子都被刺了字，在教坊司被人任意糟蹋。因为这时已是永乐十一年(1413),黄子澄妻子生的那个孩子十岁，显然是在教坊司被奸污后生的。

这些遗臣的妻女有不少人被折磨死在教坊司。有的死者尸体就被拉出去让狗吃了，有的女子被配给家奴，如果这家奴不是太凶残，身份虽低贱些，但对这些女子来说就算是较好的下场了。谢升的妻子韩氏被送往淇国公丘福营， “转营奸宿”,这也算是一种独特的刑罚。

在明成祖屠戮建文遗臣过程中，最惨烈、最为后人所常提及的大概就是方孝孺了。

方孝孺是建文帝最亲近的大臣之一，建文帝好读书，有了什么疑难问题，总是让他为自己讲解。临朝奏事，或行或否，经常让方孝孺在御前拟旨批答。建文帝对他十分尊重，言听计从，君臣相处甚谐。尽管方孝孺的父亲因“空印案”受株连被明太祖所杀，但他视建文帝为知遇之君，忠心不二。正因为如此，也就埋下了日后这场悲剧的祸根。

明成祖由北平长驱南下时，姚广孝送到郊外，跪在明成祖跟前密托：“方孝孺素有学行，城破之日，他必不肯降。请不要杀他，杀了方孝孺，天下读书的种子就绝了。”明成祖点头答应。金川门之变后，方孝孺拒不迎降，闭门不出，并为建文帝穿丧服，昼夜啼哭。明成祖召用他，他不肯屈从，被镇抚伍云等人强迫着来见明成祖。

方孝孺身着丧服，终日号哭。明成祖让他的学生廖镛等人去劝说他，他对廖镛等人大声训斥道： “小子们跟我数年，难道还不知道义之是非吗?”明成祖不想杀他，将他系入监狱，并派人反复劝谕，但他始终不屈。明成祖要拟即位诏，大家都推荐方孝孺，遂召他出狱。他当众号哭，声彻殿廷。

明成祖一时颇受感动，从殿上走下来亲自问道： “先生无自苦，予欲法周公辅成王耳。”方孝孺反问道： “成圣安在?”成祖道： “彼自焚死。”方孝孺问： “何不立成王之子?”成祖道： “国赖长君。”方孝孺说： “何不立成王之弟?”成祖道： “此朕家事。”成祖一边说，一边示意左右，让他们把笔札交给方孝孺，并说： “诏天下，非先生草不可。”方孝孺投笔于地，且哭且骂说： “死即死耳，诏不可草!”成祖按捺着火气道： “即死，独不顾九族乎?”方孝孺以更大的声音答道： “便十族奈我何!"成祖顿时大怒，恨其嘴硬，立命左右将方孝孺的嘴割破，直割到两耳，复下狱中，大捕其宗族门生。每逮系一人，就让他到方孝孺跟前，让方孝孺看一看，但方孝孺却连头都不回。

此时的明成祖真可谓心狠手辣，除诛方孝孺“九族”外，将其朋友门生又列为一族，共称所谓“十族”。当差役奉诏逮系其妻郑氏时，郑氏和诸子已自缢而死。受此案株连被逮系的人甚多，仅被磔杀于市的即达八百七十三人，谪戍荒徼者不可胜计。方孝孺的弟弟名字叫方孝友，受株连被杀，方孝孺看着他慷慨就刑泪满双腮。

方孝孺有两个女儿，待字闺中，被逮系至京时，二人联袂投秦淮河而死。

在此之前，中国没有所谓“诛十族”之说，最重的也只是“诛九族”,这种株连已是极为残暴了。明成祖竟诛方孝孺“十族”,岂不是空前绝后的残暴吗?为此，后人有的否认明成祖“诛十族”之说。其实，确有其事。对所谓“九族”的解释，历代有些歧异，明清时期一般是指犯人的上四代和下四代，加上本人这一代。历代的解释不管怎样不同，从来未把朋友门生作为一族，而方孝孺确实株连到他的朋友门生。

方孝孺的气节确实感人。他受儒家正统思想的熏陶，对建文帝忠贞不二，确有操守。

令人扼腕的是，方孝孺这副铮铮铁骨，偏偏遇上了敢于扭转乾坤、唯我独尊的明成祖，他容不得方孝孺对他如此冒犯，况且那些话句句都刺中了明成祖的痛处，终于酿成了这幕震惊后世的惨烈悲剧。