明成祖在即位前，多次向建文帝上书，用的都是建文年号。但当他称帝后即予革去，实际上就是否认了建文帝。对建文帝所实行的一些制度、所上的一些尊号、改用的一些名称，明成祖悉数更改，一般的是恢复洪武时旧制。

建文帝曾“更定内外大小官制”,明成祖令尽复洪武旧制。明成祖恢复洪武旧制，显得明成祖才是明太祖的正统继承人。对建文帝更改洪武官制一事，明成祖曾叹息着对群臣说： “只如群臣散官一事，前代沿袭，行之已久，何关利害，亦欲改易。且陵土未干，何忍纷纷为此!”

所谓“散官”,明代也称阶官，即虽有其名但闲散无职事的官。其制始于汉代，到隋代才有了“散官”之名。

建文时，京城各门和宫中诸殿的名称都已改过，明成祖下令全部恢复洪武时旧名。建文时所上的谥号也重新改谥。建文帝追尊他的父亲朱标为孝康皇帝，庙号兴宗，明成祖则仍称朱标为懿文皇太子。

朱标的元妃常氏，建文帝尊为孝康皇后，明成祖复称她为敬懿皇太子妃。建文帝的生母吕氏，建文帝尊为皇太后。明成祖入金川门那天，曾把她迎至军中，向他的这位皇嫂述说了一通不得已才起兵的原委，后来让她和其子胶燃一起寄居懿文太子陵，仍称她为懿文太子妃。建文帝的另外两个弟弟允桶和允燈都被废为庶人。

最惹人关注的是对明太祖和马皇后的改谥。建文帝上给明太祖朱元璋的谥号是“钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝”,马皇后原有谥号为“孝慈高皇后”。

在古代，谥字越多表示越尊崇。明成祖为了表示自己是明太祖的正统继承人，以极其隆重的礼仪对他的父母重新上谥号。

为了安抚归降诸臣，让他们免除疑虑，明成祖将建文时诸臣的千余封章奏取出，命解缙等人检查一遍，凡是关于民生之类的都保留下来，其他凡是有所干犯的都烧掉，以解除诸降臣的顾虑。人们现在所看到的《明太祖实录》是经三修而成的。对建文时所修的《明太祖实录》,明成祖说它“遗逸既多，兼有失实”,送命儒臣重修。

对这件事，后世学者多有考辨，说法不一，但都认为明成祖的这种说法不是他的真意。简单地说，明成祖的真实用意在于通过重修《明太祖实录》,把自己打扮成合法、正统和为明太祖所中意的皇位继承人，从而永远改变“篡逆者”的形象。

明成祖一即位，就命曹国公李景隆为监修，以解缙为总裁官，重修《明太祖实录》,于永乐元年(1403)六月修改完毕。后来，明成祖对这个改后的本子还不满意，又命姚广孝为监修、杨士奇为总裁官再次修改。今人所看到的《明太祖实录》,就是经三修而成的，头两次修的已被焚毁。 “实录”向来被认为是研究历史的第一手资料，但因这种一改再改，从而有不少失实之处，给后来研究这段历史的人带来很多困难。