燕军在没有遇到顽强抵抗的情况下顺利地渡过了长江。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，二地紧邻。朱棣说： “镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。"

朱棣命投降官军的海船上挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜换颜色，知道他们都已投降了，在惊恐之余都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，见时机已到，便率众投降了燕军。

在京师周围，镇江乃是要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。黄钺说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撤垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。”

他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降，证实了他的判断。

六月初八，燕军进驻龙潭。在这里可遥见钟山了，朱棣一望钟山不禁泪下。诸将不解其因，问道： “今祸难垂定，何以悲为?”朱棣说： “往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在?瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣说至伤心处，弄得诸将也跟着掉了不少的眼泪。

燕军日日逼近京师，宫中的气氛更是日趋紧张。靖江卫王府长史萧用道，衡王王府纪善上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣竟盛气谩骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横很是不满，怒而言道： “国事至此，尚不能容言者耶?"

这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，众说纷纭莫衷一是。

前线的坏消息一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿廷之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策!建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。

方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。建文帝问： “今事已急，请问先生计将何出?”方孝孺早在路上想好了要说的话，略加思索便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”

方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城，以待援军。

建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，夜以继日，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。

当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。

方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说： “前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆，茹尚书(茹瑞)、王都督(王佐)往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决一死战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是，建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等人往见朱棣。

李景隆、王佐等人来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹瑞、都督王佐更不在话下了。

燕王的封号早已在建文元年(1399)被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风杀气，一般人见了都敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道： “勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，竟说不出话来。他再三叩头之后，才说了要求割地请和的话。

这下又惹出朱棣一大套话来，朱棣说： “公等今为说客耶?始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为!且今割地何名?皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。

李景隆空手而回，建文帝再问计： “不欲割地，计将安出?”李景隆说： “彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说： “有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。

李景隆与谷王朱穗、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟；二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱穗与朱棣等人互道劳苦问候，朱棣说： “吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉!奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿彀耳。”

朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说： “诸弟试谓斯言当乎否乎?诚乎伪乎?果出于君乎?抑奸臣之谋乎?"谷王朱穗等人现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道： “大兄所洞见是矣。诸弟何言?诸弟之来，岂得已哉!”朱棣再次表白说： “吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是，李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。

六月十二日，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。

为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵竟无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等人分道出御。

这时谷王朱穗、曹国公李景降等人把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。但守城诸将并不心齐，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀二志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不宁的神态看出他要图谋不轨，打算做燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死。可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。

六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱穗和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢贸然攻城。

朱棣还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，他命人用箭向城中射入一封给弟妹的书信，想瓦解京师的防守，采用“不战而屈人之兵”之策。

当然，朱棣仍担心会遇到官军的激烈抵抗，勤王兵四集，便派遣先锋刘保、华聚等人领骑兵千余，到朝阳门探望虚实，得知城上防守松懈，方下令整军前进。