朱棣带兵南下之日，正是北方空虚之时，建文帝接受齐泰、黄子澄的建议，调都督杨文，率领辽东兵十万直发济南，与铁铉合兵，以断绝燕军的退路。但这支军队刚到直沽，便遇到了燕将宋贵等人的拦击而失败，竟无一人到达济南。这时已是五月初一。

此时，朱棣的军队继续向南挺进，五月初七到达泗州。泗州在凤阳府地界内，在府正东偏北二百一十里。南滨淮河，有汴水自城北向南流入。凤阳府是朱元璋的老家。朱棣一进泗州境，顿觉思潮翻涌。

朱棣自就藩离开南京，便未到凤阳来过，他又想起了当年与众兄弟们一道回老家祭祖坟的情景，父亲太祖高皇帝希望他们个个成才，以大明江山之牢固，没想到高皇帝驾崩大家便兵戈相向，虽此时燕军大兵压境，泗州竟是一片祥和景象，根本看不出有战争的准备。

大军开到泗州城下，只见城门洞开，守城将领指挥周景初等早已率众等候在城外，原来他们是要献城而降的。周景初先命人通报了姓名，然后向朱棣施礼。朱棣说： “未攻城而先降，何也?”周景初说： “此处寺中有一僧伽神最为灵验，水旱疫疫必祷于神，有疑必卜问，吉凶悉响应。殿下兵未至，臣等斋诘祷于神，问‘降与守孰吉?’是夜梦僧伽神告曰：‘兵临城，速降则吉，不降则凶。是以即降。”

朱棣说：“人心之灵，妙于万物，尔先觉，故神亦告。”朱棣大喜，下令为周景初等人升爵。周景初不战而降，并说托神的旨意，也许是一段附会的故事。有人怀疑周景初早已暗中通结燕军，上面一段话，不过是为了掩人耳目。看其投降后马上被升爵，便可知这种推断大致不错。

在泗州令朱棣触景生情的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一杯黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。

到洪武四年(1371),又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。洪武十九年(1386),朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗!

朱棣带领部下恭敬虔诚地拜谒祖陵，不禁潸然泪下。他说道： “横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇佑，以清奸憨。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。

这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也陆续来到军门。这时，朱棣的王号早被废黜，论身份不过是庶人，但他毕竟是龙种，而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手难以定论。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣高兴地接见了各位乡亲父老，赐予他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。

淮河是进入京师(今南京)的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震惊。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。

当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳；二是走淮安；三是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。

但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。

燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说： “凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州、遂举苏松及江浙，西下太平、抚定池州、安庆”。到那时， “江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘了一幅顺利夺取南京的美妙图画。

朱棣摆出一副要渡河的架势，他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时如堕云里雾中，营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。

五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城投降的一个。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。

朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。

王礼的弟弟王宗，为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等人带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。

可以看出，当时朱棣的势力早已暗中延伸到南方，王礼等人的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州卫指挥佥事李政、扬州卫舍人柳琮、扬州卫副千户王仪等人都是拱手而降的。

五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。燕军兵不血刃，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通州、泰州相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。五月二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。

燕军控制了江北郡县，朝中君臣忧心如焚。五月二十日，建文帝下罪己诏，并派御史大夫练子宁、右侍中黄观、翰林修撰王叔英、刑部侍郎金有声、国子祭酒张显宗等人四出征兵，号召天下勤王，同时将被放逐的齐泰、黄子澄召还，共同策划防守大计。

苏州知府姚善，宁波知府王班、徽州知府陈彦回、松江同知周继瑜、乐平知县张彦方、前永清典史周缙等人，先后起兵入卫。建文帝命姚善兼督苏州、松江、常州、镇江、嘉兴五府之兵。

这时，方孝孺向建文帝献策说： “事急矣，宜以计缓之，可遣人许以割地，稽延数日，东南募兵当至，北兵不习舟楫，我借长江天堑，与之决战于江上，胜负未可知也?”建文帝乃请得皇太后之命，派遣庆城郡主前往燕军议和。

庆城郡主是朱元璋从兄蒙城王朱重的四女，辈分上应是朱棣的从姐。亲叔侄之间的纠纷现在要由这位堂姐来调解了。

朝中上下，期盼郡主此行可稍缓燕军，及郡主还京，说朱棣无意停止南下，无不大惊。建文帝再以此事问方孝孺。方孝孺说： “长江可当十万兵，江北船只遣人尽烧之矣，北兵岂能飞渡?况天气蒸热，易以染疾，不十日，彼自退。若遽渡江，只送死耳。何足以当吾师!”

按方孝孺的判断，北兵不至于立即可以渡江，这样，四方援兵便可赶到。但他没有想到的一个因素是沿江卫所有不少将士早已暗中投降了朱棣。

燕军面对长江天险，确实是遇到了困难，北岸的船只多已被焚毁，用什么渡江，这要靠众将士齐心协力了。于是有人出主意，挑选了一些老家在南方善于泅水的士兵，用猪皮囊充气环系在腰间，泅水偷渡进入南岸，对南方的船只能夺的夺，不能夺的予以焚毁。几天中，燕军夺了不少船，也毁掉了官军的许多船。

燕军中有一个士兵叫作钮阿卜，本是燕山卫的一名士卒。但他的老家在江苏。长期离乡在寒冷的地方当兵，早就厌倦了。燕兵进到江北，又勾起了他的思乡之情，他决定一走了之。于是悄悄离开军营，凭着年轻时练就的好水性状水过江，逃回老家。

没有想到，阿卜在靠近南岸时却遇上了官军的运粮船。官军健卒都抽调到作战部队中去了，运粮的都是老弱士兵，他们对突然出现在眼前的燕军士兵惊骇不已。阿卜在官军运粮船前也担心被捉，他虚张声势，壮起胆来向运粮官军大声恫吓说： “燕兵即将大举过江，你等要想不死，就赶快随我投降，否则将会被杀得一个不剩!”阿卜本想将运粮船吓走，自己好逃脱；没想到这些运粮老弱军士竟真的跟着他投奔了燕军。阿卜逃跑回家没成却立了功，后来得了奖赏并被提拔。

六月初一，朱棣命都指挥吴庸集合高邮、通州、泰州的船于瓜洲，命内官狗儿领都指挥华聚为前哨，进至浦子口。浦子口与京城隔江相对，是离亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一试探，看能否在这里渡江。

官军在这里设防严密，燕兵遭到激烈地抵抗。大将盛庸在浦子口迎战燕军，将其打得大败。一仗下来，燕王感到虽然京师近在咫尺，可是并不容易攻克，况且长江天险在前，渡江也是个大问题。难道就此罢手，议和北还吗?

朱棣绝不甘心于功败垂成。方在迟回之间，朱高煦带领蒙古骑兵赶来。朱棣心头的一缕阴云一扫而光，立刻振起了精神。他仗剑，一手抚着朱高煦的背说： “勉之!世子多疾。”的确，每到征战的关键时刻，都赖朱高煦的缓急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。远在北平担任留守的世子朱高炽，怎能与这个跟随左右驰骋疆场的儿子相比呢!

朱高煦也自恃勇武，又多有战功，希望能得到更多的宠幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是说他将来有可能代替世子吗?可惜朱棣英鸷洞彻，目前，这场与侄儿之间的拼杀尚未了局，又种下将来诸子兄弟之间拼杀的祸根。朱高煦听了父亲的话大受鼓舞，带众与官军拼死战斗，很快扭转了战局。盛庸兵退屯高资港。

高资港在长江南岸，与江北瓜洲渡相对。朱棣大兵集中在瓜洲：此前派狗儿等到浦子口不过是去探一下虚实，盛庸判断燕兵可能会在瓜洲渡江，因此在高资港严阵待敌。朝廷感到大战在即，恐盛庸独立难支，便派遣都督佥事陈瑄率领舟师前往援助，但陈瑄却降了燕军。

这时官军担任监军的，是兵部侍郎陈植。陈植亲临江上，慷慨誓师，决心遏制燕军于长江以北。但官军中有个都督名叫金甲，却倡言燕兵不可抗，不如缴械迎降。金甲遭到陈植的严厉斥责，被指为不知逆顺，不懂君臣大义。他恼羞成怒，竟将陈植杀死，投降了燕军。临阵之际官军将领的纷纷叛变，使官军力量大遭破坏，盛庸已成孤军。

而此时朝廷中暗中与朱棣勾结的大臣，也不断派人前来向朱棣献渡江及入京城之策，江南的防守已从内部垮了下来。朱棣决定抓住战机，强渡长江，向帝座发起最后的冲击。

六月初二，朱棣带领部属来到江边，面临江南已经设好香案牺牲。旌旗肃穆，幡带当风，将士们列队而立。在渡江之前朱棣要亲祭大江之神。几年的征战，能否成功就在渡江一举了。他希望江神能够保他们顺利渡江。朱棣带头向江神恭敬地礼拜，众将也随之行礼。

礼毕之后，朱棣从侍者手中接过祝文，高声朗读道： “予为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓欲清君侧之恶，以安宗社，予有厌于神者，使不得渡此江。神鉴孔迩，昭格予言。”读毕再次施礼。

第二天，六月初三，朱棣又集合部众举行誓师。

朱棣对大家说： “行百里者其半九十，若等勉之!吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑!"

这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多、以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众；表面上，官军从高资港上下，沿江二百里都设有防军，但不幸的是将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。

朱棣率师渡江，舶舵交错，旌旗遮天蔽日，矛戈如林，金鼓之声震耳。这一天天晴气朗，微风轻吹，水波不光。千万艘战船横穿江面，如履平地。

燕军一路南下捷报频传，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但在士兵中却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只犹如一片黑云从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟着也冲了上来。

盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的锐猛之师，旋即崩溃。官军士兵纷纷丢掉武器向山上逃隐，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的纷纷解甲投降。为了南京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都归降燕军。