包围燕王府的士兵不知道张员、谢贵二人会被杀，在燕王府外边等了一个多时辰，不见二人出来，便陆陆续续地离开。继而，燕王便让人传谕包围北平的将士，并对外宣布张员、谢贵二人已经被擒获，让他们各自撤回。这些将士本来大都是燕王的部下，看到这种情况也都纷纷离去。

燕王命张玉、朱能乘夜色掩护去攻夺九门。张玉和朱能带兵突然出现的时候，守城门的士兵慑于燕王的声威，仓促之间手忙脚乱，无心应战，有些城门不战而下。至天明时，北平的九个城门已夺占了八个，只有西直门暂未攻下。

这时，北平都指挥彭二得知燕王举兵反，便急忙骑马在街上大喊：“燕王反，从我杀贼者赏。”很快集中起来千余人，向端礼门发动攻击。燕王手下的将士从府中冲出，经过一番激烈厮杀，将彭二杀掉。彭二部下的士兵也随之溃散。

西直门的守兵比较忠勇，顽强固守。燕王命指挥唐云单骑前往，传谕守兵道：“你们不要自讨苦吃!现在朝廷已听任燕王自制一方，你们赶快离开，否则格杀勿论。”守门将士听了这话，看到其他八处都已被燕王的士兵占领，料难抵挡，便很快都散去。至此，北平的九处城门都被燕王攻占。燕王下令安抚军民，北平很快安定下来。

燕王对葛诚、卢振背叛自己非常气愤，不仅将二人杀掉，还杀了他们的全家。这时也有公开劝阻燕王起兵的，他们不知道当此争夺皇位的时候，任何忠义的说教都打不动他的铁石心肠。

燕王控制了北平以后，原北平的官员纷纷归降燕王。

燕王出兵以前，把金忠召来，让他占卜一下吉利与否。金忠占了一卦后，谓誓师起兵“大吉”。燕王听了很高兴，随即任命他为纪善，随侍左右，让他随时帮着出谋划策。燕王有了什么疑难事，也经常征求他的意见，他成了燕王的一个重要谋士。燕王起兵后，三天便“城中大定”,接着就召集将士，举行誓师。正式打出了“奉天靖难”的旗号。

在出兵的时候，天气却突然发生变化，风云四起，昏天黑地，对面人难相识。这天气给人以出师不利的感觉，燕王也深感不安，担心会动摇军心。但不大一会儿，东边天上的乌云闪开一缝，露出一片青天，大约一尺许，阳光由此照耀上下。将士们看到这情况非常高兴，以为是燕王的诚心感动了上天，是瑞应之兆。燕王惊恐的心情顿时全消，又转忧为喜。

按照《皇明祖训》, “朝无正臣，内有奸恶”,藩王就可以举兵，“以清君侧之恶”。现在朝中有齐泰、黄子澄这样的奸臣， “横起大祸”,他作为藩王就应该“奉行天讨，以安社稷”。

按《皇明祖训》规定，藩王在受“天子密诏”后才能举兵，除掉奸恶以后即“收兵于营”,藩王朝见天子后就要返回原处。对照一下就可以看出，燕王的行动与《皇明祖训》并不完全符合，他既没有“天子密诏”,也不打算除奸后返回原处。他不过以此作为举兵的借口。好在他部下的将士真正知道《皇明祖训》的并不多，这样也可以遮挡过去。

按照这条“祖训”,燕王指齐泰、黄子澄为奸臣，确实可以向朝廷索取他们，但没有说藩王可以举兵去擒获他们。因此，不论引哪一条“祖训”,燕王举兵的理由都是不充分的。

对此，燕王心里是很清楚的，所以他又对将士们说。 “奸臣拿到以后，我就仿效周公辅佐成王，你们要了解我的心意。”也就是说，他并不准备夺取皇位，而只是要“清君侧”,除掉齐泰、黄子澄等奸臣，然后就像周公辅成王那样来辅佐建文帝。明眼人都能看出来，这只不过是他的一种借口罢了。

燕王誓师起兵，公开的说法就是“以诛齐泰、黄子澄为名”。他把自己的部队称为“靖难之师”,除掉建文年号，把建文元年改称洪武三十二年。他自署官属，任命了一批文武官员。

燕王把周王等五个藩王的被削说成是齐泰、黄子澄的事，这不会是建文帝的真心， “实奸臣所为也”。其次，齐泰、黄子澄还不满足，现在又要加害自己。自己一直“奉法循分”,并未“谋不轨”,自己完全是无辜的。再次，这些奸臣先谋害诸藩王，这就像伐大树先剪附枝一样，最后要危害朝廷。

最后，燕王在这里引用的《皇明祖训》是原话，而他对将士们说的则不是《皇明祖训》原话。原因很简单，如果给建文帝的上书中篡改了《皇明祖训》原话，这反而会成为燕玉的一条罪状。他可以瞒过士兵，但瞒不过朝廷。所以燕王表示“俯伏俟命”,要建文帝颁密诏，允许他举兵清除奸臣。

建文帝心里很明白，这只不过是燕王的借口，不管下密诏还是不下密诏，他都要起兵。他的目的绝不限于除掉齐泰、黄子澄，而是要争夺皇位。建文帝见到燕王的上书以后，他的确颁了诏书，只是不是要燕王举兵“清君侧”,而是“削燕王属籍”,即把燕王的名字从皇族玉牒中除掉。