建文帝五月即位，第二年七月燕王即正式起兵。在这一年多一点儿的时间里，建文帝不仅多次派人侦查燕王，而且对燕王采取了一些防范措施。燕王采取各种办法迷惑朝廷，在暗中却密锣紧鼓，进行了各种周密的准备。

对燕王而言，周王的被废削无疑是个信号。他意识到自己也有随时被废削的可能，这时他就开始秘密地进行准备。他挑选了一批身手不凡的壮士为贴身护卫，以勾逃军为名，在全国各地收纳了一些异人术士来协助自己。这些人犹如春秋战国时期的策士，可以起到一般人所起不到的作用。

燕王府是元朝旧宫，院落广大深邃。姚广孝在后苑负责操练将士，赶造军器。为了迷惑外人，尤其是担心建文帝派来的耳目，便修筑了规模较大的地下室，上面再建上房屋，周围再绕以又高又厚的墙垣，墙根下再埋上大大小小的缸瓮。为了尽可能的保险，还在后苑养了大群的鹅鸭，用鹅鸭的叫声来遮掩操练和制造军器的声音。

然而“没有不透风的墙”,不论燕王府的围墙多么高大，府内的动静还是露出了一些蛛丝马迹。魏国公徐辉祖是徐达的长子，也就是燕王妃的哥哥，因两家来往密切，了解一些燕王的动向。他忠于建文帝，不时向建文帝报告一些有关燕王的消息，要建文帝早做准备。徐辉祖因而受到建文帝的信任，下诏为徐辉祖加官太子太傅，并让他和李景隆共同掌管六军，协谋图燕的事。

到十一月间，建文帝便按照齐泰的建议，以防边为名，调兵遣将，对燕王采取了一些防范措施。看来，这时的风声是越来越紧了，以至于一些下级官员也开始谈论燕王将夺位的事。例如，四川岳池教谕程济就上书建文帝说： “燕兵大概在明年就要起事了。”这当然是个很敏感的问题，一些朝臣指责程济胡说，把他召来，准备杀掉他。建文帝虽未杀他，但还是把他关进了监狱。

建文元年(1399)正月，燕王派长史葛城进京奏事。建文帝把葛城带入密室，询问他有关燕王府的事。葛诚把自己所知道的情况都告诉了建文帝，深受信任，又被遣回燕王府，建文帝要他当内应。葛诚回去以后，燕王发现他神色有些反常，心里就怀疑他向建文帝告了密。幸好最机密的事他还不知道，为了不打草惊蛇，也没有马上惩治他，但暗地里对他做了提防。

这期间，建文帝陆续派了一些官员赴北平，以观察燕王动静。例如都御史暴昭，他以采访使的身份来北平巡视，回去以后向建文帝报告了一些燕王府的秘事，请建文帝早做防备。

刘璟是明初著名谋臣刘基的儿子，深受建文帝信任。他受命来到北平，看燕王有没有反常举动。这个不速之客不是平庸之辈，不仅饱读六经，而且喜谈兵事，是个文武全才的人物。燕王知道刘璟的分量，待他异常亲热，还不时与他下棋取乐，燕王也有意试探一下刘璟的真实态度。

有一次下棋时，燕王对刘璟说： “你不能稍微让着我点吗?”刘璟听了这机带双敲的话，心里很清楚这话的真实意思，于是便正色回答道：“可让的地方就让，不可让的地方不敢让。”答得也是话中有话。燕王听了沉默了好大一阵，感到刘璟无法争取。

燕王感到这时的一举一动都受到监视。当时陈瑛任北平按察使，是掌管刑名和监察的地方最高长官。燕王想拉拢他，让人送给他一些银子，陈被还真的收下了。燕王自然是满心高兴。但没过多久，陈瑛就被北平按察司佥事告了状，说他收受燕王贿赂，心怀异谋。为此，陈瑛被逮治，谪徙到广西，这又一次给燕王敲了警钟。他发现，在他所盘踞的北平城里，到处都有建文帝的耳目。

建文元年上半年，双方之间的相互猜疑日益加深。从建文帝这方面来看，明明知道燕王是最大的威胁，但还没有拿到燕王谋反的确切罪证，没有充分的理由公开将其废削。更何况燕王又是叔辈行中的最长者，建文帝对待他也必须格外慎重。在这种情况下，建文帝也只能一方面派人侦伺；另一方面在军事上采取一些防范措施。

从燕王那方面来看，虽明明知道建文帝对他不放心，从各方面提防着他，但尚未公开对他采取行动。如要公开举兵反对建文帝的话，还没有做好充分准备。更何况从力量的对比来看，自己明显处于劣势，而且起兵反抗朝廷属于篡逆，在一般人看来是大逆不道的事。因此，没有十拿九稳的把握或者万不得已，他不能轻举妄动。在这种微妙的历史时刻，双方在表面上还都保持着温情脉脉的叔侄关系，彼此之间展开了一场紧张的心理战。

建文元年(1399)二月，燕王为了消除建文帝对自己的猜疑，毅然进京朝觐。燕王自恃叔父之尊，昂首阔步地由皇道进殿，到殿上也不下拜。监察御史曾凤韶弹劾燕王有“大不敬”之罪。在殿上应行君臣之礼，回宫后再叙叔侄之伦。建文帝说： “至亲勿问。”未对燕王治罪。

关于燕王这次进京朝觐一事，有的说有，有的说无。从各种情况和有关材料来分析，此事实毋庸置疑。首先，从目的和作用上看，燕王亲自赴京，可消除建文帝的疑虑，也可以堵一堵主张削藩大臣们的嘴。另外，燕王还可以顺便看看朝中虚实，人心向背，以做到心中有数。

其次，说燕王不会去自投罗网，因而他不会有此行。实际上，自古至今不乏这样的例证，即使双方疑窦丛生时，雄才大略的人往往敢于深入虎穴，前往对方，往往能收到意外的效果，尽人皆知的刘邦赴鸿门宴就是一例。

更何况这时燕王还没有让建文帝抓到确凿把柄，还不至于马上把他怎么样。特别是在燕王入京两个月后，燕王又命他仅有的三个儿子一起入京，以参加朱元璋逝世一周年的吊祭。如果他感到这是自投罗网的话，他绝不会让他的三个儿子都去自投罗网。

再次，后来当燕王率军将要攻入南京的时候，曾有过“不渡此江数年”的话，以此证明燕王未有此行。但是，这已是建文四年(1402)的事，而燕王入京朝觐是在建文元年，相距已三年多时间，完全可以说“不渡此江数年矣”。

最后，燕王有此行还有坚实的佐证。《国榷》中有此记载，在建文元年(1399)二月乙丑(二月十四日)条下载： “燕王棣来朝。”一般来说，《国榷》的记载是很可信的，它的史料价值之高为学术界所公认。

燕王于七月五日举兵反，潘安协助燕王杀了北平布政使张员，他因此受到升赏。《秘史》中两次引潘暄贴黄，应属可信。另外，这条材料和《国榷》中的记载结合起来看，就更显得顺理成章：燕王十四日入京，建文帝钦拨潘安随侍，于二十三日回北平，在京师待了九天。于事于理，都无可挑剔。

明成祖夺得帝位后，把建文帝说成是“矫诏”称帝，甚至在“实录”中把建文的年号都取消了。建文年间的事都记在《太宗实录》的前九卷中，称为“奉天靖难事迹”,实际上是明成祖在位时定的稿。

如果在“实录”中记上自己赴京朝觐建文帝这件事，就等于承认建文帝的正统性和合法性，也就等于承认自己夺位为篡逆。这对明成祖是很敏感的事，所以“实录”对此只能略而不记。

也就在这次燕王入京朝觐之时，户部侍即本敬密奏建文帝，要他当机立断，把燕王徙封到南昌。建文帝说： “燕王是骨肉至亲，怎么能这样做呢?”卓敬回答道： “隋文帝和杨广难道不是父子吗?”建文帝默然良久，还是下不了决心，只是说： “你不要再说了。”

由这件事也可以看出，建文帝确实优柔寡断，燕王这次进京也确实冒着一定的风险。这正像谈迁所说：“不过伺间释嫌，徼幸万一耳。”燕王虽然顺利地回来了，建文帝还给他派了个钦拨随从潘安，但他对燕王还是不放心，不断地派一些官员到北平去巡视。他们把燕王图谋不轨的事不断报来。燕王回去后也没敢松口气，他一面加紧准备，一面为了迷惑朝廷，就假装生病，不见外人了。

五月，明太祖逝世一周年，燕王派长子朱高炽领着两个弟弟一起入京致祭。有的谋士劝燕王说： “他们弟兄三人不宜一块儿进京。”意思是害怕朝廷把他们留作人质。燕王却说： “只有这样才能消除朝廷对我的怀疑。”他们弟兄三人走了不久，燕王感到有些失策，颇感后悔，但已来不及了。

他们到京师以后，齐泰果然向建文帝密奏，请求把他们弟兄三人都留在京师。黄子澄却不同意这样干，他说： “如果这样做的话，燕王就产生怀疑了，就要提防了。不如放他们回去，以示朝廷对他并未产生怀疑。”

徐辉祖对他的这三个外甥进行了观察，感到老二朱高煦尤其不安本分，便向建文帝密奏道： “在我这三个外甥当中，独有高煦悍勇无懒，不但不忠于朝廷，而且还会背叛他的父亲，日后一定是个祸害。”建文帝又询问徐辉祖的弟弟徐增寿和驸马王宁，二人都为他们弟兄三人说好话。尤其是徐增寿，他和燕王一直关系很好，自然竭力为他们弟兄三人美言。

建文帝听信了他的话，就决定让他们弟兄三人都回北平。这时高煦就偷偷地潜入徐辉祖的马厩，牵出一匹马，骑上就返回北平。徐辉祖派人去追，也没追上。当他们弟兄三人陆续回到北平后，燕王一扫愁颜，高兴地说： “我们父子又能相聚，真是上天保佑啊。”后来燕王起兵后，高煦冲锋陷阵，战功最多，建文帝非常后悔没听徐辉祖的话。

建文元年(1399)六月，燕山护卫的一个小官百户儿谅密奏建文帝，告发燕王部下的两个官校，一个叫于谅，一个叫周锋，他们为燕王招募勇士，图谋不轨。建文帝命将二人逮系京师，经过讯问，从他们口中得知了一些燕王的阴事，掌握了一些燕王违抗朝廷的罪证，建文帝下令将二人一并杀掉。

这时，建文帝似乎已意识到燕王将要谋反。建文帝就此事询问徐增寿。徐增寿回答道： “先帝(指朱标，他被尊为兴宗孝康皇帝)和燕王是亲兄弟，富贵已极，怎么还会谋反呢!”建文帝将信将疑，虽未明确下令将燕王废削，但还是颁诏训责了燕王一通。

周王等五个藩王都已相继被削夺，有的被废为庶人，有的被禁锢，有的自焚而死，其罪行还被布告全国，这都是燕王亲眼看到的。现在建文帝亲自降诏训责，显然是个不祥之兆，这已经不仅仅是怀疑的问题了，简直就要问罪了。要公然举兵反抗朝廷吧，他还没有做好充分的准备；而且城内城外都有建文帝布置好的兵马，骤然起兵凶多吉少。燕王感到很恐慌，遂急中生智，以装疯来迷惑朝廷。

先前精明强干、体格健壮的燕王，这时突然变成了另一副模样。他在大街上狂奔，大喊大叫，语无伦次，荒诞不经，有时躺在地上，半天不醒，甚至整天昏睡。燕王得了疯病的消息很快传布开来。

北平布政使张员和都指挥使谢贵来王府问疾，也想借机看一看燕王。这时是旧历六月，正值盛夏，一般人都感到酷热难耐，但燕王还围着火炉子烤火，嘴里还念念有词： “真冷啊!真冷啊!”燕王看到张员和谢贵进来了，勉强支撑着身子，扶着拐杖在屋里走了几步。张员和谢贵都是平庸之辈，看到燕王这个样子，他们真的相信燕王得了疯病。他们把这情况报告了朝廷，建文帝也有些信以为真了。

但这事没能瞒过燕府长史葛诚的眼睛，他秘密地对张员和谢贵说：“燕王根本没有病，二公千万不要懈怠。”他还说，燕王很快就要举兵谋反，并把这事密疏报告了建文帝。

这时，恰巧燕王派他的护卫百户邓庸赴京奏事，建文帝听从了齐泰的建议，下令将邓庸抓了起来，进行讯问。邓庸把燕王要举兵谋反的事都一五一十地说了出来。这时候，建文帝才切实感到燕王真的要谋反了。于是发出密招，派人往北平逮治燕府官属，并密令张员、谢贵逮系燕王。

建文帝还给北平都指挥佥事张信发了一道密令，要他利用一切方便条件把燕王抓起来。张信接到这个命令很忧愁，不知道该怎么办。他母亲看他坐卧不宁，就问他有什么心事，他就把建文帝给他密诏的事说了出来。

他母亲吃惊地说： “这事绝不能干。我常听人说，燕王当有天下。当有天下的人是害不死的，燕王不是你所能擒拿得了的。”听了母亲这番话，张信更加愁眉不展，举棋不定。敕使来催问他，问他到底什么时候下手，张信没好气地说： “为什么这样逼我呢!”于是，他就前往燕王府求见。他连去两次，燕王都以有病为由，拒绝接见。

第三次，张信乘着一般妇女坐的车，径直到燕府门前，坚执求见，说有万分火急的密事相告，燕王这才让他进去。但燕王还是装着重病在身，躺在**，眼皮半睁半闭，装作不能说话。张信到床前拜见，诚恳地对燕王说： “殿下不要这样了，有什么心事，就请告诉我。”燕王说： “我确实有病。不是假装。”

张信说： “殿下还不告诉我实情呢!皇上下诏要擒拿殿下，如无他意，就俯首就擒；如有他意，就不要再瞒我了。”燕王听了这话，便马上从**坐了起来，向张信施礼道： “救我一家人的是你啊!”这确切的情报使燕王终于下定了决心，必须马上举事。

燕王马上把姚广孝召来，秘密商议举兵之事。这时突然下起了一阵暴风雨，屋檐上的瓦被吹落数块。燕王以为这是不吉之兆，心里很烦躁，脸上一片愁容。姚广孝却解释道，这是吉祥之兆。燕王听了申斥道： “你这个妄和尚，哪来的吉兆呢!”姚广孝镇定自若地说： “殿下没听说过吗， ‘飞龙天，从以风雨’。屋瓦坠地，这是上天示意，要殿下换住黄屋了。”这是说燕王是真龙天子，一说举兵之事，上天马上就以风雨相认。

燕王听了姚广孝这一番解释，顿时转忧为喜。看来姚广孝是个很称职的好谋士，本来通常认为是凶的征兆，他却解释为吉兆，而且说得绘声绘色、有根有据，并且燕王非常信服。在那危急关头，经姚广孝这番鼓励，使燕王果断地决定马上起兵。从此，中国明朝封建历史上持续三年之久的战争拉开了序幕。