曹操基本上统一北方后，紧接着就在冀州造玄武池，用来训练水军，积极做着南下的准备。诸葛亮把这个消息告诉了刘备，并要求秘密派人过江去探听虚实。刘备立即派了人去。

诸葛亮接着要筹划如何增强刘备的兵力。因为当时刘备只有数千名士兵，根本连荆州都无法守住，更不要说与曹操争霸天下了。他想到现在荆州的百姓人数并不少，但多是逃难至此，真正有户籍的人却不多，每逢遣兵发调都是当地有户籍的人，使得百姓们深感不公，抱怨不已。于是他就向刘备建议颁布命令，使那些没有户籍的流动人口自动申报寄居，再重新统计出精确的人数，以便于按照要求征收兵员。刘备立刻听从诸葛亮的建议下令，又招了几千人。诸葛亮每天早晚教他们练习阵法。在段时间内，便把军队由数千人扩大为数万人。

诸葛亮的政治才能使他更加受到刘备的尊重和信任，刘备曾感慨地对自己的部下说：“我得到孔明，就像是鱼得到水一样。”

这时的荆州内部，长久以来存在的争位矛盾激化了。荆州牧刘表有两个儿子，长子名琦，幼子名琮。刘表有一个非常受宠的继室蔡氏，蔡氏的哥哥蔡瑁是刘表的得力之臣，刘表事事都要仰仗蔡瑁。因此蔡家的势力很大。蔡氏经常在刘表面前称赞自己的亲生儿子刘琮而贬低刘琦，加上刘表本人又比较疼爱幼子，还亲自作主将蔡瑁的女儿许配给刘琮，因此刘琮在荆州的地位比刘琦还要高。为了让刘琮能名正言顺地继承刘表的位子，蔡氏一边在刘表面前说刘琦的坏话，一边暗中加紧残害他。为此，刘琦深感不安，他几次向诸葛亮请教自处之道，但是诸葛亮总是笑而不答。

一天，刘琦想了一个计策，把自己和诸葛亮单独关在一间阁楼上，然后命令手下将楼梯撤走。他诚恳地对诸葛亮说：“今日我们在此相聚，上不着天，下不着地，除了你我之外不可能有人听到我们的谈话。我恳求你，为我指点迷津。我很惶恐，不知所措。”

诸葛亮反问他：“难道您不曾听说晋公子重耳的故事吗？春秋时代的晋献公，他的大儿子申生非常孝顺，于是就把申生立为太子。晋献公还有两个儿子夷吾和重耳。后来晋献公举兵讨伐骊戎，骊戎的首领把自己两个美貌的女儿献给了晋献公，晋献公就退兵回国了。晋献公最为宠爱其中的姐姐骊姬，不久，骊姬也为献公生了一个儿子奚其。骊姬很想晋献公立奚其为太子，便想出一个诡计。她借口申生死去的母亲托梦，让申生去祭祀他的母亲，等祭祀完毕后，又让申生拿着祭肉去孝敬晋献公。忠厚的申生并不知道肉中已被骊姬暗下毒药，便顺从地将肉拿给晋献公。晋献公听信了骊姬的谗言，认为申生故意置毒于肉中，要来谋害他。一怒之下，便将申生赐死，申生含冤莫辩，自杀身亡。

“这时夷吾、重耳担心骊姬将会残害他们，便连夜逃出城外，终于保全了生命。这就是所谓‘申生在内而危，重耳居外而安’。”

刘琦听了诸葛亮的指点后感激不已。他立刻找到父亲请求他把自己外派，接任江夏的太守，前往担任地方官吏，以求明哲保身。

后来，刘表病入膏肓时派人将刘备从新野请到荆州，托孤给他，并试探刘备说，他认为自己的儿子没什么能力，想把荆州送给刘备。刘备一听大哭起来，立誓会竭尽全力辅佐新主的。在江夏当太守的刘琦知道父亲病危的消息，连夜赶回探望父亲的病情，但是蔡瑁等人唯恐他们相见之后，刘表会将国家重任托付给刘琦，便断然地拒绝了刘琦与父亲相见。之后，刘琮和蔡氏执掌了荆州的大权。

建安十三年（208年）七月，曹操率领几十万大军以雷霆万钧之势大举南侵，攻打襄阳。刘琮面对强大的敌军根本不知如何应付，他的亲信党羽都是一些软弱无能、贪生怕死之辈，早已吓得魂飞魄散，忙劝刘琮投降。

部下傅巽对刘琮说：“如果刘备无法与曹操的大军相抗，那么荆州肯定是保不住的。如果刘备能胜过曹操，那么他一定不会屈就他人之下。纵观当今之势，根本无法以荆州弹丸之地对抗曹军。如果现在主动投降曹操，一定不会被亏待。”就这样，刘琮轻而易举地把荆州拱手让给曹操了。

诸葛亮早就料到曹操一定会派攻打襄阳，他建议刘备从新野迁往樊城，又令人在四个城门张贴告示，告诉居民随军一同去樊城，还调拨船只帮助百姓渡江。

刘琮投降后，并没有派人把这个消息告诉当时已经移驻到樊城（湖北襄阳东）的刘备。当刘备听到刘琮投降的消息之后，知道凭借自己的力量是抵挡不了声势浩大的曹军的，于是便与诸葛亮商量率军撤离樊城，暂时避开曹军的锋芒，退守到江陵一带去。

诸葛亮则力劝刘备攻打刘琮，把荆州夺过来作为自己的根据地，但是刘备坚决不同意。因为当初刘表病危时将儿子托给刘备，要他尽心尽力地辅佐新主。

曹操听说刘备想要向江陵撤退，唯恐他先一步占据这个战略要地，军资充沛后更难对付。因为江陵储存着荆州所有的兵器粮食，以战略地位重要的江陵作为基地十分有利。曹操立即亲自率领五千骑兵，日夜兼程追击刘备。当刘备的军队撤退到当阳长坂（湖北当阳县东北）时，曹军追赶了上来。刘备丢下妻儿，与诸葛亮、张飞等数十人乘马前奔，曹操夺取了他的大批人马辎重。

乱军之中，刘备手下大将赵云一面抱着幼主刘禅，一面保护刘备之妻甘夫人，母子二人因此幸免于难。赵云本来是公孙瓒的手下，当年公孙瓒派遣刘备抵抗袁绍的时候，赵云就跟随刘备，成为他手下的一员大将。

刘备等人抄近路奔赴汉津，恰好与关羽的船队相逢，故得以渡过沔水，半道又遇到刘表长子江夏太守刘琦所率的万余人马。

在动乱中，徐庶的母亲被曹操所擒。曹操想借机将徐庶招揽至自己门下。为了孝义，徐庶只得辞别刘备，投靠曹操。临行前，他对刘备说：“我是一个才疏学浅的人，投效到你的府中。承蒙你不嫌弃，对我多加照顾。我本当鞠躬尽瘁，以报答你的知遇之恩。不料我母亲身陷曹营，我如今方寸大乱，对当前的形势也没什么帮助了，我就此别过。”徐庶哽咽再三，辞别刘备，投奔了曹操。

此时刘备等人又连忙赶往夏口，江陵被曹操占领了。

曹操本来就实力雄厚，现在又收编了刘琮的荆州军队，占据了江陵，控制长江中下游的优势很明显，气焰更加旺盛。于是，他一边集中水陆两军沿江东下，准备先打败刘备的军队，一边派人前往江东向孙权下战书。