亚历山大·汉密尔顿建立一支强大的临时军队有一个简单的前提：敌对的法国放弃与美国的谈判，两国可能发生战争。1798年冬天，战争似乎一触即发。然而，意识到XYZ事件铸成大错后，法国人不想再和亚当斯总统对抗下去。在约翰·马歇尔和查尔斯·科茨沃斯·平克尼从法国回到美国之后，代表团的另外一个成员，埃尔布里奇·格里还留在巴黎。像大多数共和党人那样，格里担心同法国开战会将美国推向大英帝国的怀抱。格里的怪异性格妇孺皆知，他身材矮小、斜视，喜争好辩，却受到口吃的困扰，他经常冒犯人，也善于迷惑人。例如，他主张设立两个首都，让不知所措的议员奔走于两地之间。阿比盖尔对他的评价是：“可怜的格里头脑里总是存在痴心妄想”。[1]然而，尽管有种种古怪癖好，埃尔布里奇·格里还是有一个衷心的仰慕者——约翰·亚当斯，他正因日益攀升的军事备战费用和公众对上缴财产税的不满而心烦意乱。因此，当1798年10月格里告诉亚当斯主张和谈的消息时，亚当斯对此格外重视。

汉密尔顿和他的内阁朋友们并没有理会这条消息，他们认为这是法国人的战术策略。“这种根深蒂固的偏见令我震惊。”亚当斯后来写道。实际上，当时他也对法国的建议持怀疑态度。“我什么都没说，决意不受他人左右，我对格里的了解远远超过他们。”亚当斯很清楚，领导军队的人希望格里颜面尽失，“没有人比汉密尔顿更热衷于传播和散布对格里先生的这些偏见了”。[2]

1798年12月初，当着华盛顿和汉密尔顿的面，亚当斯向国会做了语气较为温和的致辞，宣称法国政府已经“以一种合适的方式宣布，他们愿意为了重铸双方的信任，而希望与美国一位部长级人物会晤”。[3]联邦党人见亚当斯向法国伸出橄榄枝，不由得大吃一惊，而许多共和党人依然觉得总统太好战了。作为为消除法国威胁而组建的部队的总设计师，汉密尔顿自然对看起来能降低危险的举措摇摆不定。他坚持，如果法国的威胁消退了，那也只是由于迄今为止所做的军事上的努力。汉密尔顿对哈里森·格雷·奥蒂斯说，如果到8月初仍在谈判中看不到法国的诚意，就应该赋予总统宣布同法国宣战的权力。然而，亚当斯倾向于通过外交途径解决问题，国防部长麦克亨利告知汉密尔顿，他和亚当斯视察新部队的建设进度时，总统“似乎在旁敲侧击地暗示这件事不必操之过急”。[4]得知军队组建缓慢的根源来自亚当斯后，汉密尔顿告诉华盛顿：“一个奇特的障碍阻止我们高效、成功地处理军队问题”。[5]

因为新部队的领导人是华盛顿和汉密尔顿，所以才激发了亚当斯的好斗本性、猜疑和无法满足的虚荣心。1799年2月初的一天，众议院即将上任的发言人西奥多·塞奇威克，向亚当斯提出了一个表面上看来无伤大雅的问题：华盛顿在新军队的军衔是否应为“将军”。这个问题点燃了总统心中的怒火。“什么？难道你要把他任命为高于总统的将军不成？”亚当斯提高声调问，“我看到那些自称政府朋友的人结党营私，妄图僭越总统的基本权力。”[6]总统急不择言的事情最终传到了汉密尔顿的耳朵里。

1799年2月18日，亚当斯总统激起一场更大的政治风暴，用大卫·麦卡洛的话说，“这是他在总统任职期间内做决定最快的一次”。[7]亚当斯给副总统杰斐逊送去一封信函，杰斐逊在参议院大声宣读了来自总统的惊人消息。亚当斯决定再做一次外交努力——任命了美国在海牙的公使威廉·范斯·默里（William Vans Murray）担任美国驻法国的特命全权公使。这是典型的亚当斯式的决定：独断、冲动、离奇。在突然决定之前，他没有征求内阁成员的意见。内阁成员此前已经告诫过他，这样的举动将会“自取其辱”。[8]国务卿皮克林告诉汉密尔顿：“我想让您知道，这完全是他的主意，没有和我们任何人沟通，也没有让我们参与。”[9]时间将证实亚当斯的决定是英明的，但他做出决定的方式却只会加剧其与内阁成员之间的紧张关系。当部长们对法国提出的和平建议表示怀疑时，亚当斯决定考验他们的忠诚度。传记作家约翰·弗林写道：“他怀疑内阁中存在隐秘的背叛行为，这个阴谋集团寻求的目标是废弃宪法授予他的权力。”[10]但是，亚当斯坚持自己的古怪方针，做出了一个既保留但又不理会那个他不信任的内阁的奇怪决定。他本可以与内阁磋商，或者干脆将其解散。

亚当斯的决定撕碎了诸多联邦党人和总统表面上的和谐关系。震惊之余，一个议员代表团请总统解释默里的任命。亚当斯的态度突然强硬起来。正如皮克林所叙述的那样，当他们告知了拜访目的的那一刻，“亚当斯先生暴怒，非但没有给出任何解释，反而责备对方询问这种问题超出了他们的职责范围”。[11]最终，这次对话以西奥多·塞奇威克和总统的互相咆哮收场。塞奇威克称，总统做出这样的决定，意味着“一个虚荣、忌恨、疯狂的大脑完全丧失了理智”。[12]在这次两败俱伤的冲突之后，亚当斯匆匆回到昆西，在那里连续住了7个月。他抽出部分时间用来阅读腓特烈大帝的作品集。南卡罗来纳的联邦党人罗伯特·G.哈珀诅咒说，希望他在途经昆西的时候，能看到总统的马受惊后把主人的脖子折断。

亚当斯的外交倡议对建立一支伟大新军队的计划造成威胁，汉密尔顿一针见血地指出：“没有比来自总统府的这个消息更令人惊骇的了。”[13]总统改弦更张的方式也让他感到烦乱。他认为这个决定并没有经过仔细思考，而是“一时冲动迸发出的”。[14]他相信，亚当斯本该咨询他的内阁，而任何和谈都该在美国的土地上展开。

汉密尔顿对马里兰的律师威廉·范斯·默里印象欠佳。“对于这样一项极其重要的使命，默里显然不够强硬。”汉密尔顿四处游说，提议向法国派出一个包括默里在内的3人代表团。[15]汉密尔顿的建议最终被采纳，亚当斯不情愿地同意让另外两名特使陪同默里前往巴黎，他们是联邦最高法院首席大法官奥利弗·埃尔斯沃斯和北卡罗来纳州的州长联邦党人威廉·戴维（William Davie）。为了显示忠诚，联邦党人支持这个代表团，但党内的团结已经受到极大伤害。亚当斯再次嘲弄了他的内阁和国会中的联邦党人，并抛弃了把整个党派团结在一起的那个唯一的事项——雅各宾主义的威胁。所以，亚当斯在1800年谋求连任的大选中得不到联邦党人的支持的原因，也就不证自明了。特鲁普的观点与很多联邦党人一致，他说：“如果总统最近的任命是为了重启与法国的谈判，它会让所有人都产生反感……如果亚当斯先生成为下届总统候选人，他当然很难获得支持。”[16]围绕总统那飘忽不定的行为产生了许多流言蜚语，一些人甚至质疑他的心智是否健全。

另一个让汉密尔顿感到难堪的变化是，乔治·华盛顿对新军队的热情正在衰减，他告诉汉密尔顿，如果在强烈抗议XYZ事件时组建新军，征募士兵不会有问题，但“现在大家对此态度冷淡，连那些曾参与其中的人都觉得没有必要”。[17]后来，华盛顿写给汉密尔顿的一封信态度甚至变得悲观：“在部队的现状中，或者，更恰当地说是部队的雏形，我所了解的任何事情都预示着我们可能不会走得太远。”[18]

汉密尔顿垂头丧气，但是他仍然坚持实施新军队计划，不管其成功的概率有多小。他担心拿破仑向美国的港口发起偷袭，担心国家疏于防范。汉密尔顿还常常为一些琐事感到烦恼。他告诉麦克亨利说，自己对定制的三角帽的质量感到十分失望和苦恼。他卖弄学识似地告诉麦克亨利，三角帽的3条边必须翘起，“而收到的三角帽只有一边翘起，并且帽梢过窄，不仅外观难看，而且毫无用处。此外，这些帽子缺少帽徽和环带”。[19]

自从去年秋季开始，汉密尔顿变得更加抑郁，常常因补给采购问题对麦克亨利大发雷霆。作为一位完美主义者，汉密尔顿总是抱怨经费紧缺，仿佛再次陷入了大陆军经历的那段最艰苦的岁月。除了菲利普·丘奇，他只有一名秘书，所以诸多书信必须亲自处理。令人惊奇的是，尽管和麦克亨利是多年的朋友，汉密尔顿给他写信的口吻却变得傲慢甚至有类似虐待狂一般的语气。这些发泄脾气的语句让麦克亨利读起来极不自在，因为对方的语气听起来就像一位严厉的校长在训斥一个愚钝的学生。“事实是，你的机构在后勤供应的管理方面令人难以置信的差劲”，汉密尔顿在一封信中跟他说。[20]他不停地指出麦克亨利办事程序中的错误，而且从不掩饰自己的愤怒。与之纠缠在一起的麻烦事还有财政部长沃科特不愿意提供装备军队的资金。麦克亨利告诉汉密尔顿，他和皮克林“无法消除财政部长对扩充军队的反对和偏见”。[21]汉密尔顿回信说，“我们的政府迄今仍没有一个总体规划，令人感到悲哀和羞耻”。

汉密尔顿仍然在考虑让新军队参加各种军事活动，他说，“除了抵御外敌、保家卫国，我们应当考虑占领佛罗里达和路易斯安那，我们应该把目光投向南美洲。”[22]汉密尔顿一度鼓励内阁成员服从亚当斯。在与亚当斯分道扬镳后，他又怂恿这些人直接反对总统。“如果总统的行为过于荒诞，”他告诉麦克亨利，“他的部长们应当更加团结、坚决和镇定地采取合理措施。”似乎是要和亚当斯竞争，或者是妒忌亚当斯的权力，汉密尔顿更加热情地宣传自己的观点，干涉总统内阁事务。1799年6月底，他或多或少地公开告诉麦克亨利，如果总统没有正确的意见，就不应该把他当回事。

无论是说汉密尔顿彻底背叛了亚当斯，还是说亚当斯背叛了汉密尔顿，其实都说得通。国会授权总统把军队再扩充10000人，而亚当斯却从来不对征兵伸出援手，结果到1799年夏末的时候，只招到了不足2000人。汉密尔顿招募的新兵从未达到授权人数的一半。到了10月，许多部队已经6个月没有发放军饷了，经费短缺直接威胁到征兵计划。

这样的挫折似乎并非尽头。紧接着，汉密尔顿陷入了个人财务窘境。军队的监察长虽然职位很高，但收入很低，而他又不再接受有利可图的律师工作。他告诉麦克亨利，“我不能既是一名对得起政府的监察长，同时又成为一名对得起自己的律师”。[24]他垫付军队办公室的灯油费和差役费，但他认为自己不应该再为其他必要开支掏腰包。“不要以为我贪得无厌，”他告诉麦克亨利，“我的性格没变，但是，作为一位指挥官，我不得不花更多的钱招待军官。”除了这些，他还得考虑“妻子和6个无论在抚养还是在教育上都必须精心照顾的孩子”。[25]这段在亚当斯领导之下担任军职的时期，汉密尔顿的总体感觉是有损尊严、受到忽视、未被赏识。

1799年的春夏两季，当亚当斯为逃避责任躲到昆西时，他的心情还是郁郁寡欢。很难理解为什么他要在那里待上如此长的时间。尽管亚当斯正在照顾身患风湿、身体状况不佳的阿比盖尔，但是作为总统他不应该如此奢侈地将7个月的时间花在照料妻子上。传记作者约瑟夫·伊利斯认为，亚当斯意欲在法国国内状况改善后再启动和平使命。无论情况如何，总统变得食欲不振、体重下降、缺乏耐心都是不争的事实。约瑟夫·弗林形象地描述了在这期间亚当斯变得多么神经兮兮：

有时，他是这般容易发怒，以致阿比盖尔认为允许他看政府文件都是件不明智的事。他的行为完全像一个乖戾的老人，经常呵斥妻子和仆人，以轻蔑或粗鲁的态度对待熟人和祝福者。诺克斯将军携另外两人拜访他时，他拒绝参与他们的谈话，独自躲在角落看报纸，令访客们面面相觑。一天早上，几名海军军官和哈佛学生从波士顿骑马而来，希望能见上总统一面，并希望如果有幸的话能跟总统谈几句话。他的确在前门现身了，却厉声责备他们傲慢无礼，未接到邀请就私自来到他家。阿比盖尔写道，连她都为他感到难为情。[26]

1799年秋季到来之前，汉密尔顿和亚当斯刻意避开对方以免相互摊牌。但他们两人在那年秋天不可避免地交织在一起。海军部长本杰明·斯托德特（Benjamin Stoddert）恳求亚当斯结束自我流放回到首都来，因为首都有一些“狡猾的阴谋家”正在试图推翻他提出的与法国的和平动议。[27]亚当斯最终在10月启程返回费城。在回来的路上，他在纽约市逗留数日，与儿子查尔斯在纽约市的会面，令他痛心疾首，查尔斯酗酒成性，已倾家**产。亚当斯曾经斥责他的儿子为“一个吃喝嫖赌样样俱全的花花公子”。[28]他甚至还在查尔斯面前发誓说再也不想看到他了。[29]在亚当斯和汉密尔顿会面之前，这场不愉快的父子相见令总统的心情更加郁闷。

费城再次爆发了黄热病，政府不得不临时迁往特伦顿，一时间，这个小城挤满了政府雇员和军人。由于重感冒，亚当斯总统下榻在一个家庭旅馆里，凑合着使用一间小卧室和会客厅。亚当斯来到特伦顿是希望打破与法国和平谈判的僵局。有迹象表明，当年夏天，法国五人执政内阁正在酝酿新的阴谋。亚当斯总统为此深感烦恼，他告诉皮克林，“法国内阁的政变，各种社团和秘密组织的复兴……突然打消了我们的热情，我们不必匆忙派遣特使了”。[30]然而，10月15日，亚当斯突然召集内阁成员，讨论并批准成立和平委员会。会议一直持续到半夜。第二天一早，他就命令3位特使在11月初启航。汉密尔顿决定押注最后的努力，以求改变总统的想法。一场令人永远无法释怀的冲突在所难免。

提及这场激烈争执的根源，亚当斯宣称，汉密尔顿得知内阁的决定时，正在纽华克训练他的部队。他说汉密尔顿未经召唤，在两天内骑马赶到特伦顿市，根本就没顾及到礼仪。汉密尔顿的出现“是始料未及的，不请自来的，并且是不受欢迎的。这是他一贯鲁莽无礼的一个典型事例”。[31]然而，汉密尔顿的回忆则截然不同。他说，受战争部召见后，他在10月8日就抵达特伦顿，与威金森将军进行了会谈，主要涉及加强西部防御的问题，后来就一直住在市内。亚当斯暗指他前往特伦顿，是为了“一个秘不告人的阴谋”。汉密尔顿否定了亚当斯的说法。[32]在特伦顿期间，他听说了内阁向法国派遣和谈特使的决定。作为为抵御法国入侵之目的而组建的军队的最高指挥官，他自然希望能够向总统建言。但作为总统本身所属党派的实际领袖，以及一个相当自负的人，他觉得有权让总统倾听自己的意见。亚当斯则认为汉密尔顿好出风头，而且非常傲慢专横。他把汉密尔顿的举动看成是对总统特权的践踏，是危险的军人干政行为。他还担心汉密尔顿想用他的新部队对付他南方的对手。阿比盖尔·亚当斯甚至担心汉密尔顿可能对她丈夫的政权发动政变。

亚当斯和汉密尔顿之间的交锋可能发生在总统住所的会客厅，这场会谈持续了数小时，按照亚当斯的描述，“这个小个子男人”口若悬河，“情绪激动……像一座不断喷出灼热岩浆的火山”。[33]亚当斯可能并未夸大其词：在这段时间，汉密尔顿经常陷入激动或沮丧的情愫，无法自拔。亚当斯回忆说，他冷静地对待汉密尔顿，好像是在纵容一个疯子：“我权当对方在开玩笑，尽管我一生中从未像当时那样听一个人像疯子一样说话。”[34]

汉密尔顿试图让亚当斯相信，法国五人执政内阁的变化预示着路易十八有可能在圣诞节前复辟重登法国王位。亚当斯针锋相对地回答说：“与其相信这种事情，倒不如相信太阳、月亮和星星会从天际坠落了。”[35]亚当斯说对了：在未来15年之内，路易十八都不会登上王位。但另一方面，他错误地认为欧洲会在冬季保持和平。“我自始至终都对他彬彬有礼，”亚当斯最后说，“但在他离开以后，想到他对欧洲，对法国、英国和其他地区的无知，我有些忍俊不禁。”[36]

亚当斯对法国的立场发生如此转变，让汉密尔顿感到吃惊。仅仅过了一个月，总统对大革命后的法国政府从密切关注变成漫不经心，甚至漠不关心，汉密尔顿告诉乔治·华盛顿：“总统决定派特使前往法国，无视那里的变化。我对此举感到遗憾。”[37]当汉密尔顿指出亚当斯并没有征求他的国防部长和财政部长的意见时，华盛顿也表现出批评的态度。“我对此做法感到不解，他以这种方式还做了多少这样的事情呢？”他告诉汉密尔顿，“整件事发生于一个不幸的时刻，伴有不祥的征兆。”[38]

在特伦顿会面之后，汉密尔顿回到了纽约，中途还去新泽西州的斯科奇平原视察了在冬季营区的部队。在特使启程前往法国时，汉密尔顿一定对他那尚未成气候的部队将会持续多长时间而感到疑惑。他责怪亚当斯的外交政策，因为这威胁到了他的部队，但实际上，这个组建新军的计划也缺乏民众的广泛支持。选举人不想缴纳新的税收，也不想举债维持一支花费不菲的部队，还担心汉密尔顿可能会把军队用在别的什么用途上。汉密尔顿最忠实的支持者察觉到民众对新军队的热情正在减退。西奥多·塞奇威克担心，“遍布南方的部队是非常不受人欢迎的，而且越来越不受欢迎。”[39]财政部长沃科特告诉费舍尔·埃姆斯说，可以非常肯定的是，“军队普遍遭到嫌弃已经成了不争的事实，即使在加强防御的南方各州也是如此……北方各州的民众要么不担心法军入侵，要么认为这么一丁点人马在入侵者面前是无济于事的”。[40]当汉密尔顿还在为其部队描绘美好蓝图的时候，美国民众的备战兴致却突然冷却。亚当斯12月初在国会上发表讲话，根本没有呼吁征召步兵或海兵。

汉密尔顿和亚当斯在特伦顿的冲突宣告两人关系彻底破裂。亚当斯无法容忍汉密尔顿的盛气凌人，得不到总统认同的汉密尔顿也是满腹怨气。这两个自负的野心勃勃的人似乎都要把对方最丑陋的一面揭露出来。不过汉密尔顿并不打算裁减军队，反而提出更加不切实际的想法，他放眼全球可能面临的威胁，认为与法国和平共处的机会微乎其微。他给新泽西的乔纳森·戴顿起草了一封长信，预示灾难即将来临，并阐述了联邦党的新计划。这份文件表明，汉密尔顿彻底失去洞察力，判断力也降至最低点。虽然其中不乏创见，如建立军事学院，筹建工厂生产军服和其他军用补给物资，开凿运河促进各州之间的贸易往来，但更多的却是反映了他对动乱的病态恐惧。他认为弗吉尼亚的“敌人”企图分裂联邦，整个国家已处于内战的边缘。他希望有更多的税收去建造船只、引入更长的兵役的期限。他越来越不相信公众的判断力，建议加强各州民兵的力量，以随时召唤他们“镇压非法集会和叛乱”。[41]他原来对《外侨法与镇压叛乱法》的前景充满疑虑，现在则高调支持，激昂地表示有必要惩罚在国外出生的居民，尤其是那些对政府官员含沙射影的人：“变节的外侨不止一次在美国发表最具煽动性的言论……为什么不遣送他们？”[42]为了削减弗吉尼亚州政府的权力，汉密尔顿甚至不切实际地提出肢解大州：“大州自恃有力量与首府抗衡，更有可能兴风作浪……将大州分成若干小州应该成为联邦政策最重要的内容。”[43]

这封阴暗的信件充斥着报复的欲望，显然与汉密尔顿最近在政治生活中受到的挫折密不可分。在华盛顿就任总统时，汉密尔顿已经习惯于获得权力和尊重。亚当斯总统摧毁了这种专属权，汉密尔顿永远也不会原谅他。在特伦顿发生的事件，证明汉密尔顿对总统已经没有任何直接影响。再加上雷诺兹绯闻的公布令汉密尔顿无地自容，嘲讽了他对个人美德的自我标榜，这无异于雪上加霜。与此同时，他还陷入了敌人对他无情的抨击中而不能自拔，深感痛苦。现在，他的思想完全沉浸在忧郁之中，甚至有人怀疑他因意志消沉而丧失判断力。他早年任财政部长时的生机和活力似乎正在慢慢消逝。

与汉密尔顿和亚当斯的紧张关系形成鲜明对比的是，18世纪最后几年，汉密尔顿和华盛顿相互尊重，结下深厚友情。1799年12月12日，华盛顿给汉密尔顿写了封信，赞成他为美国军事学校拟订的总体规划：“我一直认为这样一个机构的创立对这个国家来说是一个首要的目标。”[44]这是乔治·华盛顿生前所写的最后一封信。随后他骑马外出遭遇了暴风雪，高烧导致的咽喉感染使华盛顿在两天后辞世。华盛顿并没有机会亲眼看见政府在1800年之后，搬到以他命名的新首都。他生前担心自己在未去世时被活埋，因此要求家人在他去世数天后才能将遗体葬在芒特弗农的墓穴中。

华盛顿离世后与他生前一样备受尊敬。尽管他也役使奴隶，但他一直痛恨奴隶制。现在，他在遗嘱中立下了规矩，在妻子玛莎死后，他的奴隶便能获得自由。他还给年幼或年迈而无法照顾自己的奴隶留出了专门的生活费用。在美国九个拥有奴隶的总统当中，包括华盛顿的继任者弗吉尼亚人杰斐逊、麦迪逊和门罗，只有华盛顿把他所有的奴隶都释放了。

华盛顿的死成为对汉密尔顿的愿望和抱负一个沉重的打击。在23年的时间里，他们风雨同舟，汉密尔顿现在更迫切地需要来自华盛顿的帮助。在华盛顿死后，汉密尔顿向查尔斯·科茨沃斯·平克尼**心迹：“就个人角度而言，或许他的朋友中没有谁，能比我更有理由对他的去世感到悲痛了……我的天空很阴暗，我的心情很悲伤。”[45]汉密尔顿在给华盛顿的秘书托拜厄斯·利尔的信中写道:“我对将军的与人为善感激不尽……他是我不可或缺的保护伞……如果一个人的美德能够保证他在另一个世界的幸福，那么他现在必定是幸福的。”[46]由于不想在服丧期打扰玛莎的心情，汉密尔顿等了将近一个月才给玛莎·华盛顿写信：“没有人比我更清楚你所失去的是多么伟大的一个人，也没有人比我更能体会您那锥心刺骨的痛楚。”[47]汉密尔顿对华盛顿的去世感到无比悲伤，也让他变得更加忧郁。

举国上下向这位开国领袖表示哀悼，党派纷争也暂时平息。1799年12月26日，心情抑郁的汉密尔顿随同政府要员、步兵和骑兵，将华盛顿生前乘骑的白马从国会大厦护送到德意志路德教堂。在教堂里，弗吉尼亚的亨利·李称赞华盛顿是“战争第一人，和平第一人，国民心中的第一人”。[48]在随后几个月里，汉密尔顿军队里的将士一直佩戴黑纱臂带进行悼念。尽管副总统杰斐逊坐在蒙上黑纱的椅子上主持参议院，考虑到他一直对华盛顿心存芥蒂，人们拒绝他参加追悼会。众人对已故前总统的颂扬令亚当斯妒火中烧，他后来指责联邦党人“在军事、政治、宗教和道德方面，把华盛顿奉为他们的教皇，把一切都归功于他，由此给他们自己和整个国家带来了不可估量的伤害”。[49]

亚当斯在一件事上是正确的：联邦党人太依赖华盛顿，期望他能结束党争，这使得他们在华盛顿死后尤其是在总统大选在即的时候非常脆弱。汉密尔顿周围的许多高层联邦党人想放弃亚当斯，华盛顿去世之前，古维内尔·莫里斯草拟了一封给他的信，请求他再次竞选总统。汉密尔顿深知，华盛顿的离去将摧毁原本就不牢固的联邦党阵线，“这位伟人的辞世给我们带来难以估量的损失，大好局面顿时失去控制”。[50]追随汉密尔顿的联邦党人面临两难的窘境：要么默认现行政府的恶政，要么冒险让党内出现分裂。

华盛顿的去世使得军队总司令的位置出现空缺。汉密尔顿认为自己有资格执掌帅印。“如果总统拒绝任命汉密尔顿，”菲利普·斯凯勒说，“人们会怀疑此举是否慎重和得体……我相信，绝大多数美国人都希望汉密尔顿得到任命。”[51]汉密尔顿为了组建一支由6个骑兵连和12个步兵团组成的新部队一直在不知疲倦地努力，并且个人也付出了很大的牺牲。但是在任命汉密尔顿为军队的二号人物之后，亚当斯后悔万分，他并不准备把最高职位给汉密尔顿，这个职位一直处于空缺状态。而汉密尔顿接替华盛顿成为辛辛那提协会的主席。

汉密尔顿已经没有时间实现他的军事抱负。1800年2月，国会终止了征兵工作，意味着不再需要他去筹建新军。在同一个月，美国获悉拿破仑·波拿巴在去年11月废除法国五人执政内阁，宣布自己为第一执政官。然而，汉密尔顿预言的应验却让自己处于尴尬的境地：拿破仑的政变标志着法国大革命的结束，因此，联邦党人没有必要针对这个原本推行雅各宾主义的国家的潜在入侵进行军事准备。[52]看到筹建新军的梦想烟消云散，汉密尔顿告诉一位朋友：“可以肯定的是，这个国家的军事职业不能给人以激励；同样可以肯定的是，根据现行计划，我目前在军队的身份不会持续太久。”[53]

但是在春天到来的时候，汉密尔顿依然不能从他对美国军队的憧憬中走出来。在活跃思维的驱使下，他起草了一个有关创办军事学院的提案，内容涉及对陆海军将士和陆军工程兵的培养。他还对陆军训练手册进行了修订，具体到正确的行军速度：“齐步走”每分钟75步，“跑步”每分钟120步，但汉密尔顿这样做只能是徒然耗费时间。5月中旬，国会授权总统解散大部分新军的建制，亚当斯急不可耐地采取了行动。这时的亚当斯认为汉密尔顿的部队是一个可憎的事物，他后来回忆，新军“一点也不受欢迎，就好像它是一只松了绑的凶残野兽，趴在国家身上贪婪地汲取国家的营养”。[54]亚当斯冷冷地嘲讽说，倘若让汉密尔顿这个危险人物执掌军权，即使解散了这支新军，他还会再拉一支人马。[55]

汉密尔顿竭力装出若无其事的样子，内心深处却因这支命运多舛的军队而备受煎熬。他告诉艾丽萨，他不得不玩“强颜欢笑的游戏，但是……这是一个虚伪的游戏。在我灵魂最深处充满了绝望”。[56]他不习惯失败，在这里他把一年半的时间耗在一支半途而废的部队上。1800年5月22日，汉密尔顿从他在斯科奇平原的营帐中走出来，最后一次视察这支即将在6月中旬解散的军队。阿比盖尔·亚当斯当时也在场，尽管她不喜欢汉密尔顿，但这支军队却让她印象深刻。她告诉自己的姐妹，“他们对军官以及他们自己都有着无上的敬意”。[57]7月初，汉密尔顿关闭了设在纽约的司令部，通知国防部长他卸任了，正式终止了他的军事服务。这个沉重且让人灰心的故事结束了，但有一点还没有结束：他对总统满腔的愤怒还没有发泄出来，因为他认为总统应该对这个不光彩的结果负责。