汉密尔顿担心雷诺兹事件的影响的一个原因在于，有迹象表明美利坚合众国很快就会与专横的法国爆发战争了。如果美法冲突加剧，汉密尔顿有意承担责任，因此不能承受哪怕一点儿丑闻。法国已经针对《杰伊条约》展开了报复，允许法国武装民船扣押携带违禁品驶往英国的美国商船。这完全在许多共和党人的意料之中。当拿破仑称雄于法国军界的时候，汉密尔顿几乎不怀疑拿破仑的部队会将专制主义传遍欧洲。借用“亚美利库斯（Americus）”之名，汉密尔顿在1797年就警告说，法国正“打着开启民智、改革内政的幌子掩盖征服其他民族的勃勃野心”。[1]汉密尔顿预计，法国将成为“一种恐怖力量和众民族的祸水”。[2]
就在宣誓就任总统之后不久，约翰·亚当斯获悉，统治法国的五人执政内阁驱逐了新任美国公使查尔斯·平克尼，并发布有关交战国的新命令，打击美国海上商船。到春天的时候，法国已经捕获了300多艘美国船只。为了提升国内的士气，汉密尔顿向国务卿皮克林建议进行一天全国祈祷，“以强化对抗中的宗教观念”，帮助美国民众“抵制法国侵略者以及他们所宣扬的无神论和无政府主义”。[3]除了将希望寄托在上苍之外，汉密尔顿还提出其他一些更有力的措施，最主要的是组建一支新的海军部队和一支2500人的临时部队。汉密尔顿绝对不是一个好战分子，他希望尽量采取外交手段。他建议小奥利弗·沃科特说：“我的意见是穷尽磋商谈判手段，同时做好最坏的打算。”[4]他还对威廉·劳顿·史密斯说：“自身的坚固可以让一切迎刃而解，而到处炫耀则会让一切成为竹篮打水。”[5]“我的计划永远是既强调力量……又强调适度的。”[6]
亚当斯总统决定做两手准备：通过谈判磋商保持美国中立国地位，同时积极扩充军备以防谈判失败。他真诚地希望，能够在亲英的联邦党人和亲法的共和党人之间牵线搭桥。像亚当斯一样，汉密尔顿也希望能通过外交手段保持与法国和平共处的局面，甚至可以按照《杰伊条约》的模式，缔结一份商业性的条约。他为这个想法感到高兴，他力促一个两党共同设立的三人委员会，并高姿态地提议让老对手麦迪逊担任谈判代表：“麦迪逊先生必须亲自去，其他人没有什么优势。”[7]尽管受到联邦党内部的一些人极力反对，汉密尔顿依旧认为，缺少著名的共和党人的任何代表团，都不会让法国人产生信任。他也渴望唤起共和党人的诚意，并表示出联邦党人为维护和平已经倾尽全力了。然而，汉密尔顿统领的亚当斯总统的三名内阁成员，皮克林、沃科特和麦克亨利，虽然被视为汉密尔顿的傀儡，但此时，他们却坚决反对选择一名共和党人。沃科特的反应尤为激烈，他威胁说，如果亚当斯总统这样做，他将立即辞职。不出汉密尔顿所料，麦迪逊对这次跨洋航行心怀恐惧，他和杰斐逊均拒绝加入访问法国的代表团。
自亚当斯政府遭遇首次危机后，汉密尔顿便开始回复来自国务卿、财政部长和国防部长的问题。他们寻求他的指导，并与他共享内阁内部文件。端坐在曼哈顿的律师办公室中，汉密尔顿对费城发生的事情一清二楚。亚当斯对他们之间的联络充耳不闻。汉密尔顿最初的表现堪称典范，他并没有对亚当斯总统及其内阁说三道四。“我相信，现任行政部门地位稳固，”他告诉鲁弗斯·金说，“如果不是被谗言所累，他也不需要谨慎行事。”[8]相比之下，副总统杰斐逊则已经在筹划一场秘密战争，破坏亚当斯在法国人心中的形象。法国驻费城的领事约瑟夫·莱特贝在1797年春与杰斐逊举行了4次秘密会晤，跟汉密尔顿与英国公使乔治·汉蒙德之间的会晤一样，这些都是非官方的会谈。莱特贝用杰斐逊的话向他在巴黎的上司汇报说：“亚当斯先生无能且多疑、刚愎自用，从不听取他人的意见。”[9]杰斐逊向莱特贝预测，亚当斯只能任职一届，并敦促法国进攻英国。杰斐逊淋漓尽致地展现了自己的不忠，他竟然建议法国以种种方式拒绝美国派往巴黎的使节：“耐心聆听他们的想法，尽可能拖延谈判，在会谈时以谦恭有礼的态度平息他们的抱怨，最后用繁文缛节让他们感到无可奈何。”[10]杰斐逊和其他一些共和党人怂恿法国相信，绝大多数美国人站在他们一边，由此最终导致了法国五人执政内阁对美国新政府的强硬态度。
1797年5月16日，亚当斯总统向国会递交了一份措辞严厉的文件，谴责法国驱逐查尔斯·平克尼，并跟踪美国的舰船，斥责他们“在美国的胸口上制造创伤”。[11]他同时宣布了准备扩充海军，支持发展民兵组织。在《黎明报》看来，这显示出非常强烈的战争态度。在亚当斯发表意在追求和平的就职演说之后，该报围绕亚当斯刊登了一篇社论：“依我们看，他是狐假虎威，恃势凌人，他全副武装，准备向地球上最强大的对手发出挑战。”因此，亚当斯一定是英国利益的代理人，“我们认为，他把自己当成亲英阵营的领队，而不是美国人民的总统，他是作为乔治三世的代表在招兵买马”。[12]
为了回击共和党的庸俗不堪的论调，亚当斯提出了一项温和的建议，宣布了派遣一个外交使团去巴黎的计划。三人代表团将包括两名南方的联邦党人——约翰·马歇尔和查尔斯·平克尼，还有一名北方的共和党人——马萨诸塞州的埃尔布里奇·格里，他一度是法国大革命的狂热支持者。亚当斯对格里说：“法国当前的共和政府没有领导法国的能力。费城街头的积雪在阳光下只能存在一周，法国共和政府的寿命会更加短暂。”[13]汉密尔顿的意见与传言中受制于他的内阁成员的观点大不相同，他这次由衷地支持亚当斯。他对沃科特说，“我非常赞同政府在与法国的争端方面所采取的措施”。[14]但他对使团可能达成的结局却持有保留意见。他认为，亚当斯犯下了一个错误：没有派遣一位南方的共和党人。因为他们的参与会让法国人相信，美国政府在谈判前没有做任何手脚。同时，他也怀疑法国官员能否尊重美国代表，他认为法国人是“降临在这个地球上的最具野心也最可怕的暴君”，还指责共和党人会“使我们匍匐在法国那些暴虐的不讲原则的领导人的脚下”。[18]
当美国的代表团成员于1797年8月抵达法国时，欢迎他们的是一位跛脚的外交部长夏尔-莫里斯·德塔列朗-佩里戈尔。德塔列朗前些年遭政府遗弃，流亡费城时与汉密尔顿有过交往。在法国恐怖专政末期，德塔列朗恢复名誉回到法国。汉密尔顿知道他贪得无厌，把公职视为攫取财富的工具。这个愤世嫉俗的法国人有一次告诉他们共同的一位朋友说：“我觉得很奇怪，像他（汉密尔顿）这样一位拥有出众品质和天赋的人，竟然会从政府部门辞职，并且给出的理由是作为部长他无法赚到足够多的钱养活八个孩子。”[16]在汉密尔顿回到纽约之后，一天晚上，德塔列朗在赴晚宴的途中瞥见律师办公室的烛光中的汉密尔顿正在辛勤工作。他非常震惊地说：“我看到一个为整个国家赚取过财富的人正在为了养家糊口而通宵达旦地工作。”[17]在1797年7月担任法国外交部长之后，他为那些唾手可得的战利品感到高兴。“我要好好利用这份工作，”他推心置腹地对一位朋友说，“我一定要从中赚取一大笔财富，真真切切的巨额财富。”[18]仅仅在他担任外交部长的前两年里，德塔列朗便攫取了大约1300万到1400万法郎的财富。
三个美国代表抵达巴黎的时候，拿破仑已经在意大利击溃了奥地利军队。接着，9月初，法国五人执政内阁发动了一场名副其实的政变，驱逐和逮捕了很多议员，关闭了40多家报刊。约翰·马歇尔悲观地对皮克林说：“现在，所有的权力都掌握在那些对我们采取敌对措施，并激起我们抗议的人手中了。”[19]长期以来，腐败一直是法国官员的通病，在法国五人执政内阁统治期间这种现象进一步恶化。当德塔列朗在10月份接见三位美国代表的时候，他在15分钟的接见时间里表现得谦恭得体。但是在此后的一个星期中，他们竟然没有从他那里收到任何信息。后来，德塔列朗说话的语气也变得冷淡而生硬，他解释说，五人执政内阁被亚当斯总统5月16日向国会发表的演说中涉及法国的言论彻底激怒了。随后，德塔列朗迫使三个美国代表与他的三个属下交涉：琼·康拉德·霍廷格尔（Jean Conrad Hottinguer）、皮埃尔·贝拉米（Pierre Bellamy）和卢西恩·豪特瓦尔（Lucien Hauteval），来自这三个人的外交信件分别被编为X、Y和Z，这是他们在被派往费城从事外交活动时使用的代号。通过这几个属下，德塔列朗提出了一些非常苛刻的要求：亚当斯总统需要收回在其激烈而又强硬的演说中引起争议的那部分内容，美国需向法国提供一笔贷款，甚至要求美国偿付法国私掠船在掠夺美国船只时造成的损失。德塔列朗的副官更是得寸进尺，要求美国人只有在交出数目可观的贿赂之后才能开启谈判。德塔列朗玩着猫抓老鼠的游戏，他一再推迟同美国代表的会谈，以留出时间让他的中间人榨取钱财。
约翰·马歇尔和查尔斯·平克尼无比愤慨，想立即结束磋商——平克尼公开表示抵抗，说：“宁可花费数百万美元来修建防御工事，也不会拿出一美分给法国人。”然而亲法的埃尔布里奇·格里却劝他们要有耐心。马歇尔开始着手写两份长长的说明性文字寄给美国国务卿蒂莫西·皮克林，按照时间顺序记叙了他们所遭受的屈辱。由于冬季没有横穿北大西洋的班船，美国代表直到第二年春天才回到费城。在亚当斯等待结果的时候，杰斐逊依然挑拨离间，唆使法国拖延同美国代表的谈判。“副总统依然在说，五人执政内阁要见风使舵才能获取这里的一切，并且他不停地跟我重复说道马基雅维里的格言——‘平心静气才能成就大事’。”莱特贝是这样对他的法国上司讲述的。[20]
直到1798年3月4日，马歇尔那具有爆炸性的叙述才摆到了亚当斯总统的桌子上。信件解密后，内容令人惊骇。这次任务是一场灾难，带给这个国家的只有屈辱。汉密尔顿了解到德塔列朗如何耍弄花招后，对皮克林说：“关于代表团的谈判情况，我希望总统向参众两院传达信息时既要心平气和，又要态度严肃，但我们决不能妥协。”[21]汉密尔顿仍然不希望彻底关闭谈判的大门，但他制订了一个雄心勃勃的扩军计划。他告诉皮克林：“我们最好采取冷静的反抗态度。”[22]
亚当斯总统在国会发表政治讲话，宣布代表团任务失败，为避免激起民愤，他省略了谈判期间发生的一些不快。他要求全方位军事备战，此时，共和党人的判断出现严重失误，他们给亚当斯打上了“好战分子”的烙印，宣称法国的表现要比亚当斯总统看到的好得多。杰斐逊副总统私下把亚当斯的演讲称为“一派胡言”。[23]1798年3月29日，汉密尔顿的老对手，弗吉尼亚的威廉·布兰奇·贾尔斯表示亚当斯隐藏了能够表现出法国友好一面的文件，他和其他共和党人要求公开外交文件的全部内容，众议院表示支持。汉密尔顿非常高兴，法国终于可以现出其本色了。美国人“应该知道法国政府对我们的代表团的所作所为，了解那个政府令人憎恶的腐败行径以及对金钱的巨大需求。这些事情如此令人难以置信，会让每一个有理性的人，在知晓之后感到震惊”。[24]
当XYZ的文件公开时，它们给联邦党人带来了好运，约翰·亚当斯作为总统也达到了最高的受欢迎程度。尽管他没有军事背景，但他现在会戴着军事徽章露面，并劝告他的支持者采取一种“为战争时刻准备着的态度”。[25]5月下旬，亚当斯与来自纽约的爱国者代表团共进晚餐，阿比盖尔给每个人颁发了一个黑色丝带结帽徽——这个帽徽成为支持亚当斯政府的象征。罗伯特·特鲁普在XYZ的信件公开之后说道，“这一活动产生了共和党人所意想不到的效果，对法国统治者的憎恶情绪突然之间在美国的每一个角落爆发出来”。[26]国会迅速批准了加强东部沿海港口的防御力量和扩大陆海军的计划。
共和党人想方设法对所发生的事情做出合理解释。杰斐逊向麦迪逊发牢骚，说亚当斯在其“诈骗活动”中犯下了“诽谤法国政府罪”。[27]他也认同德塔列朗很可能组织设下敲诈勒索的圈套，但是“要说法国五人执政内阁知道其中的一切事情，这却是既没有被证明，也无法被证明的”。[28]随着时间的推移，杰斐逊愈来愈确信“XYZ事件”是联邦党人策划的一场骗局。整场闹剧就是“约翰·马歇尔烹调的一道菜，法国政府被误认为是骗子”。[29]XYZ事件也并没有促使麦迪逊重新评估法国大革命。听到德塔列朗对美国代表团的所作所为之后，麦迪逊不能相信法国的外交部长竟会做出如此愚蠢的举动。他认为“和解路上的最大绊脚石”是亚当斯总统，而非法国的执政内阁，并指责联邦党人使用“卑鄙的谩骂侮辱和造谣中伤”的手段煽动美国同法国的战争。[30]
一些共和党人的报纸则鲁莽地因XYZ事件而迁怒于汉密尔顿。《黎明报》认为，这场失败是由于汉密尔顿和德塔列朗的关系所致：“德塔列朗是人人皆知的反共和派人士……他是汉密尔顿先生和其他几位举足轻重的联邦党人的密友，很可能是由于德塔列朗发现了联邦党人对法国所抱有的敌意，才使那个国家的政府将我们视为趁火打劫的对象。”[31]这些评论肯定让汉密尔顿难以接受。多年来，他一直指责法国背信弃义。XYZ事件已经确证了他的判断，然而共和党人不但不承认自身的错误反而强词夺理地怪罪于他。
像往常一样，汉密尔顿将7篇报纸连载文章合并刊印出来，取名“立场（The Stand）”，在这本宣传册中，他主张组建一支更为庞大的军队打败法国的入侵。在几年前，可能同大不列颠爆发战争之时，汉密尔顿一直表现为愿意妥协和磋商，以避免直接对抗。但是他对外交政策的看法却是会随着情势的变更而发生变化的，现在当法国可能变成交战国时，他采取了一种远比此前强硬的语气。
在“立场”的写作中，汉密尔顿把枪口对准了为法国人的无礼行径辩解的共和党人：“这样的人应该受到所有同胞的厌恶，毫无疑问，假以时日他们肯定会因为践踏法律而受到公正处罚。”[32]杰斐逊认为，XYZ事件理应受到责备的是德塔列朗而非法国五人执政内阁。汉密尔顿无情地嘲笑了他，他指出，德塔列朗是这个世界上“最谨小慎微的人”，如果没有法国五人执政内阁的支持，他绝不会做出这样卑劣的行径：
这个可怜的借口，恰恰暴露了说谎者的预谋，在所有事件上都在为法国开脱，让人们屈服于暴行，服从法国的意志。作为专制的法国五人执政内阁的支持者，让美国沦为法国统治下的一个省，可能就是那个煽动民众、背信弃义的人的最终目标。[33]
汉密尔顿对杰斐逊的想法感到愤怒是有理由的，但是要说杰斐逊想把美国变成法国的行省，或者他的想法属于刑事犯罪，则确实有些过头了，不禁让人怀疑汉密尔顿是否在为自己受到的那些最恶毒攻击寻求报复。
《立场》那尖锐的口气反映了美国在法国危机事件中出现的两极分化。当时，美国民众矛盾激化，杰斐逊告诉一位记者，“一辈子的亲密至交在穿过马路时把头扭向一边，唯恐彼此照面后不得不打招呼”。[34]汉密尔顿认为美国已经濒临内战的状态，这场战争将这个国家分裂成两个敌对的阵营。似乎乘了联邦党人的东风，他们的运气在当年秋季大选中得以改善，此前他们一直在参议院占据绝对优势，现在又横扫众议院，甚至还获得了南方各州的席位。然而，充足的权力也给联邦党人带来危机，因为后来的事实证明，他们缺乏必要的自制力，无法控制专制的冲动，为滥用权力埋下隐患。
在直面美法可能发生的冲突之前，亚当斯必须先正视美国民众对战争的矛盾心理。作为曾经的殖民地居民，他们一直以来恼怒于不得不给英国士兵提供补给，也还记得派来负责实施那些令人憎恶的法律的人的傲慢自大。美国独立曾给民众带来美好的幻想，甚至以为美国从此将与战争绝缘，不需要再配常备军队。“在我们的独立战争结束之时，”汉密尔顿写道，“每一个人的眼前都跳动着永久和平的幻影。”[35]历史学家戈登·伍德曾评论道：“既然战争是帝王的野心、膨胀的官僚作风以及专制君主的常备军催生的，那么清除君主专制就意味着清除了战争本身。”[36]相比之下，汉密尔顿则认为战争是人类社会的永恒现象，不可能完全消除。
许多共和党人反对建立常备军，认为那是暴虐的君主们慑服人民的立法机构的工具而已。《独立宣言》反对殖民地在和平时期维持一支常备军，在大陆会议上，埃尔布里奇·格里**地将常备军比作肿胀的阴茎，说它是“国内安宁的极佳保障，却也是对外发动战争的危险**”。[37]杰斐逊希望在《人权法案》中禁止常备军。他认为，国家的民兵和小型的炮艇足以保卫美国的海岸线。共和党人向来认为民兵足以保卫国家，没有必要维持一支常备军事力量。杰斐逊的支持者们当然担心，战争会催生一个汉密尔顿喜欢的强有力的中央政府。在麦迪逊看来，“战争是军队之母，由此便会产生债务和税收；人们都知道，军队、债务和税收是将多数人置于少数人统治之下的工具”。[38]与许多联邦党人不同的是，约翰·亚当斯同样认为，海军和民兵将足以担负起保卫国家的重任。他担心，一支庞大的常备军会成为一个“贪婪的怪物”。[39]在对联邦军队怀有这样厌恶的态度之下，这个国家常规部队的数量不断削减，以至于到华盛顿离职的时候，整个美国的常备军队人数只剩下区区几千人。
在独立战争期间，汉密尔顿对美国不得不依赖民兵作战备感失望，他逐渐认识到应该重视受过系统训练的士兵的优势。在担心同法国爆发战争的日子里，他看到建立强大的国防力量的机会来了，于是提出了一个颇受欢迎的建设5万人常备部队的计划：2万人常规军外加3万人后备军。但亚当斯总统对此颇不以为然。“5万人组成的部队……听起来就像是堂吉诃德的疯话。”亚当斯后来写道。他又喋喋不休地提起汉密尔顿在国外出生的事实：“对于美国人民的情绪和感受，汉密尔顿先生的了解并不比他对外星人的了解更多。”[40]对亚当斯而言，“汉密尔顿的嗜好就是建设军队”。[41]
看见法国人更加肆无忌惮地攻击美国商船，汉密尔顿血脉偾张。1798年5月，一艘法国私掠船在纽约港外面捕获了几艘美国小船。“这真是奇耻大辱，”汉密尔顿向国防部长麦克亨利抗议，“我们的商人们已经非常愤怒了，任何一个有血性的人都会认为，我们的政府已经彻底臣服于法国了。”[42]就在5月份，在担心法国即将入侵的惶惶不安中，国会决定创建一个由12艘崭新的护卫舰组成的独立的海军部，并组建一支1万人的“临时部队”。采用“临时部队”这样的委婉称呼至关重要，因为一支永久性军队或常备军在当时很难让人接受。7月，国会又组建了一支“补充部队”，由12个步兵团和6个骑兵连组成。这些部队虽然没有达到汉密尔顿预想的规模，却已超出了亚当斯的设想。亚当斯总统抱怨自己就像一位被动的观众，眼看着汉密尔顿设法通过了组建庞大军队的提案：“这就是汉密尔顿先生在国会的影响力，即使总统没有提出任何建议，他们仍然通过了组建军队的法案。”[43]随着人们对战争的想象愈演愈烈，同法国的贸易也被禁止了，美国海军舰艇被授权可以向任何威胁美国贸易的法国船只发起进攻。美法已经进入了“准战争状态”。
事实证明，将战争同国内的党派纷争完全割裂开来是不可能的。共和党人担心，逐步加强的军事力量建设背后那些未被承认的待议诸事项，这些事项与其说是让美国抵御法国的进攻，不如说是联邦党人以拯救美国的名义打压不同政见者。有时候，汉密尔顿也无法在头脑中将这两件事情割裂开来，因为他认为，如果法国入侵，许多杰斐逊的支持者将会帮助这些入侵者，会“聚集在法国的旗帜之下，这样镇压其他人的反抗就易如反掌了”。[44]
在此期间，汉密尔顿徘徊在一种奇怪的状态中——同时感受到自己的强大和软弱。一方面，他感到可以支配很多事情；另一方面，他又感到孤立无援。他是一位没有任何公职的律师，但是很多人认为他比总统更有影响力。他和内阁有着特殊的联系渠道，经常给他们写信。他的建议会被内阁成员转述给总统，当然他们不会说出那些话都来自于汉密尔顿。同时，汉密尔顿也希望能在他与玛丽亚·雷诺兹幽会的事情曝光之后挽回他的名声。在罗伯特·特鲁普写给鲁弗斯·金的信中，提到了这种似是而非的情况：汉密尔顿的法律业务范围“非常广泛，并且收入不菲”，但是他仍然处在流言蜚语的包围之中。“在过去的12个月，这个可怜的人——我是说汉密尔顿——遭受到了最为猛烈的谩骂和侮辱。他那不甚明智的小书已经给他带来了无法估量的伤害。”[45]
或许有人认为，当国会批准组建新军队后，汉密尔顿会以胜利者的姿态欢呼。他确实被提名为指挥官。然而，在给艾丽萨的私人信件中，他再一次表达了对政治生活的厌倦，渴望能过上平静而平凡的生活。艾丽萨在1798年6月初动身前往奥尔巴尼，留下他与几个大一点的孩子在一起时，汉密尔顿心头有一种难言的孤独。“一直以来，我都能感觉到你对我来说是多么不可或缺，”他给她写信，“但是当你不在我身边的时候，我更加强烈地感觉到这一点，环顾四周寻找那只有你能给予我的满足感，然而却是徒劳无功。”[46]相比他们相爱以来的其他时期，这一次汉密尔顿尤为突出地表现出他对妻子的依赖。她给这个不再着迷于政治生活但依旧心潮涌动的男人提供了一个心灵的港湾。“我发现其他追求都不过是过眼云烟，”他写信给艾丽萨，“你和家庭在我心目中占据了越来越多的位置。”[47]人们猜测，亚历山大和艾丽萨已经修复了雷诺兹事件带来的伤害，她原谅了他，他们又恢复到以往亲密无间的关系。或许，正是通过这次绯闻，汉密尔顿才认识到他的妻子是多么重要，是她为他饱受争议的政治生涯提供了一个抚慰之所。
1798年，很多人都试图让汉密尔顿重返政坛。纽约州的一个参议员席位空出后，州长约翰·杰伊向汉密尔顿推荐这个职位。“如果在认真考虑之后，你想拒绝这个任命，”他亲切地对汉密尔顿说，“那么，请你和我们一些最贤明的朋友商议，提出最合适的人选，将是一件再好不过的事情了。”[48]国会议员罗伯特·G.哈珀（Robert G. Harper），一位南卡罗来纳州的联邦党人，经常在汉密尔顿面前描绘对方升任战争部长的美好前景，并暗示已经打探过亚当斯总统的口风。对于上述两个机会，汉密尔顿都婉言谢绝，因为他在寻找更好的机会。对雄心万丈的汉密尔顿而言，既然总统职位无望，那么新军队的统帅无疑是难以拒绝的**。费舍尔·埃姆斯说，汉密尔顿热切渴望的不是金钱或者权力上的声望，而是军事声威，“他比同龄的其他人都更有资格展现一个伟大将军的禀赋”。[49]许多联邦党人认为，如果法国攻击美国，华盛顿会领导人们进行战斗，汉密尔顿则会忠诚地与之并肩作战，激动人心的独立战争场景将重现。“我们的老首长将会再次带上武器，”罗伯特·特鲁普激动地向鲁弗斯·金汇报说，“如果真有一场冲突，华盛顿又受到邀请的话，他会接受的，汉密尔顿也会如此。”[50]
在军事问题上，约翰·亚当斯总是手足无措，没有主见。虽然他在大陆会议上做了大量的事务性工作，并且极力促成美国海军的建立，但他毕竟没有经历过具体的战斗，或许也从未感受过战场上的荣耀。“哦，我当时是一名战士！”他在1775年写道，“我将来也是。我正在阅读军事方面的书籍，每一个人必须、将会并且应该是一名战士。”[51]华盛顿与旧日袍泽情同兄弟，但这个精英团队不包括亚当斯。就战争知识而言，没有人能超越备受尊崇的华盛顿；但凡涉及新军队的问题，都需要向他咨询。
在国会授权成立临时军队之后，汉密尔顿恳请华盛顿担任军事首领。他再次展示出高超的游说技巧。“尊敬的先生，您也应该明白，”汉密尔顿写给华盛顿的信上说，“如果与法国公开决裂，公众的声音会再次呼唤您指挥您国家的军队。”华盛顿的朋友们都不希望他现在引退，“我曾经和大家商议，我所交谈的所有人的意见都是您必须做出牺牲”。[52]
66岁的华盛顿自认廉颇老矣，他认为，部队需要一个年富力强而又精明能干的人。他推心置腹地对汉密尔顿说，如果他同意加入部队，“我想提前知道谁将会是我的助手，如果我需要帮助，您是否愿意积极参与到其中来”。[53]在信的落款处，华盛顿写的是“您亲爱的朋友和恭敬的随从”——这意味着两人之间的新伙伴关系。华盛顿不动声色地把汉密尔顿的合作参与作为领导新军队的一个前提条件。
6月2日，汉密尔顿告知华盛顿，除非担任第二号职位，否则自己不会加入军队：“如果你做总司令，我有望最能发挥作用的职位是司令部中的监察长。如此，则我就接受任命。”[54]监察长将会是军中的二号人物，领少将军衔和薪水。华盛顿预料，与独立战争时期英国军队的保守作风相比，法国侵略军会更加灵活和大胆，因此他认为监察长理应是一个精力充沛的年轻人。汉密尔顿是他的不二人选。
在随后数周，汉密尔顿给亚当斯内阁发送了有关备战的一系列信件，他挥笔拟就这些急件，俨然是一位不在内阁中的总统。像往常一样，他的看法层出不穷。他告诉财政部长沃科特，美利坚合众国应该增加税收，获得巨额贷款，并成立“一个学院，进行海军和普通军事方面的教育”。[55]他详细描述了他所憧憬的新海军：6艘能在一线作战的战斗船，12艘护卫舰，20艘小舰艇。在他的建议书中，汉密尔顿表现出一贯的思维敏捷、条理清晰和果敢坚决。为什么亚当斯内阁成员对汉密尔顿在行政方面的能力怀有好感，变得很容易理解；为什么亚当斯对他干政感到愤怒，亦不言自明。蒂莫西·皮克林后来详细记叙了在谁应该监管新部队的问题上，他与亚当斯进行的三次焦躁不安的谈话：
亚当斯：“我们应该任命谁为总司令呢？”
皮克林：“汉密尔顿上校。”
一天之后。
亚当斯：“我们应该任命谁为总司令呢？”
皮克林：“汉密尔顿上校。”
第三天。
亚当斯：“我们应该任命谁为总司令呢？”
皮克林：“汉密尔顿上校。”
亚当斯：“噢，不，如此重要的职位还轮不到他。我会尽快任命盖茨或者林肯或者摩根。”[56]
亚当斯倾向于用这三位在萨拉托加大捷一役中表现突出的高级将领。皮克林不耐烦地向亚当斯解释说，身体状况不佳的丹尼尔·摩根（Daniel Morgan）已经“一只脚踩进坟墓里了”；哈罗修·盖茨（Horatio Gates）已经快变成一位“老女人了”；本杰明·林肯（Benjamin Lincoln）总是“一副昏昏欲睡的样子”。后来，皮克林对汉密尔顿之子总结经验教训说：“我这才得知亚当斯先生对你的父亲极端厌恶，甚至恨之入骨。”[57]在这场不欢而散的谈话过去两年之后，亚当斯开始逐渐“觉察到了”汉密尔顿对自己内阁的影响。
6月22日，亚当斯给华盛顿写了一封措辞含混不清的询问信，请求华盛顿在新部队的领导人上给他一点建议：“尽管我还不知道什么时候能够完成，但是我一定会组建一支部队。到底是请老将军重新出山，还是起用年轻将领，我有些举棋不定。”[58]亚当斯对华盛顿说，他希望能够定期咨询华盛顿。亚当斯在政治上不够圆滑的一个突出例子是，在华盛顿尚未有时间充分考虑的情况下，亚当斯已经提名华盛顿领导新部队了。7月3日，参议院匆忙通过了他的提案。除了几次显著的例外，汉密尔顿一直对华盛顿毕恭毕敬，他对亚当斯未征得华盛顿同意就做出任命的做法感到困惑。7月8日，他从费城给第一任总统写信：“我十分惊奇，对您的任命竟然没有事先征得您的同意。”然而他还是力劝华盛顿接受下来，“只要相信他的动机是好的就可以了，考虑他们的做事方式是否得体毫无意义。”[59]
为了确保华盛顿能够接受，亚当斯派詹姆斯·麦克亨利去芒特弗农做了三天的说服工作。国防部长随身携带了一些公文函件，包括华盛顿的委任状和一封总统亲笔信。亚当斯不知道的是，麦克亨利还给华盛顿带来了汉密尔顿的意见，信中在评价现任总统时口吻不太友好，还对他的军事素养提出质疑：“当今总统在这些问题上一无所知，他对军事问题的这种先入为主的想法是错误的……就高级职位而言，首先需要考虑的是候选者的能力和品德。”[60]考虑到自己的年龄，华盛顿不想在战争开始之前就上任，所以他的第一副手将成为实际的战地指挥官。麦克亨利和皮克林都知道亚当斯不喜欢汉密尔顿，因此试图秘密说服华盛顿选择汉密尔顿。事实上，华盛顿并不需要被说服，他告诉麦克亨利，自己只接纳汉密尔顿或查尔斯·平克尼为副手。在一封密信中，华盛顿非常坦率地告诉皮克林，“应该不惜任何代价保证”汉密尔顿加入部队。[61]在麦克亨利返回费城之前，华盛顿塞给他一张纸条，上面提到3个人，华盛顿希望这3人能成为他手下的少将，依次是：亚历山大·汉密尔顿、查尔斯·平克尼和亨利·诺克斯。在给亚当斯的信中，华盛顿把3位将军的任命作为自己接受司令职位的前提。
这份看似稳妥的名单实际上包含着天大的麻烦。约翰·亚当斯的儿子约翰·昆西·亚当斯后来指出，围绕这份名单引发的争执，实际上是显示联邦党内部纷争的第一个重要迹象。[62]华盛顿理想的目标，是希望3个人的职位按照他所列出的顺序确定，这意味着汉密尔顿将优先成为副指挥。但现实更加复杂，尤其是亚当斯想改变顺序，让诺克斯或平克尼取代汉密尔顿。在亚当斯眼中，这直接体现了总统的特权。毕竟，在美国独立战争期间，华盛顿从未提拔过自己的下属。然而对华盛顿来说，这似乎是给了他一个响亮的耳光，违反了他接受任命的基本条件。
尽管华盛顿认为汉密尔顿的才干优于诺克斯和平克尼，但他能理解为什么这两个人获得总统的偏爱。在独立战争期间，诺克斯就已经是少将了，平克尼也是准将，而汉密尔顿只是一个职位很低的中校而已。华盛顿说，过去的军衔不再有效了。却未曾想到这句话惹恼了一向热心和蔼的亨利·诺克斯。这个200多斤的前国防部长在汉密尔顿还在炮兵连时，就已经是准将了。诺克斯从很早的时候就提拔过汉密尔顿，或许正是在他的斡旋下，汉密尔顿才得到了在华盛顿的团队中工作的机会。汉密尔顿曾告诉麦克亨利，对于自己和诺克斯之间出现的任何摩擦，他都会感到痛苦，“因为我感觉他是一位真正的朋友，我欣赏他身上的优点”。[63]两人的地位在随后几年发生了变化。在华盛顿内阁中卓然超群的人是汉密尔顿，而诺克斯则被缅因州的房产交易搞得焦头烂额。他后来再三向汉密尔顿表示感谢：“我不在的时候，你为国防部所做的一切我会永远铭记。”[64]尽管如此，当诺克斯获知华盛顿将他的名字写在汉密尔顿和平克尼之后时，还是被深深地刺痛了。事实上，华盛顿最关心的问题是南卡罗来纳州的查尔斯·平克尼能否被争取过来。他预计法国可能会率先入侵美国南部地区，以得到当地亲法分子的配合，并将那里的奴隶武装起来。他邀请一位南方人加入完全是出于政治考量，只是担心平克尼会拒绝屈居汉密尔顿之下。
亚当斯似乎被他周围疯狂的权力争夺弄得晕头转向且愤怒不已。1798年7月18日，他按照华盛顿提出的顺序向参议院提交了高级将领的提名，请他们对军衔做出调整。在一个星期之内，当汉密尔顿接受任命担任监察长之时，共和党人震惊了。《黎明报》因亚当斯提拔了已经承认是玛丽亚·雷诺兹的情夫的汉密尔顿，而狠狠奚落了他的信仰和道德：“他任命亚历山大·汉密尔顿为部队的监察长，而这位汉密尔顿出书证明自己是一个奸夫……亚当斯先生自此以后应该对法国式的道德规范保持沉默。”[65]
亚当斯躲到了昆西市，在那里一直待到争吵结束。他抱怨说，内阁挖下陷阱把汉密尔顿硬塞给他。他视自己是一个正派但无助的人，只因亚历山大·汉密尔顿老奸巨猾，自己陷入他所布置的阴谋。这场纷争的热度持续了整整一个夏天。拒绝成为汉密尔顿下级的亨利·诺克斯在8月8日向麦克亨利发牢骚说：“汉密尔顿先生的才华禀赋在经过大范围比较之后被认为是如此杰出，但当他获得提拔时，意味着所有军衔更高、年纪更长的军人都被降级。”[66]愤怒的亚当斯通知麦克亨利，虽然3人的任命已经确定，但他仍想让诺克斯牵头：“就情理而言，诺克斯将军完全有资格成为华盛顿将军的第一助手，其他任何安排都无法令人心悦诚服。”另外，他补充说，平克尼“必须排在汉密尔顿前面”。[67]9月初，奥利弗·沃科特提醒亚当斯，华盛顿早就把汉密尔顿的任命作为他担任司令的前提条件，并由此断定，“华盛顿将军的意见和公众的期望是汉密尔顿将军将仅次于总司令成为二号人物”。[68]
亚当斯对沃科特的回答是，他要让所有的愤怒表现在一篇针对汉密尔顿的措辞激烈的长篇演说中。即便汉密尔顿在20多年的时间里在部队为他的国家做出了卓越的贡献，但亚当斯仍以他出生在国外而排挤他。在亚当斯眼中，他是一个恶魔般的人。
如果我同意任命汉密尔顿为第二号人物，那我就做出了一生中最不负责任、最难以解释的行为。他不是土生土长的美国人，只是一个外国人。我认为，他居住的时间不是很长，在北美生活的时间顶多和艾伯特·加勒廷一样多。他以前的军衔相对较低，他对一个政党的功绩就像是主张宗教改革的约翰·加尔文那样：有些人把他看作是天国降临的天使，而其他人却认定他是来自地狱的使者。我知道，诺克斯即便在马萨诸塞也并没有广受追捧的声望；但是我也知道，汉密尔顿在美国的哪个角落都不受欢迎。[69]
宣泄情绪后，亚当斯再三考虑，还是决定不发送这封有失公允的信。他真正给詹姆斯·麦克亨利的信是这样写的：“随信附上同日签署的3位将军的任命书。”[70]对汉密尔顿来说这是一场胜利，而对亚当斯来说，则是难堪的屈服，难怪亚当斯后来抱怨说：“我像监狱中的犯人一样没有任何自由。”[71]
华盛顿被亚当斯的表现刺痛，他单刀直入地对亚当斯说：“把第一位放到最后，把最后一位换到第一，这样你是不是就感到满意了？”[72]提及汉密尔顿的军事履历能否让他胜任高级将领职务时，华盛顿指出，作为自己战时的主要助手，汉密尔顿“看问题的角度更加广阔，相比之下，那些师旅级高级军官却对总司令下达的重要命令、指示以及总参谋部的各项事务毫无见地”。[73]换言之，在独立战争期间，汉密尔顿担任的是华盛顿的参谋长，而不是高级助手。亚当斯对汉密尔顿有偏见，给了华盛顿一个高度赞扬汉密尔顿的机会。华盛顿说，一些人认为汉密尔顿是“一个野心勃勃的人，一个危险的人。我同意说他有抱负，但也正是这种值得称赞的品质，才让他在所从事的任何事上脱颖而出。他勤勉、敏锐，并且他的判断非常了不起”。简言之，失去了汉密尔顿将是“无法弥补的”损失。[74]亚当斯并没有削弱华盛顿对汉密尔顿的信心，反而让两位昔日的伙伴关系更加密切。10月15日，亚当斯不情愿地任命汉密尔顿为监察长。诺克斯拒绝在汉密尔顿手下任职，但查尔斯·平克尼接受任命，并赞扬了汉密尔顿。“我知道，汉密尔顿在战争中的才能是无与伦比的，”他对麦克亨利说，“他是一个真正的军事天才，能够提出周密细致的军事方案，具有恪尽职守、勇敢勤勉的精神，并能将其贯彻实施。”[75]
在汉密尔顿任职问题上的失败，增加亚当斯对这个年轻人的厌恶，一想起这件事情，他便恼羞成怒。的确，汉密尔顿运筹帷幄，出手迅捷，将亚当斯置于尴尬的境地。但亚当斯也犯下了一个致命的错误，不该把总统的名望投入一场无法取胜的战斗，华盛顿和杰伊等大多数人都认为汉密尔顿是这个职位的最佳人选，这个事实让他无法接受。
在试图阻止汉密尔顿当上监察长的同时，亚当斯希望任命他的女婿威廉·史密斯（William Smith）为准将。这个英俊的年轻人给约翰·亚当斯夫妇带来了无穷无尽的伤心事。他因为投机钻营而长期负债累累，并在一年前一度遗弃了他们的女儿。不过在华盛顿总统的关照下，他工作还算清闲，薪酬却十分丰厚。后来，他被收监两次：一次因为债务问题，一次因为参加一个支持解放委内瑞拉的计划。尽管史密斯不负责任，劣迹斑斑，亚当斯仍想以美国准将的军衔来抚慰他。华盛顿闻讯大惊，他问国务卿皮克林：“出于军事安全的考虑怎么能做出这样的准将任命（指史密斯）呢？据我所知，除了屠杀印第安人，此人从未做过任何出彩的事情。”[76]
皮克林试图说服亚当斯放弃这个荒诞的决定，皮克林回忆说，执拗的总统“认定他的女婿是一位远比汉密尔顿优秀的军事人才”。[77]套用一句古老的谚语，皮克林说，“亚当斯先生一直认为，只有他家的鹅才是天鹅”。[78]皮克林秘密游说参议院，让他们否决这一提案——他这样做虽然情有可原，但这无疑是他对总统不忠的又一个例证。当参议院真的否决了史密斯的时候，阿比盖尔打听到了“发挥作用的秘密源头”。[79]后来，皮克林声称，亚当斯对他的蔑视正是从这个事件开始的。
两年以后，亚当斯再次试图提拔自己的女婿为团职指挥官。汉密尔顿谨慎地向亚当斯提出异议，认为这样的任命看起来可能是任人唯亲：“有人会想这一做法是出于自私自利的考虑，我想你一定也考虑到了这一点……我相信我的这番话不会被误解。”[80]
亚当斯愤怒地回应道：“仅仅因为他娶了我的女儿，就把他排除在所有部门之外，我看不出这样做有什么理由或是正当性可言。他的同事现在要么是大使，要么是将军，而他却什么都不是。约翰·亚当斯。”[81]
约翰·亚当斯对此久久不能释怀。1800年5月9日，本杰明·古德休（Benjamin Goodhue），一位来自马萨诸塞州的联邦党参议员，发现站在他面前的是一位火冒三丈的总统，这一次会面让他永生难忘。亚当斯又提到了参议院否决了威廉·史密斯做准将的事情，并谴责了古德休、皮克林和汉密尔顿。总统这次发怒与平时不同，竟称“我们的做法害死了他的女儿（比喻）；汉密尔顿是罪魁祸首，从他到皮克林，再到我，最终影响到其他所有人一同投了否决票（咆哮）”“史密斯上校是美国军事知识最渊博的人，这次任命得到华盛顿将军的推荐（华盛顿的信表明他在说谎）”。古德休接着说，亚当斯“对参议院在的这项投票的愤恨似乎是无法平息的，他说，这些事情的唯一结果就是伤害了他及其家人的感情”。在整个谈话过程中，古德休说，亚当斯展示出“情绪激动，精神错乱的一面，我从未想到总统会是这个样子”。[82]围绕亚当斯无法自我约束的愤怒，联邦党人内部流传着许多这样的故事。
另外一场错综复杂的官职任命斗争涉及的则是亚伦·伯尔。伯尔一年前离开美国参议院，重新回到了纽约州议会。出于讨好共和党人的目的，亚当斯想晋升伯尔为准将。为了防御法国入侵，汉密尔顿当时正在加强海防，他和伯尔共同领导了地方军事委员会，以增强纽约市的防卫能力。当时，朝三暮四的伯尔与联邦党人打得火热。罗伯特·特鲁普非常兴奋，伯尔，一个热衷于法国大革命的人，如今也在帮助武装这个城市，防备法国可能的侵扰。特鲁普告诉鲁弗斯·金说：“伯尔的行为与你所能猜想到的截然不同。有人推测，他正在转变立场。”[83]这个阶段，伯尔和汉密尔顿在公开场合显得比以往和睦得多。
汉密尔顿原本怀疑伯尔是否真的会抛弃他的共和党伙伴，但后来事态的发展让他感到满意。他必定对前一年秋天伯尔调停自己和门罗的冲突心存感激。当年夏季一位军人来到纽约市，他问汉密尔顿，如果他去拜访伯尔，汉密尔顿是否会曲解他的行为。汉密尔顿笑着回答道，尽管党派不同政见不同，但他们一直相处得很好：“我想，他现在开始认识到他过去在政治问题上的错误了，而我是正确的。”[84]于是，汉密尔顿认真提出了他的看法，伯尔可能正在考虑转变党派，他希望谨慎地对此表示鼓励。
伯尔在他的军事迷梦里，把汉密尔顿作为榜样，在新军任职的想法对他颇有吸引力。这可以解释他与汉密尔顿之间在政治上短暂的友谊。“我有理由希望当局可以对他表现出诚实和尊重。”汉密尔顿在1798年6月下旬伯尔起身前往费城的时候写信给沃科特，显然有点袒护伯尔，“他将成为一名有用的合作伙伴，这并非不可能。我知道，事情也有很多不同的情况，但这次值得试验一下”。[85]大约在这个时候，关于职位任命的问题，汉密尔顿同伯尔有过一次畅谈。汉密尔顿知道伯尔与华盛顿之间的旧隙，他问伯尔是否能效忠将军，伯尔毫不犹豫地回答，他“鄙视华盛顿，因为他是一个没有任何才能的人，是一个连普通的英语句子都说不完整的人”。[86]
亚当斯曾就汉密尔顿和威廉·史密斯的任用问题与华盛顿发生争执。尽管华盛顿和伯尔之间的摩擦众所周知，但亚当斯仍固执地要求华盛顿提拔伯尔为准将。华盛顿拒绝了他，没有任何回旋的余地：“根据我所了解的情况，伯尔上校的确称得上是一位果敢、干练的军官，但问题是，他的阴谋诡计也同样闻名。”[87]
数年后，亚当斯仍然对华盛顿当时的答复感到气恼：“我该如何向你描述当时的感觉和反应呢？华盛顿迫使我提拔那位即使不是全世界，也是美国最不沉稳、最缺乏耐心、最矫揉造作，恬不知耻且毫无原则的阴谋家，做他军队的二号人物，让他凌驾于林肯、克林顿、盖茨、诺克斯，还有其他一些人，甚至平克尼之上。现在不过是将一个略有心计的人提升为准将，他却心存忌惮。”[88]在卸任之际，亚当斯想到，如果伯尔在1798年成为准将，或许能够牵制一下联邦党人，也就确保他在1800年能再次当选。从某种意义上讲，亚当斯的想法是正确的：华盛顿只提拔联邦党人担任军事高官，这是一个错误，而亚当斯曾希望能纳入两名共和党人准将——伯尔和弗雷德里克·米伦伯格。如果部队能更好地照顾到两个党派，多点复杂性，可能会更受欢迎。
亚历山大·汉密尔顿现在被尊称为汉密尔顿将军，这个称谓被载入纽约市地址簿。由于天生就喜欢制服，于是他就让一名来自不列颠群岛的画家P.T.韦弗（P. T. Weaver）给他画了一幅肖像。在这幅肖像画中，汉密尔顿的神情更加坚毅，目光也越发炯炯有神。他对这幅画像十分满意，很情绪化送给了圣·克罗伊岛的老朋友爱德华·史蒂文斯。
就任指挥官后，汉密尔顿把旺盛的精力投入到军队的组建工作中。时隔20个月，华盛顿身披戎装，骑着高头大马，在欢呼声中返回首都。在1798年11月和12月的五个星期中，汉密尔顿和华盛顿在费城召集会议。查尔斯·平克尼和国防部长麦克亨利也参加了这些会议。汉密尔顿为这支即将成立的部队做了事无巨细的周密规划，为团、营、连制定了各种各样的图表。在非常具有代表性的一段文字中，汉密尔顿是这样写的，“每个连分为两个排，每个排分为两个小队，每个小队分为两个班，每个班包括4个纵列，每列3人，或者6个纵列，每列2人”。[89]他给军官分配了职衔，设立了招兵站，补充军火库，并且起草多部规章。
那时，华盛顿授予他充分的权力。汉密尔顿对一名将军说，由于华盛顿“拒绝在目前这种情况下成为真正的指挥官，这就决定了部队的一切事项都在平克尼少将和我的监管之下”。[90]不但新部队，就连驻扎在西部前线的旧部队也归于汉密尔顿直接指挥，而平克尼则监管南方的部队。汉密尔顿从位于曼哈顿格林威治大街36号的一间小办公室中发号施令。他最初的工作没有酬劳，直到11月才开始领取薪水，一个月只有区区268.35美元，这是他干老本行做律师时收入的四分之一。当他被任命为监察长的时候，一半以上的客户由于担心他会分身乏术而弃他而去。汉密尔顿无法拒绝为政府服务，也不甘心经济受到损失。他向麦克亨利提出加薪的要求，他说：“为自己开口申请补偿总是一件难为情的事情，但是一个有一妻六子，财产甚微且年过不惑的男人，不得不打消这种顾虑。换作其他情形，他的体面不会允许他如此行事。”[91]
那年冬天由于健康问题经常卧病在床，汉密尔顿不得不在一名副官的帮助下规划部队，此人是年仅20岁的菲利普·丘奇（Philip Church），安杰莉卡的长子。菲利普·丘奇长相出众，汉密尔顿告诉艾丽萨说，菲利普的出现“让那些在寻找男友的女士喜不自禁”。[92]这个年轻的英裔美国人有着传奇般的经历。他在伊顿公学与年轻的贵族一起接受教育，作为实习生在伦敦中殿律师学院学习法律，现在又在美国部队中为一名少将做助手。在对亚当斯总统吹捧他那无能的女婿表示不屑一顾的同时，汉密尔顿在此也有任人唯亲之嫌。他对总统坦诚地说道，丘奇的任命是“我个人的喜好”，并补充说，“我希望能够恳求你的理解，阁下，我以后再也不会以类似的理由推荐任职人选了”。[93]尽管如此，他后来还是给詹姆斯·麦克亨利施过压，要求他任命斯凯勒的几名亲戚为中尉。
汉密尔顿一直注重礼仪，他现在开始考虑士兵着装的细枝末节，表现出对军务的无限热情。即使最苛刻的裁缝也难以比汉密尔顿做出更为精确的操作指示了：“立领蓝色外套，衣领加衬垫，浅黄色袖口，黄色纽扣，金色肩章，每个肩章缀三颗星并挂有金穗。衣领、袖口、口袋盖布锁边，各类扣眼也要锁边。”关于华盛顿的军帽，“是传统三角帽，镶一排黄色饰扣，黑色徽章中央有一只金鹰，还插着一支羽毛”。关于华盛顿的靴子，“是笔挺长筒靴，高至膝盖骨正中，由整块黑皮制成，上端露出红色摩洛哥山羊皮”。[94]汉密尔顿对其他制服的描述也是如此一丝不苟。
汉密尔顿的头脑里装着各种各样的想法。他为不同军衔的将官设计了临时营房，中校的营房长7米，宽4.2米；少校的营房长6.6米，宽4.2米。“经考虑，我认为临时营房应由宽而薄的木板铺顶，除非较厚的板材价格极其便宜。”[95]在独立战争期间从司徒本那里见识了训练手册的价值之后，不知疲倦的监察官也编写了一本这样的手册。例如，当指挥官喊道“向右看”时，士兵该做些什么？汉密尔顿的答案是：“就在口令最后一个字话音刚落的一刹那，士兵把他们的头转向右边，同时轻盈地——而非用力地——把他的左眼对齐马甲上的右边纽扣的位置，右眼顺着右边紧临的士兵的胸膛看过去。”[99]他聘用了德国出生的约翰·德·巴思·沃尔巴克（John De Barth Walbach）考察普鲁士、法国和不列颠军中使用的骑兵体系，从中挑选出最适合美国的一种。为了确保部队行进时步幅和步速完美，他分别用每分钟摆动75次、100次和120次的绳摆进行试验。
凭借广博的军事知识，汉密尔顿为整个军事系统制定出框架。在他眼里，新组建的军队将成为永久性军事力量的核心，美国不再需要依靠各州的民兵。为了培养高素质的军官队伍，他和华盛顿议定建立一所军事学院。与很多同胞的想法正好相反，汉密尔顿认为美国在军事方面需要向欧洲学习。他向杰伊哀叹道，“自给自足，蔑视科学和别人的经验是这个国家盛行的观点”。[97]（这一态度在一定程度上反映了他对杰斐逊和他的支持者感到沮丧，因为杰斐逊和其支持者相信，美国有太多的东西要教给这个世界，却几乎没有什么东西需要向这个世界学习。）他催促法国一家权威军事机构提供“组建军事院校的简要方案”，声称“这是我心中最重要的目标”。[98]汉密尔顿希望这所军事院校位于河道旁边，可经由水路便捷地通往火炮厂和小型兵工厂。数周后，他匆匆奔赴西点要塞视察。汉密尔顿周密计划希望建立5所学院，分别专攻军事科学、工程、骑兵、陆军和海军。他随即缜密地列出了教官的配置：包括两名制图教员、一名建筑师和一名骑术教员。对于课程的设置，他明确指示，工程学院应当教授“微分学、圆锥曲线、水利学、流体静力学和气体力学”。[99]在亚当斯离职之前，汉密尔顿和麦克亨利已经在众议院提出了“关于建立军校的法案”。有意思的是，在华盛顿执政期间，杰斐逊争辩说宪法没有赋予总统建立军校的权力，但后来，西点军校却是在杰斐逊任总统期间成立的。
汉密尔顿还制订计划，设立军医院和退伍军人管理机构，以照料负伤的战士及其家人：“公义和人性不允许我们抛弃那些贫困和不幸的人。作为军人，他们把一生最美好的时光奉献给国家，有些人甚至因为伤残而失去了赖以谋生的能力。”[100]
汉密尔顿有太多的想法，但实施起来却异常艰难，部分原因在于他的老朋友麦克亨利能力一般。从一开始，小奥利弗·沃科特就警告汉密尔顿，如果汉密尔顿希望成为监察长，那就应该使自己接替麦克亨利，担任国防部长的工作，因为麦克亨利“没有且无法掌握演讲和沟通的技巧”，他仅有的“判断力、勤奋和美德无济于事”。[101]华盛顿的意见大致相同，麦克亨利的“才能算不上出色”。[102]新军队深受官僚主义困扰，汉密尔顿最后给麦克亨利宣讲了如何掌管一个政府部门。他劝诫麦克亨利下放更多的权力，“我看到你将全部精力耗费于大量的琐碎事务”。作为麦克亨利的老朋友，汉密尔顿并不想对他弃之不顾，但麦克亨利的无能着实让人无法忍受。汉密尔顿悄悄对华盛顿说：“我的朋友麦克亨利完全不能胜任他的职位，更不幸的是，他本人压根没有意识到这个事实。”[103]
汉密尔顿经常给倒霉的麦克亨利下达指令，对方却并不在意汉密尔顿的颐指气使，这不禁让人怀疑他对汉密尔顿言听计从是因为缺乏自信。遗憾的是，麦克亨利并不是一位悟性很高的学生，汉密尔顿逐渐厌倦了对他的培养。不久，汉密尔顿开始在信中发牢骚。他开辟了一条秘密渠道，指导继任财政部长的沃科特去帮助麦克亨利管理战争部。这些关系让汉密尔顿更加深入地了解到亚当斯内阁的工作。但是，不能因此就简单地认为汉密尔顿试图控制总统内阁或离间总统与内阁的关系，这只是说明他确实需要一位人才执掌战争部。
当汉密尔顿在1799年招集部队的时候，官僚主义大行其道，不时有新兵开小差。汉密尔顿似乎重新体验到独立战争时期的痛苦，那时，疲软无能的国会对大陆军的请求充耳不闻，士兵领不到军饷，衣物短缺，汉密尔顿向麦克亨利抱怨，他担心士兵可能会因心存不满而发生哗变。但是，他遇到的障碍不仅仅是麦克亨利等人造成的政府无能，真正的问题是难以驾驭的政治。
共和党人长久以来都把汉密尔顿视为一个潜在的独裁者，但是只要他在为乔治·华盛顿工作，就不足为虑。作为华盛顿战时大家庭及其内阁的一员，汉密尔顿中规中矩，从不越雷池半步。现在，华盛顿退居为二线。随着汉密尔顿逐渐脱离华盛顿的监管，以及对亚当斯的公然挑衅，他的举止更符合共和党眼中的好战分子的身份，看阿比盖尔·亚当斯给他起的外号就能一窥当时共和党对汉密尔顿的忌惮：“小战神”和“拿破仑第二”。[104]汉密尔顿的这股战争热情最明显地体现在他希望解放欧洲列强在南北美洲的其余殖民地，可惜这是一个误入歧途的白日梦。一旦与法国公开决裂，他希望能与英国联手接管西班牙在密西西比河以东的殖民地，同时夺取西班牙在南美洲的领地。1798年，在与麦克亨利争论这个问题时，他说：“密西西比河东侧的所有领土都必须归我们，包括东西佛罗里达。”[105]
这种热衷领土扩张的行为和一位名叫弗朗西斯科·德·米兰达（Francisco de Miranda）的人有关。米兰达出生于委内瑞拉，在美国独立战争期间曾加入西班牙军队与英国作战。1784年，米兰达在纽约市逗留期间，努力说服一贯谨慎的汉密尔顿参与解放委内瑞拉的计划。米兰达生活奢侈，沉迷女色，发表演说时喜欢来回踱步。汉密尔顿给他提供了可能对他的计划感兴趣的美国军官的名单。在随后的年月里，四海为家的米兰达在英国住了一段时间，并试图强迫英国加入到振奋人心的南美解放战争中来。失败之后，他穿越海峡，成了法国军队中的一名中将。在那里，他彻底看清了法国大革命的真面目，告诉汉密尔顿法国已经被骗子和白痴以自由的名义接管。1798年初，离开法国之后，米兰达继续投身于他所谓的“正义运动”，试图联合美英把西班牙驱逐出拉丁美洲。
米兰达是亚当斯的女婿威廉·史密斯的好友，或许他希望在美国找到一位具有同情心的听众。在伦敦，他同美国公使鲁弗斯·金有过几次密谈，后者把谈话内容告诉了蒂莫西·皮克林。米兰达也写信把他的计划告诉了汉密尔顿，但汉密尔顿没有回信，只是在信头批注了一句非常潦草的话：“几年前，这个人在美国，对把南美洲从西班牙统治下解放出来的计划抱有极大的热忱……我认为他是一个投机取巧的冒险家。”[106]只是在成为监察长之后，汉密尔顿才给米兰达回信，提醒他除非这个计划“获得美国政府的支持”，否则将流于空谈。[107]尽管如此，汉密尔顿在其回信中还是表示支持这个计划，他预见到会有一支由英国舰队和美国军队组成的联合部队，他特别提到自己正在招募一支1.2万人的部队。汉密尔顿希望该计划在冬季落实，并告诉米兰达，届时他将“开心地在自己的办公室从事惬意的工作”。[108]在寄信的时候，汉密尔顿在回信时采取了奇怪的保密措施，他让6岁的儿子约翰·丘奇·汉密尔顿代他书写，这样这封信就不会显示出他的字迹。这个孩子还誊写了一封寄给伦敦的鲁弗斯·金的信函，表示支持米兰达的荒唐计划，并建议联军中的陆地部队全部由美国提供。“在这种情况下，指挥权会自然而然落到我的身上，我希望我的预想不会落空。”汉密尔顿写道。[109]