1793年8月，正当华盛顿在思量公民惹内何去何从的时候，费城陷入了一种远比法国公使更让人担忧的威胁之中。一些居住在码头附近的居民生病了，并且伴随着让人惊骇的症状：全身抽搐、肌肉疼痛、眼睛发红的患者从腹腔中呕吐出带血的黑乎乎的东西，他们的皮肤变成黄疸病人常见的肤色。黄热病——迄今为止这个年轻的国度遭受过的最严重的危机——的传播可以找到很多源头。那年这种疾病在西印度群岛肆虐横行，可能是圣多明各奴隶起义后大量的难民涌入了费城；异常炎热干燥的夏天也可能助长了这种疾病的传播；在市镇的许多地方，公共卫生条件糟糕透顶，许多居民把垃圾倾倒在恶臭熏天流通不畅的水沟里，喝着从被户外厕所污染了的水井里取出来的水。
截至8月底，每天大约有20人因为这种流行病停止了呼吸，据说总共有4000多人死于非命，这造成了政府和商业彻底歇业。棺材商在市政厅前面叫卖着他们的产品。人们并不知道这种疾病是通过蚊子传播的，只是以为跟患者接触就能致病。人们见面不再握手了，走路的时候坚持在路中间走以免碰上其他行人。一些人用醋浸泡过的手巾捂住鼻子，还有一些人嚼着大蒜，难闻的味道几米以外都能闻到。最稳妥的办法是逃离这个城市，有两万人就是这么做的，其中也包括一些政府雇员。到9月初的时候，汉密尔顿的财政部中有六人，海关部门中有七人感染了这种疾病，另外还有三个邮局的雇员也感染了。
这个城市最有名的医生就是意志坚定的本杰明·拉什——用约翰·亚当斯的话来说就是“一个乐观向上、一表人才的小伙子”——他在这次瘟疫中几乎彻夜不眠，勇敢地挨家挨户出诊，无论贫富一视同仁。[1]在满载着成堆的尸体的马车轮子压过鹅卵石道路时，车夫会高声喊道：“把你们家的死人抬出来吧！”在这种情形下，需要多大的毅力和勇气呢？[2]拉什在受瘟疫影响的房屋的外墙上贴上了警示标记。为了治疗黄热病，拉什采取了现在听上去比较野蛮的方法：给患者放血，然后清洗干净肠道，这看起来是一个触目惊心的过程。他在放掉400毫升血液以降低脉搏之前，用一种饮剂和灌肠剂混合起来的胶状物反复冲洗患者的肠道4到5次。为了取得好的效果，他还给病人轻微地催吐。这样的疗程一天要重复2到3次。拉什是一个极有胆量的人，然而，他是在拯救生命，还是在削弱病人的自然抵抗力从而加速其死亡，则有待商榷。
1793年9月5日，汉密尔顿也感染了黄热病。他和艾丽萨到他们的夏季住所去休养，这个地方就叫费尔希尔，离城市4公里远，归费城商人约瑟夫·P.诺里斯（Joseph P. Norris）所有。孩子则被安置在隔壁一幢房子里，为了安慰他们，艾丽萨会出现在窗前朝他们招招手。很快，艾丽萨也病倒了，于是孩子们就被送到了奥尔巴尼的斯凯勒夫妇家中。或许在故事书中才会出现的场面在现实中上演了，汉密尔顿孩童时期的朋友，圣·克罗伊岛的爱德华·史蒂文斯出现在费城，他赶来照顾汉密尔顿夫妇。身为一名收入可观并且医术高超的外科医生，史蒂文斯在圣·克罗伊岛行医已有10年有余，直到他的妻子年前去世。后来他又娶了一名富有的寡妇，名为赫斯特·艾默里（Hester Amory），移居到了费城。
史蒂文斯在岛上治愈过一些黄热病患者，他不同意美国放血和洗肠的治疗方法，认为这种方法只能让患者更加衰弱。他主张采用兴奋剂和补药来治疗。[3]为了增强患者体魄，史蒂文斯开出了猛药：富含奎宁的金鸡纳树皮和陈年马德拉白葡萄酒。他让人们浸泡在冷水中，然后给他们一杯添加了烤肉桂粉的白兰地。他允许患者在夜间少量服用鸦片（鸦片酒）以保持镇定。为了止住呕吐，患者大口喝下由黄春**、薄荷油和薰衣草精华制成的气味浓烈的混合物。
当华盛顿夫妇得知汉密尔顿的病情时，马上来信表示慰问，同时还送来了六瓶上好的葡萄酒。总统在给汉密尔顿的信中写道：“得知你刚刚感染了这种流行的黄热病，我在此表示万分牵挂。”[4]而托马斯·杰斐逊在得知汉密尔顿患病后的反应却截然不同。他心怀鬼胎地给麦迪逊写了一封信，指责汉密尔顿懦弱、多疑和虚伪：“他的家人认为他处在危险之中，这都是他自己过分担忧造成的。几天前他就一直痛苦不堪，深信自己也将会感染上此病。一个像他一样胆小如鼠的人无论是在船上、在马背上，还是在病中都是会胆怯的，如果说他真有勇气（在军事方面他就是靠它赢得声名的），那倒真是一个特别的现象了。而那些没见到他的朋友怀疑他只是患上秋季常发的普通热病而已。”[5]杰斐逊颠倒是非，对这位病人造成无情的伤害。汉密尔顿不但真的感染了黄热病，而且他在独立战争期间的确展现出了超乎寻常的勇气，而反观杰斐逊，作为弗吉尼亚一州之长，却在向英国部队进军之前抱头鼠窜，逃进森林里去了。
爱德华·史蒂文斯对汉密尔顿夫妇的治疗效果非常好，5天之内便让他们痊愈了。相信了一个可能是汉密尔顿亲兄弟的人，汉密尔顿夫妇奇迹般地被挽救过来了，然而还有无数的人死掉了。自从国王学院以来，汉密尔顿一直对医药感兴趣；他让他的孩子接种疫苗预防天花。他不满足于做一个消极的病人。史蒂文斯一把他治好，汉密尔顿就希望推广他的治疗方法。艾丽萨对这种治疗方法反应也很好，于是汉密尔顿写了一封公开信给内科医师学会，希望消除“导致城市的人口减少了很多，无论是公共的还是私人的业务都几近停滞的恐慌情绪”。[6]汉密尔顿赞扬了史蒂文斯，他说他的朋友将会很乐意把他的治疗方法告诉医学院。
汉密尔顿的公开信产生了轰动效应。即使在病中，他也还是被一些争议包围着，因为他隐晦地批驳了本杰明·拉什。拉什也尝试着使用了几天史蒂文斯的方法，将一桶桶的冷水浇到患者身上，并向他们喂食金鸡纳树皮，但并未收到史蒂文斯那样的结果，于是他又回到放血和洗肠的老路上。不幸的是，这场医学观点之间的合理碰撞被涂上了政治色彩。拉什是一个废奴主义者，一个热情如火、心直口快的改革者。他后来还针对精神疾病发表过一篇石破天惊的论文。他更是一名坚定的杰斐逊派的信徒。所以，当汉密尔顿称赞史蒂文斯的黄热病治疗方法优于“标准”方法时，拉什或许心中感到了一丝不快。
于是，在拉什的“共和党”方法和史蒂文斯的“联邦党”方法之间爆发了一场本不该有的医学上的争执。拉什不惜用政治话语来描述这场争执：“汉密尔顿上校的治疗方法在我们这个城市是不受欢迎的，正如他在弗吉尼亚和北卡罗来纳州的财政制度一样。”[7]他还认为，汉密尔顿的公开信暴露了汉密尔顿对他的政治偏见：“我认为，如果一个人不是一个坚定的民主主义者或者麦迪逊和杰斐逊的朋友，那他在使用我的治疗方法时，可能遇到来自汉密尔顿上校的阻挠会比较少。”[8]拉什跟杰斐逊一样，拒绝相信汉密尔顿感染了黄热病，说那只不过是言过其实的感冒而已。“汉密尔顿上校的信让我们这个城市损失了几百名居民。”他告诉伊莱亚斯·布迪诺特，并断言汉密尔顿“除了因受寒而非传染所致的普通发热外并无其他问题”。[9]尽管本杰明·拉什指责汉密尔顿应为黄热病致死的事故负责，但公众却最终指责了拉什。在1797年黄热病再度流行，放血量加大之后，拉什医死了太多的病人。为了拯救拉什的前程，亚当斯总统派他去美国铸币厂出任司库。
亚历山大和艾丽萨非常期待在奥尔巴尼与孩子团聚。为了确保他们已经彻底痊愈，他们在9月15日离开费城之前乘着马车外出放松了两三天。他们把可能已经被感染的衣物全都置之一旁，只带了一些崭新的衣服。这是一个长长的令人疲倦的旅程。在第一段旅程中，他们停在一个挤满了费城逃出来的难民的小酒馆前面，难民拒绝汉密尔顿夫妇入内，直到酒馆的主人一再坚持让他们进去，他们才得以入住。过了一个市镇又一个市镇，他们不得不与那些欲将潜在的受感染的费城人拒之门外的障碍做斗争。纽约甚至在城门口贴出告示，阻止来自“疫区（首都）”的人进入。
最不愿意见到的情况在奥尔巴尼发生了。9月21日，奥尔巴尼的市议会通过了一项决议，禁止摆渡人将来自黄热病疫区的人摆渡过哈得孙河。菲利普·斯凯勒不得不为汉密尔顿能够顺利抵达而与奥尔巴尼的市长小亚伯拉罕·耶茨磋商。9月23日，汉密尔顿夫妇被困在一个与奥尔巴尼隔着哈得孙河相望的村庄里。一个医生代表团过河为他们体检，最后宣布他们健康状况良好。把他们的随从和行李丢在东岸，汉密尔顿夫妇过了河，被安置在斯凯勒家中。关于他们的到来，一时流言蜂起。有一种说法是，拥抱了艾丽萨后，菲利普·斯凯勒赶紧用醋消毒剂漱了漱口，然后洗了洗脸，就好像她仍然能传染别人一样。耶茨告诉斯凯勒，他担心汉密尔顿的马车、行李、仆役以及衣物都可能传播黄热病。他甚至想在斯凯勒家驻扎卫兵以防止汉密尔顿夫妇和当地人接触。反对者看到汉密尔顿像瘟神一样遭到排斥，必然乐不可支。
感觉受到侮辱的斯凯勒告诉耶茨市长，汉密尔顿并没有把衣物和仆役带到河西岸来，并且已经采取了一切合理的防范措施。斯凯勒许诺他的家人不会进入这个城市，要求卫兵把食物送到他们家中：“因为我完全相信，让我和我的家人饿死不是我的市民同胞的意图。”[10]更有意思的是，他暗示卫兵把食物放在房间和正门之间。直到9月26日汉密尔顿才得知，为了接纳他们夫妻俩，他的岳父甘心忍受如此苛刻的条件。旋即他便愤慨地写信给耶茨，强调他和艾丽萨一直恪守着严格的安全防范措施，不让他们到城里去是“绝对不能接受的”。他说他要开始处理一些事情，“只有武力才能阻止他”。[11]
在随后的日子里，他和艾丽萨在新鲜空气和锻炼的帮助下恢复了以往的体力和精力。他从华盛顿的秘书那里得知，在新英格兰关于汉密尔顿死亡的报道引起了“深深的哀悼和无限的悲痛”，当报道得到更正后，便是一番“欢欣鼓舞、愉悦的”景象了。[12]当奥尔巴尼市议会通过了一项决议，敞开城市大门接纳任何离开费城至少已经14天并且身体健康的人之时，关于汉密尔顿的争议就消失了。由于离最后出现在费城已经超过两个星期了，因而汉密尔顿夫妇可以随意走动了。
无论是身在芒特弗农的华盛顿还是身在奥尔巴尼的汉密尔顿，都热切地希望重新开始已经停滞的政府工作。汉密尔顿不在职期间主持财政部工作的小奥利弗·沃科特回到了斯凯基尔河边的豪宅中，只留了两三个助手在硫黄熏蒸过的市区办公室继续工作。华盛顿筹划在费城附近的德国城或者其他没有黄热病的地方举行内阁会议，可是却又碰到一个宪法问题：他有权临时改变政府的驻地吗？华盛顿于是求助于他的智囊，他告诉汉密尔顿：“因为没有人能给出更全面的看法，我只好认为这个问题上较少偏颇之见……请你详细列出几条理由。”[13]汉密尔顿非常善于解决此类法律难题。他告诉华盛顿，宪法允许国会为了特殊目的在别处集会，“疫区不能充当开会的地点”。[14]他非常巧妙地解决了华盛顿的问题，说总统能够发布“命令”在其他地方开会，并且汉密尔顿也认为德国城是一个理想的选择。
几位为了安全起见已经逃到纽约去的财政部职员对沃科特让他们回去工作的要求置之不理。10月中旬，汉密尔顿开始从奥尔巴尼往回走，顺路还找到了几名这样的职员。10月26日，他和艾丽萨来到了罗伯特·莫里斯位于斯凯基尔的庄园希尔山庄。他们在那里住了几个星期，以躲避费城局部依然存在的黄热病。在11月的前三个星期里，内阁会议在德国城召开，直到严寒的天气使得危险解除之后才回到了市中心的办公室。
在汉密尔顿夫妇感染了黄热病后的一段时间内，其后遗症依然非常明显地缠绕着他们。“汉密尔顿上校身体不适，被送往纽约找史蒂文斯医生治疗去了，”本杰明·拉什在11月3日幸灾乐祸地说，“他仍然采用金鸡纳树皮和冷水浴，谎称我采用的疗法在西印度群岛已经被废弃了。”[15]那个11月中有几天，一贯勤勉的汉密尔顿没有参加内阁会议，并且感到脑子有点乱——这完全不是他的风格。在12月11日，他给杰斐逊写了一封与以往迥然不同的短信：“汉密尔顿先生向杰斐逊先生问候。有点事情他记不太清楚了，因此特地写信前来询问。似乎之前在给予某人奖励一事上取得过共识，但当时他的健康状况让他彻底忘记了这事。如果杰斐逊先生还记得并告诉他的话，汉密尔顿先生将会万分感谢。”[16]在12月末，汉密尔顿告诉安杰莉卡·丘奇，他几乎已经彻底摆脱了那可恶的让他倒下的疾病：“这个病留下的最后痕迹是我精神上有点乱，但由于合理的衣食起居安排、一定程度的锻炼以及彻底克服它的决心，使得这点痕迹也快消失了。”[17]
在这场黄热病流行过程中身亡的人还有小约翰·托德。他的遗孀多利·佩恩·托德（Dolley Payne Todd）在第二年嫁给了托马斯·麦迪逊。另一个受害者是《国家公报》。这场流行病让这家报纸消耗了大量金钱，跟弗雷诺鼓吹公民惹内时的情况一样。在10月11日，弗雷诺卸任国务院翻译一职，两个星期之后宣布报纸停刊。紧接着在11月，汉密尔顿和鲁弗斯·金发起了一场募捐活动，支持他的竞争对手约翰·芬诺及其境况不佳的联邦党报纸《美利坚合众国公报》。身为财政部长的汉密尔顿利用职务之便，向合众国第一银行行长托马斯·维林（Thomas Willing）寻求帮助，后者对汉密尔顿几乎有求必应。汉密尔顿这样做似乎有失检点，因为他经常指责杰斐逊滥用职权扶持弗雷诺。
或许《国家公报》在汉密尔顿那年最称心如意的事件——1793年12月31日，托马斯·杰斐逊辞去国务卿一职——之前停刊是一个巧合。由于汉密尔顿得到总统的庇护，这个弗吉尼亚人无法将他逐出内阁。杰斐逊向女儿倾诉说，很长时间以来，他感到在内阁中受到了排挤，并以不愉快的心情工作，这是此前他从未经历过的。[18]对安杰莉卡·丘奇，杰斐逊抱怨费城“了无生气的商业景象”，还说“没有人比我更讨厌这些景象了”。[19]他渴望回到他热爱的蒙提塞尔，他要“从可恶的政治工作中解脱出来，沉浸在我的家人、我的农庄和我的书籍中”。[20]杰斐逊宣称，现在的他是政治的“局外人”，只会就一个话题做出评价：国会中“无耻的腐败现象”和“议员们对财政部的盲从”。[21]
杰斐逊营造了一个沉思哲学家的形象，渴望山居退隐，但是，他是否暗藏野心这个问题引起人们激烈的讨论。共和党人认为，杰斐逊的归隐体现出他的清高和谦逊。这种观点令约翰·亚当斯感到厌烦：“杰斐逊认为通过这一步可以让他赢得好名声：谦卑、温和、亲切，没有一点野心和虚荣心……如果能站在将来看这个问题，这个世界将会发现他有着奥利弗·克伦威尔一般的勃勃野心，连他自己都有这样的感觉。”[22]亚当斯认为杰斐逊辞职是一种精明的战略，是为日后竞选总统做铺垫。在杰斐逊从费城离开之后，约翰·亚当斯写信给阿比盖尔说：“杰斐逊昨天离开，谢天谢地。”[23]
汉密尔顿也一样知道杰斐逊隐而不发的野心。在1792年春，他就写道：“显而易见，杰斐逊先生无时无刻不在觊觎着总统的位子。”[24]当汉密尔顿的儿子约翰写他父亲的传记时，他在文章中披露了一则小故事。这则轶事的真假不能确定，但它和汉密尔顿说的其他事情倒是相一致的。这个故事说，在杰斐逊宣布辞职的计划之后不久，有一次华盛顿和汉密尔顿单独在一起，恰好杰斐逊从窗前走过。对于杰斐逊想从公共生活中隐退以及埋头于文学和山林之间，华盛顿感到十分遗憾。汉密尔顿带着怀疑的假笑盯着华盛顿问：“阁下，你认为这就是他唯一的动机吗？”华盛顿看着汉密尔顿欲言又止的样子，便敦促他有话直说。汉密尔顿说，他很久之前就怀疑杰斐逊的人格了，但是作为同事他必须克制。现在他觉得可以不再受到这些顾虑的约束了。汉密尔顿提出了他的预测，其总结如下：
从一开始，杰斐逊就是污蔑和谩骂行政机关和总统的幕后主使。他是政界最有野心也最有城府的人。退休不是他的动机，他从美法纠纷事件中发现自己处在一个必须对与其政党目标相冲突的公共政策承担责任的位置上，并因此而退休。他的真实意图是等待时机，东山再起。如果将来的事件没有证明汉密尔顿关于杰斐逊人格的这一判断的话，他（汉密尔顿）就不配说自己了解人性。
约翰·C.汉密尔顿继续写道，在18世纪90年代末，华盛顿告诉汉密尔顿，“自从我退出政府工作之后，我没有一天不想起那次谈话。如今发生的每件事都证明你对他的人品评价是正确的，你预见了所有将要发生的事情”。[25]的确，在华盛顿最后的三年半的时间里，杰斐逊并没有和将军有信件往来，这或多或少也增加了这个故事的真实性。
对汉密尔顿而言，战胜杰斐逊是一场喜忧参半的胜利，他甚至几乎没有时间去品尝其中滋味。他受到政敌的围攻，为自己的健康担忧，感觉公众似乎也不欢迎他。在给安杰莉卡·丘奇的一封信中，年近39岁的汉密尔顿再次表达了厌世的思想：“尘世间所有事情的安排是多么奇怪。我在我不想在的地方。我知道我能够更快乐一些，但是环境束缚了我。”[26]在另外一封信中，他说：“相信我，我真的厌倦了我的处境，就等着有机会体面而又不对公共事务造成不良影响地摆脱它。”[27]
共和党人在1793年12月份召开的国会中占据了大多数席位，将对汉密尔顿担任财政部长期间的所作所为做出最后裁决。汉密尔顿已经告诉了华盛顿，在澄清他的声名之前，他会一直工作下去。在1793年12月中旬，汉密尔顿罕见地要求众议院发言人米伦伯格重启贾尔斯对财政部的调查。尽管被第一次调查宣布为无罪，但毕竟时间有限，匆忙中得出了结论，汉密尔顿希望能够彻底解决，不留一丁点儿的疑惑。无论对安杰莉卡·丘奇私底下发泄什么样的牢骚，他表面上依然斗志昂扬，他跟米伦伯格谈起调查时说：“越广泛细致，对我越合适。”[28]
共和党人乐意帮这个忙。在认真着手调查之前，来自宾夕法尼亚的参议员艾伯特·加勒廷已经提交了若干份议案，要求全面调查财政部的运作。他要求汉密尔顿提供大量的文件，从国内外的负债表到具体而微的收入清单。后来外国出生的艾伯特·加勒廷因被控未能满足参议员必须有9年公民资格而失去了在参议院的席位，这次咄咄逼人的调查才告一段落。与此同时，汉密尔顿对贾尔斯的拖延战术感到恼火，曾一度威胁要辞职，但贾尔斯直到2月底才重启财政部调查案。
这一时期，汉密尔顿可以说身陷重围，几乎所有的方面都在困扰着他。他依然收到应接不暇的有疑问的诉状，经常受到欺诈或者丢失文件的困扰，还有人要求他为在独立战争期间所提供的服务赔偿。他对参议院指责他存在过失的指控非常不理解，于是在2月22日，他在一封极度痛苦的信中向副总统亚当斯抱怨。汉密尔顿约略提到了无穷无尽的诉讼请求，黄热病的干扰，还有国会对其行为无休止的调查。作为一个勤勉的人民公仆，他认为自己应该免于对其处理诉状的琐屑的审查：“我只想说，只有尽最大努力将自己全身心投入到公共服务中才是让我宽心的镇静剂，即使有损我的健康也在所不惜。任何相反的看法都改变不了这一点。”[29]九天之后，汉密尔顿针对至少30份请求战争赔偿的诉状向国会提交了他的决定。
在2月24日，众议院召集了一个委员会全权调查财政部。受到新一届国会构成的影响，该委员会大部分人都是共和党人。这些人制定了一份拖沓烦琐的日程安排，简直要榨干汉密尔顿的最后一点精力。他们计划在任务结束之前，每周二、周四晚上和周六上午都要开会。在长达3个月的时间里，他们坚持按照这个苛刻的时间表办事，汉密尔顿在一半以上的列席会议上作证。除了要提供大量官方的信息，汉密尔顿还被迫提供他在第一合众国银行和纽约银行的私人账户信息，因为共和党人试图证明汉密尔顿利用职权勒索这两家银行。
该委员会在发现很难找到汉密尔顿的失职证据时，便回到了贾尔斯提出的那个指控上：在美国和欧洲之间转移政府基金的过程中，汉密尔顿行使了过多的自由裁量权。当该委员会问汉密尔顿将外国的钱转移到第一合众国银行中是否有授权时，他说既有总统的“口头授权”，还有总统一封信中的书面授权。这个委员会怀疑汉密尔顿在虚张声势，要求他提供证据，于是汉密尔顿就给华盛顿写了一封信，请求华盛顿支持他的说法。华盛顿给汉密尔顿回了一封说话拐弯抹角的信：“根据我对这件事整个过程的回忆，我并不怀疑事实正如你所陈述的那样。”[30]这封信如此不肯定以致削弱了汉密尔顿的说服力。他的政敌开怀大笑。“总统的信无形之中让汉密尔顿颜面尽失，”麦迪逊在给杰斐逊的信中说，“准确地体现出你一直以来描绘的他的处境。”[31]
颇为沮丧的汉密尔顿小心翼翼地提醒华盛顿，这封信可能让人觉得是不冷不热的嘲讽挖苦。汉密尔顿担心“虚伪狡诈之徒”会用它来“增加对我的质疑和不信任”。[32]事实上，华盛顿当初对汉密尔顿违规转移资金的要求有所保留。或许是认为杰斐逊党人的政见有一定的价值，或许是想顺从民意，华盛顿微妙地与汉密尔顿保持着距离。他再次证明自己并没有盲从汉密尔顿的政策。与此同时，他也不愿拒绝财政部长的要求，并且希望帮助国会。最终，委员会并没有发现汉密尔顿为个人目的挪用欧洲贷款。
在5月底发布的最终报告中，共和党人主导的这个委员会无法给出此前他们所渴望的结果。相反，他们承认对汉密尔顿提起的所有指控都是完全没有根据的，正如财政部长一直坚持的那样。那么杰斐逊分子无休止含沙射影地指责汉密尔顿利用公职牟取私利又如何解释呢？报告最后结论说，似乎“财政部长没有通过任何直接或间接的手段，以任何公共款项为基础，从上述两家银行（纽约银行和合众国第一银行）为本人或者其他人士获取现金和信贷。所涉公共款项无论何时都在他的指示下妥当存放”。[33]这份报告如此彻底地洗刷了他的声名，所以汉密尔顿就收回了他为时甚久的辞职声明，他在内阁的地位也比以前更加牢固了。不过，如此耗时耗力的调查结束之后，他的政敌依然对一些陈词滥调喋喋不休，这多多少少让他感到沮丧。汉密尔顿也从中汲取了关于政治宣传的教训，意志消沉的他自嘲：“无论你多么正直，没有人能够经受住众口铄金的攻击，无论它们是多么荒谬。”如果某种指控足够频繁，到最后人们就会以为：“那个经常受到指控的人不可能是清白无辜的。”[34]
我们再次从汉密尔顿给安杰莉卡·丘奇的推心置腹的信件中找到了发现汉密尔顿情绪的最好线索。在一封信中，汉密尔顿对公共职务的性质向丘奇表达了古怪悲观的看法。这封先前被忽视的信包含在汉密尔顿的儿子詹姆斯的文集中，他把信裁开了，去掉了其他部分，这也留下了一个谜团：是否这封信里包含着一些能证明盛传已久的汉密尔顿与其妻姐之间的暧昧关系的内容呢？汉密尔顿在信中写道：
的确，做一个政治家是一件痛苦的差事。当这个职务迫使一个人牺牲自己的快乐时，要取悦其他人对他来讲也是不可能的事，让人十分痛苦……我是在拿经验说话。你可能会问，既然如此，为什么我还不辞去这个职务呢？可是，我怎么能够辞去呢？我的声名和荣誉将会是什么样子呢？没有了我，这个国家将是怎样的啊？有时我非常严肃地告诉自己，我不能，也不应该这样想，但你知道，让他人认可我们的价值绝非易事。除此之外，如果离开这个职位，你就感受不到叫妹夫为“财政大臣”的乐趣。[35]