孔融天生刚直耿介、一身傲骨，从来不向当权者屈服。早年刚刚踏入仕途，他就初露锋芒、纠举贪官，一条条地陈述这些人的罪状，大快人心。

后来董卓操纵朝廷废立皇帝时，他又经常忤逆董卓的旨意，结果遭到董卓的报复，从虎贲中郎将左迁(24)为议郎。后来在许昌，孔融又常常议论或写文章攻击、嘲讽曹操的一些措施。太尉杨彪因与袁术有姻亲，曹操因为厌恶袁术而迁怒于杨彪，打算杀掉杨彪。孔融知道后，顾不得穿朝服就急忙去见曹操，劝说曹操不要滥杀无辜，以免失去天下人心。因为孔融的据理争辩，杨彪才得免一死。

公元204年，曹操攻下邺城，其子曹丕纳袁绍儿媳甄氏为妻，孔融知道后写信给曹操说：“武王伐纣的时候，就把妲己赐给了周公。”曹操不明白这是对他们父子的讥刺，还问此事出自什么典故。孔融回答道：“看看今天曹丕的行为，和当年武王送妲己给周公的情形是一样的。”

战时连年用兵，又加上灾荒，军粮十分短缺，曹操为此下令禁酒，孔融又一连作书加以反对。

对于孔融一再与自己作梗，曹操是早怀嫉恨的，只因当时北方形势还不稳定，而孔融的名声又太大，不便对他怎样。到了公元208年，北方局面已定，曹操掌握了朝廷的实权。在着手实施他的统一大业前夕，为了排除内部干扰，便对孔融下手了，一代大儒的人生也就画上了句号。

而孔融本人还一无所知。