因为孔融几乎处处与曹操作对，不仅和狂妄自大、曾经辱骂曹操的祢衡交往过厚，孔融还在许昌家中和四方宾客非议曹操，曹操实在是忍无可忍了。

公元208年，此时大权在握的曹操丝毫不用顾忌杀孔融带来的坏名声了。为了彻底打掉孔融的赫赫声名，曹操开始周密、严谨地部署和策划。

首先，他任命郗虑出任御史大夫。御史大夫是管监察弹劾工作的，而郗虑素来与孔融不和，自然会十分卖命地搜罗孔融的罪行。郗虑果然不负使命，很快网罗了一堆孔融的反动言行。

其次，为了使杀孔融更具合理性，曹操高明地从忠孝两个道德最高层面下手打击孔融。孔融曾经扬言“有天下者，何必卯金刀”。“卯金刀”就是繁体的“刘”字，这就是谋反的论调。而且，从前孔融在北海的时候，看到王室不安宁，召集徒众图谋不轨，后来和孙权的使臣谈话时，又毁谤朝廷。

此外，还有一个是不尊重先哲。孔融曾和祢衡互相吹嘘，祢衡赞孔融，说孔融是“仲尼不死”；孔融则回赞祢衡，说祢衡是“颜回复生”。二人都狂妄自大，而且孔融还不尊礼仪，嗜酒狂放。

孔融的另一个“把柄”就是不遵守孝道。某年闹饥荒的时候，孔融对别人说：“如果父亲不好，宁肯把东西让给别人吃，让父亲饿死。”对于母亲，孔融认为母亲和儿子没有什么爱，就像一件东西暂时寄放在瓦罐里，倒出来后双方就毫无关系了。在忠孝至上的古代社会，孝是评价一个人最基本的道德标准。而且，汉朝主张以孝道治理天下。孔融这样大逆不道的反动言行，自然成了反面典型。曹操就是要借忠孝的罪名打击孔融，让人们觉得孔融罪有应得，罪不可赦。

曹操这样给孔融定罪，就再也没有人敢为孔融求情了，等待孔融的只有死路一条。名满天下的孔融最终被处以死刑，而且是在街市上当众行刑，连同他的妻儿也一起被诛杀了，一代名士就以这样悲剧的方式走完了自己的一生。

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覆巢之下安有完卵

孔融被处死时，他的女儿只有七岁，儿子九岁，因为年纪小没有被处死，而是被寄养在别人家里。听说父亲孔融要被处死，两个孩子神色不变，仆人问：“你们的父亲出了事，为什么你们一点反应都没有？”两个孩子说：“哪里有巢穴被毁坏，而卵却不破的道理？”主人拿肉汁给兄妹两人喝，男孩感到口渴就喝了。孔融的女儿却说：“今天这样的祸事，难道哥哥还觉得能够活下去，还需要知道肉味吗？”哥哥听完就号啕痛哭，喝不下去了。有人把这件事告诉了曹操，曹操决定杀掉这两兄妹。没想到孔融的女儿对哥哥说：“如果父亲母亲泉下有知，我们死后能够见到他们，难道不是我们最大的心愿吗？”说完便自刎而死，周围的人都流下了悲伤的眼泪。