尽管崇祯帝即位伊始，就面临着皇太极的严重挑战，而且最终也是由清朝替代明朝，入主中原，但把崇祯帝逼上煤山的，却是明朝自己的臣民，即从黄土高坡上杀下来的李自成及其同伙。

崇祯帝登基后，一直把注意力集中在辽东，全力对付皇太极及其后金，对帝国内部存在的严重危机没有给予足够的重视。他总认为只要解决了辽东的问题，其他的问题就会迎刃而解，至少不会像辽东问题那样棘手。

其实，崇祯帝是弄错了。

经过长期的折腾，帝国犹如一座即将倾圮的大厦，充满危机。朝廷的财政经济风雨飘摇，入不敷出。各种名目的加征加派，使百姓负担不断加重；天灾人祸的接踵而至，更是雪上加霜。官僚集团的普遍腐败、无能，也进一步激化了矛盾。在这种情形之下，社会虽尚能勉强维持，但已处崩溃之边缘，犹如一个火药桶，随时都有爆炸的可能。

矛盾最激化、危机最严重的是陕西、山西等边远省份。这些地区，自然条件本来就很差，即使是风调雨顺，也只能是勉强维持温饱，更不用说是连年灾荒了。崇祯即位前后，那里正逢大旱，百姓无以为生，纷纷为盗为寇。而此地的民风，一向也是骁勇好斗，加上边兵边寇的推波助澜，很快就演变成了一场人口众多、范围广泛的大起义，局势一发而不可收拾。

陕西的动乱，早在天启末年就有明显的迹象。新即位的崇祯帝，由于忙于应付辽东战事，无暇顾及。而陕西的地方官，也拿不出有力的手段来应对，甚至隐瞒实情，给人以陕西太平无事的错觉。

崇祯元年（1628）年底，陕西境内动乱已成燎原之势。朝廷惊呼陕西“流贼大起”。

崇祯二年（1629），朝廷对陕西地方大员进行改组，命杨鹤总督三边军务，捕流贼。

杨鹤主张用“抚”的手段来解决流贼问题，但也有人主张用“剿”即用武力压服来解决问题。至崇祯四年（1631），崇祯帝原则上仍同意以“抚”为主、以“剿”辅之的办法解决陕西、山西的问题。他说“寇亦我赤子”，并派御史吴甡带帑金十万赴陕西赈济。督师杨鹤也一度成功地招降义军首领神一？魁。

但杨鹤的招抚政策并没解决根本问题，陕西等地的局势更加严峻。崇祯帝下令逮捕杨鹤。崇祯五年（1632），杨鹤被谪戍袁州卫。此后，崇祯帝调整策略，改“抚”为“剿”，任命主剿派、原延绥巡抚洪承畴升任陕西三边总督，四面围堵，暂时平息了陕西的义军。

崇祯六年（1633）春，鉴于山西局势的恶化，崇祯帝任命原临洮总兵曹文诏节制山西、陕西诸路兵马，讨伐山西境内的“流贼”，限三月完成。

经过一番激战以后，农民军于此年年底成功地渡过黄河，突破曹文诏等人的包围圈，进入了以郧阳（今湖北郧县）为中心的陕西、河南、四川、湖广等几省交界之地。崇祯帝所谓“三月平贼”的计划彻底破产。

仗越打越大。崇祯帝于崇祯七年（1634）初任命原延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川诸省军务，赋以全权，围剿从陕晋逸出之敌。

但这位被崇祯帝寄予厚望的陈奇瑜，在围剿即将大功告成之际，竟上了农民军的当，让农民军轻易逸出包围圈，形势陡然紧张。崇祯帝大怒之下，下令撤职查办，并于此年的十二月任命洪承畴为兵部尚书，出任五省总督，同时，从全国各地调拨精兵，试图于半年之内把李自成等人消灭在河南。

面对朝廷的凶猛围剿之势，崇祯八年（1635）正月，农民军“十三家七十二营”将领在河南汇集，其中高迎祥、张献忠率领的一支，直奔明朝中都凤阳杀去，并很快占领了凤阳，放火烧掉了明太祖朱元璋父母的皇陵和龙兴寺，并打出了“古元真龙皇帝”的旗号，彻底与朝廷撕破了脸皮。

凤阳之变，朝野大震。从此以后，没有人再敢轻视这支土头土脑的农民军了。凤阳之变，同时也标志着帝国的内乱已发展到了前所未有的程度。辽东的外患，与中原的内乱，在崇祯帝心目中，已摆到了同等重要的位置了。

凤阳之变后，农民军内部分裂。李自成随高迎祥杀向河南，回陕西。张献忠则下庐州、安庆，经湖广杀回陕西。农民军不仅成功地粉碎了官军的围堵，而且还发展了力量，斩杀了曹文诏等朝廷的著名将领。

为了镇压农民军，朝廷先后任命朱大典为漕运总督，巡抚凤阳；卢象升为兵部右侍郎兼右佥都御史，总理直隶、河南、山东、四川、湖广五省军务等，调集各路精兵，与洪承畴等一起进行围堵。自崇祯八年（1635）底至崇祯九年（1636）初，洪承畴、卢象升等率官兵与农民军在陕西、中原展开大战，并于崇祯九年（1636）七月中旬成功地斩杀了农民军的首领之一高迎祥。

高迎祥战死后，农民军一度处于低潮。但时隔不久，农民军在张献忠、李自成的领导下再次掀起反叛浪潮，农民起义进入了一个新的阶段。

可怜的崇祯帝，至此已是精疲力竭了。关外，皇太极于此年四月在沈阳登基建国，虎视眈眈，已令崇祯帝焦头烂额。而在这紧急关头，后院又偏偏起火，从陕晋开始的农民起义，竟越演越烈，势成燎原。这无疑是给崇祯帝及其朝廷在背上插了一刀。

外患内乱，令一直自视为中兴之主的崇祯帝，终于低下了孤傲的头颅，于崇祯八年（1635）十月下达了“罪己诏”，跨出了令人难堪的第一步。