孔有德、耿仲明率部泛海退往辽东时，驻扎在旅顺一线的明总兵官黄龙率兵邀击。黄龙的水军很能打仗，在海上把这支叛军打得七零八落。李九成的儿子李应元被斩杀，毛承禄、陈光福被俘。耿仲明的弟弟、黄龙的部将耿仲格，试图密谋叛乱，接应其兄，幸亏被黄龙及时发觉而斩杀。

吃了大亏的孔有德、耿仲明，仍凭着勇气和经验，带出了包括一些军人家属在内的万余名部下，突上了辽东的陆地。他们怀着对明朝，尤其是乘危邀击他们的总兵黄龙的刻骨仇恨，直奔后金而去。

皇太极早就命人率军在指定地点迎接他们。后金兵帮助他们击退了明朝的追兵，赐以黄金和酒食，并许诺说，只要归顺后金，就可在辽阳附近居住。走投无路的孔有德、耿仲明等人，正求之不得，自然是一口答应，随即率军向沈阳迸发。

对这批大明朝的叛兵乱卒，皇太极给予了相当高的礼遇。皇太极亲自出沈阳迎接他们，并免跪拜之礼，改用女真人的抱见礼。而孔有德等坚决不肯，坚持要行跪拜之礼。最后，双方妥协，先行抱见礼，再由孔有德等行跪拜之礼。接着，孔有德献上从登州搬来的大炮，皇太极十分高兴，允许他们驻扎在辽阳之北的新建城市，并授以要职，予以重用。

皇太极之所以对这批人如此另眼相待，除其一贯的用人风格外，还有现实的考虑。孔有德、耿仲明等人，长期生活在辽东，非常熟悉情况，不仅有相当丰富的战斗经验（包括女真人当时尚不太熟悉的海战），而且还接受过孙元化的系统训练，能操作欧式火炮。另外，这些人都曾在毛文龙手下任过职，既当过官军，也做过强盗，有一套笼络、团结部下的有效手段。他们的军队，都是由他们完全控制的私人式部队，与组织涣散的一般官兵很不一样。尽管最后突围到辽东的军队仅万余人，但骨干仍在，只要稍加充实，便是能征善战的悍兵。孔有德、耿仲明后来的经历，也证明了这点。

崇祯六年（1633）七月，已获补充休整的孔有德、耿仲明，为报数月前被海上邀击之仇，率兵攻打辽东重镇旅顺。

旅顺是当时朝廷在辽东半岛上尚存的最后堡垒，由总兵黄龙镇守。当时，黄龙为支援鸭绿江一线，派出水师增援，导致旅顺空虚。孔有德、耿仲明乘机发兵围攻旅顺。黄龙连战皆败，独守孤城，最后火药矢石俱尽。黄龙拔剑自刎，旅顺被攻陷。黄龙部将李惟贤、项祚临、樊化龙、张大禄、尚可义等战死。

旅顺一失，原与旅顺互为犄角的广鹿岛就成了问题。该岛守将尚可喜，本是毛文龙部下，与孔有德、耿仲明也是老关系，容易联络。于是，尚可喜在不受信任、形势危急之时，加紧与后金联系，并于崇祯七年（1634）初，率其数千属户，携带辎重，乘船离岛登陆，到沈阳降敌。他的部队被安排在辽阳以南的海州（今海城）。皇太极没费什么气力又多了一员战将。

至此，皇太极手下的汉族军队已具有相当的规模。大凌河之战前，由佟养性率领的旧汉兵已以火炮闻名，而大凌河降卒又被补充进这支军队，加强了其实力。崇祯五年（1632）佟养性死后，这支军队由马光远统领。这支队伍后来成为汉八旗的骨干。孔有德、耿仲明的军队，以及尚可喜的军队，即分别被皇太极称之为“天祐兵”和“天助兵”的两支汉军，后来也被并入汉八旗，并为清朝开国立下了赫赫战功。

孔、耿攻陷旅顺及尚可喜的叛变，给明朝在辽东的战局造成了严重后果。从此以后，明朝在辽东半岛及周边海岛已无险可守，残存的军队也很快土崩瓦解。奇怪的是，对这些在军事上有重大意义的险要之地，明朝竟不再认真对待，坐视其失。这是一个极大的败招。

崇祯七年（1634）五月，皇太极再次对明朝发起进攻。这次进攻的目标，先是收服蒙古的察哈尔部，然后入边，进攻明朝的边防重镇即宣府（今山西宣化）、大同（今山西大同），而不与山海关防线正面接触。

战略确定以后，皇太极兵分两路，一路从上榆林出发，一路从沙哈出发，攻入蒙古境内。后金部队这次彻底解决了蒙古察哈尔部的问题。在此以前，皇太极先后几次西征，试图压服察哈尔部落，最大的一次是在崇祯五年（1632）。崇祯五年的这次西征，把察哈尔部的首领林丹汗打得西逃（死于崇祯七年，1634）。本次西征，皇太极最终降服了察哈尔部，使其归顺了后金。皇太极对蒙古察哈尔等部的征服，不仅获得了重要的军事盟友，而且还获得了战马的供应基地，更重要的，是使明朝彻底失去了长城外的屏障。

后金军队于六月先后抵达长城附近。根据原定计划，皇太极将其七万精兵分成四路，于七月初攻入长城之内。宣、大一线全线告急。

宣、大一线的防护，本很虚弱，宣、大总督张宗衡、巡抚胡沾恩、总兵张全昌、曹文诏等人的兵马，在皇太极的凌厉攻势下，根本抵挡不住。朝廷下令京师戒严，同时急遣宁远总兵吴襄、山海关总兵尤世威率数万兵马分道救援，再命保定巡抚丁魁楚移居紫荆关，山西巡抚戴君恩移居雁门关，总兵陈洪范移镇居庸关，阻击后金兵马，保卫京师。

皇太极的几路军队攻势凌厉，势不可挡。七月初七日，攻人大同、张家口。初八日，入保安、怀来。十三日，围宣府，屯天寿山。十四日，驰入永宁（属延庆州）。十六日，围大同左卫（今山西左云），破保安州，杀知州阎生斗。后又攻朔州（今朔县）、围浑源州（今浑源）。至八月，各路军队汇集应州（今应县）。皇太极在攻破代州（今代县）后，分兵出击，西至三坌、崞县，东至繁峙（今繁峙），中至八角（八角是一要塞，在今山西西北）。皇太极则率兵进攻大同。宁远总兵吴襄、山海关总兵尤世威纷纷驰援。由于大同府久攻不下，皇太极便转攻灵邱、保安等县。

闰八月，代王母杨太妃命宣、大总督张宗衡、总兵曹文诏等与后金求和。皇太极布告以申讨之意，然后攻杀保定竹帛口，杀千总张修身，再攻占宣府万全左卫（今河北万全），从拒墙堡出塞回沈阳。

此次入掠宣府、大同，皇太极虽遇一些抵抗，但总的来讲仍是出入自由，无人能敌。皇太极收兵之后，曾自夸说：

“朕入境几两月，**禾稼，攻克城池，曾无一人出而对垒，敢发一矢者。”

话虽说得有点夸口，但也没有离谱。皇太极这次再试牛刀，得胜而归，充分说明山海关以西长城防线的薄弱，以及后金、明朝之间军队素质的差距。

遗憾的是，崇祯帝似乎没有认识到这些，或者是不愿承认这些。当后金军队攻人宣、大等地时，朝廷仍发布了一纸檄文，说什么“满洲原系我属国，今既叛犯我边境，当此炎天深入，必有大祸”。接着便要归顺后金的满、汉、蒙人，立即投归天朝，并威胁说：

“若不来归，非死吾之刀枪，则死于吾之炮下，又不然，亦被彼诬而杀之矣。”

这种恫吓诈骗之言，如无军事上的实力作保证，则显得毫无意义。而事实上，朝廷的军队在战场上的表现，真是令天下失望。如进攻山西崞县（在今山西代县西南，属太原府）的后金军队仅有两千人。当这支军队带着俘获的千余人回撤路过代州（今代县）时，被俘人员指望代州城的驻军能出兵邀击敌军，解救他们。然而代州城中却不敢发一兵一卒，甚至连箭都不敢发一支，生怕惹怒敌军。被俘人员见此情景，不禁失声痛哭。像这种情形远非一次。当时明朝的军队普遍存在恐敌心理，不敢与后金军队打硬仗。

也正是因为明朝军队如此不济，所以皇太极敢夸下海口。他说：

你明朝出兵一万，我只要用一千人应战；你明朝出兵一千，我只要用兵一百就绰绰有余。如果你明朝敢在前迎战，尚且可以说说大话。否则，一味说大话，讲假话，却又不敢硬碰硬地去打仗，可谓是可耻之极！

话说得很难听，却道出了实情。崇祯帝知道前线详情后，也只有“顿足太息”，无可奈何！他只有把气出在前线的将领身上。他下令兵部查核边臣之罪，结果宣大总督张宗衡，总兵官张全昌、曹文诏，以及巡抚胡沾恩等都被同时罢官遣戍。由于山西巡抚吴甡的恳请，张全昌、曹文诏两位总兵被保全下来，参加了围剿山西的农民军。这种做法，对崇祯帝而言，真是少见的开恩之举。

到了崇祯八年（1635，天聪九年），当崇祯帝被晋陕的农民军搞得焦头烂额时，皇太极正在沈阳筹备开国事宜，一个与天朝平起平坐的新王朝就要崛起了。

崇祯八年（1635），多尔衮出征凯旋，献上了元朝的传国玉玺。诸贝勒和蒙古各部贝勒合议，为皇太极奉上皇帝尊号。皇太极没有接受劝进，只是撤除女真名号，统称满洲。

皇太极对开朝立国一直有一种矛盾的心理。他想当皇帝，建立一个庞大的帝国，但同时又担心自己的实力能否彻底征服中原，更担心女真民族入主中原后，丧失民族性，而被汉族同化，就像他们的祖先在创建金朝过程中遇到的问题那样。因此，尽管他手下的那些文臣，尤其是汉族文臣如宁完我、范文程、马国柱等，一再劝说皇太极进兵中原，夺取北京，称帝建国，但皇太极却不为所动，多次拒绝。至崇祯八年（1635），羽翼渐丰的皇太极仍只是同意改称满洲，而不建国称帝，坐视中原形势的变化。

至崇祯九年（1636，天聪十年），皇太极终于同意称帝建朝。此年四月，满洲、蒙古诸贝勒，汉军都元帅、总兵官及文武大臣，云集沈阳，举行盛大的登基开国典礼。

皇太极接受“宽温仁皇帝”尊号。由多尔衮、土谢图济农巴达礼、孔有德，分别上满文、蒙文、汉文表章。建国号大清，立年号崇德，以沈阳为国都。追谥努尔哈赤为承天广运武皇帝，依汉制上庙号太祖。

皇太极称帝建国，表明他已有充分的实力和自信逐鹿中原了。不久，皇太极便开始了他更大的步骤。

而此时的崇祯帝和他的文武大臣们，正被黄土高坡上下来的农民军搞得晕头转向。