长山、大凌河之败，使孙承宗的神话破灭。朝廷中的不满和攻击，犹如急风骤雨般向孙承宗和丘禾嘉压来。

在许多朝廷官员看来，朝廷刚与后金开始接触议和，兵火才息，而孙承宗、丘禾嘉却要惹是生非，去修筑什么大凌河城，惹恼了皇太极，遂造成了长山、大凌河惨败。

作为前线的最高指挥官督师，孙承宗自然应对长山、大凌河的失败负一定责任。但所谓“筑城起隙”之类的逻辑，孙承宗自然难以接受，心里很不是滋味。同时，他更看出了温体仁之辈的险恶，也体会到了在猜忌多疑的崇祯帝手下做事的难处。因此，在长山惨败后，他便以年老为由，多次上疏，要求致仕。

崇祯四年（1631）十一月，崇祯帝批准孙承宗致仕，令驿站车马送其回高阳原籍。不久，因言官追论孙承宗“丧师辱国”之罪，崇祯帝下令夺其官职闲居，并剥夺宁远世荫。到清兵后来进攻高阳时，年近古稀的孙承宗尚率家人拒守。城破后，孙承宗望阙叩头，上吊自杀，为大明朝尽了忠节。

当时已调任南京太仆寺卿的原辽阳巡抚丘禾嘉，也被追论。丘禾嘉以病为由辞职。

在孙承宗辞职后不到一个月，即此年闰十一月，山东便发生了一件大事，那就是登州游击孔有德等将领发动叛乱。

这批将领，原都是毛文龙的部将。袁崇焕诛杀毛文龙后，其旧部由副将陈继盛统辖。但不久，参将刘兴治在皮岛发动叛乱，杀陈继盛等十余人。总兵黄龙随即赴皮岛镇压，皮岛乱兵一哄而散。

孔有德、耿仲明原籍山东，矿徒出身，曾是辽东海盗，后投毛文龙，与尚可喜一起，被称为“山东三矿徒”，是毛文龙手下的骨干将领。孔、耿因不服黄龙统辖，便叛离皮岛，率部来投登莱巡抚孙元化。

登州（今山东蓬莱）是当时山东半岛上的重要军事要塞之一。在天启初，为了协调对后金的作战，在山东设登州、莱州（今山东掖县）巡抚，援助辽东前线。当时任登莱巡抚的是孙元化，嘉定人，举人出身，被任命之前曾任宁前道兵备副使。

就是这位孙元化，竟接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明，并委以重任。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。当时，登州要塞正有一位名叫特谢拉·科雷亚的葡萄牙人率领一些葡籍士兵，帮助明军试铸欧式大炮，并获成功。

大凌河被围后，同属孙承宗指挥的登莱巡抚孙元化，急令游击孔有德赶赴前线增援。孔有德奉命北上，抵达吴桥时，因遇雨雪，部队给养供不上，士兵开始抢劫。在另一位与孔有德有相同经历的毛文龙旧部李九成的煽动之下，孔有德正式叛乱，随即杀回山东半岛。

孔有德还兵大掠，先后攻陷陵县（今陵县）、临邑（今临邑）、商河（今商河），接着又杀入齐东，包围德平，不久又舍德平而去，攻陷青城、新城，向半岛杀去。

山东巡抚余大成、登莱巡抚孙元化闻变，非常紧张，立即派兵来鲁北应变。当时，余、孙两人都不愿把事情闹大，力主安抚孔有德，并令沿途州县，不得出兵邀击，以免激化矛盾。孔有德将计就计，假装投降，迷惑孙元化，而实际上却率兵直趋登州。由于沿途州县不敢出兵拦截，让出通道，孔有德便顺利杀到登州城下。

孙元化急令部将张焘率辽兵守登州城外，总兵官张可大也发南兵抗击。两路成合击之势。张焘进兵稍胜，却下令退兵，张可大失去策应，被孔有德杀得大败。形势陡然紧张起来了。

张焘的兵卒，多是辽东籍，与孔有德部关系不错。他们见此情形，纷纷投入孔有德的叛军行列。孔有德便令这些降卒再混入登州城中，作为内应。而孙元化不察敌情，不听劝告，同意这些早已从叛的散卒进城。与孔有德是旧交的登州中军耿仲明及都司陈光福等，立即策应，举火开门，让叛军从东门攻入登州城，登州便告失陷。此时是崇祯五年（1632）正月。

孙元化是南直隶嘉定人，山东巡抚余大成是南直隶江宁人，总兵官张可大是南京羽林卫军籍。这三位南直隶人，在这场兵变中，根本不是山东、辽东人的对手，被孔有德等骗得团团转。

登州沦陷后，孙元化自杀未成，与同城命官一起被俘。只有总兵张可大在斩杀其妾陈氏后，在其官署上吊自杀。

孔有德令孙元化致书余大成，要求和谈。余大成见事已闹大，便上疏朝廷。崇祯大怒，撤掉了余大成、孙元化两人之职。孔有德见孙元化已无利用价值，念其旧日收留之情，放其出城，放了他一马。可是崇祯帝却不会放过他。他与余大成两人被逮到京师，最后余大成被充军，孙元化竟被斩首弃市。

孙元化是当时朝廷中少数几个接受西方先进技术的高级官员之一，与徐光启关系密切。徐光启、周延儒等曾上书营救，但终未成功。崇祯皇帝这一刀，不仅砍掉了一个巡抚，同时也砍掉了一个很有价值的科学家式的高级官员。本来，登州是一个应用先进西方技术的基地，但随着孙元化的被杀，及其葡萄牙籍炮队的毁灭（孔有德进城后，特谢拉·科雷亚及其炮手仅有三人幸免于难）。这个先进的技术基地也就被轻而易举地毁掉了。更严重的是，许多已学会这些技术的原登州官兵，包括孔有德、耿仲明在内，不久后投到了皇太极手下，反过来攻打大明。

可惜崇祯帝不知道孙元化的价值！在人人知道徐光启是大科学家的今天，又有几人能知道孙元化呢？

孔有德占据登州后，推李九成为首领，自己居第二位，耿仲明居第三。除此之外，尚有一些将领，如李应元（李九成之子）、陈有时、毛承禄、陈光福等。他们有的来自直隶海湾中的岛屿，有的来自旅顺。这批海盗、边民、矿徒出身的职业军人，在登州俨然建立起自己的“王国”。他们刻印建官，招徕海盗流寇，四出焚掠，弄得山东半岛以致辽东前线都人心不定。

崇祯帝重新任命徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚。按照原先的安排，谢琏驻莱州指挥，徐从治则驻青州负责供应粮草。而徐从治却觉得自己驻扎在青州不足镇抚莱州人心，便主动要求移镇莱州。没想到他一去莱州，就被孔有德围在里面达数月之久，最后连命也送在这里。

当时孔有德的部队已先破黄县（今黄县）、平度（今平度）两城，然后增兵攻打莱州。徐从治、谢琏两位巡抚，与总兵杨御蕃分头固守城池，拼死抵抗，形势十分危急。丽外围的各路援兵都驻扎在昌邑，由于山东巡抚徐从治被围在莱州城内，援军无人督察，诸将观望，谁也不肯拼死驰援莱州。

开始时，那位胆大的徐从治还敢出城偷袭叛军，且稍有斩获。但兵部尚书熊明遇认为此事尚有招抚的余地，便派主事张国臣去山东处理招抚之事，并要求徐从治不要轻易出兵，破坏抚局。徐从治当然不干，先后三次上疏朝廷，力主抚局无望，应以武力解决。朝廷认为，两抚臣都被困在莱州，应增设总督来山东前线，决定抚战。

侍郎刘宇烈于是被任命为总督，赴山东统辖骑、步兵二万五千人，平定孔有德之乱。但刘总督本无筹略，赴山东后除整天派人去招抚外，不进行任何军事行动，以免动而取咎。孔有德便故伎重演，说是要降，暗中却把孙元化铸造的大炮调到莱州城下，架起猛轰，打死了山东巡抚徐从治。莱州城危在旦夕。

两个月后，孔有德在朝廷的军事压力下，突然又向登莱巡抚谢琏提出投降，并约定降期，请莱州城中的文武官员出城开读。已被困在城中六个月的登莱巡抚谢琏，在不得已之下，决定冒险，便与知府朱万年出城受降。但当兵出身的总兵杨御蕃坚决不去，大概是因为他深知这些叛兵的品性。叛兵见到谢琏等人，连跪带哭，态度诚恳，并拥之而去。谢琏刚被带走，叛兵随即攻城。他们把知府朱万年押到阵前，要他呼喊劝降。朱万年大声喊道：

“吾死矣。汝等宜固守！”

城上的杨御蕃一看形势危急，下令开炮，杀伤叛军不少。而那位朱知府也在自己人的炮火下丧生。

杨御蕃的几炮，总算保住了莱州暂时不失。

消息传到朝廷，舆论大哗，举朝痛愤。于是总督刘宇烈被下了诏狱，兵部尚书熊明遇被撤职。朝廷上下没有一人再敢提抚议。

此年七月，崇祯帝决定不设总督、登莱巡抚之职，而提拔参政朱大典（浙江金华人）任山东巡抚，督各路兵马数万平叛。并从辽东调劲旅约五千人关参战。后来名闻天下的吴三桂（总兵吴襄之子）当时就在这支队伍中。

朱大典至德州后，派副将牟文绶，驰救平度，斩杀叛将陈有时。大军推至昌邑时，总兵金国奇、参将祖宽为前锋，与孔有德大战于沙河，大败孔有德。援军乘胜追击，直至莱州城下，迫使围困莱州城的叛兵解围而去。

莱州城中的守军，开始坚决不相信援军已打到城下，解了莱州之围。因此，当援军向莱州城靠近时，吃尽了孔有德苦头的守城兵民，还以为这又是孔有德玩的花招，立即开炮轰击，城上城下相持不下。最后还是监饷太监高起，派了几位手下的小太监入城，陈说前因后果后，城中守军才开城迎接。当时大概也只剩下太监还没有假冒，所以太监入城，还能取信于人。

几日之后，总兵金国奇等继续进兵，与叛军再战于黄县，斩杀敌军上万人，俘获近千人，逃散及坠海者无数。此次大胜，扭转了山东半岛上的局势。

朱大典督兵以来，全仗辽东调来的五千精兵，冲锋陷阵。像金国奇、靳国臣、祖宽及吴三桂等辽籍将领，个个能征善战。用这些辽将辽兵，来攻杀孔有德手下的山东、辽东兵将，这步棋算是走对了。

在黄县大胜之后，官兵接着向叛军的堡垒登州城进攻。登州城三面环山，一面临海，大城之北，还有水城与大城相连。只要打开水城门，城中之敌就可以泛海而走辽东。因此，朝廷之兵久攻不下。说起来，登州城筑得如此坚固、科学，还是孙元化的功劳。没想到他的心血，没有在对金作战中被用上，反而为孔有德所利用，给朝廷出了个难题。

好在叛军过分自信，竟敢出城挑战。叛军首领李九成率兵掠阵，没想到被官军斩杀。这样一来，原先的五位叛军首领，已有陈有时、李九成被杀，仅存孔有德、耿仲明、毛承禄（毛文龙之子）三人。叛军气势大受影响。

当祖宽等夺取水城门外的护墙，登州通海之路有被切断的危险时，孔有德感到紧张了。他用海船载着子女财帛，率先撤出登州，泛海而去，耿仲明等也随之而去。主帅一走，剩下守城的兵士便没有斗志了。

游击刘良佐派人潜入永福寺中，挖坑道至城墙之下，放置炸药，炸塌了城墙。官兵从缺口一拥而入，打进登州城中。残敌退守城北丹崖山上的蓬莱阁，负隅抵抗。或许是因为朱大典这位文人出身的统帅，爱惜这座建于北宋英宗治平年间的文物名胜，所以心存善念，没有动武，而是用了劝降之法。千余残敌无奈之下，下山投降，但仍有许多人不愿投降，或跳海，或上吊。

此时，已是崇祯六年（1633）的二月了。孔有德山东之叛，自崇祯四年（1631）闰十一月起，一直打到崇祯六年（1633）的二月，前后达十六个月之久。叛军人数从开始时的千余人，越打越多，最终竟有数万之众。由此可见当时朝廷的应变能力是何等之差！

朝廷的武将士卒，在与外族后金作战时，总是败多胜少；在与陕西、山西的叛民作战时，同样也是败多胜少。但令人不解的是，当这些为朝廷效力时似乎算不上是精兵强将的官军，一旦叛乱或投敌后，却都不差不弱。将还是原来的将，兵还是原来的兵，为什么在为大明朝打仗时这么差，而反过来打大明朝时却又变得那么强呢？！

不知崇祯帝和他的那班朝廷官员们有没有想过这个问题？

山东的胜利，实在是太重要了。崇祯帝即位后，仗是越打越多，越打越大，却也是越打越输，越打越糟。这次费了九牛二虎之力，终于打败了崇祯帝起初可能连名字都没有听说过的、而且原先也是朝廷军官的游击孔有德，在当时也算是大功一件，可庆可贺。

于是，朱大典被提拔为兵部右侍郎，世袭锦衣卫百户。其他参战将领，也是赏赐有差。那位追着孔有德、耿仲明泛海而逃，却因慢了一步而被总兵官黄龙邀击俘获的毛承禄，被押到了北京。朝廷为此还搞了个献俘仪式，最后把他寸磔而死。

其实，崇祯皇帝和他的官员们，大可不必如此兴高采烈。因为就在崇祯帝忙于镇压山东叛乱和陕西、山西之乱时，皇太极却在沈阳休养生息了年多，正准备着新的行动。而孔有德、耿仲明的来投，令他大喜过望。

于是，皇太极开始了新的一轮进攻。