万历帝终于大权独揽了。
亲政以后的万历帝，也未尝不想有一番作为。他精神焕发，励精图治，俨然想成为一位臣民们理想的贤君。皇太后和张居正十余年的严格教育，此时对他仍有一定的影响。他对臣僚的腐化感到忧虑，自己亲自草拟手诏，禁止官员互赠。他对于各种礼仪也颇为重视。早朝、经筵也十分讲究。他热心参与各种典礼，充分显示了自己的诚意；同时，还策励臣工勤俭笃实。万历十三年（1585），万历帝为解决长期的旱灾，曾十分努力地去履行祈雨的礼仪。在干旱炎热中，他亲自步行去天坛祭天祈雨，同时也破例让京师的臣民亲眼目睹这位年轻万岁爷的天颜。亲政之后的短短几年中，万历帝曾四次外出祭祀祖陵，不辞辛苦。因此，当时许多人都对这位年轻的皇帝寄予厚望。
张居正死后，上层文官班子作了重大调整，很快就形成了以首辅申时行为首的新内阁。申时行与张居正共过事，深知张居正为何在死后会落得如此惨局的真正原因。因此，他吸取了教训，不求有功，但求无过。他一方面与皇帝保持良好的君臣关系，另一方面他也一改张居正严厉刚正的为政风格，扮演和事佬的角色，竭力维护文官集团的团结，协调朝廷方方面面的关系。在他看来，既然朝廷的制度无法作根本性的调整，那么，只有理顺君臣关系，加强文官之间的合作和团结，同舟共济，才能维持局面。
也正因为如此，在万历亲政后的最初几年中，朝廷也没出什么大乱子，反而颇有些中兴的新气象。包括万历帝在内的许多人，在那时也都觉得，张居正死后，天也没有塌下来。没有张居正和他的那一套，大明朝的日子照样一天天地过了下去，而且也似乎过得很不错。想到这些，大家不由得松了一口气，不少人甚至还暗暗庆幸：倒张算是倒对了！
然而，出乎他们意料的是，这种面很快就被打破了。
首先感到别扭的是万历皇帝。他抄没张居正家产不久，就逐渐发现，张居正的倒台并不像他原先认为的那样简单。在倒张的文官中，有不少人是出于私人恩怨，挟私报复，也有人是出于个人名利，其动机并不见得就冠冕堂皇。不过，在他看来，这些人虽然可恶，但并不可怕，也不难对付。令他感到可怕而且难以对付的，倒是倒张运动中的另一类文官。
这类文官，属于那种强硬而坚决、顽固又拘泥的道德型人物。他们有一套正统的道德和礼仪规范，并认为这是唯一的救世治国的灵丹妙药。帝国之所以有这样或那样的不足或危机，在他们看来，正是因为他们的那一套没有得到彻底的实行。因此，他们绝对不能容忍那些不合乎道德的言行。他们用警惕的眼光，仔细地挑剔着任何人和事，一旦发现问题，便会毫不犹豫地群起而攻之，其道德狂热和牺牲精神令人生畏。
这些人在倒掉张居正后，并不满足，他们又瞄准了年轻的万历皇帝和文官领袖申时行。万历皇帝越来越感到，这批文官有着十分传统和固定的模式，并竭力要引导自己踏上其理想中的“贤君”之路。自己虽有帝王之尊，但实际上往往只是个摆设，根本无法按照自己的意志去行事，更谈不上什么保持个性。自己的行为，只要稍有偏离之处，便会招致群臣们各种各样的反对。就像有一张无形的网，罩住了自己，令他感到压抑甚至是窒息。
万历帝曾想亲自训练军队，大臣们便以此举不合祖制为由，力劝他放弃这样的念头。他曾几次去视察自己的陵墓，大臣们又觉得过于招摇，便以安全为由予以取消。诸如此类的事情，已越来越令万历帝不快。而最令他伤心的是，他虽贵为天子，却不能给自己心爱的女人提供她想要的东西。
位尊天子的万历帝，身边自然不缺女人。拥有众多妃嫔，本是皇帝分内的权利，万历帝也不会例外。更何况武宗无后而引起皇位继承危机这一前车之鉴，也令张居正等人觉得有必要让万历帝早日成婚，免得节外生枝。因此，万历六年（1578），在母亲慈圣太后的安排下，年仅十四岁的万历帝娶了一位比自己小一岁的平民之女，即王皇后。在此以后，万历帝又册封了许多妃嫔，其后宫也已颇具规模了。
但是，对于周围佳丽如云的万历帝来说，他所需要的并不仅仅是女色本身。当然，万历帝也会偶然兴起，做出一些与他身份不符的事情来。如在万历九年（1581）冬天，万历帝看中了慈宁宫一位年长的宫女，并使她怀上了身孕。可能是万历帝在事后也觉得自己此举不太雅观，所以就一直没敢向太后启齿提及。不过，当时的太后，求孙心切，对此不仅没有责怪之意，反而还很高兴。次年秋八月，这位宫女生下了一个男孩，即后来的光宗。母以子贵，这位宫女也一步登天，被封为恭妃。不过，这种册封，也只是依例而行，倒不见得是万历帝的特别眷宠。
真正让万历帝动心的，是一位后来被称作郑贵妃的女性。这位郑氏，在万历十年（1582）与其他八位女性一起被册封为淑嫔。当时，她才是一位十三四岁的少女。从一开始，她就赢得了万历帝的一往情深，而且可以说是终生不渝。能得到如此恩宠，大概不仅仅是因为她有闭月羞花的容貌，更多的倒是因为她聪明伶俐，意志坚决，喜欢读书，并能与万历帝进行心灵上的沟通。也难怪万历帝在众多的后宫佳丽中，惟独对她宠爱有加。
对于这位郑氏，万历帝自然愿意特殊照顾，尤其是在她也生下一位贵子以后。到万历十四年（1586），万历帝不顾群臣反对，毅然册封郑氏为贵妃，其地位明显高于恭妃王氏。至于万历帝是否真的像群臣猜测的那样，还想进一步提高贵妃及其儿子常洵的地位，不得而知，但他坚决维护贵妃母子应得的权利的念头，却一直没有动摇。而文官们的做法也与他一样，只不过他们要保障的却是王恭妃及其儿子常洛的权益。双方针锋相对，毫不妥协，也弄得一心想协调双方关系的首辅申时行，出力不讨好，碰了一鼻子灰。在万历帝看来，申时行是压不住群臣，难以服众。而大臣们却又偏偏认定申时行是为了贪图高位，不坚持原则。如此一来，申时行苦心经营的平衡局面，就难以为继了。