万历帝选择的办法就是消极对抗，不与文官进行合作。

他从万历十三年（1585）起，就再也没有踏出皇宫一步，直到他驾崩后被抬着去定陵，前后达三十余年之久。

他虽是这个帝国的皇帝，却不大想承担他应承担的责任和义务。他宁愿待在宫中，与宫女、太监们厮混，喝酒作乐，醉生梦死，用自己的方式享受人生，也懒得理会宫外的文官，几乎到了天塌下来他也可以不管的地步。

他几乎不见朝臣，即使像首辅之类的文官首领也很难见到他。大臣的奏章大多“留中”，不做任何处理。甚至连帝国最神圣庄严的庙祀，万历帝也不亲祭，而是派员代祭。帝国的政治中枢机构实际上处于半停顿状态。

他的这种做法，自然引起了大臣的不满，他们纷纷提出批评。万历十八年（1590）春正月，有一位名叫雒于仁的大理寺评判，上了一个措词激烈的奏章，痛斥万历帝“圣体违和”的病因，就是酒色财气：

“我在朝做官已一年有余，仅朝见过皇上三次。此外只听说圣体违和，一切皆免。郊祀庙享，遣官代行，政事不亲自处理，讲筵也停止了很久。我知道陛下之病，是有病因的。我听说嗜酒则腐肠，恋色则伐性，贪财则丧志，尚气则戕生……”

接着，这位大理寺评判一一列出万历帝嗜酒、恋色、贪财、尚气的事实，毫无遮拦，淋漓尽致，把万历帝骂得是体无完肤，也骂出了当时不少大臣的心里话。万历帝自然十分震怒，要严办这位胆大妄为的评判。幸亏有申时行从中全力调和，这位评判才保住了性命。

首辅申时行的日子已越来越难过。尽管他竭力调停皇帝与文官之间的紧张关系，竭力维护文官间的信赖和团结，但这种做法已越来越不起作用。至万历十九年（1591），申时行最终因立储问题而不得不离开相位。

本来，在万历十八年（1590）春，申时行已与万历帝就立储问题达成了默契。万历帝当时曾表示，假如朝臣能不再就此事继续打扰他的话，他准备在两年后册立常洛为太子，否则，就要继续推迟。申时行认为皇帝能做这样的让步，也算是有了交待，因此他要求朝臣不要再在这件事上刺激皇帝，以免弄巧成拙。没想到第二年就有一位叫张有德的工部主事，又旧话重提，惹得万历帝十分生气。而大学士许国、王家屏竟也顺势举疏，要求皇帝兑现前诺。可能是为了增加分量，他们竟然把申时行的大名列在首位，而申时行本人对此并不太知情。在得知皇帝的态度后，申时行给皇帝上了密疏，说明情况。不想此举引起了轩然大波。激进的文官指责申时行表面上佯附群臣请立之议，暗中却又和皇帝勾勾搭搭，极不诚实。申时行有口难辩，终于在万历十九年（1591）秋九月致仕。

申时行的下台，给朝廷造成的后果是相当严重的。申时行在任之时，朝野几乎一致认为他过于听从皇帝，而不能大有作为。很少有人能真正体会到申时行的良苦用心。申时行所起的微妙作用，直到他罢职之后，才逐渐为人所知。申时行的继任者，已根本无法像申时行那样，左右逢源，维持朝廷的基本局面了。

申时行下台前，文官之间的矛盾已开始尖锐。申时行下台后，更是愈演愈烈。到万历二十一年（1593）春天，王锡爵被重新任命为首辅。当时万历帝计划同时册封常洛、常洵两子为王，表面上不偏不倚，实际上还是不想立长子常洛为太子。这一做法引起大哗，许多文官纷纷反对，新任首辅的王锡爵夹在中间，备受攻击。最后，尽管万历帝暂时放弃了这样的念头，但文官的分裂已不可避免。

在这一年的京察中，当时已掌握相当权力的吏部员外郎顾宪成，与吏部尚书孙鑨、考功郎中赵南星一起，操纵吏部，把那些与内阁成员关系密切的官员尽量罢免。顾宪成等人的做法，实际是对阁臣不满的体现，弄得刚刚回朝的首辅王锡爵很是下不了台。这种水火不相容的做法，挑起了党争，结果是王锡爵罢职，而顾宪成之流也被撤职，朝廷从此不得安宁，再也没有申时行时代的那种局面了。

朝鲜战争的爆发，也加速了明帝国的衰落。万历二十年（1592），日本的丰臣秀吉悍然发动对朝鲜的侵略战争。明朝作为宗主国，自然出兵援助。至万历二十二年（1594）九月，中日双方签订了第一次停战和议。但至万历二十五年（1597），丰臣秀吉又重启战火，明朝则再次出兵增援，但起初打得并不顺手。幸亏丰臣秀吉于次年七月病死，战局才开始有利于明朝。到年底，日军基本上被击退。朝鲜战争前后长达七年，明朝丧师数十万，糜饷数百万，大大消耗了本已不强的国力。

其他如播州杨应龙之乱、宁夏哱拜之乱，也给明朝带来了不少麻烦。而当时尚不太受朝廷重视的努尔哈赤，也已在东北迅速崛起。

边疆的安定与否，历来是中原王朝政局的晴雨表。大明朝的乱相，由此而渐见端倪。

财政匮乏的压力，也越来越沉重。张居正死时，曾给朝廷留下一笔不小的国库积累，国家财政尚能应付。但至万历亲政后，朝廷开支日增，而收入却不见增。像宁夏用兵，耗费一百八十万两白银；朝鲜之役，军费开支七百八十余万；播州用兵，也用掉近二百万两。这还仅仅是军费开支。除此之外，皇室及宗藩的开支也是相当惊人的。万历帝为自己修建陵墓，花掉了朝廷一大笔银两。皇长子常洛及诸王子册封、冠婚用掉了九百多万两，另加袍服之费二百七十余万两。此外，宗室人口的激增（至万历四十年已达六十余万），使朝廷每年要耗费大量禄米和开支。像这样的巨额开支，朝廷是无论如何难以承担的，国家财政也必然难以为继了。

不知出于何种原因，万历帝似乎不太把这种事情放在心上。他依旧出手不凡，照用不误。如万历二十七年（1599），他以诸皇子婚娶为由，要求从太仓银库（国库）取用白银两千四百万两。这对于当时的朝廷财政而言，几乎就是一个天文数字。户部自然难以满足。万历帝见此，竟尽遣宦官到各省核查积银，颇有点不刮尽天下财物决不罢休的架势。此前，万历帝向全国派遣税监、矿使，搜括财物的做法，就已经闹得沸沸扬扬。至此，他竟又变本加厉，最终导致了全国范围内的大动**。更令人不解的是，万历帝把这些钱财敛于内廷，不肯与朝廷分享丝毫。对朝廷的财政危机，他简直就是视而不见，似乎与他毫无关系！

皇帝既然如此，大臣们也自然要为自己的生计考虑。万历后期的吏治，败坏到了不可收拾的地步。这一时期的各级官员，似乎很少有不谋私利的。有些官员所积下的巨额财富，令人瞠目结舌，很难与他们每年几十两或至多几百两的俸禄联系起来。像出身贫寒且在当时甚至在今天，都可以被认为是清廉之至的东林党魁顾宪成，在其兄弟分家时，尚获得数千亩的田产。世风日下的程度由此可见。既然皇帝、大臣们的日子是如此好过，那么，天下百姓日子的难过，也就可想而知了。

皇帝与大臣之间、大臣与大臣之间的冲突仍在继续进行，而且愈演愈烈。

万历皇帝仍然是我行我素。除了拼命用钱同时拼命捞钱之外，他似乎对朝政越来越没有兴趣，借口当然还是“圣体违和”。可仍有一些大臣，不思体恤，不知深浅，竟然还喋喋不休，说些皇帝决不想再听的事情。万历二十八年（1600）十月，给事中赵德完就给万历帝上了一疏，煞有其事地说什么郑贵妃预谋在多病的皇后驾崩后，自立为后，并立其子常洵为太子等等。万历帝最不愿意听的就是这件事，自然不免龙颜大怒，命下诏狱，廷杖一百，开除官职，永不录用。

大概是群臣十余年的不懈斗争，再加上赵德完挨的一百大棍，万历帝终于在万历二十九年（1601）的十月进行了正式册封。皇长子常洛最终被立为了皇太子，同日被封的还有福王常洵（封地洛阳）、瑞王常浩（封地汉中）、慧王常润（封地汉中）、桂王常瀛（封地衡州）。既然是册封这样的盛典，而且还要成婚，万历帝自然不会过分精打细算，他早就提前向户部提出了两千四百万两白银的预算作为开支。可惜户部拿不出这笔款项，所以最后还算节俭，只用了一千多万。为这事皇帝还对户部有点意见，并派宦官到各地查账，看看是否真的是没钱。大概是万历帝对户部官员的敛财能力不太满意，所以他不得不加派税监、矿使分赴各地，开辟财源，弄得十分不成体统。

或许是万历帝看透了朝廷这帮人物，而一心想在自己活着的时候多为子孙，尤其是他最宠爱的福王谋点产业，免得在他死后受苦。没想到他的这种做法，恰恰是动摇了大明朝的根基，最后祸及子孙。那位受他百般宠爱的福王常洵，后来在洛阳成为李自成的刀下鬼时，不知能否想通其中的因果关系。

伤透了心的万历帝，在此以后更是心灰意懒，不理朝政。就连朝廷最重要的人事安排，他也懒得过问。而部院主管大臣之类的任命，又非要皇帝钦命不可，否则，也只能空缺。到万历三十四年（1606），大学士沈鲤等就向皇帝诉苦说，吏部尚书已缺三年，左都御史亦缺一年，刑部、工部只有一位侍郎兼理，兵部则尚书、侍郎全缺，礼部仅存一侍郎，户部也只有一位尚书。总计部院堂上官三十一位，竟缺了二十四个。如果去掉那些在职不谋事的，几乎就是无人理政。对此，万历帝仍是不闻不问。到最后几年，像内阁这样最重要的机构，竟也只有首辅方从哲一人，成了光杆司令。这样的朝廷，怎么还能指望它有什么作为。

朝廷的统治能力下降，还不仅如此。更严重的是，朝廷官员之间的派系斗争至此也越演越烈，到了水火不容的地步。

东林党是万历后期党争的主角。在张居正统治期间，后来成为东林党魁的青年官员邹元标，就上疏攻击张居正，说他不丁父忧，名为夺情，实则贪位。张居正以后，又有一批年轻官员，像顾宪成、顾允成、高攀龙等等，在朝中互相呼应，干预朝政，并小成气候。在万历二十一年（1593）的京察中，顾宪成等人操纵吏部，罢免了一大批与内阁关系密切的官员，激化了矛盾，并最终导致了自己的下台。

此后，朝中大权被浙江人沈一贯、方从哲等掌握，人称“浙党”。但顾宪成等人也不甘寂寞。他们以无锡东林书院为中心，以讲学求道为名，裁量人物，讽议朝政，以天下清流自居，名动天下。顾宪成之流及其后继者，后来被魏忠贤扣上了“东林党”这一大名。

起初，东林党人大多尚能称得上正人君子。他们希望重建道德权威并通过道德手段解决当时的一系列危机。这种激进的道德主义旗帜，加上东林党人本身的人格魅力，在开始时犹如一阵新风，给人带来了希望。但道德的力量，并非无限，它需要有一套合理而有效的制度与之相配套。而且，任何个人或集团都有双重性格，在道德和利益之间摇摆不定。只有实现了相对的利益，才能谈得上道德。除了极少数圣人，绝对的道德主义是注定要失败的。道德还会常常成为政治斗争的工具、党同伐异的武器。许多人借道德之名，谋自身利益，并以道德去约束别人，放纵自己。至于他们自己到底相信多少，又去做了多少，只有他们自己知道了。

开始的东林党人，就是一些绝对的道德理想主义者。但当他们的组织一旦成为有影响力的政治团体时，其性质就开始发生了变化。东林党的许多行为，实际上就是党争行为，其动机也未必像他们自己当初所标榜的那样堂皇，更多时候党派利益要显得重要得多。他们在野时，对当权者样样看不顺眼，动辄口诛笔伐；而当他们得势时，也同样拿不出切实有效的治国手段来。更严重的是，东林党到后来虽声势浩大，实则鱼目混珠，不仅招忌，而且也为其对手提供了不少口实。后来的血光之灾，其实已于此时埋下了因果。

东林党的主要对手是浙党，以及依附于浙党的齐党、楚党、宣党。两派在一切问题上似乎都要针锋相对，并互相倾轧。浙党沈一贯任首辅时，东林党虽居下风，但顾宪成等人仍团结一大批志同道合者，影响朝廷，甚至出位论政。至万历三十九年（1611），东林党人借京察之名，联合吏部尚书孙丕扬，逐斥浙党诸人，掌握了主动。但不久浙党方从哲入阁，浙党又进入反攻状态。到万历四十五年（1617）京察时，方从哲已居首辅，浙党势力进一步加强，东林党人被纷纷罢免。虽然不久后东林党人又在天启初期占了绝对优势，可是，魏忠贤及其党羽的屠刀，很快就要架到他们的脖子上了。

大明朝就是在这样的吵闹声中被动摇了根基。