张居正死时，万历皇帝已是近二十岁的青年了。在痛哭流涕之余，万历皇帝隐隐约约也感到了些许的轻松。那位令人敬畏的张先生终于走了。

平心而论，万历皇帝早年的表现是令人满意的。他比他的父亲隆庆皇帝要聪颖得多。在母亲慈圣太后和张居正的督察之下，万历帝接受了长期而又严格的正统教育，努力把自己培养成一个圣明的君主。尽管他偶尔也因醉酒、骑马等行为而受到太后和张居正的批评，但总的来讲，仍是个合乎传统道德标准的年轻皇帝。而且在即位初期，他也一直为自己有张居正这样的辅佐大臣而感到庆幸，并自然而然地在许多方面以张居正为榜样。

但在张居正死后不久，万历帝逐渐听到了不少他原先根本无法听到的言论。张居正的对立派开始试探性地放出风声，旁敲侧击地把张居正的种种“罪行”揭露了出来，丑化其形象。万历帝也在不知不觉中受到影响，原先那位令人敬佩的“张先生”的形象，已逐步在脑海中消失，代之而来的是欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、任人唯亲、放纵奴仆、凌辱缙绅的奸臣形象。

冯保家产的籍没，似乎已使万历帝确信了外面对张居正的闲言。冯保官至司礼监秉笔太监，长期与万历帝生活在一起，深得宠信。他与张居正的关系也相当密切。冯保家中被抄出财物之多之精，大大出乎万历帝的意料。既然太监冯保尚且能积下如此财物，那么万历帝自然有理由相信，张居正的家产肯定是一笔天文数字。联想到张居正生前对他的那种道貌岸然式的严厉教育，以及由此而受的委屈和羞辱，万历帝当时的心境是不难想象的。他决定对张居正进行清算。

清算是逐步进行的。张居正首先被剥夺了生前所获的太师头衔，几个儿子的官职自然也被罢免。万历十二年（1584），万历帝决定查抄张居正的家产。圣旨一到湖广，地方便立即派员封锁张府，任何人员不得出入，以等待钦差大臣前来查封。此举本是防止张家暗中转移财产，没想到钦差却姗姗来迟，以致张府中粮薪不济，饿死了不少人。

按本朝惯例，追没的财产应是张居正死时的全部家产。因此，其家族在张居正死后两年中的花销，自然要被追补，甚至还要加上可能被转移的那部分。这不仅给查抄带来了技术上的困难，而且也有很大的随意性。依万历皇帝等人最初的设想，张居正留下的家产应该是个大数目，没想到查抄的结果却大大出乎意料。钦差大臣想当然地认为查抄数目远远不符合实际，便对张居正长子张敬修进行严刑逼供。张敬修最后被迫自杀身亡，而张家确实也交不出更多的财物，最后不了了之。张家的财产，后来被运到了北京，共一百一十抬，并没有什么值得注目的珍品。不知万历帝过目之后有何感想，大概多少有点失望吧。

假如按张居正一年数百两白银的俸禄来计算，张居正的财产也不能算少。明初朱元璋确定的官员俸禄，本来就低，在后来的二百余年中也基本上没有动过。官员如果只取俸禄，则连其基本的生计大概也难以维持。因此，绝大部分的官员，往往会在俸禄之外，另辟一些财源。只要不太过分，朝野也视之为合理。当然，也有例外，如海瑞就是典型。不过，能像海瑞那样吝啬地生活的上层官员，毕竟是少数，事实上明朝也只有他一个！甚至有不少人认为，海瑞之所以这样做，主要也是为了博取政治名声。这种说法有一定合理性，因为在绝大多数的官员看来，即使是圣贤先哲们，也主张“齐家”和“治国”并重，假如官做到连自己都养不活的份儿上，还不如不做。这也就是人人都讲海瑞好但没有人愿意自己成为海瑞的原因。因此，在明朝后期的这种风气下，做了十年首辅的张居正，仅留下了这点财产，即使是想要整他的万历帝之流，大概也觉得不能算是过分。

不过，既然抄了张居正的家，万历帝自然要给他安一个罪名。至于是什么罪名，似乎无关紧要，只要能证明万岁爷的明察就可以了。

在张府被抄四个月后，朝廷终于总结性地公布了张居正的罪状，大意是诬蔑亲藩、侵夺王坟府第、钳制言官、专权乱政等等。本当剖棺戮尸，仅仅是念其多年效劳，万历帝才加恩宽宥。张居正的弟弟和两个儿子，被送到烟瘴之地充军，而对其老母则额外加恩，允许以空宅一所和田地一千亩予以赡养，以体现浩**皇恩。

张居正及其时代就这样凄惨地结束了。许多人在事过境迁之后，尤其是在明末时局日益恶化之时，才纷纷想起了这位权臣的种种好处，甚至盼望大明朝还能再出一位像他那样的人物来扭转乾坤。可惜的是，大明朝没有也不可能再获得这样的机会了。