最初，明代宦官机关在形式上规定由吏部领导，沈德符云：“本朝内臣俱为吏部所领，盖周礼冢宰统阉人之例，至永乐始归其事于内，而史讳之。”(1)据此，宦官机关由吏部领导的时期是极其短暂的，而就这短暂的时期，怕也只是形式，所以到朱棣时便干脆明白地“归其事于内”了。这归于内，便是归到司礼监。
司礼监是明代宦官二十四衙门的首席衙门，它是一切宦官机关的首脑部、领导机关。因此，也就是明代特务最高指挥机关。
如本书绪言所说，明代是一个极端中央集权化的朝代，它废除宰相制度，集大权于皇帝一人，大臣既不被信任，政务丛脞，皇帝又管不了许多，于是政权便落到宦官身上。而司礼监又是宦官机关的首脑部，司礼监的太监们在所有的宦官中自然更容易获得这旁落的政权，这样，他们就成了实际上的全国政治指挥者，如黄宗羲所说的“无宰相之名而有宰相之实”了。
司礼监的职权——真宰相
司礼监是宦官十二监中的第一个，监中主要人员有掌印太监一员，秉笔随堂太监八九员。他们的职务据《明史》记载是批答大小臣工的一切章奏：
掌印掌理内外章奏及御前勘合。秉笔随堂掌章奏文书，照阁票批朱。(2)
但据徐复祚所记，他们还有一个重要的任务，便是传宣谕旨：
国制司礼监九人，其掌印者一，如首揆……其八人则季轮二人管事，凡内之传宣，外之奏请属焉。(3)
批答章奏就是所谓“批朱”，其情形是：
凡每日奏文书，自御笔亲批数本外，皆众太监分批，遵炤阁中票来字样，用朱笔楷书批之，间有偏旁偶讹者，亦不妨略为改正。(4)
照例，皇帝批内阁票拟，如果有所更易，仍要发下内阁，但大半都是“如拟”的。所以司礼太监批阁票，只是“照阁票”“遵炤阁中票来字样”，不得擅自更改。但实际上呢，司礼太监既掌管批答大权，他哪肯这样老实，于是就要“略为改正”“偏旁偶讹”了。我们试想一想，内阁票拟是呈给皇帝看的，在专制时代，必须一笔一画地用恭楷写出，哪会有“偏旁偶讹”的事？这就是说司礼监可以改动阁议罢了。这更改，客气一点的，便驳斥下去，命令内阁重拟，有时可以驳斥再三。不客气一点的，就干脆径自窜改。有时太监们自己改不妥当，还可以带回私室，托人帮忙，更改以后，根本就不交内阁，径自发出，如刘瑾便是如此。正德元年大学士刘健奏称：
迩者旨从中下，略不与闻。有所拟议，竟从改易。(5)
正德五年，刘瑾伏诛，李东阳上疏自列说：
臣备员禁近，与瑾职掌相关。凡调旨撰敕，或被驳再三，或径自改窜，或持回私室，假手他人，或递出誊黄，逼令落稿，真假混淆，无从别白。(6)
至于传宣谕旨呢，那关系就更大了。因为皇帝是不大动笔的，有什么事要办，便口头说说，司礼秉笔太监便从旁记录下来，然后交付内阁缮拟。其程序如下：
凡文书由御前发票，司礼监令小奄抱黄袱箧送阁门，典籍官奉而入。(7)
这种口授笔录，很可能和原意大有出入，同时记录的太监在这里参入自己的意见，当然也是极容易的事。而内阁拟就之后，仍要呈上，太监们看了不合意，还是可以更改的。但这种记录办法，还算是慎重的，有些时候，竟连记录也没有，就用口头传达，甚至只派一个小宦官到内阁说一说，如：
有中旨则小奄口传曰：“上传某事如何处分。”天启初，中旨频数，阁臣侧耳籍记，唯恐错误，亦有借内传以行其私者。(8)
军国大事也是如此。如朱由校时大学士孙承宗所奏：
臣累日在阁办事，文书房时有口传，如讲学，如任将，如准臣入阁入部，皆关系重大……事久时移，不无可虑。且传天语者，一字抑扬，便关轻重，臣愚不胜过计，望皇上慎重口传，酌为札记，容臣等计日具口传事目，并所处分，还报御前，详加参阅。更赐面对，一一仰质。(9)
因为如此，所以就常常出现“旨从中降”的事，这就是说根本不交付内阁，径自降敕。而明代常有宦官假传圣旨的事发生，其根源便是在此，它绝不是偶然的现象。
司礼监既负有批阅奏本、传宣旨意的双重重责，单凭几个太监自然是忙不过来的，它底下有一个附属机关，专做司礼监助手，就是文书房，这文书房重要人数和工作范围是：
掌房十员。掌收通政司每日封进本章，并会极门京官及各藩所上封本。其在外之阁票，在内之搭票，一应圣谕旨意御批，俱留文书房落底簿发。(10)
这种职务就相当于机要秘书，所以他们威风也极大。
其僚佐及小内使，俱以内翰自命。若外之词林，且常服亦稍异……虽童稚亦以清流自居。(11)
而更增加他们威风的是：宦官升入司礼监，必须是从文书房出来的才行，《明史·职官志三》：
凡升入司礼者，必由文书出，如外廷之詹翰也。
这就等于是司礼太监的预备班了。
至于司礼监担任这种机密任务，究竟开始于明朝何时，今日已不可详考，据查慎行《人海记》下，说是朱瞻基时开始的：
宣德朝……司礼遂有秉笔太监，一代弊政，实宣庙启之也。
而夏燮《明通鉴》卷十九，宣德元年七月下系一条云：
司礼、掌印之下，则秉笔太监为重。凡每日奏文书，自御笔亲批数本外，皆秉笔内官遵照阁中票拟字样，用朱笔批行，遂与外廷交结往来矣。
看这情形，大概在朱棣末年便已开始了。
司礼监既掌有这样机密大权，所以明代大特务头子如王振、刘瑾、冯保、魏忠贤等都是司礼监太监，这些“真宰相”如果碰到年岁大一点或是英明一点的皇帝，倒还不致过于放肆，若是遇上一个糊涂家伙，那他们便把他玩弄于股掌之上，而独擅大权了，如刘瑾之于朱厚照：
刘瑾用事，一月之间，中官传旨，几无虚日。瑾欲全窃大柄，乃日构杂艺，俟上玩弄，则多取各司章疏奏请省决。上每曰：“吾用尔何为？乃以此一一烦朕耶！”自是瑾不复奏，事无大小，任意剖断，悉传旨行之，上多不之知也。(12)魏忠贤之于朱由校也是用这个办法：
上（朱由校）性好走马，又好小戏，好盖房屋，自操斧锯凿削，巧匠不能及……日与亲近之臣涂文辅、葛九思辈朝夕营造，造成而喜，不久而弃；弃而又成，不厌倦也。当其斤斫刀削，解衣盘薄，非素暱近者不得亲视。王体乾等每闻其经营鄙事时，即从旁传奏文书，奏听毕，即曰：“你们用心行去，我知道了。”所以太阿下移，魏忠贤辈操纵如意，而崔呈秀魏广微辈通内者亦如桴鼓之旋应也。(13)
司礼太监既是“真宰相”，那么内阁的挂名宰相自然只有拱手听命，仰其鼻息。所以明代大臣入阁，照例要拿着名刺，捧着礼物，先拜谒司礼太监，然后才正式就职。底下有一段故事，可以看出当时阁臣对司礼太监的恭顺情况：
何元朗云：“嘉靖中有内官语朱象元云：‘昔日张先生（璁）进朝，我们要打恭。后夏先生（言）我们平眼看他。今严先生（嵩）与我们拱手始进去。’”按世宗驭内侍最严，四十余年间未尝任以事，故嘉靖中内官最敛戢，然已先后不同如此，何况正德、天启等朝乎！稗史载：永乐中，差内官到五府六部，俱离府部官一丈作揖。途遇公侯驸马，皆下马傍立。今则呼唤府部官如属吏，公侯驸马途遇内官反回避之，且称以翁父，至大臣则并叩头跪拜矣。(14)
由这段记载便可想见明代司礼监的权势是如何地炙手可热，无怪乎《明史·职官志三》说，司礼太监“掌印权如外廷元辅，秉笔随堂视众辅”了。
司礼监的职权——特务最高指挥官
司礼太监在政治上是“无宰相之名，有宰相之实”，在特务系统《二申野录》卷七、王士祯《池北偶谈》卷二，均载此事。上，除了皇帝而外，他又是最高指挥者，他是领导其他各监局全部宦官的。《酌中志》卷十六《内府衙门职掌》云：
其余大小衙门，遇有应题奏事情，皆先关白司礼监掌印秉笔，随堂而始行。
司礼监并且特设一名提督太监，专门管理大小宦官，他的职务是：
督理皇城内一应仪礼刑名，及钤束长随、当差、听事各役，关防门禁，催督光禄供应等事。(15)
司礼监既是宦官总管，所以一切派往各地主持各个特务机关的宦官，如前面所说的各地镇守、军队监军、榷税采办等，也全由司礼监呈请皇帝调遣任命，如若这些特务头子工作做得不好，它也有权撤他们的职，或是惩办他们。如：
嘉靖中，内臣犯法，诏免逮问，唯下司礼监治。(16)
所以一切宦官见了司礼太监都要磕头称上司，沈德符云：
司礼监今为十二监中第一署，其长与首揆对柄机要，佥书秉笔与文书房，则职同次相……其宦官在别署者，见之必叩头称为上司。(17)
而由于他们掌握各监宦官的迁升降谪之权，各监便不得不拉拢他们，于是每年各监都孝敬司礼掌印三万两银子：
国制司礼监九人，其掌印者一，如首揆，岁纳二十四监银各三万两，约有七十万之数。(18)
司礼太监除了任命全国特务机关首脑外，他自己还兼领许多重要特务机关，如东厂、南京守备、内书堂等。
东厂是个最大的、公开的执行侦缉刑狱的特务机关，是重要的特务机关之一。起初是“选各监中一人提督”，但后来皇帝和司礼太监大概还不甚放心，所以到明代后半期就规定必须“专用司礼秉笔第二人或第三人为之”(19)。有时司礼掌印也兼领，那威风就更大了。
司礼掌印，首珰最尊。其权视首揆，东厂次之，最雄紧，但不得兼掌印。每奏事，即首珰亦退避，以俟奏毕，盖机密不使他人得闻也。历朝皆遵守之。至嘉靖戊申己酉间，始命司礼掌印太监麦福兼理东厂。至癸丑而黄锦又继之，自此内廷事体一变矣……万历初年，冯保亦兼掌东厂。冯保之后则有张诚。张之后则近日陈矩，俱以掌监印带管厂事。(20)
据《明史·职官志三》说，“东厂权如总宪”，现在以司礼秉笔兼东厂，便等于以次辅兼总宪，以司礼掌印兼东厂则是以首辅兼总宪了。集行政监察两权于一身，那还不是为所欲为么！
南京是朱元璋定都的地方，朱棣迁都北京后，便定南京为留都，一切官府人员均照北京同样设置，宦官各监也是如此，就是没有皇帝，于是便设守备一人，以公、侯、伯充之。到朱高炽时更派一个宦官去同守备，这实际上就是皇帝代表，职务自然十分重要。《酌中志》卷十六说：这守备宦官是“护卫留都，为三千里外亲臣，辖南京内府二十四衙门，孝陵神宫监官”，所以规定是司礼监外差。
内书堂等于宦官学校，是训练培养宦官的机关。明代宦官之所以能够批阅奏本，传达诏谕、文理字义，都是从这里训练出来的。所以，司礼监也必须抓在自己手中。
内书堂的设立，据《明通鉴》卷十九说，是在朱瞻基宣德元年七月间，其原委经过如下：
（宣德元年七月）始立内书堂，教习内官监也。初，洪武间，太祖严禁宦官毋得识字。后设内官，监典簿，掌文籍，以通书算小内使为之。又设尚宝监，掌御用图书，皆仅识字，不明其义。及永乐时，始令听选内官入内教习之……至是开书堂于内府，改刑部主事刘翀为翰林院修撰，专授小内使书，选内使年十岁上下者二三百人读书其中。其后大学士陈山亦专是职，遂定翰林官四人教习以为常。自此，内官始通文墨。
这内书堂组织则是以司礼监总其纲，《酌中志》卷十六称：“本监（司礼监）提督总其纲，掌司分其劳，学长司其细。”掌司学长则是“派年长有势力者六人或八人为学长，选稍能写字者为司房”。
至于词林老师则只负教书之责，这些小宦官学生还致送束脩。
每学生一名，各具白蜡、手帕、龙挂香以为束脩。(21)
所读的书则是：
内令一册，百家姓、千字文、孝经、大学、中庸、论语、孟子、千家诗、神童诗之类，次第给之。又每给刷印仿影一大张。其功课：背书、号书、判仿，然判仿止标日子，号书不点句也。凡有志官人，各另有私书自读，其原给官书，故事而已。(22)
如若施行责罚，词林老师却不能动手。而责罚也颇为奇特：
凡背书不过、写字不堪，词林老师批数目付提督责之。其余小事，轻则学长用界方打，重则于圣人前罚跪，再重则扳着几炷香。扳着者，向圣人前直立弯腰，以两手扳着两脚，不许体屈，屈则界方乱打如雨，或一炷香半炷香。(23)
除了东厂、南京守备、内书堂这三个重要机关由司礼监兼领而外，还有三个机关：一是礼仪房，掌管“一应选婚、选驸马、诞皇太子女、选择乳妇诸吉礼”的(24)；二是中书房，掌管“文华殿中书所写书籍，对联、扇柄等件，承旨发写，完日奏进”的(25)；三是御前作，掌管“营造龙床、龙桌、箱柜之类”的(26)。这三个机关也全由司礼掌印或秉笔兼摄。