明代的一些笔记小说，有很多都对明孝宗极为称颂，有一些已为《明史》所用，所以《明史》对明孝宗的评骘也就很高，不免常有溢美之处。实际上，明孝宗并不像所说的那样。即以勤政而言，在弘治初年，他才即帝位，倒真是兢兢业业，不敢松懈，但在弘治八年（1495）以后，便已不免时有倦勤之处，而且由于对政务已颇精熟，所以只务其大，把一些琐细庶事都交付内阁和司礼监去处理，自己不再多问了。弘治十五年以后，他就只关心一些极重要的事，别的更少管了。之所以这样，乃是由于那时他已耽于佛、老，并且身体也已日见衰弱之故。那时明孝宗的年纪才只三十出头，以常情而言，应是正当壮年，精力极为充沛的时候，他之如此早衰，却也别有所因。这也是当年万贵妃严防宫廷所遗留下来的恶果。原来明孝宗的生母怀了他以后，虽然经人说是痞病把万贵妃蒙混过去，但是仍被逼着灌了一些堕胎的药物。腹中的胎儿虽尚未被打落，却已很受损伤，他自出生之时，头顶间便有一处光秃无发，乃是药物为害所致。他幼年被养在宫中冷僻之处，营养又不很足，这样先天受损，后天失养，所以身体极差。他之耽于佛、老，也是由于体弱神虚，想找养性怡神的方法才逐渐形成的。这样，竟自使他这个初即位时大肆扫除那些方士们的人，后期却也走上酷信佛、老之路，于是，建坛设醮之事又开始有了重兴的样子。
不过，明孝宗后来之笃信佛、道，与他父亲明宪宗之宠信术士、番僧等人，实也很不相同，他是在幼年之时便已经受到了佛经的一些影响。他藏身于西内之时，常受到废后吴氏的照料。废后吴氏对他爱如己出，提抱抚育，常置身边。这位吴皇后，自被废后，独居西内，为了解脱烦恼，排除寂寞，开始念经礼佛，渐自笃信佛、老之术。明孝宗虽然年幼，耳濡目染，对佛经也略有接触。到他与明宪宗相会后，为了避免遭到暗害，他又被养在他的祖母周太后的居处仁寿宫里。在那里，他又遇上了一位笃信佛老的王皇后。这位王皇后，就是在吴皇后被废后，继之而被册立的那位皇后。她知道吴后是因为何故而被废的，所以处处都让着那个骄横的万贵妃一头，才得以平安无事。这位王皇后和周太后倒很合得来，常常到仁寿宫里和周太后共处，也常帮着周太后照看年幼的朱祐樘，使他免遭暗害。王皇后不仅自己很信佛、老，连她宫里的内监和宫女们，有很多人也信。明孝宗朱祐樘便是在那时读到了佛经。《明史·宦官传》有一段说到了这事，说是有个叫覃吉的老太监，曾被派来侍奉皇太子（后来的明孝宗）。皇太子在九岁时，便由覃吉教他读《四书章句》和《古今政典》。皇太子在读书时，便常把佛经混在所读的那些书里，暗暗地偷读。一次，太子正读着佛经，有人报：“老伴来了！”太子忙藏起了佛经，换上了《孝经》来读。覃吉见到太子时，问他道：“太子读的是佛经吗？”太子回答说：“不是。读的是《孝经》。”覃吉说：“那就好，佛书荒诞，不可信。”从这些记述可知，九岁的皇太子读佛书已不止一次，且曾被覃吉发现过，所以他的话才有告诫的味道。年幼时已读过佛经，成年后到了体倦神乏时，又以佛书来**，也就是很自然的事了。明孝宗的这种意向，早被在他身边的内监李广看透，为了逢迎他，李广便把一些僧道人等引入宫中，让他们用一些符篆祷祀之类的事来迷住明孝宗，然后又矫旨授那些人以官，使成化年间传奉官的故事，又开始重演。李广更让那些由他招进宫里来的人，把他奉为教主真人，以便能使明孝宗对他格外信奉。明孝宗果然对李广大为信奉，几乎到了言听计从的地步。此时李广也更肆无忌惮，不但更大开委授传奉官之禁，肆意索取贿赂，而且还强占了畿内的许多民田，连盐利一项也由他把持起来了。李广陡然而富，于是大起府第，修建得已很壮丽逾制。他还将玉泉山水引下来，在他的墙外绕了一圈，像是护城河那样。这更是大胆违制之事了，因此给事中叶绅、御史张缙等人都连章奏论，劾李广潜奢逾制。但明孝宗因为宠信李广，对这些劾疏一概不问。李广又劝明孝宗，为了利于修炼、祈祷，最好在万寿山上建一座毓秀亭。明孝宗也依了他，就在万寿山上择地兴建。不巧的是，亭子刚建成，小公主忽然就夭折了，引起了一些人的议论。而且并不止此，紧跟着清宁宫又遭到了火灾。这一来，议论的人就更多了，都说修这亭子怕是犯了岁忌。由于清宁宫被焚，又迁回仁寿宫居住的太皇太后周氏也埋怨着，“今天说李广，明天也说李广，说来说去，竟说出祸事来了！”李广本来已被一连串的灾祸给闹到心虚神散，如今又听得太皇太后也埋怨上了，不觉更怕，竟上吊自杀了。
李广虽已自杀，明孝宗的信心却没有分毫动摇，所有关于那些方面的事情都依然如故，就是李广矫旨所授予的那些传奉官，也一如既往，按时领取俸禄。弘治十二年九月，重建清宁宫竣工，明孝宗还传谕，特命灌顶国师设立法坛以为庆典。这时他的礼佛敬道之心更切，不断派出中官，命他们在外面建醮，或是去泰山，到寺院里，去进神袍。让他们到市去散灯，那就更是常事了。对于这些事，大学士刘健等人，常想试着谏止，但明孝宗却把这些事都推到了两宫太后的身上，说是唯恐有违太后之意，所以才这么办的。刘健们是主张以孝治天下的，听了这话，也就不能再说什么了。但是他们还是阻止过几件事情。弘治十五年（1502）六月，明孝宗想命阁臣拟作释迦哑塔像赞，又于弘治十七年二月，下诏要在朝阳门外建造一座延寿塔，并且给道士杜永祺等五人以真人的封号。这几件事和两宫太后都不大容易牵扯得上，所以都由于刘健等人力谏而被阻止了。
明孝宗很怀疑李广也许得到了什么奇特的道书，在李广自杀后，便命人到李广的家里去搜检。去的人在那里果然搜着了一本怪书。书是个抄本，上面写的都是朝中文官武将等人的姓名，并在他们的名下注明，某人送来了白米若干石，或是黄米若干石。明孝宗看了很为不解，他向左右问道：“李广一个人，能吃得了多少米？如何这些人偏偏都拿米送他？”左右告诉他，这是些暗记，黄米就是黄金，白米则是白银，若干石就是多少两。这是个记下贿赂的本子，记下来可以便于查对，看看所给予的照应是否与贿赂相合。明孝宗明白了这竟是一本受贿的记录册，不觉极震怒，他把那本子下交到法司，要他们按名各予以究治，谁也别放过。在册中列有姓名的人，都极其慌恐，他们研究着，认为只有去求寿宁侯张鹤龄，这件事也许还能解脱。张鹤龄乃是明孝宗的皇后张氏的弟弟，她还有另一个弟弟，名叫张延龄。由于明孝宗一向待张皇后的家里人都极厚，张鹤龄、张延龄兄弟二人，最近都已从伯爵晋升为侯爵。这兄弟二人日常在外，极为横行不法，劾奏他们的人很多，明孝宗因恐于张皇后有碍，并未予深论。这次在那册子上有名字的人，真去找到了这两兄弟，请他们来解救。果然，他们一插手，事情也就变得悄然无息了。张氏兄弟从弘治历正德而至嘉靖，时历三朝，一向都横行不法，终于在嘉靖十二年（1533）相继被捕入狱。张鹤龄只关了几年，就在嘉靖十六年死在狱中。张延龄在狱关了很久，直到嘉靖二十五年（1546），明孝宗的皇后，那时已是皇太后的张氏去世，张延龄才被绑赴市曹，给杀了。
明孝宗的孝思，最深切的表现，还是显现在对其生母纪氏的悼念上面。他自出生以至六岁时和明宪宗相认，一直都和纪氏相依为命地躲在西内的冷僻处生活着。这种镇日相随、互相依慰的母子之情，绝非一般的皇子所可有，因而纪氏的突然暴卒，带给明孝宗的哀伤、思慕也就最深。他早就有找到他母亲的乡族，寻见她的亲人的想法，但他的这个愿望一直难以实现，直到他即位为帝以后，才有了可以派出许多人去切实寻访的可能。明孝宗只知道，纪氏是广西贺县人，别的他就什么也不知道了。他先后多次派人到贺县一带去查访，但始终没能检查到纪太后的真正亲族，却惹出了不少的无赖，想要来冒认皇亲。访了多年，迄无结果，最后还是礼部尚书耿裕，劝明孝宗不妨仿照洪武初年马皇后封她久寻不得的父亲的故事，效法马皇后在宿州立庙树碑，封她的父亲为徐王那样，也把纪太后的父母封爵予诰，就在贺县立庙，岁时致祭，倒还相宜。明孝宗实在无可奈何，也只得依他而行，下谕道：“孝穆皇太后早弃朕躬，每一思念，惄焉如割。初谓余亲尚可旁求，宁受百欺，冀获一是。卿等谓岁久无从物色，请加封立庙，以慰圣母之灵。皇祖既有故事，朕心虽不忍，又奚敢违。”立庙时的册文乃大学士尹直所撰，其中有两句是：“（左者右见）汉家尧母之门，增宋室仁宗之恸。”明孝宗时常览读册文，每读到这两句，不觉便会流涕。
由于明孝宗是个很肯勤政的人，所以终弘治一朝，宦官们都较循谨，倚势为恶的实在不多。弘治初期掌管司礼监的太监怀恩也是个正人，他对宫里的内监也管得很严，更增强了这种形势。然而一些劣迹颇著的宦官也仍旧难免，其中最显著的便是那个以献符篆、进僧道把明孝宗引向迷惘的李广。还有个叫蒋琼的内监，他是在南京以拦造湖田扰民取利的人。为寻纪太后的亲族而派出去的一些宦官，为害的也不少，其中为害最显著的，则是那个叫郭镛的内监。不过这些为恶的内监，其恶毒尚不为甚，若和以往的王振、汪直，或是以后的刘瑾等人相比，实在就又像是小巫之与大巫了。
明孝宗共有两个儿子，都是张皇后为他生的。长子朱厚照，出生才只有四个多月，便已被立为皇太子了。他也就是明孝宗去世后，继之而为帝的明武宗。次子朱厚炜，只活到三岁左右便夭折了，后来则被封为蔚王。
明孝宗朱祐樘是在弘治十八年（1505）五月去世的，生年只有三十六岁。他在去世前，曾把大学士刘健、李东阳、谢迁三位阁臣召入乾清宫里，在病榻上，把皇太子朱厚照托付给了他们。他说，“先生辈辅导良苦。东宫聪明，但年尚幼，好逸乐。先生辈常劝之读书，辅为贤王。”这三位顾命大臣虽然接受了临终的嘱托，但他们却没能做到。他们很快就败在新兴起来的大珰刘瑾的手里，什么都干不成了。