在军事对决中，战略是否得当至关紧要，直接决定了战局走势。太平军进占宁镇扬三城及出兵北伐后，清廷采取以保卫京师为重点、以堵为剿的对策，疲于招架，陷入被动挨打的困境。尤其是在长江沿线，由于清廷集重兵于江南大营、江北大营，摆开围堵宁镇扬三城的架势，上游兵力空虚，以致皖赣鄂三省难以抵挡西征太平军的攻势，危如累卵；湖南也大受震动。

基于对战局特别是清军战败原因的认识，曾国藩加紧筹建湘军，并兴办水师，欲破釜东征，水陆夹江而下，与太平军一决雌雄。咸丰三年（1853年）十一月中旬，在致吕贤基、骆秉章、江忠源等人的信函中，曾国藩均围绕东征提出具体战略，认为“统筹全局，自应为四省合防之计，且须谋以剿为堵之道”；强调“下游贼船日聚日多，贼势日逼日紧，四省合防之计诚难少缓须臾”，担心“再过数月，两湖江皖皆成枯鱼之肆”。“四省合防”旨在消除各自为战、败不相救的弊端，避免被太平军各个击破；“以剿为堵”是对清廷北重于南、以堵为剿对策的修正，旨在改变被动防御的局面，力争规复长江沿线失地，逐步进逼太平天国都城，变被动为主动。在同月二十六日奏折中，曾国藩陈述不能从速赴援庐州，须明春乃可成行的苦衷，也述及这一战略，内云：“窃自田家镇失防以来，督臣吴文镕、抚臣骆秉章与臣往返函商至十余次，皆言各省分防，糜饷多而兵力薄，不如数省合防，糜饷少而力较厚。即与张芾、江忠源函商，亦言四省合防之道，兼筹以剿为堵之策。”

然而，咸丰帝阅折后大为不满，指责曾国藩“偏执己见”，令其“设法赶紧赴援”，并嘲讽道：“今观汝奏，直以数省军务一身克当，试问汝之才力能乎？否乎？”[16]直接否定了曾氏所提战略。而曾国藩没有率师驰援皖省，除水师尚未建成这一客观原因外，还出于先力争上游、再徐图下游的考虑。他在随后致友人函中坦言，船、炮等件非仓促所能遽就，且即使成军以出，也不能遽赴江忠源之急，而应先谋收复黄州、九江等处；表示“大局所在，只论地形之要害，不得顾友朋之私谊，即君父谕旨所指示，亦有时而不敢尽泥也”。同年十二月中旬，吴文镕遭湖北巡抚崇纶参劾，被迫督师攻黄州。曾国藩竭力劝阻，认为须待明春湘军水陆并下与鄂省兵勇会攻，眼下虽有严旨切责，仍应坚守省城武昌，不必轻言进剿，打毫无把握之仗。事实证明，曾国藩“偏执己见”属先见之明，湘军因此得以避免因仓促出师而夭折的噩运。但湘军未能从速参战，客观上导致四省合防之计无从实施。

及至湘军出师时，江忠源、吴文镕已兵败身亡，太平军**逼近长沙，四省合防的有利时机已经丧失，变成主要依靠湘军来支撑残局。尽管如此，曾国藩仍坚持其既定战略，即夺取长江控制权，首先保全湘鄂两省，再规复赣皖、进图金陵。湘军后来的所有战事均围绕这条主线而展开，与西征太平军在四省展开旷日持久的争夺战；尤其是在北伐太平军覆灭，太平天国将军事重心完全放在长江流域后，双方争战的激烈程度更是有增无减。

从战事发展的线索看，经半年多鏖战，迫使太平军退出湖南后，曾国藩随即率湘军出境东征，首要目标是收复武昌，次及九江。早在当年派王錱援鄂时，曾国藩便指出，一旦武昌及荆州不保，则“大江四千里遂为此贼专而有之”，从此将南北阻断，南方诸省章奏不克上达，朝命不能下宣。他还分析说：“然则鄂省之存亡，关系天下之全局固大，关系吾省之祸福尤切。鄂省存，则贼虽南窜，长沙犹有幸存之理；鄂省亡，则贼虽不南窜，长沙断无独存之势。然则今日之计，万不可不以援鄂为先筹，此不待智者而决也。”围绕争夺武昌、九江及广大腹地，湘军与太平军展开激烈拉锯战，战局跌宕起伏。太平军在鄂赣败局已定后，湘军继续东进，重点进攻安庆及皖北腹地。

是否撤安庆之围，是考验曾国藩定力的又一紧要关头。吸取李续宾孤军深入兵败三河的教训，曾国藩等人筹划兵分数路进攻安庆。至咸丰十年（1860年）四月，大致完成围攻安庆的军事部署。然而，同期苏浙一带惊波迭起，先是杭州陷落，继而江南大营溃败，常州、苏州失守。曾国藩分析说：“浙江既失，则安庆为重，以其为武昌、九江之门户也，水师得此城，则有所依附以为根本也，以绝金陵贼粮之源，以杀江淮各贼掎角之势也。是目下我军仍以进攻安庆、分捣桐城为上策。”经权衡轻重，曾国藩决意不从安庆撤兵，并未雨绸缪，倡议湘鄂赣三省合防，以防秋间下游太平军大举上援。但咸丰帝见不及此，谕令曾国藩舍安庆驰援苏常。在奉谕次日致胡林翼的信函中，曾国藩怅然叹曰：“若不力固上游而先救下游，则其祸必速而烈，惜无人抉明此机于九阍。”署理两江总督后，他仍坚持“固上游以规下游，防三省以图吴会”，表示“虽任下游之责，仍当以上游为根本，必能固三省之防，乃可规复吴会”，“盖上游愈固，则下游愈觉得势，未有不能守而能剿者也”。鉴于江西兵力单薄，曾国藩咨请骆秉章派兵入赣协防，并亲自领兵进驻作为江西门户的皖南祁门县，强调“固江西即所以固吾湘也”，“欲保湖广，必先保江西”。

从实质上讲，三省合防、围攻安庆战略是四省合防、以剿为堵战略的翻版或延续。正是由于曾国藩等人的坚持，湘军巩固上游门户、以建瓴之势进图下游的努力才没有功亏一篑，从而避免了战略主动权的丧失。攻克安庆后，战争格局更加明晰，清政府上下很快便形成共识，酝酿通筹川湘鄂赣皖五省，合力规复江浙。[17]未几，曾国荃部湘军沿江而下进逼天京，左宗棠率以老湘营为班底的湘军进攻浙江，李鸿章率淮军进援上海，兵分三路转入全面反攻。而太平天国则陷入全面被动，每况愈下；距安庆易手未及三载，天京便告沦陷。

除战略正确、具有针对性外，曾国藩在战术上也颇为用心，组建湘军时便提出水陆依护、稳字当先等作战原则，并在随后的实践中加以坚持和发展。拥有一支训练有素的水师，且水陆协同作战能力强，这是湘军赖以与太平军抗衡的一个重要砝码。建军未竣，不仓促出师，则是稳字当先的体现。曾国藩后来也再三强调这一原则，告诫属下“必须谋定而后战，切不可蛮攻蛮打，徒伤士卒”，“时时以浪战为戒”；主张“以稳字为主，不可过求速效”，“打仗不慌不忙，先求稳当，次求变化”。再如，为了做到知己知彼，曾国藩派专人搜集情报，于咸丰五年（1855年）编成《贼情汇纂》一书，对太平军重要人物、官制、军制、礼制等记述甚详。在及时总结经验教训和研究对手的基础上，曾国藩重视在战术上推陈出新。以安庆战役为例，针对陈玉成善于诱人来攻、反客为主的用兵特点，曾国藩并不急于攻城，而是深沟高垒水陆相依，迫使太平军主动来攻，从而得以避其锐气，击其惰归。后来攻打天京时，湘军同样采用了这一围城打援、反客为主战术。