以上不少举措带有鲜明的战时体制特征。太平军进占南京未几，清廷便调兵遣将，在钟山南麓孝陵卫一带组建江南大营，与北岸扬州郊外的江北大营遥相呼应，形成围攻、钳制之势。此后战局虽屡有起伏，但清廷调重兵克复南京的思路一直没有改变。为应对这一严峻局面，太平天国起始就推行战时体制，全城始终处于戒严状态，除取消家庭、对居民按性别实行军事编制外，还逐月登记、清点人口，凡进出城须持印凭，稽查甚严，以防范清方奸细。初期随法国使团来访的葛必达（S.Clavelin）神父便指出，“南京与其说是一座城市，还不如说是一座军营”[27]。这势必有别于和平环境下的城市治理，遑论城市建设。

南京原先店铺林立，百货云屯，工商辐辏。太平天国在克城前颁布过一份安民告示，敦告“士农工商各力其业”，但仅具有宣传意味。定都后刊布的《天朝田亩制度》明确宣布“天下人人不受私，物物归上主”，加之全城实施戒严，私营工商活动遂遭取缔。为满足军需等供应，太平天国在南京用军事编制（馆）组织民人进行生产劳动，分兵器、火药、建筑、食品、日用品、服饰、印刷等大类。据涤浮道人《金陵杂记》，其具体细目有59种之多，统称“衙”，如典织衙、豆腐衙等；因规模、人数不等，又有“营”“馆”之别，大者如典织衙又称“织营”，小者如豆腐衙又称“豆腐馆”。该制度发挥了重要作用，“使被胁百工技艺各有所归，各效其职役，凡军中所需咄嗟立办”[28]。全城军民日常生活必需品由圣库按是否为官、官衔大小等标准分别定额供应，即圣库制度。

上述两种经济方面的战时体制能否维持下去，关键取决于物资特别是粮食能否得到及时补充。南京城内的大部分面积是耕地，早期随本国使团来访的英国费熙邦舰长、法国葛必达神父、美国克陛存（M.S.Culbertson）牧师均谈到这一细节。太平天国官方在阐释建都南京的优势时，描述该城“街衢广阔，田园丰美”[29]，分别谈到市区与耕作区。时人笔记也有相关记载。王永年起初在男馆中干杂役，在编入北伐部队后潜藏在外城下关豆腐巷老人馆内，“天将明，饱食后，散伏大麦、蚕豆丛中”[30]。正因为南京有大面积农田，太平天国特意设立典农官和豆腐馆，派人种菜、磨豆腐。有一则记载说：“贼见菜地，争贴封皮，即据为己有，使人种菜，亦不打仗，故匿于菜园者亦数千人。”[31]不过，由于耕地以菜园为主，加上城内人口庞大，所以粮食根本无法自给。为缓解物资紧张问题，太平天国在1854年间采取变通方法，派人出城采购，在城内北门桥设肆，有米、油、茶点、海味、杂货、玉玩、绸缎、布匹各店，转卖各馆；店铺本钱由圣库支拨，属官营性质，称天朝某店，严禁私卖；另准许老人馆开茶肆。因物价腾贵，且管理难度大，这些店铺不数月均关歇。南京完全失去原先作为商贸中心的功能。

在取消商业和清军围城的背景下，南京粮食等物资供应主要依赖上游接济，经江面由仪凤门运进城，带有很大不确定性。一旦战事吃紧，南京便闹粮荒。据载，城内起初储粮充裕，“发粮无数，来取者即与之。既有名数可稽，始议每日发米数，男馆如泥水木匠一斤半，各伪衙一斤四两，各匠一斤，牌尾半斤；女馆湖南以前每名一斤，湖北以前每名六两”。1854年夏，因上游米谷不继，“乃改议发米数，男子牌面每日每名发米半斤，牌尾四两；女子每日每名湖南以前发米六两，湖北以下发米三两。均以稻代，悉令人食粥”[32]。

总的来说，太平天国初期对南京的管理较为有序有效，就连来访的西方人对此也加以赞许。葛必达神父便感叹，这种体制“竟能使这么多人的衣食得到正常供应，而且这是在内战当中、在面临城外清军大营围攻的情况下做到的”[33]。美国传教士裨治文（E.C.Bridgman）评述说：“他们通常称作‘圣城’的新都才是秩序和纪律达到尽善尽美的地方。……一切不合规章和违法之事，都会立即受到斥责或处罚，这在中国人中间极为罕见。所有人都无一例外地有其指定住处和被指派的适当工作，一切都在有条不紊地进行。”[34]

不过，太平天国此前仅在永安、武昌驻留过较长时间，在战时管理南京这样偌大的城市明显经验不足，挑战很大，人口问题便是一例。人口多了，会加大粮食供应压力；人口少了，又带来人手、人气不足的问题。南京原先有八九十万人，城破前已迁徙不少，城破后自杀者又占了相当比例。除在满城遭激烈抵抗进而屠城外，太平军主要搜杀清军和贪官污吏，基本上没有殃及百姓。据目击者陈述，太平军破城之日，“口称安民，并不抢劫，叫人不许外出窥伺”，并附注解释说：“破城后并不举动民间，至十五日各家搜素人口，防藏兵丁。……民间物件秋毫不动，内中若有人抢夺，即行枭首。”[35]嗣后南京人口一直处于流动状态，人口总数时有变化，包括军队的调进调出，出于各种原因死亡者，外逃者，外地（如上游数省及下游扬州等地）民人随军队迁入者，但两相抵消，南京人口总体上呈递减趋势。据载，1853夏，全城（包括内外城）男馆为10.44万人，女馆为14.09万人，合计24.53万人；同年冬，男馆约7.6万人，女馆约13.04万人，合计20.64万人；到次年夏，男馆约4.2万人，女馆约11.43万人，合计15.63万人。[36]大体每半年递减四五万人。民心不稳，出逃人数多于从外地补充入城的人数，是造成这种现象的主要原因。以甲寅四年为例，“贼粮不足，于闰七月二十七日赶女人八九万出城，至乡圩割稻，借此逃脱者数万……城中男馆于闰七月亦不发米，悉使出城割稻自食，人多逃散”[37]。

天京事变使人口进一步减少，先是导致两万多将士丧生，后来翼王石达开负气出走又带走不少精锐。这场内讧的影响是全局性的，使太平天国元气大伤，旧的领导中枢宣告解体，军事上日趋被动。1860年太平军二破江南大营、开辟苏福省，使南京转危为安并获得大量物资补充。但后期主政的干王洪仁玕缺乏杨秀清那样的威望和铁腕，甚至一度被排挤出城，领导中枢涣散无力。1862年春，湘军兵临南京城下。太平军苦战两年多，始终无法将之击退。这种颓势从南京自身的演变可略窥一斑。

仍以人口为例。太平军在苏南战场的胜利使南京人口得到一定补充，其中不少是被强娶或掳来的年轻女子，但人口总数与过去已不可同日而语。后期（主要集中在1861年）来访的西方人均感到南京人口很少，其中英国军官吴士礼（G.J.Wolseley）中校推测男多于女，约为2∶1；英国翻译富礼赐（R.J.Forrest）、美国商人赫德（J.Heard）均估计全城人口约为7万人。人口锐减，但由于商业停顿和两极分化加剧，圣库制度形同虚设，缺粮问题并未缓解；及至湘军围城，粮道逐渐被切断，则陷入断粮危机。为应对粮荒，洪秀全率先食野草团，号召军民仿效。忠王李秀成体恤下情，特意放大批民人出城逃生。其实城中一些王府仍藏有大量粮食，但各怀私念，不愿充饷。据忠王讲，城破前夕，城内不过三万人，除居民外，太平军仅万余人，能守城者三四千人。[38]已是强弩之末。

随着人口锐减，百工衙组织急剧萎缩，其规模大不如前，并且以修建新封各王的府邸为主，供应军需的职能大为弱化，大片菜园荒芜便是例证。富礼赐曾在城外见到一群搬运废墟中砖瓦入城盖官邸的劳工。据他描述，这群人处在士兵的监视下，“绷着脸默默行走，没有过好日子的希望，除劣质大米外得不到任何工钱。倘若与其交谈，你会发现他们完全被吓坏了，几乎不敢大口喘气，仿佛生命时刻处在危险中，语调低沉而又多疑”[39]。随着局势恶化，南京的军事管制越发严厉。英国传教士杨笃信（G.John）亲见一名村妇因无意中点燃一间小屋而被斩首示众，慨叹“几乎任何一种罪过都被处以死刑，这似乎已成家常便饭”[40]。

商业在后期有过反复，1860年下半年一度解除禁商令。美国传教士花雅各（J.L.Holmes）是年8月来访，发现城内有十分有限的商业，食品匮乏且价格昂贵。[41]随后情况渐趋好转。11月杨笃信牧师来访时，看到城里有数百家店铺开业，商业活跃，整个城市似乎充满蓬勃生气。但出于安全考虑，南京于1861年年初重新推行禁商令，禁止除药品外的一切买卖，改在内城之外开设店铺。同年4月再度来访的杨笃信对此感到失望，认为其后果之一是加剧了贫困和匮乏。[42]南门等几个城门外共设有七条买卖街，仍处在太平军严密控制下，所售物品包括从苏州缴获的东西。据载，“出入城门，俱有火烙印牌，无者即作奸细论。……各伪目妇女俱骑马入市中买物，服饰华极。每入茶肆，但男女不准交谈。街内巡查极多，烟、酒之禁最严”[43]。事实上，后期违令抽鸦片、饮酒在太平军中远不是个别现象，有些官员甚至主动向来访的洋人求购。一些洋商为牟取暴利，也不惜冒险长途贩运鸦片、粮食甚至军火等。美国商人赫德在日记中写道，他们曾在南京以870两白银的价格卖掉半箱鸦片。[44]

南京的环境卫生状况同样今非昔比。太平天国起初很注意环境卫生，破城第三天便开始清理死尸，随后又专门设立负责收埋尸骸的掩埋馆；另指派老人专门负责打扫街道，包括及时清除路面上的杂草和牲口粪便。鉴于“今日去草草不青，明日一雨草怒生；今日溲勃无所遗，明日牛马还遗之”，保持街道清洁并非易事，故时人有“掳来衣爱剪碎，不问贵不贵；掳来食爱生硬，不问净不净；独有街道爱完整，奉帚携锄命无梗”[45]一说。这一点给来访洋人留下良好印象，克陛存牧师便指出：“不少街道不仅宽敞，而且看上去保持着清洁状态，这在中国城市中并不多见。我还切实观察到，人们普遍很爱整洁，并且举止得体，而这正是他们的同胞所普遍忽视的问题。”[46]而后期则变得十分糟糕。英国军官白拉克斯顿（T.W.Blakiston）上尉进城时，首先“穿过散发着恶臭的郊区”，随后发现城内居民区“有许多荒地、废墟和垃圾”[47]。富礼赐从南门往北行走，发现原先铺设讲究的路面已面目全非，“满是小洞和裂痕，污水污泥积成的小水潭和水沟散发着臭气；雨天时街道则变成湖泽，无法行走，当地居民在必要时只得赤脚趟过去”[48]。他还目睹到天王府的环境，发现里面与想象中的画面完全不是一回事，“每一件东西都很脏，镀金之处很快就被手汗、灰尘和雨水所污而附上一层棕色。……地上满是痰迹和污物。懒散闲逛着的天兵们蓬头垢面衣衫褴褛。虽然身处天王宫殿，你在周围仍能看到断垣残壁，看上去满目凄凉”[49]。

环境脏乱从侧面说明精神状态和秩序的退化。例如，后期高级官员普遍推行多妻制，一些被掳来的苏州等地女子不堪忍受而潜逃，以至悬赏寻人启事成为南京街头一景。吴士礼就此写道：“妇女逃离作威作福的君主和主人的事，看来并不少见。我们曾不止一次地偶然看到墙上贴有告示，凡是能捉回她们的人，将获得15～20元不等的赏银。”[50]英国外交官巴夏礼（H.S.Parkes）也谈到这一细节。

城区布满废墟更衬托了南京的脏乱和萧索景象。花雅各牧师在1860年9月1日《北华捷报》（North China Herald）上刊文说：“南京城目前处于残破状态，说它的一半房屋已被毁坏并不夸张。周围的乡村半数荒芜。”[51]次年2月来访的美国商人菲郎（R.I.Fearon）描述道：“除断垣残壁外，该城昔日的雄壮景致一点也没有遗留下来。站在满城上眺望城内及市郊，满目都是连绵数里的一大片烧焦的砖泥和丛生的杂草。断墙中仅有两三条整齐的街道，由新建的衙门和官邸构成。……面积如此之大的荒芜颓败场景，我还从来没有见到过。”[52]同年年底来访的英国郭修理（J.Cox）牧师说得更加具体：“南京南部街道和房屋没有受到太大破坏，但在东部和中部，映入眼帘的净是大面积废墟。相比之下，中部因为有天王宫殿而视觉稍好些……城内没有商业，除出售药品的店铺外，禁止开店。这座偌大城市的沉寂令人十分伤感。人们的外表看上去更加糟糕，因为我们仅仅看到像斯巴达农奴一样从事各种公共杂役的可怜的穷人，以及外表粗俗、吃得不错的士兵。”他据此评述道：“我发现他们唯一的能耐就是作战和破坏。这些没有文化的人得不到任何读书人或有影响阶层的人的信任，对民法和辖境内的民生一点也不上心，他们又怎能成功地建立起一个王朝呢？我实在无法想象。”[53]

人口锐减，粮食紧缺，商业停顿，环境脏乱，布满废墟，暮气沉沉——这一切无不彰显出南京的萧条荒凉氛围，说明太平天国大势已去。

湘军破城后，“贪掠夺，颇乱伍”，致使本已残破的南京城雪上加霜。未及突围的太平军大呼“城中弗留半片烂布与妖享用”，自焚一些王府。湘军“亦四面放火。贼所焚十之三，兵所焚十之七，烟起数十道屯结空中，不散如大山，紫绛色”。悍将萧孚泗“在伪天王府取出金银不赀，即纵火烧屋以灭迹”，大火延烧数日不熄。湘军还在城中大挖窖藏甚至掘坟搜金，营中文职也“无大无小争购贼物，各贮一箱，终日交相夸示不为厌”。此外，湘军还肆意**杀戮，“搜曳妇女，哀号之声不忍闻”，“沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀、数十刀，哀号之声达于四远”。就连曾国藩机要幕僚赵烈文也认为“其乱如此，可为发指”。[54]