袁世凯借民国之名行专制之实的严酷事实，使孙中山的满腔热望化为泡影，也使他从幻想中回到现实。“二次革命”失败后，孙中山再度流亡日本，痛定思痛，他深感在中国欲建立实至名归的共和制，必须有一个坚定服从领袖主义的组织和一套切实可行的措施。为此，他召集同志，组织中华革命党，在该党党章的总章中重新提出三个时期的划分，标志着孙中山革命程序论的又一变化阶段。

与前此比较，中华革命党党章关于革命程序论的表述在形式上没有大的变动，但有两点重要变化值得特别注意：第一，三个时期的名称，分别由原来的“军法之治”、“约法之治”、“宪法之治”改为“军政”、“训政”和“宪政”，其中一、三期的内容变化不大，关键在于第二期，由“约法”到“训政”，使原来“军政府与人民相约”的意义消失了，变成“以文明治理，督率国民，建设地方自治”。第二，规定自起义之日至宪法颁布之时，总称为“革命时期”，“在此时期之内，一切军国庶政，悉归本党负完全责任”，而不是如《革命方略》所规定的由“军政府”负责。

同时，该章程一面宣称“凡中国同胞皆有进本党之权利义务”，一面又将党员分为首义党员、协助党员和普通党员，在革命成功之日分别成为元勋公民、有功公民和先进公民，享有参政执政、选举被选、选举等不同等级的权利，而所有的非党员在革命时期之内，“不得有公民资格。必待宪法颁布之后，始能从宪法而获得之；宪法颁布之后，国民一律平等”。[40]这样一来，革命党的责任权利义务大大增强，而一般国民的地位则相对降低，在革命时期没有公民资格，只能成为革命党督导的对象。这些变动和区分，引起吴稚晖等旧日同志的怀疑和不满，指为提倡权利；而后来也的确被国民党加以利用，作为长期剥夺人民民主权利的借口，产生了相当消极的历史作用。

关于“训政”，后来孙中山专门做过解释，他说：“须知现在人民有一种专制积威造下来的奴隶性，实在不容易改变，虽勉强拉他来做主人翁，他到底觉得不舒服。”“所以我们革命党人应该来教训他，如伊尹训太甲样。”[41]对民众的力量认识不足甚至轻视民众的作用，是那一时代革命党的通病，中华革命党虽然自视为民众的代表和指导者，实行民权主义，在强敌当前的形势下，不能不对民众有所依靠，其实关系仍然相当隔膜。况且孙中山的认识论本来包含先知先觉、后知后觉与不知不觉的分别。由“约法”改为“训政”，从一定角度看似为经历了民初政局变动的挫折后，孙中山思想的消极面增长的结果。

然而，孙中山何以会在大敌当前之下改“约法”为“训政”，简单的批评不能提供令人信服的解释。

孙中山的这一改变，自有其时势。他过去以为临时约法给了人民直接民权，可以防止政客军阀专制，因此革命成功，民族、民权两大主义即告实现。而后来事态的发展证明这完全是空想。“吾党之三民主义，只达其一，其余两主义，未能施行。”[42]对于这样令人沮丧的结局，孙中山在重新恢复以民权、民生两主义为本党宗旨的同时，认为重要原因为“不经训政时代，则大多数之人民久经束缚，虽骤被解放，初不瞭知其活动之方式，非墨守其放弃责任之故习，即为人利用陷于反革命而不自知”。[43]所以必须加以训导，以补人民程度之不足。

此外，这一改变与三时期领导者的变更密切相关。孙中山原来以军政府作为三时期的政治领导，而军政府的成分，除革命党人外，尚有不少草莽英雄，加之前此革命党的组织不够严密，不少人怀抱帝王之志，必须用约法的形式加以限制。“二次革命”后，孙中山鉴于“党员于破坏成功之后，已多不守革命之信誓，不从领袖之主张，纵能以革命党而统一中国，亦不能行革命之建设，其效果不过以新官僚而代旧官僚而已”。[44]组建中华革命党时，他为该党规定了严密的组织和严格的纪律，希望以此保证加入者都是道德理想高尚的优秀分子，由这样一个值得信赖的党掌握政权，其责任就是训导人民，培养民众的共和国民之资格。用他自己对吴稚晖的解释说：

破坏之后便须建设，而民国有如婴孩，其在初期，惟有使党人立于保姆之地位，指导而提携之，否则颠坠如往者之失败矣。革命党人未必皆有政治之才能，而比较上可信为热心爱护民国者。革命党以外未必无长才之士，而可信其爱护民国必不如革命党，则国本未甚巩固之时期，后彼而先此，其庶几无反复捣乱之虞，至于宪政既成，则举而还之齐民。[45]

这样，至少从主观愿望看，孙中山的“训政”仍是对实现共和制的积极进取。

当时中国复辟帝制的呼声甚嚣尘上，形成一股浑浊的逆流。而一些革命党人一方面认为人民程度不足，不能实行直接民权；另一方面又不愿意担负教育人民的责任。孙中山重视革命程序论，既想解决人民程度不足的问题，更重要的则是反对党内外借口人民程度不足阻挠实行直接民权，推动真共和的实现。“本来政治主权是在人民，我们怎么好包揽去作呢？其实，我们革命就是要将政治揽在我们手里来作。这种办法，事实上不得不然。”民国成立数年，一般人民仍不懂共和的真趣，还需要再革命，“不单是用革命去扫除那恶劣政治，还要用革命的手段去建设，所以叫‘训政’”。[46]实行“训政”，就是要革命党人切实负起教育督导的责任，“革命志士自负为先知先觉者，即新进国民之父兄，有训导之责任者也。乃有以国民程度太低，不能行直接民权为言，而又不欲训练之以行其权，是真可怪之甚也”。所以他后来驳斥反对“训政”的意见时说：“今之所谓志士党人、官僚政客者将欲何为？既不甘为诸葛亮、文天祥之鞠躬尽瘁，以事其主，又不肯为伊尹、周公之训政以辅其君，则其势必至大者为王莽、曹操、袁世凯之僭夺，而小者则图私害民为国之贼也。”

改“约法”为“训政”，并不意味着孙中山民权主义的立场有所倒退。他认为共和国“皇帝就是人民”，坚信“民国之主人，今日虽幼稚，然民国之名有一日之存在，则顾名思义，自觉者必日多，而自由平等之思想亦必日进，则民权之发达终不可抑遏”。[47]他要李宗黄等人注意考察日本富强基础的地方自治，认为其“官气很重，是不合乎吾党民权主义全民政治的要求；但他们的某种精神和方法，在训政时期却很可参考”。[48]从中可见孙中山在目的与手段之间的权衡把握。所以他对公开发表文章批评其以元勋公民自号的吴稚晖说：“吾人亦本素所怀抱平等自由之主义，行权于建设之初期，为公乎？为私乎？以待天下后世之论定可耳。”[49]而且，“约法”易名为“训政”，宗旨并未改变，“专制余毒，涤除净尽，国民权利，完全确实”，这是训政一身而二任的双重任务，经此则可以防止“政客之播弄与军人之横行”。[50]虽然这一时期没有宪政之名，“而人民所得权利与幸福，已非〈借〉口宪法而行专政者所可同日而语”。[51]

由此可见，“训政”就是由革命党训导人民去反对官僚军阀实行专制统治，粉碎其复辟阴谋，同时反对假共和真专制，争取实现真正的民主民权，这在当时仍然具有显而易见的积极意义。况且，此后孙中山的一系列著作言论表明，他始终没有放弃地方自治与中央相互制约的思想。