1906年秋冬编制的《革命方略》，把革命程序论用同盟会正式的组织文件的形式固定下来。《革命方略》的制定不仅在整个辛亥革命史上具有重要意义，也标志着革命程序论发展完善的一个重要阶段。孙中山后来往往把“革命方略”作为革命程序论的代名词，可见其重要性。

《革命方略》明确地把三个时期定名为“军法之治”、“约法之治”、“宪法之治”，规定各时期的主要任务为“军政府督率国民扫除旧污”，“军政府授地方自治权于人民而自总揽国事”，“军政府解除权柄，宪法上国家机关分掌国事”[27]，并且规划了实现各时期具体任务的步骤。此外，还确定军法以三年为限，约法以六年为限。

在《革命方略》中，没有直接谈到设置“约法”一期的用意和目的，也没有指明实行约法就是要使军政府与地方自治相约，与原来强调约法的主要目的在于防止“英雄”拥兵割据相比，《革命方略》的表述相当模糊，只是说：“凡军政府对于人民之权利义务，及人民对于军政府之权利义务，悉规定于约法，军政府与地方议会及人民各循守之，有违法者，负其责任。”而且最后总结道：实行革命程序，是要“俾我国民循序以进，养成自由平等之资格，中华民国之根本胥于是乎在焉”，似乎约法已不再有制约军帅割据称雄的作用，而主要是培养国民资格。这与孙中山原来的认识分别甚大。是否此时孙中山的思想发生了重大改变，而革命程序论主要针对民众而来？值得深入探讨。

同盟会的成立，令孙中山喜出望外，尤其是大批留学生接受革命主张，使其感到依靠力量发生了显著变化。他在各种公私场合一再表露自己的喜悦心情，如在东京中国留学生欢迎大会上说：

鄙人往年提倡民族主义，应而和之者特会党耳，至于中流社会以上之人，实为寥寥。乃曾几何时，思想进步，民族主义大有一日千里之势，充布于各种社会之中，殆无不认革命为必要者。虽以鄙人之愚，以其曾从事于民族主义，为诸君所欢迎，此诚足为我国贺也。[28]

一个多月后复函陈楚楠，又对各省留学生积极加入同盟会表示欢欣鼓舞，“有此等饱学人才，中国前途诚为有望矣”。[29]后来他忆及当时情形，依然热血沸腾，“及乙巳之秋，集合全国之英俊而成立革命同盟会于东京之日，吾始信革命大业可及身而成矣”。[30]这可以说是孙中山革命事业的重要转折。前此依靠朝野各路“英雄”，这些人的“大者王小者侯之思”相当普遍，约法的重点不能不针对其野心。如今有了大批饱学之士，各具国民权利义务观念和道德责任心，由他们担任起义首领和军政府首脑，带领国民军，自然愿意实行共和宪政，则抑制军帅野心的功能相应可以减少，而引导国民的责任随之增加，也在情理之中。

尽管如此，断言孙中山改变革命程序论的主要对象还为时过早。《革命方略》制定后到武昌起义前的一段时期，有关孙中山革命程序论的直接记载不多见，根据一些相关资料，可见孙中山对于革命程序论的基本设想和重心仍未改变。1906年11月在东京举行的《民报》周年纪念大会上，孙中山发表演讲，其中谈到民权主义时说：

惟尚有一层最要紧的话，因为凡是革命的人，如果存有一些皇帝思想，就会弄到亡国。因为中国从来把国家当作私人的财产，所以凡是草昧英雄崛起，一定彼此相争，争不到手，宁可各据一方，定不相下，往往弄到分裂一二百年，还没有定局。今日中国，正是万国眈眈虎视的时候，如果革命家自己相争，四分五裂，岂不是自亡其国？

照孙中山看来，外国人不能瓜分中国，而中国人自己瓜分，则不可挽救。“所以我们定要由平民革命，建国民政府。这不止是我们革命之目的，并且是我们革命的时候所万不可少的。”既是革命的目的，又是革命过程的必备条件，所指显然包括革命程序论，而孙中山的侧重，仍然在于防止革命时期掌兵权者割据称雄。[31]

这一观念孙中山始终没有动摇。他后来回忆道：“当予鼓吹革命之时，拟创建共和于中国，欧美学者亦多以为不可。”1911年他路经伦敦返国时，英国名士加尔根因闻其“提倡改中国为共和，怀疑满腹，以为万不可能之事”，特地赶到旅馆与孙中山辩论，“数日不能释焉”。最后孙中山出示“革命方略之三时期，彼乃焕然冰释，欣然折服，喟然而叹曰：‘有如此计划，当然可免武人专制、政客捣乱于民权青黄不接之际也’”。[32]主动表示今后将帮助孙中山进行宣传。由此可见，革命程序论与《军政府宣言》中庄严宣布的“敢有帝制自为者，天下共击之”的思想并行不悖，相辅相成，主要目的仍在防止武人专制。

进一步深究，《革命方略》与孙中山的早期思想也有所差别。《革命方略》的制定，主要参与者有黄兴、章太炎、胡汉民、汪精卫等人，而黄、章二人很少言及革命程序论，或许是由于思想认识的不一致。目前所依据的《革命方略》，是1907年后孙中山与胡汉民、汪精卫共同修订的本子[33]，其中很可能掺入了胡、汪二人的意见或反映了他们的观念。

胡汉民和汪精卫秉承孙中山的意旨撰写过许多文章，其中既阐述了孙中山的思想，也不同程度地表达了各自的见解，至少在理解孙中山的主张方面有各自观念的作用。如在与保皇党人的论战中，汪精卫针对后者提出的“今后之革命，将不免于沿历史上之自然的暴动乎？抑果能达民族主义、国民主义之目的乎”的问题，认为解决之道有两要义，一是革命之主义，二是革命之纪律。“纪律者，当立此主义以求达此目的之时所不可缺之手段也。而纪律本于主义而发生，使其主义为帝制自为，则其纪律或宽仁大度，以收人心，或恣为残酷，以慑民志；使其为民族主义、国民主义，则其纪律必本于自由、平等、博爱之精神，以为民主立宪之预备，即孙君所言约法是也。”但他对“约法”的解释，却是：

约法者，革命时代，革命团体与人民相约者也，……约法者，规律革命团体与国民之关系，使最终之结果，不悖于最初之目的者也。由是故与历史上之自然的暴动异。彼之暴动，持其事者，以宰制万类为目的；而此则国民相约，向于政治革命之目的而进行，故无相轧轹之患。且尤与法兰西大革命时异。彼之革命，民党之间，初无规律其关系之准则，故终相戕杀以成恐怖时代；而此则互相信任，各有职司，有法定之关系，为共同之活动，故无恐怖时代之惨状。约法之为用如此。[34]

在此，防止草昧英雄割据称雄的本意变得相当模糊，而防范暴民政治的新解则十分凸显，这与孙中山原来的出发点有较明显的区别。从文本及后来的变化看，孙中山似乎在一定程度上受到汪精卫等人的影响，接受或默许了他们的意见。革命团体与人民相约的说法，为后来改“约法”为“训政”埋下一条伏线。